2022年PacBio营收1.28亿美元，继续专注长度条测序
Pacific Biosciences近日发布2022年财政报告，由于用户等待该公司最新的 Revio 长读长测序仪导致其他测序仪器需求下降，其 2022 年第四季度收入同比下降 24%。2022年收入1.28亿美元，较上年1.31亿降低1.7%；净亏损3.14亿美元。第四季度概况 第四季度总收入为 2740 万美元，低于 2021 年第四季度的 3600 万美元，略高于华尔街普遍预期的 2620 万美元。 这一结果与该公司上个月在摩根大通医疗保健会议上提供的 2730 万美元的初步估计相符。 当时，该公司宣布客户在第四季度订购了 76 台 Revio 测序仪。 本季度产品收入总计 2280 万美元，比 2021 年第四季度的 3120 万美元下降 27%，而服务和其他收入从 490 万美元下降 6% 至 460 万美元。 仪器收入总计 610 万美元，不到上年同期 1620 万美元的一半，消耗品收入为 1670 万美元......阅读全文
单分子测序改善微生物基因组组装
美国国家生物防卫分析和反制中心的研究人员近日在《Genome Biology》上发表文章，介绍了SMRT技术在微生物基因组组装上的应用。他们认为，单分子测序数据能降低测序费用，并带来更多完整的基因组，改善微生物基因组数据库的质量。 随着测序费用的不断下降，测序项目的数量也在不断上升。G
单分子测序轻松升级参考基因组
现代基因组学的最大需求之一，就是得到人类和模式生物的高质量完成基因组。目前，人们利用二代测序技术对越来越多的物种(从原核生物到真核生物)进行了基因组测序，取得了许多重要的研究成果。 不过大部分物种的基因组还中存在有大量的缺口gap，就目前的数据来说，各种已测序物种的基因组中缺口gap所占的
PacBio首次确认一种疾病大片段缺失突变
二代测序为生命科学研究带来了翻天覆地的变化，但是越来越多研究表明这种短读长测序 (short-read sequencing, SRS)虽然高通量，成本低，然而对于串联重复序列、高GC/AT序列、高度多态性区域、高度同源区域以及大片段结构变异的检测能力非常有限，难以全方位的捕捉基因组的变化。据估
Nature：借助第三代测序韩国发表最连续人类基因组
国立首尔大学医学院的研究人员和美国被誉为“测序黑马”的公司——10x Genomics联合运用去年新发售的GemCodeTM测序平台以及第三代测序PacBio单分子实时测序平台在本期的Nature上发表了一项新的研究，对一名韩国人的基因组（AK1）进行从头组装和单倍体型定相信息分析。这是迄今为止
Nature子刊：“五谷”之一重要作物糜子的高质量基因组组装
糜子是起源于中国的古老作物，相关文献报道糜子在中国已经有超过1万年的栽培历史，是少数最古老的农作物之一。糜子是中国传统“五谷”中的一种。古代文献中出现的黍和稷分别为糥性和非糯性的糜子，在中华农耕文化中具有重要地位。同时，糜子具有较短的生长周期以及极强的非生物胁迫抗性，也是典型C4高光效作物。然而
Cell：染色体水平油松基因组组装和甲基化研究取得进展
近期，北京林业大学生物科学与技术学院联合安诺优达在国际知名期刊Cell（IF：41.582）在线发表了题为“The Chinese pine genome and methylome unveil key features of conifer evolution”的研究文章，研究者对油松进行了
浅谈NGS的这10年（三）
454平台和Ion Torrent平台相比于其他的短读长平台而言，能够提供较长的read读长，分别大约在700bp与400bp，因此在基因组结构较为复杂的研究上应用 较多。然而，由于同样都是基于SNA技术，它们都拥有相同的缺点。虽然，其在非碱基多聚体（non-homopolyme
Sanger采用SMRT测序技术获得－NCTC－3,000株细菌基因组图谱
英国著名的Wellcome Sanger研究所与Pacific Biosciences（PacBio）合作已完成了对英国公共卫生部国家标准菌库NCTC中 3,000多株细菌的基因组的测序工作，其中包括一些世界上最危险的细菌，如引起鼠疫、痢疾和霍乱的细菌。通过解码DNA，研究人员能够更好地了解细菌
利用longread生成个人转录组
斯坦福大学医学院的遗传学教授Michael Snyder及其同事利用Pacific Biosciences系统，对三个家庭成员的类淋巴母细胞转录组进行了测序，并将获得的reads与Illumina平台上获得的较短reads进行比较。通过这些转录组，他们开发出一名家庭成员的等位基因特异的全长转录组
首个草莓完整基因组发布
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/2/494423.shtm草莓是蔷薇科植物，在世界范围内被广泛栽植。其约有25个种，倍性十分丰富，从二倍体到十倍体均有。森林草莓作为草莓二倍体模式种，有很大的研究价值。2018年GigaScience发表了利用
哪个长度质粒转化效率最高
线性。质粒的大小和质量线性化还是超螺旋会影响转染结果，超螺旋质粒的转染效率比线性DNA高得多，特别是瞬时转染，而线性化DNA的长度质粒转化效率最高。
粗糙度长度的定义
粗糙度长度是指在边界层大气中，近地层风速向下递减到零时的高度（以零平面位移高度为高度起点）。
定量PCR仪引物长度设定
① 引物长度 一般引物长度为18~30碱基。总的说来，决定引物退火温度（Tm值）最重要的因素就是引物的长度。有以下公式可以用于粗略计算引物的退火温度。 在引物长度小于20bp时：[4(G+C)+2(A+T)]-5℃ 在引物长度大于20bp时：62.3℃+0.41℃(%G-C)-
气相色谱柱安装长度
气相色谱柱是气相色谱仪的核心部分，所以色谱柱的使用、保养与维护的内容就很重要，本文主要介绍关于气相色谱柱的相关知识。 一、气相色谱柱的安装 首先，当然是色谱柱的安装。安装色谱柱可以说是气相色谱使用的入门级操作，大家一般情况下都是驾轻就熟的。但是，有几个问题还是要提起注意： 1、先将密封垫套
定量PCR仪引物长度设定
① 引物长度 一般引物长度为18~30碱基。总的说来，决定引物退火温度（Tm值）最重要的因素就是引物的长度。有以下公式可以用于粗略计算引物的退火温度。 在引物长度小于20bp时：[4(G+C)+2(A+T)]-5℃ 在引物长度大于20bp时：62.3℃+0.41℃(%G-C)-
【罗氏诊断】讲个故事：大Boss的春天在哪里
辉煌过没落了，飘荡着忧伤；虽有希望，但罗氏面前，迷雾重重。 辉煌与没落 2013年10月，罗氏悄悄地启动454 Life Sciences关闭进程：130名雇员的解聘将在2014-2016年内逐步进行，2015年454测序仪生产计划完成后 ... 辉煌过没落了，飘荡着忧伤；虽有希望，但罗氏面前，
PacBio助力100K基因组计划最新进展
今年1月我们报道了Pacific Biosciences公司加入100K基因组计划，该计划将对10万种食源性病原微生物基因组进行测序。最近，该项目研究者宣布，利用PacBio单分子实时(SMRT)测序技术，他们已经完成了20种食源性病原微生物的基因组，并且已经将序列和完整的表观遗传学信息发布
测序仪：一台也许并不够
如今，基因组测序的新闻已变得司空见惯，不像几年前，基因组草图甚至能登上杂志的封面。随着测序仪的价格不断下探，你也考虑购入一台。挑来选去，不知哪一台更好。在这一期的《BioTechniques》上，Jeffrey Perkel告诉你，一台也许并不够。 新一代测序仪在上市之初，价格高昂，仅限“土豪
基因检测，一台测序仪并不够
如今，基因组测序的新闻已变得司空见惯，不像几年前，基因组草图甚至能登上杂志的封面。随着测序仪的价格不断下探，你也考虑购入一台。挑来选去，不知哪一台更好。在这一期的《BioTechniques》上，Jeffrey Perkel告诉你，一台也许并不够。 新一代测序仪在上市之初，价格高昂，仅限“土豪
Sanger研究所测序3,000种危险细菌
对于人类而言，细菌扮演着多重角色，有时是亲密的伙伴，有时是致命的敌人。英国著名的Wellcome Sanger研究所近日与Pacific Biosciences（PacBio）合作，测序了3,000多种细菌的基因组，其中包括一些世界上最危险的细菌。 这些细菌是由英国国家菌种保藏中心（NCTC
希望组自主三代组装软件NextDenovo最新版本全球学术开源
希望组面向全球释放三代测序数据高效纠错、组装软件NextDenovo最新版本V2.0-beta.1 （https://github.com/Nextomics/NextDenovo），并免费开放用于学术和其他非商业用途。据悉，本次希望组发布的最新版本NextDenovo是专为三代测序数据开发的纠
PacBio全新Sequel－II系统助力入侵物种的鉴定
对于美国葡萄园和苹果园的园主来说，斑衣蜡蝉（spotted lanternfly）简直是噩梦一般的存在。这种贪婪的食客吸食葡萄、苹果等70多种植物的汁液。若任其蔓延，将会造成数百亿美元的损失。 不过好消息是，美国农业部的科学家近日已利用PacBio新推出的Sequel II测序系统，对一只田间
测序简史（三）
什么是miRNA测序成熟的microRNA（miRNA）是17~24nt的单链非编码RNA分子，通过与mRNA相互作用影响目标mRNA的稳定性及翻译，最终诱导基因沉默，调控着基因表达、细胞生长、发育等生物学过程。基于第二代测序技术的microRNA测序，可以一次性获得数百万条microRNA序列，能
Nature－Methods：放在背包里的测序仪
人们盼星星、盼月亮，总算等到了纳米孔测序仪开放试用。如今，1000多个实验室测试了MinION测序仪，并发表了结果。他们在这一期的《Nature Methods》上介绍了他们的使用体会。而更多的产品也在开发之中。 纳米孔（nanopore）技术让核酸分子穿过直径只有几纳米的孔而确定其序列。这个
观点：国人不要再在三代测序仪上犯同样错误了！
作者：天津南开大学生命科学学院 高山 华大基因购入首台单分子测序仪PacBio RS II。看到这个消息，华大进入单分子领域太晚了。 我刚到美国的时候，2011年看好这技术，2012年开始写第一本中文手册，后面就想到中国会大肆购买，然后2013年写标书，2014年基金评审被毙。 其实当时就
一代测序、二代测序及三代测序的应用对比
一、初现庐山真面目 一代测序：又称Sanger测序(多分子，单克隆) 历史：第一代DNA测序技术(又称Sanger测序)在1975年，由Sanger等人开创，并在1977年完成第一个基因组序列(噬菌体X174)，全长5375个碱基。研究人员经过30年的实践并对技术及测序策略的不断改进(如使用
一代测序、二代测序及三代测序的应用对比
一、初现庐山真面目 一代测序：又称Sanger测序(多分子，单克隆) 历史：第一代DNA测序技术(又称Sanger测序)在1975年，由Sanger等人开创，并在1977年完成第一个基因组序列(噬菌体X174)，全长5375个碱基。研究人员经过30年的实践并对技术及测序策略的不断改进(如使用
“鹦鹉学舌”基因被解码亦有望解释癌细胞
据外媒报道，有科学家称，他们组合了一条更完整的基因链条，这个基因链条可以控制鹦鹉模仿主人和其他声音的能力。 研究者用一种新技术分解了鹦鹉的基因组中的某个区域，进行了单分子测序，并用来自较早的DNA解码设备的数据对其进行了纠错。研究者还解码了来自玉米和细菌的难以测序的基因物质，以此来证明他们
美国研究人员成功解码学习能力相关基因
生物探索网站报道 据外媒报道，有科学家称，他们组合了一条更完整的基因链条，这个基因链条可以控制鹦鹉模仿主人和其他声音的能力。 研究者用一种新技术分解了鹦鹉的基因组中的某个区域，进行了单分子测序，并用来自较早的DNA解码设备的数据对其进行了纠错。研究者还解码了来自玉米和细菌的难以测序的基因物
NGS样品制备：来自五位专家的建议
对于新一代测序（NGS）而言，样品制备的重要性不言而喻。每次测序的成本可不低，若样品制备得不好，则实验就会彻底糊掉。在此，五位专家就如何改善NGS的样品制备过程，提出了他们的宝贵建议。 欧洲分子生物学实验室（EMBL）的技术人员Ferris Jung： 你需要密切留意起始材料的质量。无论样品