北京生科院最新研究进展
4月12日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队在《自然-实验手册》（Nature Protocols）上，发表了题为Full-length circular RNA profiling by nanopore sequencing with CIRI-long的研究论文，建立了环形RNA全长转录本解析和高效挖掘的技术体系。 近年的研究表明，环形RNA在真核生物体内具有广泛的生物学功能。环形RNA序列与线性RNA相似度高，因此如何高效鉴定环形RNA特有的外显子结构，是环形RNA研究中的重要问题。针对这一问题，赵方庆团队前期提出了CIRI-AS算法（基于BSJ读段对比结果对环形RNA内部可变剪接结构进行识别）。后续研究开发了CIRI-full算法（通过识别双端250bp测序数据中反向重叠区特征，对500bp以内的环形RNA进行全长重构）。由于上述方法主要基于短读长测序技术，难以对长度500bp以上的环形RNA的全长......阅读全文
RNA提取心得（组织RNA提取和培养细胞的RNA提取）
一.组织RNA提取 1.最好新鲜组织，这样RNA提取的效果比较好，这是肯定的。 2. 如果不是新鲜的（最好在半年之内，-80℃或者液氮中冻存的）组织，注意不要反复冻融，从冰冻状态拿到0-4℃，注意不要拿到常温，待组织解冻后，用 DEPC泡过的剪刀剪一小块组织，称重后，放到预冷的匀浆器中，然后
Troubleshooting－for－PCR－and－multiplex－PCR
Troubleshooting discussion is based on the PCR protocol as described in the table below. All reactions are run for 30 cycles.COMPONENTVOLUMEFINALCONCE
PCR简介/PCR仪
PCR的要素基本的PCR须具备PCR仪图册1.要被复制的DNA模板 Template2.界定复制范围两端的引物Primers.3.DNA聚合酶Taq. Polymearse4.合成的原料（四种脱氧核苷酸）及水。 PCR仪工作原理利用升温使DNA变性，在聚合酶的作用下使单链复制成双链，进而达到基因复制
多重PCR（Multiplex－PCR）
一般PCR仅应用一对引物，通过PCR扩增产生一个核酸片段，主要用于单一致病因子等的鉴定.多重PCR(multiplex PCR)，又称多重引物PCR或复合PCR，它是在同一PCR反应体系里加上二对以上引物，同时扩增出多个核酸片段的PCR反应，其反应原理，反应试剂和操作过程与一般PCR相同. 多
多重PCR（Multiplex－PCR）
一般PCR仅应用一对引物，通过PCR扩增产生一个核酸片段，主要用于单一致病因子等的鉴定.多重PCR(multiplex PCR)，又称多重引物PCR或复合PCR，它是在同一PCR反应体系里加上二对以上引物，同时扩增出多个核酸片段的PCR反应，其反应原理，反应试剂和操作过程与一般PCR相同. 多
重叠PCR—overlap－PCR
1、简介 重叠PCR也是基本的PCR原理：变性-退火-延伸。不同的是在重叠PCR过程是两个或者几个片段重叠延伸之后，再进行指数扩增的PCR过程。 2、基本原理*步：PCR产生两个或者几个片段，这几个片段之间必须有重叠区。 第二步：以两个片段为例，见上图，*步产生的两个片段，A D链之间有互补，B
RNA干扰相关知识RNARITS）
RNA-induced initiation of transcriptional gene silencing（RITS）：是一种组织染色质变型的复合物。RITS复合物也包含Dicer加工形成的siRNA和AGO蛋白质，通过结合到异染色质的基因池上来促使异染色质上基因的沉默。
RNA干扰相关知识RNARISC
RNA-induced silencing complex（RISC）：一种RNA-蛋白质复合物，通过与目标mRNA完全或者部分的互补配对来实施切割或者翻译抑制功能。SiRNA组装siRISC，miRNA组装miRISC。RISCs（无论siRISC还是miRISC）包括两种类型：切割型和不切割型。
反义技术——RNA干扰（RNA－interference，RNAi）
最近由于RNA干扰（RNA interference，RNAi）的发现使反义领域的研究增多。这种自然发生的现象最早是在秀丽线虫中发现的（1），是序列特异性地使转录后的基因沉默的有力机制。由于最近两年在RNAi领域取得的进步，已经有许多这方面的综述发表（2-4）。RNA干扰是由长的双链 RNA
RNA分离与分析实验_分离RNA
实验材料标记细胞试剂、试剂盒乙酸缓冲液仪器、耗材漩涡器实验步骤1. 收获标记细胞。2. 小心处置上清液，用含 0.3% SDS 的 10 mmol/L 乙酸缓冲液悬浮细胞沉淀，每 1 ml 压积细胞用 10 ml 缓冲液。3. 于室温用漩涡器振荡裂解细胞。4. 加等体积的水饱和酚，充分混匀，于 60
信工所在算法研究中获进展
人工智能国际联合大会（IJCAI）是AAAI协会两年一度的学术性会议，是世界顶级的人工智能会议之一，2015年7月将在阿根廷布宜诺斯艾利斯举办。中国科学院信息工程研究所信息安全国家重点实验室助理研究员郭晓杰完成的两项工作Robust Subspace Segmentation by Simult
新算法让监控复杂系统变简单
在一个复杂系统中，如包含了2万个互相联系的基因的人类基因组，要想一次监控整个系统几乎是不可能的。据物理学家组织网近日报道，来自美国东北大学、麻省理工大学等单位的研究人员开发出一种新算法，能识别出复杂系统的子单位或必要结点，使监控大型复杂系统成为可能。相关论文发表在最近出版
Google－DeepMind打破十年算法瓶颈
·排序算法是世界各地的计算机不断使用的基本功能，虽然数十亿人每天都在使用该算法，但没有人意识到算法还存在优化空间。Google DeepMind表示：“看起来，现在AI不仅可以帮人写代码，而且可以帮我们写出更好的代码。”·“通过优化和推出全球开发人员使用的改进排序和哈希算法，AlphaDev展示了其
AI程序攻克围棋的算法秘密（二）
但让我们想想，人类是怎样下棋的？假设目前您身处比赛中的特定阶段。根据游戏规则，你可以作出十几种不同的选择——在此处移动棋子或者在那里移动皇后等等。然而，你真的会在脑袋里列出所有能走的棋步，并从这份长长的清单中作出选择吗？不不，你会“直观地”将可行范围缩小至少数几种关键性棋步（这里假定您提出了
AI程序攻克围棋的算法秘密（五）
在本节中，大家应该对MCTS算法的工作原理拥有更为深入的理解。请别担心，迄今为止提到的全部内容应该足以支持您顺利掌握相关内容。惟一需要注意的是我们如何使用策略概率与估值方法。我们在铺展过程中将二者结合在一起，从而缩小每次落子时需要探索的具体范围。Q（s，a）表示估值函数，u（s，a）则代表该位置的已
实验离心技术的基本计算法（一）
一、一般计算设离心转头以匀角速度ϖ在离心室中等速旋转，悬浮在离心管或转头中溶剂内的颗粒（被分离的）的密度为σ，溶剂（或梯度材料）的密度为ρ，粘性系数为η。颗粒所在位置与旋转中心距离r,颗粒本身体积为V。根据经典的牛顿力学基本原理，质量为m的颗粒受到的离心力为：用 N=rpm=转/分来表示定义 RCF
AI程序攻克围棋的算法秘密（一）
这篇文章的主角是AlphaGo，谷歌DeepMind团队开发出的围棋AI。其凭借着2016年击败全球顶尖棋手李世石的壮举而广受瞩目。围棋是一种古老的棋类游戏，每一步都存在诸多选择，因此接下来的落子位置很参议会预测——要求对弈棋手拥有强大的直觉与抽象思维能力。正因为如此，人们长久以来一直认为只
AI程序攻克围棋的算法秘密（三）
另外，我们还希望能够构建起一套略有不同的策略网络版本； 其应该更小巧且速度更快。可以想象，如果Lusha的经验非常丰富，那么其用于处理每个位置的时间也将相应延长。在这种情况下，虽然她能够更好地缩小合理落子范围，但由于整个过程会不断重复，因此耗费时间可能会过长。所以，我们需要为这项工作
AI程序攻克围棋的算法秘密（四）
不过这样的训练方式其实存在一个问题。如果其只在练习中对抗同一个对手，且该对手也一直贯穿训练始终，那么可能无法获得新的学习经验。换言之，该网络所学到的只是如何击败对方，而非真正掌握围棋的奥秘。没错，这就是过度拟合问题：你在对抗某一特定对手时表现出色，但却未必拥有对付各类选手的能力。那么，我们该
HFSS算法及应用场景介绍（二）
IE算法是三维矩量法积分方程技术，支持三角形网格剖分。IE算法不需要像FEM算法一样定义辐射边界条件，在HFSS中主要用于高效求解电大尺寸、开放结构问题。与HFSS FEM算法一样，支持自适应网格技术，也可以高精度、高效率解决客户问题，同时支持将FEM的场源链接到IE中进行求解。HFSS-I
HFSS算法及应用场景介绍（三）
混合算法（FEBI，IE-Region，PO-Region，SBR+ Region）前面对频率内的各种算法做了介绍并说明了各种算法应用的场景，很多时候碰到的工程问题既包括复杂结构物理也包括超大尺寸物理，如新能源汽车上的天线布局问题，对仿真而言，最好的精度是用全波算法求解，最快的速度是采用近似算求解，
实验离心技术的基本计算法（二）
也可以表达为四、沉降时间计算：（1）、一般分析沉降时间可以对t的积分求得：设颗粒起始位置的rmin，沉降终了位置为 rmax，从 rmin沉降到 rmax所需要的时间为：很明显如果给出了沉降时间就可以算出沉降系数： 对现代离心机，ω2 Ts在离心过程中可自动计算，这样计算就十分简单，针对（11）式，
进化算法可解决风电机选址问题
据美国物理学家组织网报道，澳大利亚阿德莱德大学的计算机科学家们日前宣称，通过进化算法(Evolutionary Algorithms，EA)可以更高效、精确的完成风力涡轮机的选址工作，这些位置信息都通过精确计算得来，是最优化的结果，可使安置其上的风电场获得更高的发电效率。 负责该项研究的阿德
决策树CART算法优点和缺点
CART的全称是分类和回归树，既可以做分类算法，也可以做回归。决策树的优缺点：优点：1.可以生成可以理解的规则。2.计算量相对来说不是很大。3.可以处理连续和种类字段。4.决策树可以清晰的显示哪些字段比较重要缺点：1. 对连续性的字段比较难预测。2.对有时间顺序的数据，需要很多预处理的工作。3.当类
实验离心技术的基本计算法（三）
五、沉降系数的近似计算（Ⅰ）利用速率一区带密度梯度离心作沉降系数的近似计算；用超速（ 40000~42000转/分）细长离心管（ 10~13毫升，离心管长 9~10厘米）选用线性梯度或凸指数梯度（可以提高在较高密度区的分辨率）。测定样品在相同的离心条件下（温度、转速、加减速速率，转头、离心管样品量，
HFSS算法及应用场景介绍（一）
前言相信每一位使用过HFSS的工程师都有一个疑问或者曾经有一个疑问：我怎么才能使用HFSS计算的又快又准？对使用者而言，每个工程师遇到的工程问题不一样，工程经验不能够直接复制；对软件而言，随着HFSS版本的更新，HFSS算法越来越多，针对不同的应用场景对应不同的算法。因此，只有实际工程问题切合合适的
遗传算法的基本运算过程
遗传算法的基本运算过程如下： （1）初始化：设置进化代数计数器t=0，设置最大进化代数T，随机生成M个个体作为初始群体P(0)。 （2）个体评价：计算群体P(t)中各个个体的适应度。 （3）选择运算：将选择算子作用于群体。选择的目的是把优化的个体直接遗传到下一代或通过配对交叉产生新的个体再遗传到下一
拥有－“嗅觉”－的新神经算法芯片介绍
前言： 人类除视觉、听觉之外，在嗅觉研究上有新突破，带来新想象空间和应用空间，人类对大脑的认知以及类脑芯片、AI芯片又跨上新台阶，未来的芯片发展之路又有可能另辟蹊径。类似人类大脑的神经拟态芯片神经拟态计算一直被寄予厚望。就算摩尔定律终结，它仍能继续带领信息时代向前。神经拟态计算可以大幅度提升
HFSS算法及应用场景介绍（四）
在HFSS中，使用eigenmode算法可计算三维结构谐振模式，并可呈现图形化空间的谐振电压波动，分析结构的固有谐振特性。依据谐振分析的结果，指导机箱内设备布局和PCB层叠布局，改善电磁兼容特性。图13、Eigenmode算法应用场景总结HFSS里面有各种不同的算法，有全波算法、近似算法以及时域算法
普通PCR梯度PCR－原位PCR－荧光定量PCR仪的区别
普通PCR仪： 一般把一次PCR扩增只能运行一个特定退火温度的PCR仪，称之为普通PCR仪，也就是传统的PCR仪。如果要用它做不同的退火温度则需要多次运行。如；（ABI 2720） 梯度PCR仪： 一次性PCR扩增可以设置一系列不同的退火温度条件（通常12种温度梯度）的称