我国科学家成功获得长春花叶片单细胞转录组图谱
长春花为夹竹桃科长春花属植物，在中草药用途上，全草入药有止痛、消炎等功效。单萜类吲哚生物碱（MIAs）是植物中最多样的特殊代谢产物，具有重要的药用价值。长春花能够合成130多种MIAs，是研究单萜吲哚生物碱合成的模式药用植物，其所含生物碱，如长春花碱、长春新碱等被用来临床治疗白血病、霍奇金淋巴瘤等，在药用植物研究领域备受关注。 中国医学科学院药用植物研究所、成都中医药大学和法国图尔大学多家团队联合开展研究，利用单细胞转录组学探讨长春花叶片中MIAs代谢的空间分布规律，并首次定位20个MIAs基因的转录，成功解析长春花中MIAs合成路径30多个酶促反应步骤，并通过RNA原位杂交技术对部分基因表达定位进行验证，更新了MIAs生物合成模型。相关研究成果发表在NaturePlants期刊。 该研究不仅为阐明单细胞分辨率下生物过程的时空分布提供了通用路线图，而且为研究植物药和中药有效成分的生物合成、转运和储存机制开辟了新途径。......阅读全文
灵长类原肠胚期至早期器官发育转录组图谱绘制
安徽医科大学国家卫生健康委配子及生殖道异常研究重点实验室教授蒋祥祥，与中科院动物研究所王红梅、郭帆团队，美国得克萨斯大学西南医学中心吴军团队合作，绘制了食蟹猴CS8-CS11时期（E20-E29）胚胎的单细胞转录组图谱。相关研究成果近日发表于《自然》。 上世纪早期，科学家将人类胚胎发育的前60
Science重要成果：人类癌症反转录转座子图谱
在人类基因组中，称为反转录转座子(retrotransposon)的小DNA元件通过自我复制和重新插入到基因组的多个位点从而具有造成突变性破坏的潜力。正常的成人细胞通过抑制机制阻止这些元件四处跳跃，然而根据发表在6月28日《科学》(Science)杂志上的一篇研究报道，这些机制在某些癌症中可能发
猕猴大脑皮层单细胞空间分布图谱发布
由860亿个神经元组成的人类大脑，就像一座结构精巧的迷宫。为了绘制出这座迷宫的地图，脑科学家们将目光聚焦在猕猴——这种与人类最接近的灵长类模式动物上，它的大脑包含超过60亿个神经元。 7月12日23时，由中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心（神经科学研究所）联合华大生命科学研究院、临港实验室
单细胞技术揭秘马铃薯—晚疫病菌互作图谱
马铃薯作为全球最重要的非谷物作物之一，长期受到晚疫病菌（Phytophthora infestans）的严重威胁，全球每年造成近百亿美元损失。虽然国际学术界和工业界自1845年以来长期开展晚疫病研究，但其致病机理和病程发展模式仍不完全清楚。 近日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所（岭南现代农
猕猴大脑皮层单细胞空间分布图谱发布
由860亿个神经元组成的人类大脑，就像一座结构精巧的迷宫。为了绘制出这座迷宫的地图，脑科学家们将目光聚焦在猕猴——这种与人类最接近的灵长类模式动物上，它的大脑包含超过60亿个神经元。 7月12日23时，由中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心（神经科学研究所）联合华大生命科学研究院、临港实验室
Cell：单细胞测序绘制骨髓基质细胞全景图谱
最新发布在Cell上的一项研究表明，单细胞测序可以绘制骨髓基质细胞的完整类群，并为白血病研究提供新的视角。这一新研究由美国哈佛大学的David T. Scadden教授和马萨诸塞州综合医院Broad研究所的Aviv Regev团队合作而成。他们创新地使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术
花生茎秆单细胞基因表达图谱构建成功
广东省农业科学院作物研究所花生遗传育种团队在国家重点研发计划、国家自然科学基金等项目的资助下，成功攻克了花生茎秆单细胞基因表达图谱构建的技术难题。近日，相关成果在线发表于《植物生物技术杂志》（Plant Biotechnology Journal）。花生茎秆单细胞基因表达图谱构建。研究团队供图
Nature－immunoloy：新冠肺炎患者的单细胞免疫图谱
研究人员应用单细胞测序技术全面揭示了轻中型、重型新冠肺炎患者及其从发病期到康复期机体整体免疫学变化特征、机制和规律。 今年年初，新冠肺炎疫情在世界范围内快速暴发。根据世界卫生组织最新统计数据显示，截止到2020年8月11日，新冠肺炎在全球已导致累计近2000万确诊病例和超过73万死亡病例，平
同济大学发表单细胞转录组研究新成果
人类大脑是极为复杂的，数十亿神经元形成的庞大网络控制着我们的行为和情感。正因如此，解析神经回路的分子基础并不是一件容易的事。过去人们大多是在一块脑组织上进行遗传学和表观遗传学图谱分析，但这样的方法往往无法提供足够的精确性。 同济大学医学院的研究团队将电生理学技术与单细胞转录组分析结合起来，揭示
人类脑细胞的单细胞转录组测序研究成果
人脑是由多种不同类别细胞组成的极其复杂的器官。传统的细胞分类方法只能根据少数已知的细胞的标记分子（marker）对细胞进行分类，对每一类细胞的认识也非常有限。斯坦福大学的著名学者Stephen Quake及其团队利用单细胞测序技术，对466个人大脑皮层的单细胞进行了转录组测序，通过数据分析发
上海交大培育出长春花抗癌生物碱含量倍增
治疗癌症药物价格有望降低一半以上 中国科技网讯 11月5日，上海交通大学对外发布消息，由教育部“长江学者”特聘教授、上海市领军人才唐克轩博士领衔的科研团队，历经8年，发明了长春花代谢调控、代谢工程技术，在国际上率先建立了长春花遗传转化再生植株体系，解决了困扰世界数十年的长春花遗传转化并
科学家构建小麦籽粒发育中的转录调控图谱
近日，中国农业科学院作物科学研究所研究员路则府团队在《生物技术通报（英文）》（aBIOTECH）发表了文章，构建了小麦籽粒发育不同阶段的全基因组染色质开放图谱以及基因表达图谱，并对小麦籽粒发育中关键转录因子的调控网络进行了解析，揭示了小麦籽粒发育中亚基因组的分化调控，同时发掘了共调控淀粉与蛋白合成的
上海生科院等建立小鼠早期胚胎空间转录组图谱
3月22日，国际学术期刊《细胞》子刊《发育细胞》在线发表了中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所景乃禾研究组与中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所韩敬东研究组合作的最新研究成果“Spatial Transcriptome for the Molecular Annotatio
科学家绘制出脑前额叶发育单细胞图谱
近日，中科院生物物理所王晓群课题组、北京大学未来基因诊断高精尖创新中心汤富酬课题组、北京大学第三医院乔杰课题组和首都医科大学附属安贞医院张军课题组合作，绘制出人脑前额叶胚胎发育过程的单细胞转录组图谱，并对其中关键的细胞类型进行了系统功能研究，为绘制完整的人脑细胞图谱奠定重要基础。相关研究成果已发
Science：构建肿瘤浸润T细胞的泛癌单细胞图谱
靶向肿瘤特异性T细胞的癌症免疫疗法已使许多癌症患者受益，但是针对不同类型的癌症的临床疗效差异很大。肿瘤浸润T细胞经常进入功能失调状态，这一现象被广泛称为T细胞衰竭（T cell exhaustion），而效应T细胞的抗肿瘤功能受多种因素调节，包括调节性T细胞（Treg细胞）的存在。T细胞的状态和
Cell：绘制人类单细胞染色质可及性图谱
在人类细胞中，总长约2米的基因组DNA通过与组蛋白缠绕形成核小体，并经过螺旋折叠等方式盘绕形成染色体进而团聚于直径10微米的细胞核中。在细胞内的DNA需要进行转录等活动的时候，DNA才会从组蛋白中释放出来，裸露出需要与转录因子结合的位点从而便于转录，染色质的这种特性叫做染色质可及性，暴露的区域被
中国科学家发表泛癌症T细胞单细胞图谱
T细胞单细胞图谱的研究框架和主要发现。（张泽民供图） 12月17日，北京大学生物医学前沿创新中心教授张泽民课题组联合北京大学肿瘤医院季加孚、步召德课题组以及北京大学第三医院，在《科学》上发表了泛癌症T细胞图谱。结合基因表达谱和T细胞受体序列，研究者系统刻画了肿瘤浸润性T细胞的异质性和动态变化，并系
《科学》：北大团队发表泛癌症T细胞单细胞图谱
北京大学生物医学前沿创新中心（BIOPIC）、生命科学学院、北京未来基因诊断高精尖创新中心（ICG）张泽民课题组联合北京大学肿瘤医院季加孚、步召德课题组以及北京大学第三医院，在国际期刊Science上发表了题为“Pan-Cancer Single Cell Landscape of Tumor-
Nature：浙大领衔在构建人类单细胞图谱方面取进展
在一项新的研究中，来自中国浙江大学等研究机构的研究人员朝构建全面的人类单细胞图谱迈出了一大步。相关研究结果于2020年3月25日在线发表在Nature期刊上，论文标题为“Construction of a human cell landscape at single-cell level”。在这
解密神经元：脑连接图谱走向单细胞精度时代
稀疏标记系统工作原理15个多巴胺神经元的全脑投射形态重构 就像广袤无垠的宇宙中有无数星体，人类大脑中分布着千亿数量的神经元，它们“杂乱无章”地分布且相互连接，发挥着感受刺激和传导兴奋的作用。这些决定人类思考能力的大脑神经元究竟是怎么连接的？这个问题自神经生物学兴起以来一直悬而未解。 过去，神经生
首个豆科植物根尖单细胞表达图谱绘制成功
百脉根单细胞图谱细胞类型。中国农科院供图 近日，中国农业科学院生物技术研究所作物生物技术育种创新团队与国内其他科研单位合作，共同绘制完成首个豆科植物百脉根的根尖单细胞表达图谱，鉴定出根尖的主要细胞类型，发现了新的细胞类型特异基因，并分析了各个细胞类型的潜在功能，对研究豆科植物根系发育、结瘤固氮
Nature重磅！利用单细胞RNA测序构建人类肝脏细胞图谱
肝脏是人体最大、功能最多的器官之一，在人体的新陈代谢及免疫过程中发挥着关键作用。更值得关注的是，肝脏还是人体唯一一种仅需原体积的25%，就能够完全再生的内脏器官。另外，包括脂肪肝、肝癌及肝炎在内的各类肝病是当今世界最大的健康问题之一，也是导致死亡的主要原因。 尽管肝脏对人类健康极为重要，但健康
Nature重磅！利用单细胞RNA测序构建人类肝脏细胞图谱
肝脏是人体最大、功能最多的器官之一，在人体的新陈代谢及免疫过程中发挥着关键作用。更值得关注的是，肝脏还是人体唯一一种仅需原体积的25%，就能够完全再生的内脏器官。另外，包括脂肪肝、肝癌及肝炎在内的各类肝病是当今世界最大的健康问题之一，也是导致死亡的主要原因。 尽管肝脏对人类健康极为重要，但健康
北京生科院建立单细胞环形RNA分析技术及表达图谱
环形RNA是一类在真核细胞中广泛存在的内源性非编码RNA分子，在生物体发育过程中发挥重要作用。之前研究已在不同物种中鉴定出数百万个环形RNA分子，并产生了大量用于揭示生物体组织表达模式的环形RNA数据资源。然而，由于大多数环形RNA表达量较低，传统的转录组测序方法无法表征单个细胞环形RNA表达谱
基于单细胞测序绘制肿瘤微环境相关细胞代谢图谱
肿瘤作为一个异常复杂的“生态系统”，不同类型的肿瘤细胞与非肿瘤细胞共同构成了肿瘤微环境。肿瘤存在肿瘤间异质性和肿瘤内异质性，可以说肿瘤内每种细胞都存在于不同的微环境中，每种细胞都可能有不同的代谢状态。由于异质性，肿瘤细胞会通过改变自身代谢模式（即“代谢重编程”）来适应不同的微环境，以满足其对能量
病毒诱导水稻肿瘤细胞分化轨迹的分子机制
近日，中国农业科学院植物保护研究所作物病毒病害监测与防控创新团队解析了水稻黑条矮缩病毒影响寄主细胞发育进程导致症状形成的机理，相关研究成果发表在《植物生物技术（Plant Biotechnology Journal）》上。植物病毒往往通过改变寄主的细胞分化造成植株矮化、叶片卷曲等病症。然而，病毒如何
研究在单细胞水平解析猕猴桃抗寒分子机制
近日，中国农业科学院郑州果树研究所猕猴桃资源与育种团队在《园艺学前沿》（Horticulture Advances）上发表研究论文，首次在单细胞水平解析猕猴桃抗寒分子机制。 该研究通过scRNA-seq技术构建首个猕猴桃叶片单细胞转录图谱，基于UMAP聚类、同源标记基因与通路富集分析，成功鉴定
多阶段单细胞转录数据的基因识别统计方法问世
近日，西安交通大学公共卫生学院孙世权教授团队开发了一种高效灵活的非参数方法，用于检测多个时间点上的基因表达模式。该方法称为TDEseq，即时间序列scRNA-seq数据的时间差异表达基因，近日该成果发表于《基因组生物学》上。TDEseq采用线性可加混合模型（LAMM）来拟合单个基因表达值和时间点的关
多阶段单细胞转录数据的基因识别统计方法问世
近日，西安交通大学公共卫生学院孙世权教授团队开发了一种高效灵活的非参数方法，用于检测多个时间点上的基因表达模式。该方法称为TDEseq，即时间序列scRNA-seq数据的时间差异表达基因，近日该成果发表于《基因组生物学》上。TDEseq采用线性可加混合模型（LAMM）来拟合单个基因表达值和时间点的关
新型微流控芯片可提高单细胞转录组测序效率
近日，中国科学院深圳先进技术研究院医工所微纳系统与仿生医学研究中心研究员陈艳和南加州大学教授钟江帆合作，在针对稀有细胞样本的单细胞测序技术方面取得新进展。相关研究成果以Improving single-cell tranome sequencing efficiency with a microfl