表观遗传研究指南（二）
今年九月，对于基因组研究者们来说是一个具有纪念意义的月份，因为美国人类基因组研究院(NHGRI)资助的ENCODE项目在Nature，Genome Biology，Genome Research等杂志上公布了三十多份论文，还有在Science，Cell，以及the Journal of Biological Chemist上的一些功能性介绍论文。这一项目的研究人员对147细胞系进行了将近1,650次实验，分子转录，转录因子结合，染色体拓扑结构，组蛋白修饰，DNA甲基化等多方面内容。 包含这些种种功能元件的就是表观遗传学，近年来科学家们越来越意识到这些元件特征在发育和疾病中的重要性，因此早在2008年，也就是NHGRI启动ENCODE计划的五年后，NIH又开始了第二项大规模图谱绘制工程：表观基因组学路线图项目(Roadmap Epigenomics Program)，这一项目整理了61个“完整”的表观基因组，......阅读全文
首个合成酵母基因组中最后一条染色体创建完成
据最新一期《自然·通讯》杂志报道，包括澳大利亚麦考瑞大学在内的国际科学家团队，在合成生物学领域取得了重大成就，成功完成了世界上首个合成酵母基因组中最后一条染色体的创建，拼上了最后一块“拼图”。酿酒酵母的彩色扫描电子显微照片。科学家从酿酒酵母中创建了世界上第一个合成真核基因组和一个新发现的tRNA新染
学者发表紫苞芭蕉和朝天蕉首个染色体水平基因组
近日，中国科学院华南植物园副研究员黄慧润、研究员王峥峰团队在国家自然科学基金项目的资助下，研究结合Oxford Nanopore和Hi-C测序技术成功组装并发表了紫苞芭蕉和朝天蕉的首个染色体水平基因组。相关成果在线发表于《园艺研究》（Horticulture Research）。紫苞芭蕉和朝天蕉的花
“六谷”之一菰米首个染色体水平基因组组装完成
中国菰 中国农科院供图 中国菰 （Zizania latifolia） 原产于中国，属于禾本科稻族菰属，主要分布于中国、韩国、日本和印度等国家。中国菰的颖果为菰米，在我国古代是重要的“六谷”之一。 近日，中国农业科学院烟草研究所烟草功能成分与综合利用创新团队与中国水
我国科学家发现黄花蒿首个染色体级别基因组图谱
疟疾至今仍威胁着人类的健康。黄花蒿是全球普遍使用的抗疟疾药物——青蒿素的主要天然资源，保障全球优质廉价的青蒿素原料供应对于全球疟疾防控有重要价值。但黄花蒿基因组杂合度和重复度很高，致使高质量的黄花蒿基因组组装成为该领域难题。 在重大新药创制科技重大专项、国家重点研发计划“中医药现代化研究”重点
小叶茶染色体级别基因组图谱联合研究成果首次完成
近日，生物学预印本服务器（www.biorxiv.org）在线发表了中美科学家联合研究团队的最新成果，该团队采用单分子实时测序（SMRT）和 Hi-C技术，在20多个代表性小叶茶品种中选用杂合度较低的小叶茶良种“碧云”，将组装获得的约2.85Gb 的基因组序列挂载到了15 条假染色体上，在国际上
利用单拷贝基因组探针及染色体彩绘进行荧光原位杂交
实验材料SSCD-PBSA糖原RNase多聚甲醛甲酰胺试剂、试剂盒固定液乙醇杂交缓冲液标记探针橡胶乳黏剂封固剂实验步骤含有重复序列探针的沉淀：大分子量黏粒探针往往含有重复序列，如果在杂交前不能封闭这些序列，将导致严重的非特异性杂交背景。人 Cot1 DNA 富含重复序列，可对黏粒的重复序列产生竞争性
研究人员从从基因组水平揭示食肉目染色体进化规律
染色体进化是物种形成和演化的重要驱动因素。具有显着核型差异的食肉目动物为染色体进化研究提供了很好的研究素材。虽然前人通过比较染色体涂色法建立了食肉目内许多物种的染色体比较图谱，但这些研究的分辨率比较低，尚没有深入到精细的核苷酸水平，也不能在核苷酸水平研究不同食肉目物种间的共线性区块、染色体重排以
基因组所阿尔兹海默症染色体区域研究获进展
近日，中国科学院北京基因组研究所基因组科学与信息重点实验室“百人计划”研究员雷红星，开展的阿尔兹海默症染色体区域研究取得阶段性进展，其研究论文Chromosome 19p in Alzheimer’s disease: when genome meets transcriptome于8月在J
科学家首次发布银鲳高质量染色体水平参考基因组
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/3/519516.shtm近日，中国科学院海洋研究所在银鲳基因组学研究方面取得新进展，首次发布了我国重要名贵经济鱼类——银鲳的高质量染色体水平参考基因组，相关研究成果在《自然》子刊《科学数据》在线发表。银鲳隶属
科学团队研究组装无患子染色体级别高质量基因组
近日，中国林业科学研究院亚热带林业研究所林木种质资源研究团队在《经济作物和产品》（Industrial Crops & Products）上发表了研究论文。该研究组装了无患子的染色体级别高质量基因组，分析挖掘了油脂合成候选基因，开发验证了一套特异分子标记，为无患子基因组学研究和种质遗传改良及鉴定评价
单拷贝基因组探针及染色体彩绘方法进行荧光原位杂交
实验材料 SSC D-PBSA 糖原 RNase 多聚甲醛 甲酰胺 试剂、试剂
破解了香气之谜－蜡梅的染色体水平精细基因组图谱公布
“一花香十里，更值满枝开。”凌寒怒放的蜡梅，是万花凋零的寒冬里一道亮丽的风景，其香味浓郁而独特，成为历代文人墨客挥笔高歌的对象。蜡梅为何冬季开花？其独特香味由何而来？蜡梅 华中农大供图 近日，华中农业大学刘秀群、赵凯歌研究组和金双侠研究组联合西南林业大学陈龙清研究组，在《基因组生物学》在线发表
利用单拷贝基因组探针及染色体彩绘进行荧光原位杂交
实验材料 SSC D-PBSA 糖原 RNase 多聚甲醛 甲酰胺 试剂、试剂
我国科学家发布海带高质量染色体水平参考基因组
近日，中国科学院海洋研究所海藻种质库团队在大型海藻基因组学研究方面取得重要突破，成功构建了海带的高质量染色体水平参考基因组。该成果发表在国际期刊《科学数据》。这是该团队在海洋经济藻类基因组研究领域取得的又一重要成果，为海带的遗传改良和基因组学研究提供了关键资源。海带孤雌生殖孢子体基因组组装 海洋
利用单拷贝基因组探针及染色体彩绘方法荧光原位杂交
实验材料 SSC D-PBSA 糖原 RNase 多聚甲醛 甲酰胺 试剂、试剂
Cell：染色体水平油松基因组组装和甲基化研究取得进展
近期，北京林业大学生物科学与技术学院联合安诺优达在国际知名期刊Cell（IF：41.582）在线发表了题为“The Chinese pine genome and methylome unveil key features of conifer evolution”的研究文章，研究者对油松进行了
中国获首个染色体级别橡胶树参考基因组图谱－利于育种
从中国科学院昆明植物研究所获悉，由该所及云南省热带作物科学研究所、华南农业大学基因组学与生物信息学研究中心组成的联合研究团队，历经6年，利用单分子实时测序(SMRT)和Hi-C技术，在国际上首次获得了达到染色体级别的高质量巴西橡胶树优良品种GT1的参考基因组序列，并揭示大戟植物基因组的染色体进化
解析肿瘤HiC多组学研究策略，IF≥10+文章不是梦！
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整个细胞核为研究对象，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法，研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系，获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱。Hi-C可以与RNA-Se
定义癌症突变：破坏基因组3D相互作用的突变
在细胞中，DNA紧密地包裹在蛋白质周围，并以一种复杂的3D结构包装，我们称它们为“染色质”。染色质不仅可以保护我们的遗传物质不受损伤，而且通过调节基因组在3D空间的表达来组织整个基因组：展开呈现给细胞基因表达机器，然后再将它们卷回去。 在3D染色质结构中，一些区域被称为“拓扑关联域（TADs）
解析肿瘤HiC多组学研究策略
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整个细胞核为研究对象，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法，研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系，获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱。Hi-C可以与RNA-S
太平洋潜泥蛤染色体水平基因组研究获新进展
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/1/516537.shtm
历时6年－获首个染色体级别的橡胶树参考基因组图谱
记者16日从中国科学院昆明植物研究所获悉，由该所及云南省热带作物科学研究所、华南农业大学基因组学与生物信息学研究中心组成的联合研究团队，历经6年，利用单分子实时测序(SMRT)和Hi-C技术，在国际上首次获得了达到染色体级别的高质量巴西橡胶树优良品种GT1的参考基因组序列，并揭示大戟植物基因组的
科学家发现小鼠通过染色体聚集辨别气味
1月9日，美国哥伦比亚大学科研人员在Nature上发表了题为“LHX2 -and LDB1-mediated trans interactions regulate olfactory receptor choice”的文章，发现在小鼠嗅觉感觉神经元中（olfactory sensory neu
Cell：新技术揭开基因远距离调控与疾病关系
来自英国Babraham研究所的科学家发现了我们基因组中的结构与常见疾病的内在联系。利用Babraham研究所开创性的技术，研究结果能够解释大量遗传数据的生物学意义，将DNA序列的微小变化和疾病风险连接起来。发现这些未知的联系，将为设计新的药物和未来治疗包括类风湿关节炎和其他类型的自身免疫性疾病
佘群新：真核生物3D基因组揭示更高级的染色体结构
iNature 2019年9月19号，山东大学生物技术研究院佘群新团队在Cell发表了题为Crenarchaeal 3D Genome: A Prototypical Chromosome Architecture for Eukaryotes的评论性文章。在本期Cell中，Takemata等
业内震动——山东大学佘群新团队在Cell发表重磅评论
2019年9月19号，山东大学生物技术研究院佘群新团队在Cell发表了题为Crenarchaeal 3D Genome: A Prototypical Chromosome Architecture for Eukaryotes的评论性文章。 在本期Cell中，Takemata等人。证明聚结素
3篇Cell/MC重磅：人造酵母基因组最新进展
合成基因组能否为生命提供动力已经引起了合成生物学领域的广泛关注。 2023年11月8日，美国纽约大学Jef D.Boeke、中国科学院深圳先进技术研究院戴俊彪、日本东京工业大学Yasunori Aizawa共同通讯在Molecular Cell在线发表题为“Manipulating the 3
Nature－Methods－：北大汤富酬团队揭示单个细胞内高阶染色质结构
调控基因组元件的高阶三维(3D)组织为基因调控提供了拓扑基础，但尚不清楚哺乳动物基因组中的多个调控元件如何在单个细胞内相互作用。 2023年8月28日，北京大学汤富酬团队在Nature Methods （IF=48）在线发表题为“scNanoHi-C: a single-cell long-r
北京基因组所转录因子TALE和DNA相互作用研究获进展
近日，中国科学院北京基因组研究所基因组科学与信息重点实验室雷红星研究组，在其开展的转录因子TALE(transcription activator-like effector)和DNA相互作用研究方面取得阶段性进展，该研究对TALE蛋白的构象可塑性以及特异性识别DNA的机制进行了深入的计
PNAS：MRN复合物在染色体分离中的新功能
在绝大多数生物体中，DNA是主要的遗传物质。DNA在外界环境或生物体内部因素的影响下会产生损伤，为了维持基因组的稳定性，真核细胞进化出多种DNA损伤应答机制（DNA damage response，DDR）以应对不同类型的DNA损伤。MRN复合体在DNA损伤应答途径中有重要作用，可以作为感受因子