简并引物的概念
简并引物是指代表编码单个氨基酸所有不同碱基序列可能性引物的混合物。PCR为了增加特异性,可以参考密码子使用表,根据不同生物的碱基使用偏好,减少简并性。简并度越低,产物特异性越强,设计引物时应尽量选择简并性小的氨基酸,并避免引物3’末端简并。......阅读全文
简并引物的概念
简并引物是指代表编码单个氨基酸所有不同碱基序列可能性引物的混合物。PCR为了增加特异性,可以参考密码子使用表,根据不同生物的碱基使用偏好,减少简并性。简并度越低,产物特异性越强,设计引物时应尽量选择简并性小的氨基酸,并避免引物3’末端简并。
什么是简并引物?
简并引物是指代表编码单个氨基酸所有不同碱基序列可能性引物的混合物。PCR为了增加特异性,可以参考密码子使用表,根据不同生物的碱基使用偏好,减少简并性。简并度越低,产物特异性越强,设计引物时应尽量选择简并性小的氨基酸,并避免引物3'末端简并。
简并引物设计方法及原则
相关专题简并引物设计简并引物常用于从已知蛋白到相关核酸分子的研究及用于一组引物扩增一类分子。简并引物设计方法(1)利用NCBI搜索不同物种中同一目的基因的蛋白质或cDNA编码的氨基酸序列 因为密码子的关系,不同的核苷酸序列可能表达的氨基酸序列是相同的,所以氨基酸序列才是真正保守的。首先利用NCBI的
简并引物设计的新手入门
最近想用“简并引物”设计点实验做做,上网找了点东东,还是发现了不少东西。特总结如下:主要包括简并引物设计 常用的几个方面及简并因为设计时的注意事项。简并引物是指代表编码单个氨基酸所有不同碱基可能性的不同序列的混合物。密码子具有简并性,单以氨基酸顺序推测编码的DNA序列是不精确的,但可以设计成对简并引
第三碱基简并性的概念
中文名称第三碱基简并性英文名称third-base degeneracy定 义特指密码子第三碱基的简并性。决定同一种氨基酸密码子的头两个碱基是相同的,第三位碱基的改变不影响翻译出正常的氨基酸的现象。应用学科生物化学与分子生物学(一级学科),核酸与基因(二级学科)
反向引物的概念
反向引物(下游引物)是沿着正链进行延长的。体外扩增DNA,双螺旋是部分或完全打开的,不存在冈崎片段,也不会一段段延长,理论上正反引物都是不间断延长的,和体内DNA自我复制是有区别的。
引物延伸的概念
中文名称引物延伸英文名称primer extension定 义从与模板(RNA或DNA)结合的引物3′-OH端开始,在核酸聚合酶的作用下,按照碱基配对的原则,逐个连上核苷酸,由5′→3′方向合成与模板互补链的过程。该反应可用于聚合酶链反应、单核苷酸多态性检测等。应用学科生物化学与分子生物学(一级学
引物修补的概念
中文名称引物修补英文名称primer repair定 义当DNA模板受损时,可根据其损伤情况,以一套或几套引物借助核酸聚合酶的作用合成新的互补核酸链,以修复损伤形成的错误序列的方法。应用学科生物化学与分子生物学(一级学科),方法与技术(二级学科)
正向引物的概念
中文名称正向引物英文名称forward primer定 义处于DNA双链上游的引物。如用于测序,则从5′向3′方向读出DNA正链的序列。应用学科生物化学与分子生物学(一级学科),方法与技术(二级学科)
简并寡核苷酸引物PCR-(DOPPCR)
实验方法原理显微切割或流式分选的染色体经过PCR扩增制备整条染色体的DNA,被认为是对某条染色体全部涂染的高质量探针的首选途径。对于单个染色体、多色FISH(M-FISH)或光谱核型分析中所有24条染色体的涂染均是此种情况。下面提供的操作程序是简并寡核苷酸引物PCR(DOP-PCR)最原始操作程序的
简并寡核苷酸引物PCR-(DOPPCR)
基本方案 实验方法原理 显微切割或流式分选的染色体经过PCR扩增制备整条染色体的DNA,被认为是对某条染色体全部涂染的高质量探针的首选途径。对于单个染色体、多
简并寡核苷酸引物PCR-(DOPPCR)
实验方法原理 显微切割或流式分选的染色体经过PCR扩增制备整条染色体的DNA,被认为是对某条染色体全部涂染的高质量探针的首选途径。对于单个染色体、多色FISH(M-FISH)或光谱核型分析中所有24条染色体的涂染均是此种情况。下面提供的操作程序是简并寡核苷酸引物PCR(DOP-PCR)最原始操作程序
巢式引物的概念
中文名称巢式引物英文名称nested primer定 义为巢式聚合酶链反应所设计的引物,第二组引物是在第一组引物扩增得到的产物序列范围内设计的。应用学科生物化学与分子生物学(一级学科),方法与技术(二级学科)
引物步移的概念
中文名称引物步移英文名称primer walking定 义一种长链DNA测序的策略。根据已测出的序列结构设计测序引物,按第一轮测序得出的新序列,再设计引物进行第二轮测序,如此重复,直至获得全序列。应用学科生物化学与分子生物学(一级学科),方法与技术(二级学科)
通用引物的概念和作用
通用引物是一般和载体多克隆位点两旁的序列匹配,或者是与载体里面的一些启动、终止元件匹配。这样不管载体插入什么DNA片段,都可以用通用引物扩出来。通用引物可以用来测序,但是只是“通用”,也不是万能的。
随机引物的概念和用途
随机引物是指当特定mRNA由于含有使逆转录酶终止的序列而难于拷贝其全长序列时,可采用随机六聚体这一不特异的引物来拷贝全长mRNA。用此种方法时,体系中所有RNA分子全部充当了cDNA第一链模板,PCR引物在扩增过程中所需要的特异性通常用此引物合成的cDNA。
序列特异性引物的概念
中文名称序列特异性引物英文名称sequence specific primer;SSP定 义一种测定基因突变的方法。即利用针对点突变的2个等位特异性寡核苷酸(ASO)引物(A、B标记其中之一)与另一共同引物(C)组成引物系统;在引物延伸时,A与B同时竞争靶序列上同一复性位点,扩增反应后,经凝胶电泳
序列特异性引物的概念
中文名称序列特异性引物英文名称sequence specific primer;SSP定 义一种测定基因突变的方法。即利用针对点突变的2个等位特异性寡核苷酸(ASO)引物(A、B标记其中之一)与另一共同引物(C)组成引物系统;在引物延伸时,A与B同时竞争靶序列上同一复性位点,扩增反应后,经凝胶电泳
PCR中正向引物和反向引物的概念和具体作用
正向引物和反向引物是相对的,通常以一个双链DNA(上面的那条链)的上游结合部位称为正向引物,是从左到右的方向,也就是5-3的方向,而下面那条互补链的下游结合部位称为反向引物。其方向是从右到左的,因为下面的链的方面从左到右是3-5,从右到左就是5-3了,PCR的扩增的确是一条引物就可以扩增了。反向引物
简并PCR
简并PCR就是引物合成的时候在某个位置用两种以上的碱基代替原来的单碱基渗入oligo链合成的是一堆混和物实际上能够起做用的在其中占一定比例这个比例一般用简并度表示比如agctN合成的时候最后一位用4种碱基反应真正用的agctc,占总数的1/4agctNN其中agctCC就占1/16一般公司推荐3‘端
密码简并
中文名称密码简并英文名称code degeneracy定 义几种密码子编码同一种氨基酸的现象。通常具有简并性的氨基酸密码子的第一个和第二个字母是相同的,而不同的只是第三个字母。应用学科细胞生物学(一级学科),细胞遗传(二级学科)
简并态物质的特性
1、温度一定,密度越大,越容易简并。2、密度一定,温度越低,越容易简并。3、温度、密度都一定,粒子质量越小越容易简并。
什么是简并态物质?
简并态物质是一种高密度的物质状态。简并态物质的压力主要来源于泡利不相容原理,叫做简并压力。
什么是简并态物质?
在极高压的环境下,常温物质会转变成一连串奇怪的物质状态,统称简并态物质。这引起了天体物理学家的兴趣。因为他们相信在恒星中,当核聚变的“燃料”用尽时会出现这种情况,例如白矮星和中子星。中子星主要由简并中子组成的性质奇特的致密天体。1932年发现中子后不久,L.朗道就提出可能存在由中子组成的致密星。19
引物设计的引物设计原则
1、引物长度一般为15-30bp,常用的为18-27bp,但不能大于38bp;2、引物GC含量一般为40%-60%,以45-55%为宜,上下游引物GC含量和Tm值要保持接近;3、引物所对应的模板序列的Tm值最好在72℃左右,至少要在55-80℃之间,Tm值曲线以选取72度附近为佳,5'到 3
引物设计的引物设计原则
1、引物长度一般为15-30bp,常用的为18-27bp,但不能大于38bp;2、引物GC含量一般为40%-60%,以45-55%为宜,上下游引物GC含量和Tm值要保持接近;3、引物所对应的模板序列的Tm值最好在72℃左右,至少要在55-80℃之间,Tm值曲线以选取72度附近为佳,5'到 3
引物设计的引物设计原则
1、引物长度一般为15-30bp,常用的为18-27bp,但不能大于38bp;2、引物GC含量一般为40%-60%,以45-55%为宜,上下游引物GC含量和Tm值要保持接近;3、引物所对应的模板序列的Tm值最好在72℃左右,至少要在55-80℃之间,Tm值曲线以选取72度附近为佳,5'到 3
引物设计的引物设计原则
1、长度:15—30bp,其有效长度[Ln=2(G十C)十(A十T)]一般不大于38,否则PCR的最适延伸温度会超过Taq酶的最佳作用温度(74度),从而降低产物的特异性。2、G十C含量:应在40%一60%之间,PCR扩增中的复性温度一般较Tm值低等于引物的Tm值减去5—10度。引物长度小于20时,
RTPCR实验方法大全(抽提RNA,RT,PCR)6
可能问题出在标本的保存:一般四小时之内就应处理,分离出细胞说的是套式PCR,可以在你的第一次PCR两个引物内,再设计一对引物进行第二次PCR就行了如果你的第一次PCR刚好包括目的片段,那只好设计个更长的了第二次的引物设计要求可以低一点以50μl体系为例引物各1μl第一次PCR产物5μl二次PCR和巢
cDNA-法推断蛋白质的一级结构实验2
二、引物的设计实验步骤在得到蛋白质部分氨基酸序列的基础上通常采用设计简并性或偏性引物,用锚定 PCR 的方法来获得该蛋白质的 cDNA 部分或全长序列。现在许多公司推出的 RACE(rapidly amplication cDNA ends)系统的技术核心便是如此。简并性引物的设计一般遵循以下几个原