科学家系统性评估多种空间转录组分析算法
中国科学技术大学生命科学与医学部教授瞿昆课题组设计了一整套分析流程，系统性评估了16种空间转录组和单细胞转录组数据整合算法在预测基因或细胞类型空间分布方面的性能。研究成果5月16日在线发表于《自然-方法》。整合分析流程 中国科大供图“细胞在组织器官内所处的空间位置，与其发挥生理功能或疾病产生过程密切相关。”论文共同第一作者、中国科学技术大学生命科学与医学部特任副研究员郭闯介绍。近年来，研究者开发了多种空间转录组技术，在保留细胞精确空间定位的同时，检测细胞内全转录组的表达情况，以此来研究在发育或疾病发生发展过程中起关键性作用的细胞亚群及其分子机制。但目前空间转录组学技术存在两个不足：一是基于测序的空间转录组技术无法实现真正意义上的单细胞分辨率；二是基于成像空间转录组的技术能检测到的基因通量有限。为了突破技术的局限性，生物信息学家设计了多种算法整合空间转录组与单细胞转录组数据，预测细胞类型的空间分布和/或单个细胞的完整转录组信息。这......阅读全文
转录物组的定义
转录组也称“转录物组”。是一个基因组转录的所有RNA。
转录组高通量测序
（第二代高通量测序技术-454） 转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是，转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titanium第二代
利用转录组学方法揭示南荻群体遗传
南荻是中国特有的亩产生物量最大的芒属能源植物。南荻原产于河滨地带，但其遗传变异丰富，生态适应强，移栽到黄土高原等半干旱地区后，生长良好；由于其根系较浅，种植后不会过度利用深层土壤水分，可以有效减少地表径流，有助于水土保持，发挥重要的生态修复功能。 近日，中国科学院武汉植物园闫娟博士在李建强和桑
专访空间转录组学技术的探路者青年科学家彭广敦
编者按：空间转录组学技术是转录组学研究领域的新方向，也是研究细胞异质性方面的新方法。该技术通过整合与优化单细胞测序和激光显微切割技术， 获得少量细胞转录组信息的同时可以保留细胞原有位置信息。为此， 生物谷专访了该技术的主要开发者－中国科学院上海生化细胞所彭广敦副研究员 生物谷：彭教授您好，非常
美国绘制出小鼠全脑高分辨率单细胞空间转录组图谱
美国麻省理工学院和布罗德研究所的科研人员绘制出小鼠全脑高分辨率单细胞空间转录组图谱，为深入理解大脑结构与功能提供了重要基础。该团队基于109万个高质量空间分辨单细胞基因表达定义出小鼠大脑更精细的组织区域，绘制出的大规模分子空间图谱囊括了超100万个细胞及其基因表达特征、空间坐标、分子细胞类型、分
转录组测序与转录表达谱测序的异同
转录组测序可以得到特定条件下所有mRNA转录本的丰度信息，从而发现新的转录本和可变剪接体基因表达谱(gene expression profile)：指通过构建处于某一特定状态下的细胞或组织的非偏性cDNA文库,大规模cDNA测序,收集cDNA序列片段、定性、定量分析其mRNA群体组成,从而描绘该特
单细胞测序新技术：同时分析转录组和甲基化组
单细胞转录组和甲基化组分析已经成为了单细胞研究的强大工具。然而，在单细胞中揭示DNA甲基化与基因表达的直接关联还比较困难。这是因为细胞之间存在较大的差异，又不能同时检测一个细胞的转录组和甲基化组。加州大学范国平教授和同济大学薛志刚教授领导团队解决了这个问题。他们在Genome Biology杂志上发
新生链转录分析的方法特点
中文名称新生链转录分析英文名称nascent chain transcription analysis定 义用于对基因转录调控研究的一种方法。即分离细胞核的过程中，所有基因转录都暂时终止，当把细胞核转入核苷三磷酸和辅助因子齐全的缓冲体系中时，它就会恢复转录功能。缓冲体系中加入标记核苷三磷酸，在转录
核转录终止分析的方法概念
中文名称核转录终止分析英文名称nuclear run-off assay;run-off transcription assay定 义用分离的细胞核研究其对特定基因转录作用的一种类似核连缀分析的方法，但更侧重于测定转录的终止位置，体外转录可进行到模板最末端，以分析转录本的长度。应用学科生物化学与分
全转录组测序文章
研究背景 长链非编码RNA（Long noncoding RNA，lncRNA）普遍被认为是一类不能编码蛋白的长链RNA。由于其序列较长，所以可以有较大的潜力形成多种复杂构象，从而通过不同生物学途径发挥其作用。此外，由于其不具备蛋白编码能力，因此此类RNA也主要由其碱基序列形成的高级
转录物组学的定义
中文名称转录物组学英文名称transcriptomics定 义研究基因组转录产生的全部转录物的种类、结构和功能的学科。应用学科遗传学（一级学科），总论（二级学科）
转录物组学的定义
中文名称转录物组学英文名称transcriptomics定 义研究基因组转录产生的全部转录物的种类、结构和功能的学科。应用学科遗传学（一级学科），总论（二级学科）
科学家系统性评估多种空间转录组分析算法
中国科学技术大学生命科学与医学部教授瞿昆课题组设计了一整套分析流程，系统性评估了16种空间转录组和单细胞转录组数据整合算法在预测基因或细胞类型空间分布方面的性能。研究成果5月16日在线发表于《自然-方法》。整合分析流程 中国科大供图“细胞在组织器官内所处的空间位置，与其发挥生理功能或疾病产生过程密切
张奇伟张新荣团队合作开创分析单细胞空间代谢组新方法
2021年10月4日，清华大学北京信息国家研究中心/医学院张奇伟教授（美国德州大学达拉斯分校客座教授）与清华大学化学系张新荣教授团队合作在Nature Methods杂志上在线发表论文：SEAM is a spatial single nuclear metabolomics method fo
新产品前瞻－空间转录组学开启生命科学基因研究的3D模式
近来单细胞组学研究的发展使生命科学研究步入更加微观的层面。对单个细胞基因功能的了解不仅刷新了我们对组成组织的细胞类型的发现，也让我们对组织中的细胞功能和互作机制有了全新认识。但是，需要将新鲜组织进行单细胞解离，需要足够活性的细胞进行实验，这些要求使得很多研究在一开始就被拒之门外。另外，虽然通过数
实用技巧二——单细胞转录组高级分析之细胞谱系分析
基于单细胞转录组数据的细胞轨迹分析常见形式有细胞变化轨迹分析和细胞谱系分析，在上一篇中，我们详细介绍了常规拟时间序列分析的相关内容（具体内容查看链接）。在这里，我们主要就细胞谱系分析进行介绍和解读。 细胞谱系分析，最简明的理解就是细胞领域的进化树，通常指的是某类祖源细胞，在特定条件下，有多
实用技巧二——单细胞转录组高级分析之细胞谱系分析
基于单细胞转录组数据的细胞轨迹分析常见形式有细胞变化轨迹分析和细胞谱系分析，在上一篇中，我们详细介绍了常规拟时间序列分析的相关内容（具体内容查看链接）。在这里，我们主要就细胞谱系分析进行介绍和解读。 细胞谱系分析，最简明的理解就是细胞领域的进化树，通常指的是某类祖源细胞，在特定条件下，有多
Sci－Rep：转录组水平分析子宫内膜容受性
子宫内膜容受性是哺乳动物胚胎成功着床必不可少的。然而，遗传信息的缺乏仍然是理解奶山羊从接受前期子宫内膜（PE）发育成接受期子宫内膜（RE）过程中潜在机制的一个障碍。 在这项研究中，西北农林科技大学动物科技学院曹斌云教授课题组采用转录组测序获取超过4千万高质量的读段，通过de novo组装获得了
核转录分析
实验材料 cDNA 0.45um 硝酸纤维素 尼龙膜 酵母 tRNA 试剂、试剂盒 PBS
核转录分析
实验材料 cDNA0.45um 硝酸纤维素 尼龙膜 酵母 tRNA试剂、试剂盒 PBS NP-40 裂解缓： 20XSSC LNaOH 甘油储存缓冲液 10X 转录缓冲液 核苷酸:ATPGTPCTP 200uCi「α32P]-UTP 10XSET 蛋占酶 K 无 RNase 的 DNase
人转录组测序内参标准物质
通过转录组测序获得人的基因表达谱数据，能进一步挖掘疾病相关的生物标志物，为临床诊断提供依据。目前，由于转录组测序无法溯源，导致不同实验室及测序平台产出的数据可比性和测序结果的准确性面临挑战。 中国计量科学研究院推出的人转录组测序内参标准物质，包含了51个内参基因组成的两套基于比值的RNA内参混
转录组测序流程步骤是哪些
转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，主要包括mRNA和非编码RNA。转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点，通过新一代高通量测序，能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息，已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领
转录组的重编写：RNA编辑
基因的功能探索是生命科学研究的永恒主题。近几年以CRISPR-Cas9技术的发展让直接在高等生物体内进行基因的功能研究成为可能。但除了DNA之外， DNA的转录产物--RNA在生命活动中也发挥着极其重要的作用，且与癌症等多种疾病的发生密切相关。因此，对RNA进行功能研究和错误RNA的纠正，成为了
illumina测序是转录组测序吗
转录组测序属于测序应用的一种，Illumina测序属于测序技术的一种，两者没有包含于被包含关系，只能说Illumina测序可以做转录组测序。
转录组的重编写：RNA编辑
前 言 基因的功能探索是生命科学研究的永恒主题。近几年以CRISPR-Cas9技术的发展让直接在高等生物体内进行基因的功能研究成为可能。但除了DNA之外， DNA的转录产物--RNA在生命活动中也发挥着极其重要的作用，且与癌症等多种疾病的发生密切相关。因此，对RNA进行功能研究和错误RNA
转录组的重编写：RNA编辑
前 言基因的功能探索是生命科学研究的永恒主题。近几年以CRISPR-Cas9技术的发展让直接在高等生物体内进行基因的功能研究成为可能。但除了DNA之外， DNA的转录产物--RNA在生命活动中也发挥着极其重要的作用，且与癌症等多种疾病的发生密切相关。因此，对RNA进行功能研究和错误RNA的纠
华人学者Nature子刊：人类转录组跨平台靶向分析
来自普林斯顿大学等处的研究人员发表了题为“Targeted exploration and analysis of large cross-platform human transcriptomic compendia”的文章，公布了一种新研发的针对转录组数据的搜索引擎，利用这一平台，研究人员可
乳腺癌全转录组关联分析发现新的风险基因
美国范德堡大学和澳大利亚昆士兰医学研究所（QIMR Berghofer）领导的研究团队利用全转录组关联分析方法，找到与乳腺癌存在明显关联的48个基因。这项成果于6月18日发表在《Nature Genetics》上。 研究人员利用近12.3万名乳腺癌患者和近10.6万名对照的遗传预测基因表达谱
转录组和蛋白质组有何异同之处
转录组是RNA转录后的全部产物,而转录后的产物经过加工修饰（例如甲基化、拼接、加尾等）后才变成蛋白质.相同之处就是他们的大部分结构相同.不同之处就是一个有加工过程,一个没有.
颉伟组分析卵子向胚胎转换过程中转录组、翻译组、蛋白质组关系
生命起始于卵子和精子的结合，终末分化的配子在受精后重编程为具有全能性的胚胎。然而，卵子发育晚期至合子基因组激活之前，基因组一直处于转录沉默状态。在此阶段发生的诸如卵子减数分裂、母源RNA去除和合子基因组转录激活等重要生物学事件都高度依赖于转录后调控。颉伟实验室前期研究表明，人和小鼠卵母细胞向胚胎