华南植物园研究预测森林树种对气候变化响应
近日，中科院华南植物园研究员王宝生课题组以我国广泛分布的壳斗科栎属物种麻栎为研究对象，利用生态基因组学方法预测森林树种对气候变化的响应。相关研究发表于《分子生态学》。 全球气候的快速变化是生物多样性面临的严重威胁之一。森林树种在维护生态系统稳定、提升生态系统服务功能方面扮演着重要角色。了解森林树种对气候变化的响应，是发掘未来气候条件下适宜种植的林木资源、贯彻适地适树的造林原则、实现森林资源管理最优化及可持续发展的关键。但是，对于世代时间长、遗传背景复杂的森林树种而言，通过同质园、交互移植等传统实验方法探究物种对气候变化的响应十分困难。 研究人员以我国广泛分布的壳斗科栎属物种麻栎为研究对象，基于群体遗传学和生态基因组学理论，通过遗传-生态因子建模方法探究了该物种在未来气候条件下的适应能力。该研究基于全基因组重测序数据揭示了麻栎的群体结构与分化历史，证实了群体历史和连锁选择作用共同塑造了异质性的基因组景观；通过遗传-环境关联......阅读全文
热带森林树种性状和生长关系研究中获进展
功能性状指有机体所具有的与其定植、存活、生长和死亡相关的系列属性。功能性状科研人员通常认为，物种的功能性状决定群落中物种的存活率、生长率和死亡率。但全球诸多研究表明，最常用的植物形态性状与群落物种动态的关联并不紧密，在生活史周期较长的树种群落更是如此。基于此，中国科学院西双版纳热带植物园森林生态
我国已完成31个大豆基因组重测序
由香港中文大学、华大基因研究院、农业部、中国科学院等单位合作的“大豆回家”项目研究成果，“31个大豆基因组重测序揭示遗传多样性和进化选择模式”11月14日在国际著名杂志《自然—遗传学》上在线发表。 该研究首次对野生大豆和栽培大豆全基因组进行了大规模遗传多态性分析，为全球大豆的遗传学研
Genome－Res：全基因组测序追踪耐药细菌传播机制
耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）是一种常见的引发院内感染的致病菌，其也是资源不足医院感染的一大负担，此前当资源较好的临床机构运用全基因组测序来追踪MRSA的扩散时，针对有限的感染控制的传播动力学常常并不清楚，近日，来自剑桥大学的研究人员就利用全基因组测序的技术揭示了高传播率的资源受限医院中M
全基因组测序是癌症诊断的强有力工具
一位没有明显癌症家族史的妇女却罹患了早发性乳腺癌和卵巢癌，以及与治疗有关的急性髓细胞样白血病。研究人员对这名妇女进行了全基因组测序，所用的是从该患者的皮肤和骨髓中获取的DNA。在许多被怀疑患癌症可能性增加了的病人中，常规性的候选基因测试（如BRCA1 和 BRCA2突变检测）无法显示出有用的
全基因组测序可作为一线诊断工具
近日，一项涉及54个国家1000个家庭的研究表明，全基因组测序对未确诊疾病的诊断率比经典遗传诊断方法还高。科学家们呼吁将全基因组测序作为未确诊疾病的一线诊断工具，以给患者带来更好的医疗护理。相关结果以《Clinical exome sequencing: results from 2819 sa
近期全基因组测序研究进展一览
【1】Cell：全基因组测序揭示出自闭症新的基因变异doi：10.1016/j.cell.2017.08.047自闭症有遗传的根源，但是大多数病例并不能够通过当前的遗传测试加以解释。如今，在自闭症儿童中发现的基因组模式---细胞内完整的一套遗传指令---揭示这种出这种疾病的一种新的遗传特征。这种特征
JAMA：全基因组测序用于临床仍存在技术挑
据3月12日发表在《美国医学会杂志》上的一则研究报告披露，在一项有12名成年人参与的探索性研究中，应用全基因组测序(WGS)与不完整的遗传性疾病基因的覆盖、检测具有最高潜在临床影响的基因变异的低复验性，以及临床报告发现的不确定性有关，尽管在某些案例中，WGS会发现基因变异株从而引入早期的医疗干预
我国科学家率先完成枣全基因组测序
日前，河北农业大学教授刘孟军团队与深圳华大基因科技服务有限公司合作，在世界上率先完成枣树的高质量全基因组测序，使枣树成为世界鼠李科植物和我国干果树种中第一个完成基因组测序的物种。《自然—通讯》10月29日在线发表了该成果。 刘孟军说，其团队自2010年启动枣基因组计划，从枣基因组大小
Science新闻：英国公布大型全基因组测序计划
基因分析技术在快速发展，昨日英国首相宣布了一项大型计划，将对患有癌症及罕见疾病的十万英国人进行全基因组测序。现在许多国家都在为治疗疾病而努力解码国民的DNA，而英国这一新项目的不同之处在于，其测序的是全基因组而非基因组个别区域。 英国首相David Cameron在声明中称，英国国民医
《PLoS生物学》：老鼠全基因组测序图公布
最新一期的开放存取的《公共科学图书馆·生物学》(PLoS Biology)杂志上，美国、英国和瑞典的研究人员公布了老鼠的全基因组测序图。老鼠成为继人类之后第二个完成全基因组测序的哺乳动物。 在对人类和老鼠的基因测序图进行综合性比较后，研究人员发现两者之间的遗传差异要比人们预想的大得多。老鼠
首个中国地区古人全基因组数据被测序
近日，《当代生物学》发表了首次针对中国地区古人类的全基因组研究成果。该项目由中国科学院古脊椎动物与古人类研究所和德国马普进化人类研究所等团队合作完成，研究分析了距今4万年前出土于北京房山田园洞的一具男性个体基因组，发现东亚早期人群组成十分复杂。 虽然欧洲和西伯利亚地区都有古人类样本基因组被测序
谢晓亮：单细胞全基因组测序曙光初现
谢晓亮 12月21日出版的美国《科学》杂志发表了题为《单细胞全基因组测序探索精子重组规律和遗传缺陷》的论文。同时，该期《科学》杂志也将单细胞全基因测序列为2013年六大值得关注的科学领域之一。 该论文由美国科学院院士、哈佛大学教授谢晓亮课题组与北京大学生物动态光学成像中心（
中国科学家PNAS发布辣椒全基因组测序
辣椒(Capsicum annuum)是一种重要的经济作物，它在满足人们口腹之欲的同时，还是世界上广为使用的药物。辣椒富含维生素和营养，可以用来生产许多药物、天然染色剂和化妆品。 为了更好的理解辣椒属的进化、驯化和特化，四川农业大学玉米研究所、遵义农科院辣椒研究所、华南农业大学园艺学院
震惊！全基因组测序还能这样用在癌症治疗上？
近年来，随着全基因组测序所需时间和成本的降低，个体化治疗将造福更多的癌症患者。近日发表于《Nature Medicine》的一项研究表明，开发新的机器学习算法对肿瘤全基因组序列信息进行分析，有助于预测患者的预后，帮助患者选择最佳的治疗方案。 全基因组测序（Whole-genome seque
脑癌细胞系全基因组测序首次完成
其所揭示的新分子靶标将有助于开发出更具效力和更少毒性的药物 美国加州大学洛杉矶分校琼森综合癌症研究中心的科学家在1月29日的《公共科学图书馆·遗传学》(PLoS Genetics)专刊上发表论文指出，他们首次完成了脑癌细胞系全基因组测序，这也是截至目前对单个癌症细胞系所做的最为彻底的测序分析。
关于全基因组测序的研究结果分析介绍
① 全基因组测序的研究结果— NCI-H209细胞系基因组中，共检测到22,910个碱基替换、65个插入缺失（Indels）、58个结构变异；在基因组的编码区，除了发现RB1 和TP53基因发生点突变和MLL2基因由于发生了G>T的颠换，从而产生了pre-stop codon外，有94个点突变直
基因是否表达，做个cfDNA全基因组测序就可揭晓
8月29日，《Nature Genetics》杂志上的研究表明，血循环游离DNA（cfDNA）可提供线索来预测基因的表达。 全基因组测序就能知道基因是否表达 基因表达(gene expression)是指细胞在生命过程中，把储存在DNA顺序中的遗传信息经过转录和翻译，最后转变成具有生物活性的
Illumina推出Nextera－DNA－Flex全基因组测序制备产品
近日，Illumina宣布推出一款全新的全基因组测序(WGS)文库制备产品——Nextera DNA Flex，它让全血和唾液样本省去了样本制备，也让文库制备流程跳过了一些繁琐步骤，比如DNA的机械片段化、定量和归一化。Nextera DNA Flex提供了一个快速、整合的流程，适合广泛的应用，
全基因组测序解决虎亚种纷争：6亚种体系
研究人员运用群体基因组学方法描绘了迄今为止最完整的虎演化史，解析了其自然选择和生态适应性的遗传基础，确认了现存虎应划分为孟加拉虎、马来虎等6亚种，由此解决了数十年以来关于虎亚种划分的争议，奠定了世界虎保护单元策略制定的科学基础。 虎的物种形成时间大约在2-3百万年前，群体基因组学分析将现代虎的
研究揭示伯乐树历史谱系分化和基因组脆弱性
中国科学院华南植物园研究员康明团队在广东基础与应用基础研究旗舰项目的资助下，对伯乐树谱系分化和基因组脆弱性研究取得新进展，揭示了伯乐树的历史谱系分化和基因组脆弱性。相关成果近日发表于《进化应用》（Evolutionary Applications）。东亚亚热带森林以其丰富的物种多样性和特有性而著称，
研究揭示树种菌根类型对温带森林群落结构的调控机制
森林是陆地生态系统的主体，因而针对森林群落结构及其影响因素的研究一直受到广泛关注，为林业生产和管理提供重要参考。然而，以往研究多关注土壤养分等环境因子对森林群落结构的影响，结果发现存在很大不确定性。土壤微生物作为重要的生物因子，其对群落结构的影响也逐渐受到重视。近期大量的控制实验研究表明，土壤微
保护树种多样性可提升森林生长和抵御干旱
9月19日，《自然—地球科学》在线发表了中科院青藏高原所生态系统功能与全球变化团队汪涛研究员等的一项最新研究发现：保护树种多样性，可显著提升森林应对干旱的抵抗力。该研究团队绘制了首幅全球树种多样性对森林抵抗力影响的空间分布图，为旱区造林绿化、稳定森林碳汇功能提供了科学依据。据经典生态学理论预测，物种
快速全基因组测序提升儿童罕见病早诊水平
罕见病通常被定义为发病率0.65‰至1‰的疾病，罕见病种类繁多，现已知约有7000多种罕见病。尽管罕见病发病率低，但由于我国人口基数巨大，我国罕见病患者总数预计超过千万人。7月17日，中国罕见病联盟指导、北京病痛挑战基金会主办的“2021第三届罕见病合作交流会”在北京举行，与会专家学者围绕“健
AJMG：全基因组测序方法破解儿童罕见疾病大难题
近日，来自美国翻译基因组学研究院(Translational Genomics Research institute)的研究人员通过研究鉴别出了能够引发儿童机体异常和发育迟缓的基因突变，相关研究刊登于国际杂志American Journal of Medical Genetics上。基于对6岁儿
健康个体全基因组测序，竟发现罕见病遗传风险！
全基因组测序涉及对个体DNA中30亿个碱基的分析，是一项先进的生物技术，这项技术将迎来预测和预防疾病的新纪元。 然而，对健康人群使用基因组测序是有争议的，因为没有人完全确定具有稀有遗传病风险的变异以及患者和他们的医生将如何应对这些风险。 在哈佛医学院研究员6月26日发表的一篇新文章中，报告了
中国科学家破译大黄鱼全基因组测序
由浙江海洋学院院长吴常文领衔，上海交通大学、复旦大学等机构科学家参加的研究团队最近联合破译了大黄鱼全基因组测序，构建了大黄鱼基因组图谱，并成功解析其先天免疫系统基因组特征。日前，该研究成果发表在《自然》杂志上。这是继半滑舌鳎之后，我国公布的第二个海水鱼类的基因组图谱，也是世界上第一个石首科鱼类基
美国科学家开发全基因组测序水稻变体
水稻不仅是全球一半人口的主食，也为研究能源作物提供了模型。为优化生物燃料作物，科学家正寻找决定水稻产量、抗病性和灌溉效率等性状的基因。 最近在《植物细胞》杂志刊登的一篇论文中，美国加州大学戴维斯分校的研究团队与来自能源部联合基因组研究所的合作者，宣布开发出粳稻Kitaake的第一个全基因组测
我国学者完成山刺番荔枝全基因组测序
近日，华南农业大学林学与风景园林学院副教授唐光大与福建农林大学教授刘仲健团队合作完成了山刺番荔枝的全基因组测序。相关成果发表于Ornamental Plant Research。山刺番荔枝花和果实图。研究团队 供图 该研究通过比较基因组学分析表明木兰科植物是真双子叶植物的姐妹，而基于串联法（A
全基因组测序揭示喀斯特植物适应性进化机制
中国南方喀斯特起源古老、分布广泛，被认为是生态与进化研究的“天然实验室”。中国科学院华南植物园研究员康明团队等完成了首个喀斯特植物怀集报春苣苔的全基因组测序。相关研究近日在线发表于《新植物学家》。 喀斯特植物是我国植物多样性和特有性的重要组成部分，但迄今为止对喀斯特植物的多样性起源和适应性进
Cell：全基因组测序揭示人类遗传多样性
遗传的历史就书写在现代非洲人的DNA中，但还需要一些调查工作来对其进行注释。在即将出现在8月3号《细胞》(Cell)杂志封面上的一篇报道中，宾夕法尼亚大学的遗传学家们和他们的同事对分属三个不同狩猎者(hunter-gatherer)群体的15个非洲人的完全测序基因组进行了分析，并破解了一些必定涉