PARP9：RNA病毒的非经典感受器
RNA病毒感染在人群能引起严重的疾病，对人类健康造成严重的威胁。最近正在流行的2019冠状病毒病（COVID-19）就是由RNA病毒严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）感染引起的, 这也让抗病毒免疫研究再次成为媒体关注的焦点。天然免疫细胞是人体对抗病毒感染的第一道最重要的防线。它能利用细胞内的模式识别受体(PRRs) 检测病毒来源的包括核酸（DNA和RNA）在内的病原相关分子模式，然后激活下游信号通路产生I型干扰素，I型干扰素进一步激活机体的天然免疫和适应性免疫应答最终清除病毒和病毒感染细胞。RNA感受器是检测RNA病毒感染产生的RNA的重要PRRs。截至目前，一些RNA感受器被鉴定出来，包括视黄酸诱导基因I（RIG-I），黑素瘤分化相关分子5（MDA5）和张志强团队以前鉴定的解旋酶 (helicase) 家族成员DDX1-DDX21-DHX36复合体，DHX9，DHX15，DHX33等。这些经典的RNA感受......阅读全文
单革：非编码RNA的探索者
日前，国际知名杂志《自然·结构和分子生物学》刊发了中国科学技术大学单革教授的一篇文章，他的实验室发现了一类新型环状非编码RNA，并揭示了其功能和功能机理，相关成果得到了新华社、中科院官网等媒体关注。 记者了解到，在2012年9月，《自然·通讯》也在线发表了单革的研究成果，那次他发现了曾被认为是
如何揭开长非编码RNA的神秘面纱
长非编码RNA(lncRNA)长达两百个核苷酸以上的转录本，但并不编码任何蛋白质。尽管如此，长非编码RNA在不同组织和发育阶段的表达依然具有特异性，说明lncRNA的调控具有重要的生物学意义。细胞中绝大多数lncRNA(也称lincRNA)位于细胞核，它们对应的DNA区域有的与蛋白编码基因重叠，
浙大揭示新冠病毒RNA非编码区域与宿主蛋白质互作网络
近日，浙江大学生命科学研究院冯新华、蒋超、任艾明、杨兵实验室在美国微生物协会（American Society for Microbiology）旗下的期刊mSystems杂志上合作发表了题为“High-sensitivity profiling of SARS-CoV-2 noncoding
病毒－RNA复制的几种方式的介绍
（ 1）含正链RNA(+)的病毒(例如,噬菌体Q)：(+)RNA充当mRNA,合成蛋白质。以(+)RNA为模板进行复制合成(-)RNA,再以(-)RNA为模板合成(+)RNA组装成病毒颗粒。 （ 2）含负链RNA(-)的病毒(例如狂犬病毒)：由(-)RNA合成(+)RNA,再由(+)RNA合成
2.8.3－甲型肝炎病毒－RNA－提取
试剂、试剂盒TSES 缓冲液TSES 缓冲液饱和酚氯仿辛醇乙酸钾乙醇缓冲液 Almol LNaH2P04 缓冲液氯胺 T 溶液Na125I5 mmol LNa2S2O5lOOmmol LKINET 缓冲液酵母 tRNA蔗糖纤维素柱平衡液三重蒸馏水0.1mol LNaOH5 mmol LEDTA0.1
植物病毒(plant－viruses)RNA提取
大多植物病毒RNA为单链RNA，并且其极性与mRNA极性相同，植物病毒RNA提取较为简单，一般使用酚氯仿即可获得满意结果。 一、材料 提纯TMV病毒液（10mg/ml）。 二、设备 冷冻台式离心机，低温真空干燥仪，电泳仪，电泳槽。 三、试剂 TE
2.8.2－乙型脑炎病毒－RNA－提取
试剂、试剂盒酚氯仿异戊醇乙醚KAc乙醇DEPC 处理水TBE 缓冲液上样液KCI。仪器、耗材透析袋实验步骤一 材料与设备1) 酚：氯仿：异戊醇 (25:24:1),2) 乙醚3)2.5mol/LKAc4) 乙醇5)DEPC 处理水6)TBE 缓冲液7〕上样液：40% 甘油，0.4% 啡叮溴红的 TB
2.8.1－流感病毒－RNA－提取
试剂、试剂盒10×RSB 溶液10%SDS蛋白酶 KlOXLiCI 溶液RSB 饱和的酚氯仿异戊醇2mol L 乙酸钠 无水乙醇TSE 溶液LiCl 缓冲液平衡酚TSE 饱和酚4mol LLiCL实验步骤一 材料与设备1. 酚提法1)10×RSB 溶液：O.Olmol/LTris，O.OOlmol/
病毒RNA提取实验方法
实验概要本实验旨在掌握病毒RNA提取的实验方法，包括用异硫氰酸胍提取禽流感病毒RNA、TRIzol LS提取病毒RNA及Trizol法提禽流感病毒RNA。实验步骤1. 用异硫氰酸胍提取禽流感病毒RNA1) 取200ul样品数 阴性对照 阳性对照个1.5ml灭菌eppendorf管； 2) 加600u
病毒RNA提取实验方法
1，用异硫氰酸胍提取提病毒的详细步骤，可参考（我提过N次做定量PCR都没问题）：1.取 200ul样品数+阴性对照+阳性对照个1.5ml灭菌eppendorf管2.加600ul异硫氰酸胍，然后加入对照和样品，再加200ul氯仿，颠倒混匀3.13000rpm离心15min4.在第3步离心快结束时，另取
m6A“RNA甲基化”研究汇总—非编码RNA篇
RNA甲基化是目前申请国自然项目热点，也是唯一能在短短3个月内发数十篇nature，cell级别高分文章领域，近期RNA甲基化研究引起了科研工作者的研究热潮。因mRNA参与蛋白编码，之前多数文章针对mRNA甲基化进行研究（详细见云序课堂之前往期回顾）。然而许多研究表明发生m6A甲基化的非编码RNA在
长链非编码RNA调控肿瘤生长
人类基因组能够产生10000多种长链非编码RNA(lncRNA)，但是至今为止，人们只知道几十种lncRNA分子的功能。 加州大学圣地亚哥分校的Liuqing Yang等人发表在Nature上的一项研究成果表明，两种lncRNAs可以与雄激素受体结合并控制其功能。雄激素受体是一种转录因
长链非编码－RNA（lncRNA）研究策略
长链非编码 RNA（long noncoding RNA，lncRNA）指的是转录本长度在 200-100000 nt 之间的 RNA 分子，它们不编码蛋白，位于细胞核或胞质内，具有保守的二级结构。研究显示，lncRNA 并非以前所认识的那样没有功能，它可与蛋白质、DNA 和 RNA 相互作
长链非编码－RNA－测序案例分析
背景：人类寿命的延长伴随着神经退行性疾病的发病几率的增加，因而价格不贵的血液诊断的发展迫在眉睫。通过 RNA-seq 分析血液细胞的转录本是发现新的生物标志物的非常高效的途径。 目的：利用 Illumina 测序平台对帕金森病人白血球中 lncRNAs 进行分析，探讨其对 mRNA 选择性剪接的
病毒DNA和RNA的简易纯化技术
生物通报道：EZ1病毒迷你试剂盒（EZ1 Virus Mini Kit）是一种能够用于生命科学研究中的病毒DNA和RNA提纯的新型试剂盒。这种试剂盒提供了一种全自动的同步纯化来自血清、血浆和无细胞体液中的病毒DNA和RNA的能力，并且能对下游分析提供高灵敏度的检测。BioRobot® EZ1工作区的
RNA和DNA病毒的共同点
RNA和DNA病毒都能引发肝炎，丙肝由RNA病毒引起，而乙肝由DNA病毒引起。丙肝病毒疫苗的研制“瓶颈”出现在RNA病毒的形态上面。DNA形态通常比较稳定，因此，DNA病毒的复制，都与“原版”DNA高度一致，因此可以研制出许多用于预防乙肝病毒疫苗。与此相反，RNA病毒在复制过程中会发生错误的“拼写检
负链RNA病毒复制的主要步骤
有些ssRNA病毒，它们的遗传物质为正链RNA，可以行使mRNA的功能。一旦病毒颗粒中的RNA进入寄主细胞，就直接作为mRNA，翻译出所编码的蛋白质，其中包括衣壳蛋白和病毒的RNA聚合酶。然后在病毒RdRp（RNA指导的RNA聚合酶，即RNA复制酶）的作用下复制病毒RNA。RdRp同时具有解旋酶的功
JCI：促发儿童骨肿瘤的非编码RNA
尤文氏肉瘤是骨或其周围软组织癌症，主要影响儿童和年轻成人。尤文氏肉瘤的特点是易位事件的发生，即RNA结合蛋白——EWS与转录因子如FLI1的融合。 以前的研究工作表明，该融合蛋白EWS-FLI1通过改变基因表达，促进癌症，但融合蛋白作用的靶基因是未知的。 发表在Journal of Clin
非编码RNA的调控作用研究计划项目指南
基因信息传递过程中非编码RNA的调控作用机制重大研究计划2016年度项目指南 非编码RNA是由基因组转录产生的一类不同于mRNA的遗传信息分子。对真核细胞中非编码RNA及其基因的发掘和功能研究，有可能揭示一个由非编码RNA介导的遗传信息传递方式和表达调控网络，从不同于蛋白质编码基因的角度注释和
【盘点】长链非编码RNA的研究进展
非编码RNA在生命调控过程中扮演着重要角色，近年来的研究成果常入选CNS年度十大科学突破。人类基因组转录区高达76％，但转录产物中只有不到2％是编码蛋白质的mRNA，其他均为非编码RNA，其中microRNA (miRNA)、长链非编码RNA(lncRNA)、环状RNA（circRNA）等调控
出人意料的新才能：非编码RNA
在《来自基因组暗物质的lncRNA、ciRNA和miRNA》一文中我们提到：人类基因组中也存在大量被称为基因组“暗物质（dark matter）”的非编码序列，包括基因间非编码序列、内含子非编码序列等。所谓基因组“暗物质”，其实就是基因组中的非编码RNA——不包含用于制造蛋白质的版图，构成了超过
总RNA－的非变性电泳(nativePAGE)检测
总RNA 的电泳检测，原来我使用 Lambda DNA/EcoR I （或者 Hind III）酶切 Marker，现在基本上不再用 Marker 了。指示剂一定是溴酚蓝加二甲苯氰，胶浓度 1-1.2%。加样后，开始电泳 (电压的选择的唯一依据是，我后面的时间安排。)。 溴酚蓝出孔 2-3c
Nature：像海绵一样的非编码RNA
一种称为RsmZ的小分子RNA具有特殊的功能：屏蔽细菌中抑制翻译的蛋白的作用，最新一项研究揭示了这种RNA如何能完成其功能的分子机制，指出RsmZ像海绵一样能吸收多种阻遏蛋白（repressor proteins）。 小 RNA（small RNAs 或 sRNAs）是一类长度为40-400个
Science子刊专题：癌症中的非编码RNA
非编码RNA（尤其是microRNA）是众多细胞过程的关键调控子，与发育和癌症进程密切相关。本期Science Signaling杂志通过专题“Noncoding RNAs in cancer”，介绍了这类分子的生理和病理学功能。 发现哺乳动物基因组中的非编码RNA，不仅揭示了一类新的生物学调
黄病毒属长链非编码亚基因组RNA的溶液结构研究中新进展
9月10日，生命学院方显杨课题组和军事科学院军事医学研究院微生物流行病研究所秦成峰课题组合作，在《欧洲分子生物学报道》（EMBO Reports）上发表了题为“黄病毒属长链非编码亚基因组RNA在溶液中具有伸展的三维结构并具有柔性”(Long non-coding subgenomic flavi
微生物所揭示长链非编码RNA在抗病毒天然免疫中的作用
流感病毒感染宿主后，病毒RNA被宿主的病原识别受体所识别，激活抗病毒天然免疫应答。一系列天然免疫相关的信号通路被激活，大量免疫相关基因开始转录调控。首先干扰素大量表达并分泌至细胞外，随后上百种干扰素刺激基因（ISG）转录表达，ISG蛋白通过多种机制抵御并清除病毒。近年来大量的实验证据表明长链非编
病毒RNA的复制的反应特点和缺陷
病毒RNA进入宿主细胞后，可进行复制，即在RNA指导的RNA聚合酶催化进行RNA合成反应。RNA复制酶催化的合成反应是以RNA为模板，由5′向3′方向进行RNA链的合成。RNA复制酶缺乏校对功能的内切酶活性，因此RNA复制的错误率较高，RNA复制酶只是特异地对病毒的RNA起作用，而宿主细胞的RNA一
非编码RNA调控的新的胃癌促癌基因
近日，重庆医科大学药学院肖斌教授团队与陆军军医大学（原第三军医大学）国家免疫生物制品工程技术研究中心邹全明教授团队在肿瘤学领域权威杂志《Oncogene》（JCR 1区）在线发表了题为“The miR-29c-KIAA1199 axis regulates gastric cancer mig
为什么RNA病毒疫苗较难开发
RNA的复制过程中，其错误修复机制的酶的活性很低很低，几乎是没有的，所以其编译很快；而疫苗是要根据病毒的固定基因或蛋白进行开发制作的。所以RNA病毒疫苗较难开发！
病毒RNA提取实验方法（protocol）
1，用异硫氰酸胍提取提禽流感病毒的详细步骤，可参考（我提过N次做定量PCR都没问题）：1.取200ul样品数+阴性对照+阳性对照个1.5ml灭菌eppendorf管2.加600ul异硫氰酸胍，然后加入对照和样品，再加200ul氯仿，颠倒混匀3.13000rpm离心15min4.在第3步离心快结束时，