叶绿体基因组树优化森林大样地群落构建获揭示
群落构建是生态学家广泛关注的核心问题之一。1月2日，记者从中国科学院华南植物园获悉，该园分子生态学团队及其合作者，基于中国森林监测网络（CForBio）平台，揭示了叶绿体基因组树优化我国森林大样地群落构建认知。相关研究发表于《分子生态资源》。 据悉，系统发育群落生态学将系统发育分析方法整合到群落生态学的分析中，为探究群落生物多样性的演化与维持机制提供了新视角。建立准确可靠的群落系统树是进行群落系统发育分析的前提和基础，分辨率较低的群落系统树可能导致对系统发育多样性指数的估计产生偏差，进而影响对特定群落的生态过程的推断。 目前群落系统树的构建主要是利用Phylomatic、V.PhyloMaker等软件生成名录合成树，或是基于一代DNA条形码片段构建分子系统树。合成树方法无需采样、测序等步骤，成本较低，但结果中往往会出现较多的多歧分枝；一代DNA条形码树的物种分辨率相对更......阅读全文
中国植物叶绿体基因组研究颠覆学界认知
中国科学家一项历时五年的研究成果颠覆了学界对植物叶绿体基因组的认知——科学家发现整个叶绿体基因组都是可以转录的。该研究成果已于近日发表在了《自然》出版集团的《科学报告》上。 《科学报告》的审稿专家一致认为,“这一成果首次发现了我们从来没有想象过的现象,颠覆了传统遗传学上认为的只有叶绿体编码基因
关于叶绿体基因组的基本特点的介绍
叶绿体基因组在很多方面与线粒体基因组的结构是相似的。叶绿体DNA（cpDNA）是双链环状，缺乏组蛋白和超螺旋。cpDNA中的GC含量与核DNA及mtDNA有 很大的不同。因此可用CsCl密度梯度离心来分离cpDNA。 每个叶绿体中cpDNA的拷贝数随着物种的不同而不同。但都是多拷贝的。这些拷贝
植物叶绿体基因组基因表达调控的研究
叶绿体基因组的特点是具相同或相关功能的基因组成复合操纵子结构。这一特点有利于叶绿体基因的表达与调控，例如rpoB-rpoC-rpoC 2操纵子是由编码RNA聚合酶各个亚基的基因聚合在一起而形成的，而psbI-psbK-psbD-psbC操纵子则编码PSⅡ的部分蛋白质。叶绿体基因组基因表达调控方式。转
植物叶绿体基因组基因表达调控的研究
叶绿体基因组的特点是具相同或相关功能的基因组成复合操纵子结构。这一特点有利于叶绿体基因的表达与调控，例如rpoB-rpoC-rpoC 2操纵子是由编码RNA聚合酶各个亚基的基因聚合在一起而形成的，而psbI-psbK-psbD-psbC操纵子则编码PSⅡ的部分蛋白质。叶绿体基因组基因表达调控方式。转
金粟兰目基因组信息被揭示－或可助解开达尔文“恼人之谜”
视觉中国供图 新知 科技日报讯 （记者颉满斌）11月26日，《自然·通讯》在线发表了来自兰州大学刘建全团队的文章《四川金粟兰基因组揭示被子植物早期分化历程》，填补了核心被子植物最后一个主要分枝——金粟兰目的基因组信息，并对被子植物的早期演化历程提供了更为翔实的证据。 被子植物是地球上分布范围最
基于108种樟目植物基因组及序列构建九分支系统进化树
樟科（Lauraceae）是被子植物木兰亚纲（Magnoliidae）的重要类群，约有60属3500种，占木兰类植物种类的三分之一。当前，樟科分类系统问题尚未解决，先前基于部分形态学特征建立的无根藤亚科和樟亚科，以及樟亚科中的厚壳桂族、鳄梨族和月桂族备受争议。 为了确定樟科植物的族（tribe
长期施肥下土壤固氮菌群落构建研究取得进展
在宏观生态学理论中，群落的构建机制是生物多样性产生和维持的核心研究内容。生态位理论和中性理论常被用来解释群落的构建过程。生态位理论强调的是确定性过程的作用，即环境过滤和种间相互作用对群落的影响；中性理论强调的是随机性过程的作用，即随机扰动、随机扩散以及随机的出生、死亡对群落的影响。已有研究表明，
植物所等破译构树基因组
构树（Broussonetia papyrifera）又称纸皮树、肥猪树，为桑科构属多年生阔叶乔木，自然分布于我国大部分地区和东南亚，是一种典型的乡土树种和先锋植物。构树雌雄异株，种子数量多，易繁殖，生长快，表型性状和遗传多样性丰富，基因组紧凑，可作木本植物研究的模式材料。同时，构树有着悠久的开
东北地理所在城市森林群落结构遥感反演方面取得进展
城市森林结构是影响城市生态服务功能的一个重要因素。然而，由于传统的样方调查方式费时费力，且缺乏空间信息，从而导致城市森林结构空间数据的极度匮乏，进而影响着城市森林的经营管理及生态服务功能评价。 中国科学院东北地理与农业生态研究所城市森林与湿地学科组以长春城市森林为研究对象，试图应用TM遥感数据
绿色植物何以“过滤”PM2.5
炎炎夏日，天朗气清，很多城市已然没有了雾霾侵袭时的焦灼，但雾霾污染依然严峻，有效调控和消除PM2.5等颗粒物是我国日前呼声最高、最亟待解决的重大环境问题。 北京林业大学教授余新晓告诉《中国科学报》记者，2016年，北京市PM2.5平均浓度较2013年下降18.4%。森林作为生态系统的主体，在
横断山高山竹类的快速辐射演化和物种多样性的形成机制
高山竹类是竹亚科青篱竹族（温带木本竹类）一个独特的分支，包括箭竹属（Fargesia）、玉山竹属（Yushania）、筱竹属（Thamnocalamus）、香竹属（Chimonocalamus）、冷箭竹属（Sarocalamus，即“alpine Bashania”），以及Bergbambos，
多重序列比对及系统发生树的构建实验（一）
实验方法原理在现代分子进化研究中，根据现有生物基因或物种多样性来重建生物的进化史是一个非常重要的问题。一个可靠的系统发生的推断，将揭示出有关生物进化过程的顺序，有助于我们了解生物进化的历史和进化机制。实验步骤一、用CLUSTALX软件对已知DNA序列做多序列比对。操作步骤：1. 以FASTA格式准
多重序列比对及系统发生树的构建实验（二）
2. 文件outfile改为infile。点击DNADIST程序。选项M是输入刚才设置的republicate的数目，输入D选择data sets，输入200。设置好条件后，输入Y确认参数。程序开始运行，并在EXE文件夹中产生outfile，部分内容如下：将outfile文件名改为infile，为
目标树经营的森林土壤线虫研究取得新进展
近日，四川农业大学林学院教授李贤伟团队在国际农林科学领域一区Top期刊《森林生态系统》（Forest Ecosystems）在线发表了题为《线虫群落对针叶林管理的一致响应》的研究论文。 目标树经营是一种通过降低相邻木之间冠层竞争、增加目标树生长空间从而实现提高单株
目标树经营的森林土壤线虫研究取得新进展
近日，四川农业大学林学院教授李贤伟团队在国际农林科学领域一区Top期刊《森林生态系统》（Forest Ecosystems）在线发表了题为《线虫群落对针叶林管理的一致响应》的研究论文。 目标树经营是一种通过降低相邻木之间冠层竞争、增加目标树生长空间从而实现提高单株
武汉植物园等在金豆的叶绿体全基因组解析研究中获进展
金豆【Fortunella venosa（Champ. ex Benth.） C.C.Huang】是芸香科中一种多年生常绿灌木。此物种为我国特有，分布区域与金柑【《中国植物志》 Fortunella hindsii （Champ. ex Hook.） Swingle】略有重叠，且范围狭窄，主要分
热带森林微生物残体碳对氮添加方式的响应获揭示
近日，中科院华南植物园恢复生态学任务团队发现土壤深度调控热带森林微生物残体碳对氮添加方式的响应。相关研究发表于国际学术期刊《环境管理杂志》（Journal of Environmental Management）。土壤微生物是土壤碳循环过程的关键驱动者，微生物残体作为土壤有机碳库的重要来源，在调控土
科学家揭示叶绿体蛋白“马达”转运机制
日前，西湖大学、西湖实验室特聘研究员闫浈团队在《细胞》上连续发表了两篇关联论文，报道了在叶绿体蛋白转运的动力机制上取得的又一重大突破——揭示了叶绿体蛋白转运的动力机制及其进化多样性，为该领域的研究开辟了新视野。模式植物拟南芥。课题组供图研究团队揭示了一种被称为“马达”的蛋白复合体，该复合体能够驱动叶
科学家揭示叶绿体蛋白“马达”转运机制
日前，西湖大学、西湖实验室特聘研究员闫浈团队在《细胞》上连续发表了两篇关联论文，报道了在叶绿体蛋白转运的动力机制上取得的又一重大突破——揭示了叶绿体蛋白转运的动力机制及其进化多样性，为该领域的研究开辟了新视野。 研究团队揭示了一种被称为“马达”的蛋白复合体，该复合体能够驱动叶绿体蛋白穿过叶绿体
植物所揭示叶绿体蛋白转运马达新功能
叶绿体是植物进行光合作用的细胞器。正常发育过程受到核基因组和叶绿体基因组在多个层次的协同调控。核质互作的分子机理是叶绿体生物发生的核心科学问题之一。光合膜蛋白复合体的反应中心亚基通常由叶绿体基因编码，而外周蛋白和天线蛋白由核基因组编码。这些核基因组编码的叶绿体蛋白，在细胞质中合成，而后通过叶绿体被膜
历时6年－获首个染色体级别的橡胶树参考基因组图谱
记者16日从中国科学院昆明植物研究所获悉，由该所及云南省热带作物科学研究所、华南农业大学基因组学与生物信息学研究中心组成的联合研究团队，历经6年，利用单分子实时测序(SMRT)和Hi-C技术，在国际上首次获得了达到染色体级别的高质量巴西橡胶树优良品种GT1的参考基因组序列，并揭示大戟植物基因组的
昆明植物所解析核心十字花科植物的系统发育关系
十字花科（Brassicaceae或Cruciferae）植物约有351属3977种，是一个全球分布的自然类群，包括常见绿叶类蔬菜、油料作物油菜、园艺观赏植物香雪球等。该科有模式植物拟南芥，也是被子植物全基因组序列数据发表最多的科之一，为研究全基因组加倍、环境适应机制、基因功能进化等重要生物学问
森林土壤酸化研究获进展
中国科学院华南植物园生态中心莫江明研究团队通过7年的连续研究，在森林土壤酸化取得了新进展。相关研究近日发表于《环境研究快报》。 氮沉降全球化及其负面效应已得到科学界和公众的共识。现有的研究表明，氮沉降会对森林生态系统带来显著负面影响，尤其是导致或加剧热带森林土壤酸化。然而，关于氮沉降加剧热带森
101.2米！藏南亚洲最高树等身照发布
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/8/506468.shtm2023年6月7日到6月23日，由中国科学院植物研究所、福建农林大学、上海辰山植物园—国家重要野生植物种质资源库辰山中心、厦门大学、中国野生动物保护协会、西藏自治区高原生物研究所、西藏
增温条件下叶际微生物群落的季节变化特征获揭示
近日，中国科学院华南植物园副研究员周曙仡聃、研究员刘菊秀团队，在国家自然科学基金等项目的资助下，研究揭示了增温条件下叶际微生物群落的季节变化特征。相关成果发表于《全球变化生物学》（Global Change Biology）。记者了解到，该研究是在周曙仡聃等科研人员前期研究揭示增温对森林生态系统土壤
版纳植物园叶绿体比较基因组学研究取得进展
樟科油丹属树种木材质优，国际市场上的商品名为“medang”，和楠木树种的亲缘关系较近。以往的分子系统学研究表明油丹属为复系类群，但与润楠属、鳄梨属和楠属等的系统关系尚不明晰。 近日，中国科学院西双版纳热带植物园生物多样性研究组以分布于印度南部的油丹模式种Alseodaphne semecar
地化所在热带与亚热带森林汞的源汇过程研究中获进展
汞（Hg）是持久性污染物，通过大气环流长距离传输，在全球范围内引发了环境健康和生态风险问题。森林生态系统占全球陆地总面积的31%，是全球生物地球化学循环最活跃的地区之一，同时是汞的自然排放清单中最大的不确定环节之一。森林地表的大气-土壤Hg0交换是复杂的双向过程，包括大气Hg0的直接沉降以及森林
地化所在热带与亚热带森林汞的源汇过程研究中获进展
汞（Hg）是持久性污染物，通过大气环流长距离传输，在全球范围内引发了环境健康和生态风险问题。森林生态系统占全球陆地总面积的31%，是全球生物地球化学循环最活跃的地区之一，同时是汞的自然排放清单中最大的不确定环节之一。森林地表的大气-土壤Hg0交换是复杂的双向过程，包括大气Hg0的直接沉降以及森林
森林土壤原生生物群落演替规律有新发现
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/3/518769.shtm
祁连山森林群落动态及其对气候变化响应研究取得进展
祁连山是我国西北干旱区重要山脉，不仅是生物多样性的重要集聚地，也是河西走廊水资源供给区。森林是祁连山生态系统的重要部分，了解森林群落动态及其对气候变化的响应对祁连山生态环境治理和生态系统保护具有重要意义。 中国科学院西北生态环境资源研究院临泽内陆河流域研究站相关团队开展了祁连山北坡亚高山灌木群