GenOrigin——一种多物种蛋白质编码基因起源与演化的数据库
2021年6月14日，JGG在线发表了华中农业大学陈振夏教授课题组题为“GenOrigin: A Comprehensive Protein-coding Gene Origination Database on the Evolutionary Timescale of Life”的研究论文。该研究开发的GenOrigin数据库可系统追溯565个物种，9,102,113个基因起源，并根据包含时间刻度的物种树推断基因年龄。 DOI:10.1016/j.jgg.2021.03.018 基因起源的时间（即基因年龄）与其功能密切相关。例如，抑癌基因TP53等癌症相关基因的起源时间与生物多细胞性出现的时间相对应。目前注释同源基因的数据库大多没有提供推断基因年龄的功能，即使有此功能，也仅针对少数核心物种。此外，由于不同研究之间所用注释和方法存在差异，各数据集的基因年龄推断之间也难以比较。 GenOrigin数据库建立流程......阅读全文
蛋白质的蛋白质的提取技术
选择材料及预处理 以蛋白质和结构与功能为基础，从分子水平上认识生命现象，已经成为现代生物学发展的主要方向，研究蛋白质，首先要得到高度纯化并具有生物活性的目的物质。蛋白质的制备工作涉及物理、化学和生物等各方面知识，但基本原理不外乎两方面。一是得用混合物中几个组分分配率的差别，把它们分配到可用机械方
蛋白质根据蛋白质结构进行分类
纤维蛋白（fibrous protein）：一类主要的不溶于水的蛋白质，通常都含有呈现相同二级结构的多肽链许多纤维蛋白结合紧密，并为单个细胞或整个生物体提供机械强度，起着保护或结构上的作用。球蛋白(globular protein)：紧凑的，近似球形的，含有折叠紧密的多肽链的一类蛋白质，许多都溶于水
用蛋白质底物进行蛋白质激酶分析实验—蛋白质激酶C
试剂、试剂盒PKC 分析缓冲液组蛋白 HI 储存液磷脂酰丝氨酸甘油二油酸脂实验步骤1. 在冰浴的离心管内配制如下 20 μl 反应混合物：5X PKC 分析缓冲液 4 μl10 mg/ml 组蛋白 HI 储存液
用蛋白质底物进行蛋白质激酶分析—凝胶蛋白质激酶分析
试剂、试剂盒Tris-HClDTT盐酸胍尿素激酶分析缓冲液仪器、耗材SDS-PAGE实验步骤1. 准备下列材料：SDS-PAGE 要用到的所有试剂50 mmol/L Tris-HCl，室温（pH 8.0)，1 mmol/L DTT6 mol/L 盐酸胍，50 mmol/L Tris-HCl，室温（p
化学所在时空特异性蛋白质递送及基因编辑研究方面获进展
蛋白质是生命体内最重要的生物大分子之一，在生命活动过程中执行着多种关键功能。利用外源性获取的蛋白质，可以在细胞及体内实现生物大分子的化学标记与功能调控，进而应用于生命机制的解析研究及疾病的靶向治疗。然而，由于蛋白质本质上具有亲水性，难以自主穿透疏水性细胞膜到达胞内靶点并实现特定器官组织的靶向。因
中国人肾透明细胞癌蛋白质基因图谱绘制成功
中国是肾癌大国，其中40%的肾癌患者在初诊或随访过程中出现转移，从而导致治疗效果不佳。其中，遗传异质性高、缺乏精准有效治疗靶点是肾癌治疗效果差的主要原因。复旦大学附属肿瘤医院教授叶定伟团队携手复旦表型研究院教授丁琛团队和上海交通大学医学院附属新华医院教授赵健元团队，成功绘制出中国人肾透明细胞癌蛋白质
现有技术水平蛋白质水平上研究基因功能的技术有哪些
随着分子生物学技术的开展，对生物基因组中包含的全部基因及其所翻译的蛋白质的功用加以解读和描绘，特别是大量未知基因的功用及其相应蛋白质产物的功用停止研讨成了基因工程研讨的热点方向。而在蛋白质程度上定量、动态、整体性研讨生物体的蛋白质组学，将在后基因组时期大大促进我们对基因功用的了解。酵母双杂交实验
基因组学与蛋白质组学两大巨头建立合作
AB Sciex和Illumina公司近日联手推出OneOmics™ 计划，其目的是在云计算环境中结合新一代蛋白质组学（NGP）和新一代测序（NGS）的工具。作为此计划的一部分，Illumina的应用商店BaseSpace将托管AB Sciex的SWATH™ 蛋白质组学云工具，这使得BaseSp
对人结肠癌组织开展了基因组和蛋白质组分析
贝勒医学院的研究人员近日对人结肠癌组织开展了基因组和蛋白质组分析，并将结果发表在《Cell》杂志上。这种全面的研究策略有助于深入了解结肠癌，并有望推动早期诊断和新型疗法的开发。Bing Zhang博士 在贝勒医学院分子和人类遗传学教授Bing Zhang的领导下，研究团队生成了基因组和蛋白质组
《基因组蛋白质组与生物信息学报》影响因子显著提高
在日前举行的第四届中国英文版科技期刊研讨会上，中国科学技术信息研究所发布了《2007年版中国英文版科技期刊引证报告》。根据这一报告提供的数据，中科院北京基因组研究所主办的《基因组蛋白质组与生物信息学报》（Genomics, Proteomics & Bioinformatics，简称GPB）的
申请蛋白质工程及植物基因工程国家实验室开放课题
据蛋白质工程及植物基因工程国家重点实验室网站消息，该实验室2011年开放课题现已开始申请，截止日期为2011年1月15日。 详情请见：2011年开放课题申请
《Nature－Biotechnology》新发现一批人类特异性蛋白质编码基因
2001年，人类基因组计划(Human Genome Project)的研究人员绘制了人类的基因蓝图，他们惊讶地发现，只有大约2万个基因能产生蛋白质。难道人类的基因只有普通小苍蝇的两倍吗?科学家们预期，远不止这些。现在，来自世界各地20个机构的研究人员汇集了超过7200个未被识别的基因片段，这些片段
中科院：蛋白质能以“表面活性剂”方式调控基因转录
4月24日，中国科学院生物物理研究所张宏课题组在Developmental Cell杂志在线发表论文，揭示了转录因子凝聚体界面参与调控下游基因转录起始的过程，并发现细胞内多种蛋白因子能够以协同表面活性剂的方式调控转录因子凝聚体的界面性质及转录活性。 近年来，人们发现在细胞内存在一类无膜细胞器，
怎样用抗原抗体的方法检验目的基因是否翻译出蛋白质
检测目的基因是否进入到受体细胞的方法，一般包括分子水平检测和个体水平检测。其中分子检测有3个层次：1目的基因是否整合到受体细胞染色体dna上，2目的基因是否转录出mrna，3目的基因是否翻译出蛋白质。1和2都可以用dna分子杂交技术检测，3可以用抗体-抗原的方法检测。个体水平的检测包括抗虫、抗病的接
完全蛋白质、不完全蛋白质及半完全蛋白质的概念
完全蛋白质所含必需氨基酸种类齐全，数量充足，相互之问比例也适当，不但能够维持成人的健康，也能够促进人体的生长发育，如乳中的酪蛋白、蛋类中的卵白蛋白、大豆球蛋白、小麦中的麦符蛋白等。 半完全蛋白质所含各种必需氨基酸种类齐全，但各种氨基酸含量多少不匀，互相之间比例不合适。在膳食中作为唯一的蛋白质来源时，
蛋白质谱测定蛋白质的基础原理
蛋白质是一条或者多条肽链以特殊方式组合而成的生物大分子，大多数蛋白质会自然折叠为一个特定的三维结构。蛋白质的结构层次可以分为一级结构、二级结构、三级结构和四级结构：一级结构：组成蛋白质多肽链的线性氨基酸序列。二级结构：依靠不同氨基酸之间的C=O和N-H基团间的氢键形成的稳定结构，主要为α螺旋和β折叠
蛋白质分离和分析——凝胶蛋白质染色
实验步骤 基 本 方 案 1 考马斯亮蓝染色检测范围为〇.3〜lMg 每蛋白质条带。材 料（带 V 项 目 见 附 录 1)聚丙烯酰胺凝胶（单 元 12. 3)考马斯亮蓝、银染用固定液考马斯亮蓝染液甲醇/乙酸脱色液7 % (V /V ) 水乙酸Whatman 3M M 滤 纸（可选）干 胶 仪（可选
蛋白质谱测定蛋白质的基础原理
蛋白质是一条或者多条肽链以特殊方式组合而成的生物大分子，大多数蛋白质会自然折叠为一个特定的三维结构。蛋白质的结构层次可以分为一级结构、二级结构、三级结构和四级结构： 一级结构：组成蛋白质多肽链的线性氨基酸序列。 二级结构：依靠不同氨基酸之间的C=O和N-H基团间的氢键形成的稳定结构，主要为α
蛋白质分离实验_分离未知－pI－蛋白质
用 CE 进行 IEF分离是选择随后用于在非衍生毛细管柱上分离蛋白的缓冲液系统的有效的第一步。如果没有检测到蛋白质，可能是被吸收到柱的硅表面。在离子去垢剂如 SDS 存在的情况下重复分离过程，这样就会用负电荷包被蛋白质从而阻止吸收。但是，这意味着蛋白质只能依据大小的不同而进行分离。知道蛋白质的 pI
蛋白质组和蛋白质组学分析
随着人类基因 组计划研究成果的公布，人们对基因的认识逐渐清晰，但基因数量的有限性和基因结构的相对稳定性，与生命现象的复杂性和多样性之间存在巨大反差。如何了解众多的基因与危害人类身心健康的疾病之间的关系，对生命科学研究者来说仍是一项长期而艰巨的任务。因此，作为生命活动的直接承担者――蛋白质，成为后基
－牛津大学校刊：人类蛋白质编码基因数量降至1.9万
7月10日消息，据Science Daily报道，人体蛋白质的编码基因数量最早估计有10万个左右，人类基因组计划将其数量减少到了2万个左右。而最新研究再次将这一数量减少到了1.9万。 研究负责人、西班牙国立癌症研究中心的Alfonso Valencia说，几年前无人会想到，如此少的基因会创造出
修正基因组法有效提高非模式生物蛋白质组鉴定的新策略
随着高通量测序技术的不断崛起，全基因组测序也逐步普及。越来越多的物种基因组予以公布。目前，主要有两种获得研究物种参考基因组的策略：de novo 基因组拼接和基于mapping算法的基因组序列修正，mapping是指将所有测序读段通过序列比对定位到参考基因组上。De novo 基因组拼接是利用短
广州健康院发现线粒体基因编码第14个蛋白质的“线粒体约定”新模式
5月3日，中国科学院广州生物医药与健康研究院刘兴国课题组在《细胞-代谢》（Cell Metabolism）上发表了题为A novel protein CYTB-187AA encoded by the mitochondrial gene CYTB modulates mammalian early
科学家DNA与RNA－量身打造专属蛋白质外壳可提升“基因治疗”
【Technews科技新报】生病吃药很少吃一次就有效，通常都要“照三餐吃”好几天以上。部分原因在于药物进入体内后并不稳定，很快就被人体代谢排出体外。化学药物如此，用于基因治疗的 DNA 或 RNA 进入体内后，更容易被体内酵素分解，因此如何增加 DNA 或 RNA 进到人体后的稳定性，是发展中的
韩国发现转基因大豆来源新种蛋白质具有人体致敏性
10月20日，据韩媒报道，韩国首尔大学医院、三星首尔医院、庆熙大学7名韩国研究人员利用2年的时间通过589人的血清试验发现，利用转基因技术产生的新种蛋白质有可能引发人体特异性过敏反应。 该研究组调查了过敏患者血中采集的血清与转基因黄豆和玉米来源11种新种蛋白质之间的反应，其结果显示11种转基
基因组学做不了的事－蛋白质组学更精准打击癌症
近日，国际人类蛋白质组组织公布了2020年度权威奖励获奖名单，中国科学院院士、军事科学院军事医学研究院研究员贺福初荣获蛋白质组学杰出成就奖。 贺福初院士率先提出人类蛋白质组计划的科学目标与技术路线，倡导并领衔了人类第一个关于组织、器官的蛋白质组计划，揭示了人体首个器官（肝脏）蛋白质组。2014年
组学期刊三巨头：《基因组、蛋白质组与生物信息学报》
近年来GPB的中国风封面 冯丽妃摄 从编委到现任执行副主编，美国费城儿童医院和宾夕法尼亚大学教授邢毅与《基因组蛋白质组与生物信息学报》（Genomics, Proteomics & Bioinformatics，以下简称GPB）期刊结缘已近10年。前些年，该刊编辑部不时找他约稿子，以解“缺米之炊”
人类结肠癌蛋白质基因组学分析揭示出新的治疗策略
在一项新的研究中，来自美国国家癌症研究所、贝勒医学院、太平洋西北国家实验室、华盛顿大学、范德堡大学和得克萨斯大学卫生科学中心等研究机构的研究人员通过对来自患者的结肠癌组织产生的全部基因和蛋白的分析，对这种肿瘤有了更全面的认识，并指出新的癌症生物学机制和可能的新治疗策略。这项研究强烈支持对肿瘤组织
蛋白质测序
进行蛋白质测序的方法包括： 埃德曼降解 肽质量指纹图谱 质谱分析 蛋白酶水解法 如果编码蛋白质的基因是已知的，那么目前测序和推断蛋白质序列要容易得多。通过上述方法之一确定蛋白质氨基酸序列的一部分(通常是一端)可能足以鉴定携带该基因的克隆。
蛋白质标记
Biosynthetic labeling (Sefton Lab)Biotinylation of Antibody (Contributed by Nanci Donacki)125I Labeling of Protein using ICl (ScienceXchange)Protein (