“唐尧”基因组已取得历史性突破意味着什么？
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/2/517003.shtm何忠(化名)没有想到，自己身上不到20毫升的血液样本，竟成就了一项被中国工程院院士、哈尔滨医科大学党委书记张学评价为“我国乃至世界范围内里程碑式的事件”的成果。利用何忠的血液样本，北京大学人民医院教授高占成团队和中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)研究员康禹团队首次在世界范围内成功完成从端粒到端粒的中国人全基因组，获得包括Y染色体在内的高质量真实人类二倍体以及完整无间隙的全基因组参考序列(44+XY)。因为这个采样点位于山西省临汾市——几千年前尧帝建立的古唐国遗址附近，研究团队将该参考基因组命名为“唐尧”。在人们印象中，人类基因组图谱早已公布，如今普通人的基因组也很容易被测出来。为何“唐尧”基因组会被评价为“里程碑式的事件”，这一基础研究领域的突破意味着什么？科技日报记者对此进行了采访。 &nbs......阅读全文
叶绿体基因组的概念
采用高盐、低pH值法提取雷蒙德氏棉叶绿体DNA;通过物理剪切法获得随机断裂的DNA片段;剪切片段末端、补平修饰后与pCC1FOS载体连接;用噬菌体包装蛋白包装重组DNA,侵染大肠杆菌EPI300,构建了雷蒙德氏棉叶绿体基因组文库。对于叶绿体DNA剪切,以1 mL注射器中等速度吸打18次为最佳参数。
镶嵌基因组的定义
中文名称镶嵌基因组英文名称mosaic genome定 义由不同生物基因组的DNA序列经过重新组合而形成的一套杂合的生物体基因。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），核酸与基因（二级学科）
表观基因组的概念
中文名称表观基因组英文名称epigenome定 义全基因组的甲基化图谱。应用学科遗传学（一级学科），基因组学（二级学科）
基因组大小如何决定？
基因组大小是一个拷贝的单倍体基因组中DNA碱基对的总数。基因组大小与原核生物和低等真核生物的形态复杂性呈正相关。然而，在软体动物和上述所有其它高等真核生物之后，这种相关性已不再存在，主要是因为重复DNA的缘故。
前基因组的概念
中文名称前基因组英文名称pregenome定 义某些病毒基因组DNA进入细胞核后，在宿主RNA聚合酶作用下产生的一条作为遗传信息载体的信使核糖核酸(mRNA)。可以通过逆转录形成双链的病毒基因组DNA。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），核酸与基因（二级学科）
揭秘基因组“暗物质”
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/1/516832.shtm非编码核糖核酸（以下简称非编码RNA）在生命活动调控的各个方面发挥着重要作用。研究非编码RNA对了解生命调控的本质不可或缺，是当前生命科学研究前沿热点。2014年，国家自然科学基金重大
国际癌症基因组联盟公布逾1万个癌症基因组数据
国际癌症基因组联盟(International Cancer Genome Consortium，简称"ICGC")近日向科研界公布了超过1万个癌症基因组的数据。这些数据能更好地帮助全世界的癌症研究者从基因方面了解癌症，加快对癌症的研究并帮助更多癌症靶向治疗的发展。 安大略癌症研究所所
北京基因组所开发出比较群体基因组学新算法
随着基因组测序技术的发展，物种和群体水平基因组数据呈指数增长。这些数据为在基因组水平鉴定和解析自然选择机制提供了机遇。然而，目前的分析方法面临着技术瓶颈和挑战。其中，关键问题是如何高效准确地检测作用于非编码区的自然选择效应。同时，能够高效、高性能地分析多物种大样本数据，成为方法学方面的迫切要求。
北京基因组所等解析NK细胞白血病功能基因组
侵袭性NK细胞白血病（ANKL）起源于NK细胞异常增殖，病情进展迅速，多数患者在极短时间内发生多器官衰竭，部分患者会出现吞噬血细胞的现象，病情凶险。ANKL患者即使积极接受正规治疗，平均生存时间也仅有几个月。目前，临床上ANKL的治疗面临两大问题：患者对传统化疗方案不敏感，医学界没有统一的治疗标
研究发现人类合子基因组激活起始于父源基因组
表观遗传修饰包括DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质可及性和染色质高级结构等，在基因的表达调控中发挥重要作用。人类精子和卵细胞的染色质表观修饰状态存在较大差异。在受精后的早期胚胎里，来自精子的父源染色质和来自卵细胞的母源染色质会经历剧烈的表观遗传修饰重编程，最终达到两者类似的模式。人类胚胎的合子基因
北京基因组所等解析NK细胞白血病功能基因组
侵袭性NK细胞白血病（ANKL）起源于NK细胞异常增殖，病情进展迅速，多数患者在极短时间内发生多器官衰竭，部分患者会出现吞噬血细胞的现象，病情凶险。ANKL患者即使积极接受正规治疗，平均生存时间也仅有几个月。目前，临床上ANKL的治疗面临两大问题：患者对传统化疗方案不敏感，医学界没有统一的治疗标
基因组所发布表观基因组关联研究开放平台EWAS－Open－Platform
近日，由中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心（NGDC）开发的表观基因组关联研究资源开放平台EWAS Open Platform上线。相关研究成果以EWAS Open Platform: integrated data, knowledge and toolkit
Nature－Biotechnology定义病毒基因组标准：何谓高质量基因组
据说，地球上的微生物总量超过了银河系中的恒星数量，而且病毒总量也要比之前预计的多得多。 在最新的Nature Biotechnology杂志上，美国能源部（DOE）联合基因组研究所（JGI）构建了重要的病毒序列数据库，同时提出了病毒基因组标准，指出了三类基因组质量的分级。 目前虽然许多病毒未
Nature：全基因组测序重新定义癌症之王基因组突变蓝图
近日，一项发表于国际著名杂志Nature上的研究论文中，来自英国和澳大利亚的研究人员对100位胰腺癌患者癌症组织的基因组进行了深入分析，结果发现了4种不同的亚型，这或许可以帮助后期开发治疗胰腺癌患者的新型疗法。文章中研究人员利用全基因组测序技术揭示了肿瘤基因组结构性改变的光谱模式，该技术可以帮助
Nature－Biotechnology：哈佛华裔发布基因组编辑新技术
作为潜在的新一代治疗和研究工具，几乎没有什么生命科学技术比基因组编辑蛋白质更具发展前景——研究人员可通过编程这些分子来改变特定基因，以治疗或甚至治愈一些遗传性疾病。 可是，要将这些基因组编辑蛋白导入到细胞中，尤其是活体动物或人类患者体内，对于研究人员而言却仍是一个巨大的挑战。 通常，研究人
Nature发布单细胞基因组学新技术
胚胎是如何形成我们肺脏、肌肉、神经和其他组织中的细胞的?一种新的方法可以解码使得胚胎万能细胞能够增殖并转变为机体许多特化细胞类型的遗传指令。 一开始是一团相同的细胞，随着增殖不断地改变形状和功能，最终变为我们肺脏、肌肉、神经和机体所有其他特化组织中的细胞。胚胎拥有这种创造奇迹的能力。
三维基因组（HiC）技术解析
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整个细胞核为研究对象，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法，研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系，获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱。Hi-C可以与RNA-Seq
造礁石珊瑚纯净基因组构建技术获突破
近日，南方海洋科学与工程广东省实验室（广州）魏辅文院士团队在珊瑚生物学研究方面取得重要进展，开发出珊瑚纯净基因组构建的新技术框架，克服了珊瑚基因组学研究中长期存在的复杂共生体污染问题，将助力珊瑚组学研究迈向新的高度。相关成果发表于《创新》（The Innovation）。构建造礁石珊瑚纯净基因组的新
单细胞全基因组扩增技术大比武
2013年，权威技术期刊《Nature Methods》将年度技术授予了单细胞测序。正如社论中所说，每个细胞都是独一无二的--它占据了独特的空间位置，它的复制基因组中携带了独特的错误。然而，过去以细胞群体为对象的研究只获得了平均值，而忽略了异质性。目前多种新型分析技术，如NGS，都是为细胞群
2016值得关注的技术：基因组分析深度学习
《Nature Methods》盘点2015年度技术，选出了最受关注的技术成果：单粒子低温电子显微镜（cryo-EM）技术。 除此之外，也整理出了2016年最值得关注的几项技术，分别为：细胞内蛋白标记（Protein labeling in cells）、细胞核结构（Unraveling nuc
全基因组甲基化定量检测技术ＬＵＭＡ
LUMA介绍基因组DNA甲基化(Genomic DNA Methylation, GDM)的变化被认为是正常和病理细胞过程中的重要的事件，有助于正常发育和分化以及癌症和其他疾病。在此，我们介绍一种新的方法评估全基因组DNA甲基化，称为荧光甲基化检测(Luminometric Methylat
三维基因组（HiC）技术解析
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整个细胞核为研究对象，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法，研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系，获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱。Hi-C可以与RNA-Seq
全基因组甲基化定量检测技术ＬＵＭＡ
LUMA介绍 基因组DNA甲基化(Genomic DNA Methylation, GDM)的变化被认为是正常和病理细胞过程中的重要的事件，有助于正常发育和分化以及癌症和其他疾病。在此，我们介绍一种新的方法评估全基因组DNA甲基化，称为荧光甲基化检测(Luminometric Methyl
长读长测序技术：拯救基因组组装项目
随着高精度长读长测序技术的出现，基因组难以组装的状态正在改变。《Nature Methods》杂志上近日发表了一篇文章，介绍了基因组组装项目如何受益于这种技术。 自测序技术问世以来，利用DNA序列的片段来组装人类、动植物或微生物的基因组就一直是难题。许多参考基因组都存在缺陷，如组装错误或存在缺
RNA测序技术如何绘制全基因组转录终止？
近日，南方科技大学生命科学学院翟继先团队利用纳米孔单分子RNA测序技术绘制了拟南芥全基因组水平转录终止图谱。该方法能同时捕获包括已转录过polyA位点的 readthrough转录本、完成3’末端切割的5’或3’切割产物、以及已完成或正在进行多腺苷酸化（polyadenylation）的转录本在
三维基因组（HiC）技术解析
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整个细胞核为研究对象，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法，研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系，获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱。Hi-C可以与RNA-S
植物基因组DNA及总RNA提取技术2
（二）植物总RNA提取 （1）65°C水浴中预热15 mL CTAB提取液。 （2）液氮中研磨2～3 g新鲜或-70°C冷冻的材料。 （3）转移样品至有CTAB提取液的离心管中，立即激烈涡旋30s，短时放回 65°C水浴中（4～5 min）。 （4）加入等体积的氯仿/异戊醇并涡旋混合，10000 r
植物基因组DNA及总RNA提取技术1
幼嫩组织的细胞处于旺盛的分裂阶段，核较大而胞质较少，核酸浓度高，且内含物少、次生代谢产物少，蛋白质及多糖类物质相对较少，在SDS或 CTAB物质存在时，经机械研磨，使细胞破裂并释放出内含物，提取的DNA、RNA的产量高，纯度好。 提取DNA所用的提取液、吸头、离心管等需要高压灭菌以灭活DNase。R
《基因组生物学》：一种超级细菌的基因组测序完成
最近，英国桑格研究所（Wellcome Trust Sanger Institute）和布里斯托尔大学的研究者们共同完成了一种名为Steno的超级细菌的基因测序工作，研究结果显示，这是一种具有显著抗药性的生物体。对这种细菌基因组的了解将有助于研究者们发现如何应对这种具有独特抗药性的生物体。这一研究论
破译对虾基因组－获国际首个高质量对虾基因组参考图谱
由中国科学院海洋研究所相建海和李富花研究组主导的研究团队，与国内外多家单位共同合作，历时十年成功破译凡纳滨对虾基因组，获得国际首个高质量对虾基因组参考图谱，研究成果于1月21日在《自然-通讯》（Nature communications）在线发表，为甲壳动物研究及对虾基因组育种和分子改良提供了重