RNA干扰相关知识Argonaute(AGO)
Argonaute(AGO):一类庞大的蛋白质家族,是组成RISCs复合物的主要成员。AGO蛋白质主要包含两个结构域:PAZ和PIWI两个结构域,但具体功能尚不清楚。研究表明,PAZ结构域结合到siRNA 的3’的二核苷酸突出端;一些AGO蛋白质的PIWI结构域赋予slicer以内切酶的活性。PAZ和PIWI两个结构域,对于siRNA和目标mRNA相互作用,从而导致目标mRNA的切割或者翻译抑制过程,是必不可少的。同时,不同的AGO蛋白质有着不同的生物学功能。例如,在人当中,AGO2“筹划”了RISCs对于目标mRNA的切割过程;而AGO1 和AGO3则不具备这个功能。......阅读全文
RNA干扰相关知识Argonaute(AGO)
Argonaute(AGO):一类庞大的蛋白质家族,是组成RISCs复合物的主要成员。AGO蛋白质主要包含两个结构域:PAZ和PIWI两个结构域,但具体功能尚不清楚。研究表明,PAZ结构域结合到siRNA 的3’的二核苷酸突出端;一些AGO蛋白质的PIWI结构域赋予slicer以内切酶的活性。PAZ
什么是Argonaute(AGO)?
Argonaute(AGO):一类庞大的蛋白质家族,是组成RISCs复合物的主要成员。AGO蛋白质主要包含两个结构域:PAZ和PIWI两个结构域,但具体功能尚不清楚。研究表明,PAZ结构域结合到siRNA 的3’的二核苷酸突出端;一些AGO蛋白质的PIWI结构域赋予slicer以内切酶的活性。PAZ
RNA干扰相关知识Slicer
Slicer:在切割型RISC中的内切酶的另外一种表述方法。
RNA干扰相关知识Microprocessor
Microprocessor:一种核内的复合物,主要由Drosha和Pasha两者组成,在miRNA的生物合成中促使原始的miRNA成为miRNA前体。
RNA干扰相关知识RNARITS)
RNA-induced initiation of transcriptional gene silencing(RITS):是一种组织染色质变型的复合物。RITS复合物也包含Dicer加工形成的siRNA和AGO蛋白质,通过结合到异染色质的基因池上来促使异染色质上基因的沉默。
RNA干扰相关知识RNARISC
RNA-induced silencing complex(RISC):一种RNA-蛋白质复合物,通过与目标mRNA完全或者部分的互补配对来实施切割或者翻译抑制功能。SiRNA组装siRISC,miRNA组装miRISC。RISCs(无论siRISC还是miRISC)包括两种类型:切割型和不切割型。
RNA干扰相关知识Core-RISC
Core RISC:是介导目标mRNA切割过程或者翻译抑制的最小的RNA-蛋白质复合物。在人和果蝇身上发现的分子量少于200kDa的RISCs可能就是core RISC的重要代表。AGO蛋白质和Core RISC密切相关。
RNA干扰相关知识Holo-RISC
Holo RISC:是在果蝇中发现的有着RISC活性的最大的RNA-蛋白质复合物(80S)。Holo RISC的生物学活性牵涉到几乎所有的RISC的成员,RLC成员,和一些其他通路上的蛋白质分子。Holo RISC的存在,表明了RISC组装不是孤立的,同时还是一个有序的过程。以RISC为中心的RNA
RNA干扰相关知识MicroRNA(miRNA)
MicroRNA(miRNA):是含有茎环结构的miRNA前体,经过Dicer加工之后的一类非编码的小RNA分子(~21-23个核苷酸)。MiRNA,以及miRISCs(RNA-蛋白质复合物)在动物和植物中广泛表达。因之具有破坏目标特异性基因的转录产物或者诱导翻译抑制的功能,miRNA被认为在调控发
RNA干扰相关知识Dicer(DCR)
Dicer(DCR):是RNAase Ⅲ家族中的一员,主要切割dsRNA或者茎环结构的RNA前体成为小RNAs分子。对应地,我们将这种小RNAs分子命名为siRNAs和miRNA。Dicer有着较多的结构域,最先在果蝇中发现,并且在不同的生物体上表现出很高的保守性。
RNA干扰相关知识Small-interfering-RNA(siRNA)
Small interfering RNA(siRNA):是一种小RNA分子(~21-25核苷酸),由Dicer(RNAase Ⅲ家族中对双链RNA具有特异性的酶)加工而成。SiRNA是siRISC的主要成员,激发与之互补的目标mRNA的沉默。
Argonaute(AGO)蛋白的结构和功能
Argonaute(AGO):一类庞大的蛋白质家族,是组成RISCs复合物的主要成员。AGO蛋白质主要包含两个结构域:PAZ和PIWI两个结构域,但具体功能尚不清楚。研究表明,PAZ结构域结合到siRNA 的3’的二核苷酸突出端;一些AGO蛋白质的PIWI结构域赋予slicer以内切酶的活性。PAZ
RNA干扰相关知识RISC-loading-complex(RLC)
RISC loading complex(RLC):是一种促使RISC形成的复合物。RLC有方向性地调节小RNA双螺旋,为以后的RISC组装作好铺垫。siRISC loading complexes (siRLCs)在果蝇中研究最多。有研究者认为在果蝇中的siRLCs包含DCR2-R2D2异型二聚体
上海交大Hepatology文章解析癌转移新机制
来自上海交通大学医学院、上海人类基因组研究中心的研究人员在新研究中证实,Argonaute2通过上调黏着斑激酶(focal adhesion kinase,FAK)的表达,促进了肝癌转移。相关研究论文发表在4月22日国际著名肝脏疾病杂志Hepatology(最新影响因子11.665)上。
RNA干扰(RNA-interference,RNAi)基础知识(2)
1RNA i的发现RNA i是在研究秀丽新小杆线虫(C. elegans)反义RNA (antisenseRNA )的过程中发现的,由dsRNA 介导的同源RNA 降解过程。1995年,Guo等发现注射正义RNA (senseRNA )和反义RNA 均能有效并特异性地抑制秀丽新小杆线虫par
RNA干扰(RNA-interference,RNAi)基础知识(3)
SiRNASmall interfering RNA (siRNA):是一种小RNA分子(~21-25核苷酸),由Dicer(RNAase Ⅲ家族中对双链RNA具有特异性的酶)加工而成。SiRNA是siRISC的主要成员,激发与之互补的目标mRNA的沉默。ShRNAshRNA 短发夹RNAshRNA
RNA干扰(RNA-interference,RNAi)基础知识(1)
Rnai最近由于RNA 干扰(RNA interference,RNA i)的发现使反义领域的研究增多。这种自然发生的现象最早是在秀丽线虫中发现的(1),是序列特异性地使转录后的基因沉默的有力机制。由于最近两年在 RNA i领域取得的进步,已经有许多这方面的综述发表(2-4)。RNA 干扰是
细菌Argonaute蛋白生成和加载DNA引导链的分子机制
近期,《分子细胞》(Molecular Cell)杂志在线发表了中国科学院生物物理研究所王艳丽课题组及其合作者关于细菌Argonaute(Ago)蛋白独立生成和加载DNA引导链的最新研究成果,题为Autonomous Generation and Loading of DNA Guides by
细菌Argonaute蛋白生成和加载DNA引导链的分子机制被发现
3月2日,《分子细胞》(Molecular Cell)杂志在线发表了中国科学院生物物理研究所王艳丽课题组及其合作者关于细菌Argonaute(Ago)蛋白独立生成和加载DNA引导链的最新研究成果,题为Autonomous Generation and Loading of DNA Guides
科学家揭示外源核酸诱导的原核生物短Ago蛋白系统发挥功能的分子机理
RNA介导的转录后基因调控在生命个体抵御外源入侵的过程中起到重要作用。Argonaute(Ago)蛋白是存在于古菌、细菌和真核生物中的一种蛋白。它为非编码小RNA提供锚位点,达到降解靶基因或者抑制翻译的目的。对比真核生物的Ago,原核生物的Ago展现出多样性,分为三个家族——长A型、长B型和短Ago
Nature:外源核酸诱导的原核生物短Ago蛋白系统发挥功能的分子机理
RNA介导的转录后基因调控在生命个体抵御外源入侵的过程中起到重要作用。Argonaute(Ago)蛋白是存在于古菌、细菌和真核生物中的一种蛋白。它为非编码小RNA提供锚位点,达到降解靶基因或者抑制翻译的目的。对比真核生物的Ago,原核生物的Ago展现出多样性,分为三个家族——长A型、长B型和短A
RNA干扰主体实验的相关介绍
siRNA表达载体构建好后,即可进行RNA干扰主体实验。 RNA干扰主体实验的重点在于: 成功将siRNA表达载体导入目的细胞 如果目的细胞的质粒转染效率较低(低于70%),则应采用腺病毒或慢病毒载体,利用病毒载体的高感染率、高表达特性,更好地开展RNA干扰主体实验。 设置好分组和对照
吴立刚课题组Nature子刊发布RNAi新工具
来自中科院上海生命科学研究院的研究人员报告称,他们设计出了一种替代性的小干扰RNA(small interfering RNA,siRNA)前体,将之命名为saiRNA (single-stranded, Argonaute 2 (Ago2)-processed interfering RNA)
韩春雨发表的NgAgo又有新功能!
CRISPR/Cas 系统具有编辑 DNA 和 RNA 靶标的强大能力。然而,CRISPR/Cas 系统对特定识别位点、PAM 的需求限制了其在基因编辑中的应用。一些 Argonaute (Ago) 蛋白在 5' 磷酸化或羟基化引导 DNA (gDNA) 的引导下具有核酸内切酶功能。Ng
我国学者揭示Agos蛋白指导导向DNA链切割靶标DNA链机制
近日,《Proceedings of the National Academy of the Sciences of the United States of America,PNAS》杂志在线发表题为“Two symmetric arginine residues play distinct
研究揭示Agos蛋白指导导向DNA链切割靶标DNA链的机制
2018年12月27日,《美国国家科学院院刊》(PNAS)杂志在线发表题为Two symmetric arginine residues play distinct roles in Thermus thermophilus Argonaute DNA guide strand-mediated
最新发现两种肠道微生物的Ago酶,能够常温切割DNA
2019年7月30日,中科院动物研究所王皓毅团队和中科院北京生命科学研究院赵方庆团队合作,在 Cell Discovery 杂志发表了题为:Argonaute proteins from human gastrointestinal bacteria catalyze DNA-guided cl
RNA干扰的体外转录的相关介绍
以DNA Oligo为模版,通过体外转录合成siRNAs,成本相对化学合成法而言比较低,而且能够比化学合成法更快的得到siRNAs。不足之处是实验的规模受到限制,虽然一次体外转录合成能提供足够做数百次转染的siRNAs,但是反应规模和量始终有一定的限制。而且和化学合成相比,还是需要占用研究人员相
RNA干扰技术(RNA-interference,RNAi)
1995年,康乃尔大学的Su Guo博士在试图阻断秀丽新小杆线虫(C. elegans)中的par-1基因时,发现了一个意想不到的现象。她们本是利用反义RNA技术特异性地阻断上述基因的表达,而同时在对照实验中给线虫注射正义RNA(sense RNA)以期观察到基因表达的增强。但得到的结果
RNA干扰功能特点
1.高效性:Elbashir等在研究中发现分别为25 nmol/L与100 nmol/L的起始双链RNA产生的结果是一样的,只是高浓度起始的更有效些。将双链RNA浓度降低到1.5 nmol/L时产生的基因沉默效果变化不大,只有当浓度降低到0.05 nmol/L时,沉默的效果才消失。Holen等也证实