icSHAPEMaP可探测完整的RNA结构
RNA的结构决定了它的生物功能,然而目前的RNA结构探测方法只能捕获部分结构信息。测量完整(即全长)的RNA结构的能力将促进对小RNA的功能和调节机制的调查,并确定功能位点的短片段。 2021年6月7日,来自清华大学张强锋和斯坦福大学Mark A. Kay等研究团队在Nature Communications上在线发表了题为“RNAstructure probing reveals the structural basis of Dicer binding and cleavage”的研究论文,提出了icSHAPE-MaP,一种结合体内选择性2′-羟基酰化和突变分析的方法来探测完整的RNA结构。 硫酸二甲酯(DMS)、1-甲基-7-硝基异氰酸酐(1M7)、2-甲基烟酸咪唑化物(NAI-N3)和Kethoxal是广泛用于体内RNA结构探测的试剂。DMS在体内修改单链区域内腺嘌呤和胞嘧啶碱基的N1和N3位置,而NAI-......阅读全文
RNA干扰相关知识Dicer(DCR)
Dicer(DCR):是RNAase Ⅲ家族中的一员,主要切割dsRNA或者茎环结构的RNA前体成为小RNAs分子。对应地,我们将这种小RNAs分子命名为siRNAs和miRNA。Dicer有着较多的结构域,最先在果蝇中发现,并且在不同的生物体上表现出很高的保守性。
icSHAPEMaP可探测完整的RNA结构
RNA的结构决定了它的生物功能,然而目前的RNA结构探测方法只能捕获部分结构信息。测量完整(即全长)的RNA结构的能力将促进对小RNA的功能和调节机制的调查,并确定功能位点的短片段。 2021年6月7日,来自清华大学张强锋和斯坦福大学Mark A. Kay等研究团队在Nature Commu
清华大学王宏伟研究组Cell发表首发性成果
RNA干扰(RNAi, RNA interference)是敲低一个基因表达的最为常用的一种手段。内源性引起RNA干扰的小RNA主要是微小RNA (miRNA)。 到目前为止,人体内已经发现多达1800种微小RNA,越来越多的文献报道认为很多肿瘤的发生发展、转移等行为与微小RNA的异常表达密切相
Dicer-Pathway
The degradation of endogenous mRNA in a sequence-specific manner can be induced by dsRNA [RNA interfernce (RNAi)], antisense transcription, or viral i
清华大学《Cell》文章:解决多个技术难题,终发首发性成果
清华大学生命学院再次发表了一最新结构生物学成果:首次报道了人源核酸内切酶Dicer蛋白的全长高分辨率结构,同时还报道了人源核酸内切酶Dicer蛋白结合一种小RNA前体pre-let-7底物的两种不同结构状态。 这一研究成果公布在Cell杂志上,文章通讯作者为清华大学生命学院、清华-北大生命科学
Cell同期发表中国学者两项重要结构生物学成果
中国科学院生物物理研究所和清华大学的两支研究组分别在Cell上发表重要成果,报道了高致病性嗜肺军团菌(Legionella pneumophila)的新型泛素化酶SidE与ubiquitin和配体的多个复合物的高分辨率晶体结构,以及人源核酸内切酶Dicer蛋白的全长高分辨率结构。 第一篇文章中
果蝇Dicer2结合双链RNA加工生成siRNA的分子机制
RNA干扰(RNAi)是许多真核生物中一种保守的RNA沉默机制, 小干扰RNA是RNA干扰的关键组成部分。在小RNA的加工过程中,Dicer家族蛋白起到了重要的作用,它们发挥作用的过程中常需要双链结合蛋白(dsRBP)作为辅因子来帮助它们发挥功能。在果蝇中,siRNA的产生是由ATP依赖型的Dice
什么是Dicer(DCR)?
Dicer(DCR):是RNAase Ⅲ家族中的一员,主要切割dsRNA或者茎环结构的RNA前体成为小RNAs分子。对应地,我们将这种小RNAs分子命名为siRNAs和miRNA。Dicer有着较多的结构域,最先在果蝇中发现,并且在不同的生物体上表现出很高的保守性
揭示哺乳动物干细胞利用抗病毒Dicer抵御多种RNA病毒入侵
在一项新的研究中,来自英国弗朗西斯-克里克研究所的研究人员发现了一种以前认为随着哺乳动物的进化而消失的重要机制有助于保护哺乳动物的干细胞免受SARS-CoV-2和寨卡病毒等RNA病毒的侵害。他们认为,这一发现有朝一日可能在开发新的抗病毒治疗方法中得到利用。相关研究结果发表在2021年7月9日的S
关于Dicer酶的简介
在研究RNA干扰机制的过程中,Bernstein等从已经发生RNA干扰的果蝇S2细胞中纯化了一种核酸酶Dicer,从中分离出21~23个碱基对的dsRNA片段。说明该核酸酶具有序列特异性,它能降解与dsRNA具有同源序列的mRNA。研究表明Dicer是来自果蝇RNA干扰必须的RNaseIII型蛋
简述Dicer酶的作用机制
Dicer的作用机制Bernstein认为分二步: 第一步:Dicer结合到dsRNA,dsRNA被加工成许多短片段,每个片段约22nt。 第二步:22nt的siRNA通过PAZ与含有PAZ的Argonaute蛋白结合,而RNase与后者形成多个亚单元的复合物,这样使得22ntsiRNA特异
关于Dicer酶的基本介绍
该酶是一种核糖核酸内切酶,属于RNase III家族中特异识别双链RNA的一员,它能以一种ATP依赖的方式逐步切割由外源导入或者由转基因,病毒感染等各种方式引入的双链RNA,切割将RNA降解为21-23bp的双链RNAs(dsRNAs),每个片段的3’端都有2个碱基突出。
Dicer酶结构及作用原理
1、Dicer酶在RNA干扰研究中会用到Dicer酶,Dicer酶是RNaseIII型家族中的蛋白酶,可特异识别dsRNA,它可以切割以各种方式进入到细胞内的dsRNA,将其切割成19-21bp大小的短RNAs。Dicer是来自果蝇RNA干扰必须的RNaseIII型蛋白。Dicer酶是RNase I
Dicer(DCR)蛋白的概念和应用特点
Dicer(DCR):是RNAase Ⅲ家族中的一员,主要切割dsRNA或者茎环结构的RNA前体成为小RNAs分子。对应地,我们将这种小RNAs分子命名为siRNAs和miRNA。Dicer有着较多的结构域,最先在果蝇中发现,并且在不同的生物体上表现出很高的保守性。
DICER1基因的定义和作用
该基因编码一种蛋白质,其氨基端含有一个dexh盒,羧基端含有一个RNA基序。编码蛋白作为一种核糖核酸酶发挥作用,由RNA干扰和小时态RNA(strna)途径产生抑制基因表达的活性小RNA成分。选择性剪接导致多个转录变体。
寨卡病毒基因组RNA结构与感染性的关系
2018年11月21日,清华大学生命科学学院张强锋课题组、药学院谭旭课题组在《细胞宿主与微生物》(Cell Host & Mircobe)期刊在线发表题为《寨卡病毒基因组RNA结构的综合分析揭示了病毒感染性的关键决定因素》(Integrative Analysis of
我国科学家解析小RNA的生物合成机制
小RNA是真核生物中重要的基因调控分子,在生长发育、基因沉默、抵御病毒等动植物的各类生理过程中起着至关重要的作用。小RNA的生物合成中,Dicer家族核酸内切酶选择性识别小RNA前体,切割RNA至特定长度,并选择性地将一条链递呈给下游AGO蛋白从而介导下游基因沉默。Dicer如何起到“分子尺”和
我国科学家解析小RNA的生物合成机制
小RNA是真核生物中重要的基因调控分子,在生长发育、基因沉默、抵御病毒等动植物的各类生理过程中起着至关重要的作用。小RNA的生物合成中,Dicer家族核酸内切酶选择性识别小RNA前体,切割RNA至特定长度,并选择性地将一条链递呈给下游AGO蛋白从而介导下游基因沉默。Dicer如何起到“分子尺”和
DICER1基因编码功能及结构描述
该基因编码一种蛋白质,其氨基端含有一个dexh盒,羧基端含有一个RNA基序。编码蛋白作为一种核糖核酸酶发挥作用,由RNA干扰和小时态RNA(strna)途径产生抑制基因表达的活性小RNA成分。选择性剪接导致多个转录变体。This gene encodes a protein possessing a
RNAi相关的名词解释[英文]
Argonaute - A family of proteins containing multiple domains and involved in RNA interference (RNAi). Argonatue is the main component of RNAi effector
揭示寨卡病毒RNA结构及固有免疫MAVS信号通路调控分子
本周,Cell Host & Microbe 杂志在线发表了两篇来自国内学者的研究论文。 第一篇是由清华大学张强锋课题组与谭旭课题组联合发表的题为Integrative Analysis of Zika Virus Genome RNA Structure Reveals Critical D
与DNA白修饰相关因子介绍DICER1
该基因编码一种蛋白质,其氨基端含有一个dexh盒,羧基端含有一个RNA基序。编码蛋白作为一种核糖核酸酶发挥作用,由RNA干扰和小时态RNA(strna)途径产生抑制基因表达的活性小RNA成分。选择性剪接导致多个转录变体。This gene encodes a protein possessing a
DICER1基因突变与药物因子介绍
该基因编码一种蛋白质,其氨基端含有一个dexh盒,羧基端含有一个RNA基序。编码蛋白作为一种核糖核酸酶发挥作用,由RNA干扰和小时态RNA(strna)途径产生抑制基因表达的活性小RNA成分。选择性剪接导致多个转录变体。This gene encodes a protein possessing a
RNAi常见问题及问答(FAQs)
有关Stealth™ RNAi的问题什么是Stealth™ RNAi?Stealth™ RNAi是RNAi化学的新一代产品。Stealth™ RNAi分子是经过ZL化学修饰的、钝末端、双链25聚体(25mer)。这些化学修饰专门用来消除诱导的细胞应激反应。它也使Stealth™ RNAi比标准的si
RNAi术语表
RNAi GlossaryDicer - Dicer is a member of the RNase III family of nucleases that specifically cleave double-stranded RNAs. Dicer processes long dsRNA
朱健康院士Cell-Research发布表观遗传新发现
来自中国科学院上海植物逆境生物学研究中心、美国普渡大学的研究人员,在拟南芥中揭示出了Dicer非依赖性的RNA介导的DNA甲基化机制(RdDM)。这一重要的研究发现发布在12月8日的《细胞研究》(Cell Research)杂志上。 中国科学院上海植物逆境生物学研究中心主任朱健康(Jian-K
中山大学等开发RNA编辑新工具
CRISPR-Cas9系统使用一段引导RNA(其与Cas9蛋白结合起来才能发挥作用)来靶定一段DNA,并裂解双链DNA。这一现象提出了一个问题:由一个Dicer结合RNA元件和一段反义RNA组成的一种人造小RNA(asRNA,是否也能用来诱导Dicer处理和降解一段特定的RNA呢? 为此,5月
miRNA和siRNA的基本介绍及区别
1998年,Andrew Fire和Craig Mello提出了一项新技术:通过dsRNA诱导特异基因的沉默,即所谓RNAi。2000年,Amy Pasquinelli等将lin-4和let-7作小时序RNAs(stRNAs,mall temporal RNAs)。RNA干涉(RNAi)在实验室中是
miRNA和siRNA简介及区别
1998年,Andrew Fire和Craig Mello提出了一项新技术:通过dsRNA诱导特异基因的沉默,即所谓RNAi。2000年,Amy Pasquinelli等将lin-4和let-7作小时序RNAs(stRNAs,mall temporal RNAs)。RNA干涉(RNAi)在实验室
AGO2基因编码功能及结构描述
该基因编码Argonaute家族的一个成员,在RNA干扰中起作用。编码的蛋白质是高度碱性的,包含一个PAZ结构域和一个PIWI结构域它可能与dicer1相互作用,在短干扰RNA介导的基因沉默中发挥作用已发现该基因编码不同亚型的多个转录变体。[由RefSeq提供,2009年9月]This gene e