GenOrigin——一种多物种蛋白质编码基因起源与演化的数据库
2021年6月14日，JGG在线发表了华中农业大学陈振夏教授课题组题为“GenOrigin: A Comprehensive Protein-coding Gene Origination Database on the Evolutionary Timescale of Life”的研究论文。该研究开发的GenOrigin数据库可系统追溯565个物种，9,102,113个基因起源，并根据包含时间刻度的物种树推断基因年龄。 DOI:10.1016/j.jgg.2021.03.018 基因起源的时间（即基因年龄）与其功能密切相关。例如，抑癌基因TP53等癌症相关基因的起源时间与生物多细胞性出现的时间相对应。目前注释同源基因的数据库大多没有提供推断基因年龄的功能，即使有此功能，也仅针对少数核心物种。此外，由于不同研究之间所用注释和方法存在差异，各数据集的基因年龄推断之间也难以比较。 GenOrigin数据库建立流程......阅读全文
蛋白质、基因组与人类疾病有了关联图
据《科学》杂志近日发表的一项最新研究，研究人员将人体血液中的数千种蛋白质数据与遗传数据相结合，绘出了蛋白质、基因组与人类疾病的网络关系图，显示了影响这些蛋白质的遗传差异如何将多种多样的相关疾病联系在一起。 通过创建基因组蛋白质组图，科学家们发现了不同人类疾病之间的数百种新联系。 蛋白质故障会
同基因合子蛋白质C缺乏症的症状简介
同基因合子蛋白质C缺乏症，或复合异基因合子蛋白质C缺乏症（compound heterozygous protein C deficiency）通常在出生后至数日内发病，表现猛爆性紫斑症或急性静脉栓塞，有些蛋白质C低于20%的患者，会于儿童期或成年期初期发病。每位患者的症状并不一定相同，可能出现
贺福初小组发现干扰抑癌基因的新型蛋白质
由军事医学科学院副院长、中国科学院院士贺福初领导的军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室，在肿瘤研究领域又有重要发现。他们发现了一种重要的新型蛋白质，可以选择性地干扰抑癌基因，可能成为肿瘤防治的新型靶向分子，为人类肿瘤疾病的预防和治疗研究提供新的途径。今年4月中旬国际刊物《自然
基因和蛋白质研究为蜘蛛生物学开启新时代
在展示大自然魔鬼般的创造力方面，很难有什么能打败蜘蛛。以隐居的鬼面蜘蛛为例，它们长着很大的尖牙以及凸起且超大的中眼。在整个热带地区，这些八条腿的怪兽挂在树枝上，并在前腿中间撑起一张可伸展的丝网，以便它们能以闪电般的速度将网罩在猎物上。相比之下，艳丽的孔雀蜘蛛到处炫耀彩虹色的腹部以吸引异性，而它
蛋白质失衡引发癌症，基因突变论再遭颠覆！
一直以来基因畸形被认为是引发癌症的主要原因，但一项新研究发现，细胞内蛋白质失衡可引发癌症。科学家称这是个重大的突破，揭示了癌症的非遗传机制。 该研究结果发表在《Oncogene》上，阐述了蛋白质失调是一个强大的癌症预测工具，可判断患者是否对化疗有回应或者肿瘤是否扩散到其他部位。该研究结果打开了
科学家首次发现线粒体基因编码第14个蛋白质
5月3日，《细胞—代谢》（Cell Metabolism）刊发了中国科学院广州生物医药与健康研究院研究员刘兴国团队与合作者最新研究成果。他们改写了教科书中“线粒体基因组编码13个蛋白”的论断，首次发现线粒体基因编码第14个蛋白质的“线粒体约定”新模式。“我们在研究中发现并证明了线粒体基因细胞色素b（
科学家首次发现线粒体基因编码第14个蛋白质
中国科学院广州生物医药与健康研究院研究员刘兴国团队与合作者，首次发现线粒体可使用细胞质标准密码翻译第14个功能蛋白，打破了传统观点认为的线粒体基因只翻译13个蛋白的定律。相关研究近日发表于《细胞-代谢》。 “我们在研究中发现并证实，除13个线粒体基因编码的蛋白质外，线粒体基因细胞色素b（CYT
蛋白质组学不能被基因组和转录组取代
基因和蛋白并不存在严格的线性关系ORF并不预示一定存在相应的功能性基因mRNA水平并非与蛋白质的表达水平对应翻译后修饰及同工蛋白质（isforms)等现象在基因水平无从表现
蛋白质组学之逆袭：深度注释基因组（一）
申请课题缺创新点？撰写论文没思路？急着毕业时间紧？别怕，对于吉凯，一切都是套路！更有甚者，对于宇宙终极难题：“屌丝如何逆袭白富美？”老司机黄博也有一套经典案例分享给大家。从前，在生物学研究领域，有一个白富美叫基因组学（Genomics），她有一项强大的技能：DNA测序，凭借这项技能，她完成了对多种物
蛋白质组学之逆袭：深度注释基因组（二）
针对一些乳腺癌亚型和携带常见突变如PIK3CA和TP53突变的肿瘤，分析结果揭示出了一些新的蛋白质标记物和信号通路。另外将一些基因中的拷贝数改变与蛋白质水平联系一起，从而鉴别出了10个新的候选调控因子。其中两个候选基因SKP1和 CETN3可能与癌基因EGFR有关联。EGFR是一种特别具有侵
蛋白质组学之逆袭：深度注释基因组（三）
人类尚未充分认识复杂的癌症基因组是如何转化为导致复发和死亡的驱动生物学的，将蛋白质组学与基因组学结合在一起能够让我们获得对癌症的新认识，同时提供一种有价值的资源以便科学界能够用来提出关于这些疾病的新假设，以及治疗它的手段。蛋白质基因组学终有一天会被证明是一种强大的临床工具，使得人类能够横跨癌症基因组
同基因合子蛋白质C缺乏症的治疗方法介绍
1、药物治疗 药物方面，根据患者疾病情况，给予抗凝血剂用药。严重的患者，或复合异基因合子蛋白质C缺乏症（compound heterozygous protein C deficiency）患者一定要服用抗凝血剂，以避免血栓发生。虽然欧美尝试以蛋白质C输注作为治疗，但目前主要治疗为服用抗凝血剂
TDP43基因突变导致蛋白质聚集并产生神经毒性
生物物理所等发现TDP-43基因突变导致蛋白质聚集并产生神经毒性 6月12日，Nature Structural & Molecular Biology在线发表了中国科学院生物物理研究所国家“千人计划”人才吴瑛课题组及其合作团队关于TDP-43基因突变导致其蛋白质聚集并产生神经毒性的研究论文(
日科学家发现可抑制基因组损伤的蛋白质
日本科学家发表于最新一期《自然》杂志网络版的论文说，他们经动物实验发现，人类以及许多动物体内都有的Zuc蛋白质在抑制转位子造成的基因组损伤过程中发挥着重要作用，这项研究成果将有助于解开不孕症发病的机制。 日本科学技术振兴机构和东京大学15日联合发表新闻公报介绍了上述成果。公报说，动物基因组
我国科学家首次发现线粒体基因编码第14个蛋白质
热热闹闹的线粒体大厂中，线粒体基因细胞色素b(CYTB)兄弟的一项全新能力，已被我国科学家解锁出来。5月3日，国际期刊《细胞－代谢》刊发了中国科学院广州生物医药与健康研究院刘兴国课题组的该项研究成果。他们首次发现并证实了线粒体基因细胞色素b可编码一个新的线粒体基因编码胞质翻译的蛋白CYTB-187A
相同基因编码的不同蛋白质亚型或许发挥着多样的功能
对于兄弟姐妹而言他们看似相似但实际上却并不相同，比如有些会成为花匠，有些会成为笛手，又有些会成为物理学家；当然相同的多样性也同样适用于人类单一细胞产生的蛋白质中，近日一项刊登于杂志Cell上的一项研究论文中，来自加利福尼亚大学等处的科学家进行了一项大规模性的研究，结果发现，由相同基因编码产生的“兄弟
同基因合子蛋白质C缺乏症的发生率介绍
男女发生率相等，根据国际的统计，无症状的蛋白质C缺乏症发生率约为1/200~500；有症状者之发生率约为1/16,000~32,000；严重的蛋白质C缺乏症之发生率约为1/500,000~750,000。 此症在各人种皆可能出现；而活化的蛋白质C抗性（activated protein C
关于同基因合子蛋白质C缺乏症的诊断方式介绍
经由生化检验检测蛋白质C活性。区别第一型与第二型蛋白质C缺乏症，只能藉由功能性蛋白质C（functional protein C）活性与免疫性蛋白质C（immunologic protein C）浓度来分辨。 第一型蛋白质C缺乏症，蛋白质C数量不足，但活性正常，可能与蛋白质浓度减少有关。第二型
蛋白质结构在结构基因组学中的应用介绍
已经测定了酿酒酵母（Saccharomyces cereuisiae）、线虫（Caenorhabditis elegans）、果蝇（Drosophilamelanogaster）、拟南芥（Arabidopsis thaliana）等模式生物的基因组序列.。特别值得一提的是，随着人类基因310福建
时空特异性蛋白质递送及基因编辑研究方面获进展
蛋白质是生命体内最重要的生物大分子之一，在生命活动过程中执行着多种关键功能。利用外源性获取的蛋白质，可以在细胞及体内实现生物大分子的化学标记与功能调控，进而应用于生命机制的解析研究及疾病的靶向治疗。然而，由于蛋白质本质上具有亲水性，难以自主穿透疏水性细胞膜到达胞内靶点并实现特定器官组织的靶向。因
“基因转录中止与蛋白质翻译新调控机制”等2个项目立项
教育部、中科院： 为贯彻落实《国家中长期科学和技术发展规划纲要(2006-2020年)》的部署，经研究，决定批准国家重大科学研究计划“基因转录中止与蛋白质翻译新调控机制”等2个项目立项。 根据国家科技计划管理的统一安排，这批项目将于2013年7月启动实施。请有关单位按照国家重点基础研
基因组所开发出编码蛋白质DNA序列并行比对工具ParaAT
中国科学院北京基因组研究所基因组科学与信息重点实验室“百人计划”章张研究员，带领其团队成功开发出“编码蛋白质DNA序列并行比对工具—ParaAT（Parallel Alignment and back-Translation）”。该研究成果发表在Biochemical and Biop
外国学者发现巨型病毒拥有最大的构建蛋白质的基因集
近日，《自然—通讯》发表的一项研究报告发现了巨型病毒Tupanvirus的两个毒株。该病毒包含所有已知病毒中蛋白质组装所需的最全的基因集，通过它们可以了解病毒的演化。 巨型病毒的发现引发了有关病毒演化的激烈争论，主要理论有两种。一种认为复杂的巨型病毒由简单的祖先通过获取被感染宿主的基因演化而来
Nature发布大规模癌症蛋白质基因组学研究重要成果
基于来自癌症基因组图谱(TCGA)计划的数据，一个多机构科学家小组完成了首个大规模的乳腺癌“蛋白质基因组学”（ proteogenomic）研究，将一些DNA突变与蛋白质信号联系到一起，并帮助确定了一些驱动癌症的基因。 这项研究旨在通过蛋白质和它们的修饰来更好地认识癌症。发表在5月25日《自然
逐次修正基因组法：有效提高非模式生物蛋白质组鉴定...
逐次修正基因组法：有效提高非模式生物蛋白质组鉴定的新策略随着高通量测序技术的不断崛起，全基因组测序也逐步普及。越来越多的物种基因组予以公布。目前，主要有两种获得研究物种参考基因组的策略：de novo 基因组拼接和基于mapping算法的基因组序列修正，mapping是指将所有测序读段通过序列比对定
哈佛学者通过评估基因突变探秘蛋白质3D结构
随着测序技术的不断发展，基因组测序已经变成一件平常的事情。在国外，越来越多的人可以从药店自行购买DNA测试盒，取样完成后寄给基因测序公司获取报告。我们不得不承认，如今基因分析在洞见人类遗传、疾病和健康方面有着不言而喻的先见性。但是即便是在当下基因分析红透半边天的时代，DNA指导合成蛋白质却仍存有
人工智能设计出致密蛋白质外壳，或可用于基因治疗
4月20日，一项发表于《科学》的研究显示，人工智能可以设计出密度极高的蛋白质外壳，有朝一日能制造更有效的疫苗。病毒的遗传物质位于蛋白质外壳中。在实验室里制造的类似外壳也被用于疫苗中，只不过它包裹的是在体内引发免疫反应的分子。这些人造外壳的化学和生物特性取决于它们的结构。但无论结构中有多小的缺陷，都会
蛋白质的蛋白质的提取技术
选择材料及预处理 以蛋白质和结构与功能为基础，从分子水平上认识生命现象，已经成为现代生物学发展的主要方向，研究蛋白质，首先要得到高度纯化并具有生物活性的目的物质。蛋白质的制备工作涉及物理、化学和生物等各方面知识，但基本原理不外乎两方面。一是得用混合物中几个组分分配率的差别，把它们分配到可用机械方
蛋白质转印法检定蛋白质
蛋白质转印法检定蛋白质 蛋白质经SDS-PAGE后，胶片浸入转印缓冲液，蛋白质可被转印到硝化纤维纸（nitrocellulose） 上，先经?素洗去SDS，并使蛋白质回?原态抗原性，可使用抗体进?免疫染色 （Towbin et al, 1979）。仪器用具：电泳转印槽 （Hoefer Tra
蛋白质根据蛋白质结构进行分类
纤维蛋白（fibrous protein）：一类主要的不溶于水的蛋白质，通常都含有呈现相同二级结构的多肽链许多纤维蛋白结合紧密，并为单个细胞或整个生物体提供机械强度，起着保护或结构上的作用。球蛋白(globular protein)：紧凑的，近似球形的，含有折叠紧密的多肽链的一类蛋白质，许多都溶于水