Nature构建蛋白质分子“搜索网”

来自华盛顿大学的科学家们,在实验室中利用计算机设计并建造出了能够识别和结合小分子的蛋白质分子“搜索网”。 用计算机设计出能够识别生物学小分子并能与之相互作用的蛋白质现在成为了现实。科学家们成功地构建出了一种蛋白质分子,其编程后可以结合三种不同的类固醇。这一成果有可能更广泛地应用于医学和其他领域。 主要研究人员之一、华盛顿大学生物化学博士后Christine E. Tinberg说:“这是朝着构建出可用作生物传感器或分子海绵的蛋白质迈出的重要一步。” 在9月4日《自然》(Nature)杂志上的论文中作者们详细描述了所采用的方法。来自亚利桑那州立大学的Giovanna Ghirlanda针对这篇Nature论文发表了一篇评论“Computational biology: A recipe for ligand binding proteins”。他写到:“开发出这种方法来设计出带有理想识别位点的蛋白......阅读全文

蛋白质分子的组成

  一、蛋白质的元素组成  单纯蛋白质的元素组成为碳50~55%、氢6%~7%、氧19%~24%、氮13%~19%,除此之外还有硫0~4%。有的蛋白质含有磷、碘。少数含铁、铜、锌、锰、钴、钼等金属元素。  各种蛋白质的含氮量很接近,平均为16%。由于体内组织的主要含氮物是蛋白质,因此,只要测定生物样

小分子蛋白Western-blot-检测

实验概要 1.目的  检测小分子蛋白抗体2.  3. 适用范围  单克隆抗体和多克隆抗体实验原理将经电泳分离的抗原转印到膜上作为固相,利用酶标记的抗抗体以检测已与固相抗原结合的受检抗体主要试剂试剂配制4.1.1  40% Bis-acrylamide with 2.6% C (Acrylamide:

免疫球蛋白分子介绍

抗体分子(antibody,Ab)是由浆细胞合成和分泌的,而每一种浆细胞克隆可以产生一种特异的抗体分子,所以血清中的抗体是多种抗体分子的混合物,它们的化学结构是不均一的,而且含量很少,不易纯化,是抗体分子结构分析的困难。多发性骨髓瘤是由浆细胞无限增殖形成的细胞克隆,由于所有瘤细胞的遗传特性相同,因此

JBC:分子伴侣帮助蛋白质折叠的分子机理

  分子伴侣是一种协助蛋白质进行折叠的分子助手,其中一种伴侣分子是所谓的热激蛋白60(Hsp60),这种蛋白可以在线粒体中形成一种类似于“桶状”的结构,从而便于蛋白折叠过程的发生,近日刊登于the Journal of Biological Chemistry上的一篇研究论文中,来自弗莱堡大学的研究

低分子蛋白尿的诊断

  尿中低分子蛋白占70%左右,而白蛋白仅占15~25%。尿蛋白定量一般在1g/24h,很少超过2g/24h。

蛋白多糖分子的亲水性

蛋白多糖分子的亲水性蛋白多糖分子大,具高度亲水性,对保持结缔组织水分及与组织间物质交换均有重要作用。例如软骨组织中胶原纤维排列成网格状,网格间隙中填充蛋白多糖,因其有高度亲水性,吸附大量水份在其中,当软骨受压时,医学教|育网搜集整理水分可被挤压出去,而减压后又可重吸进来。关节软骨无血管供应,其营养物

分子克隆蛋白表达实验指南(四)

7. PCR产物与TA载体连接   pGEM-T vector is T-tailed at the insert site. To improve the ligation   efficiency, it is recommended PCR product be A-tailed.  +A s

血红蛋白分子的特点

①正常情况下,99%血红蛋白为还原血红蛋白,1%为高铁血红蛋白。②只有Fe2+状态的血红蛋白才能与氧结合,称为氧合血红蛋白。③出生后3个月,HbA占95%以上,而HbF<1%。④血红蛋白合成受红细胞生成素、雄激素调节。⑤血红蛋白相对分子质量为64458。⑥血红蛋白降解产物为珠蛋白、血红素。

球状蛋白质的分子特性

  球状蛋白质分子形状接近球形,水溶性较好,种类很多,可行使多种多样的生物学功能。具有球形或近于椭球体分子形状的蛋白质之总称。是纤维状蛋白质的对应词。凡不属于纤维状蛋白质,而一般的单纯蛋白质(清蛋白、球蛋白等)和许多复合蛋白质均属于此类,与纤维状蛋白质相比,溶液的粘度低,流动双折射弱。

分子克隆蛋白表达实验指南(十二)

– Note: The yield of fusion protein can be estimated by measuring the   absorbance at 280 nm. The GST affinity tag can be approximated by 1 A280 Å 0.5

低分子蛋白尿的病因

  1.Dent病:是一种X连锁遗传的肾小管疾病。首先在英国报道。这种疾病以低分子蛋白尿、高钙尿、肾钙化、肾结石为特征,但尿酸化功能正常。部分病人有佝偻病和进行性肾衰,同时尿生长激素排泄水平偏高。肾脏病理可见小球轻度系膜增生和小管间质轻微病变。男性发病,女性携带。女性携带者有低分子蛋白尿,半数有高钙

低分子蛋白尿的鉴别

  与肾小球性蛋白尿的最大区别是尿中低分子蛋白占70%左右,而白蛋白仅占15~25%。尿蛋白定量一般在1g/24h,很少超过2g/24h。  尿中低分子蛋白占70%左右,而白蛋白仅占15~25%。尿蛋白定量一般在1g/24h,很少超过2g/24h。

蛋白多糖分子的亲水性

蛋白多糖分子的亲水性蛋白多糖分子大,具高度亲水性,对保持结缔组织水分及与组织间物质交换均有重要作用。例如软骨组织中胶原纤维排列成网格状,网格间隙中填充蛋白多糖,因其有高度亲水性,吸附大量水份在其中,当软骨受压时,医学教|育网搜集整理水分可被挤压出去,而减压后又可重吸进来。关节软骨无血管供应,其营养物

分子克隆蛋白表达实验指南(十九)

Desired  pH  Volume of 1M K2HPO4 (mL)Volume of 1M KH2PO4 (mL)              5.8  8.591.5              6.0  13.286.8              6.2  19.280.8         

分子克隆蛋白表达实验指南(十四)

RbCl制备感受态细胞  需准备的灭菌器具和培养液:  SOB,Buffer 1,Buffer 2,3×200ml广口瓶,1.5ml   EP管,1×500ml离心瓶(按200ml摇菌量计算),2×50ml离心管,2×移液管(用于加Buffer 1),液氮,冰  离心管,EP管,移液管使用前均需要放

分子克隆蛋白表达实验指南(二)

取DEPC水时切记带上手套     Genequant使用方法:  开机-set-up-enter(只更改DNA/RNA,看光波是否为320nm)-set-ref(此时插入空白对照)-样品  1.使用前将比色皿中水吸出,用1ml蒸馏水重新洗涤再将比色皿中的水吸尽(先用1ml枪吸,后用100ul枪吸)

分子克隆蛋白表达实验指南(一)

目的基因克隆包括保存用全长基因(gene for saving, GS)和表达用全长基因(gene for expression, GE)两部分。  这两部分所克隆的基因都是全长片段,但克隆的策略及目的不同。直接用精确克隆(及引物从基因CDS两端开始)很难找到高效价的引物,且cDNA中目的基

分子克隆蛋白表达实验指南(十五)

  LB固体培养基          Tryptone              1g          Yeast Extract           0.5g          NaCl                 1g  Agar                 1.5g  加蒸馏水至总体

分子克隆蛋白表达实验指南(十七)

Buffers for His purification in denatured conditions:      配制时加终体积50%的水,之后定容至所需体积。先配pH 8.0的buffer(调pH需要较多NaOH),再统一配bufferC,D,E,分别调pH   Buffer B (200ml

分子克隆蛋白表达实验指南(六)

10. 测序  突变后氨基酸序列没有变化仍可用于表达。测序报告中blast时若有‘-’符号,则人工对照测序图谱。  测序验证后没有突变或者同义突变的重组质粒必须小抽,50ul,conc300ug/ml备份。测序文件应妥善保存,蛋白表达完成后一并提交存档。  获得GS后,即可构建含GE的重组T载体,用

免疫球蛋白分子的特点

  Ig最显着的生物学特点是能够特异性地与相应的抗原结合,如细菌、病毒、寄生虫、某些药物或侵入机体的其他异物。Ig的这种特异性结合抗原特性是由其V区(尤其是V区中的高变区)的空间构成所决定的。Ig的抗原结合点由L链和H链超变区组成,与相应抗原上的表位互补,借助静电力、氢键以及范德华力等次级键相结合,

分子克隆蛋白表达实验指南(十八)

15%胶                  水1.11.872.33.43.854.65.76.99.211.5        30%聚丙烯酰胺混合液2.54.2557.58.751012.5152025        1.5M Tris(pH=8.8)1.32.212.53.84.5556.37.

分子克隆蛋白表达实验指南(五)

8. TA质粒转化菌落的验证  与表达载体的验证不同,转化TA质粒时不用双酶切验证。只需用目的基因引物和TA载体引物PCR验证即可。TA载体引物PCR片段比插入片段大约长150bp。  目的基因退火温度与之前胶回收时温度相同,TA退火温度60C即可,但可在55~70之间变动,不会影响结果。  挑取至

分子克隆蛋白表达实验指南(十三)

7.    电泳结束后,按比例从胶上割下相应约1cm条带(当按比例的条带割下后可相应的向两边再割一点,但是电透析时中间和两边的胶必须分开透析),用镊子或尺子将胶碾碎成2mm见方的小块。  8.  将碎块小心加入电透析tube中,200V,120~150min。  9.  移出放电透析tube的架子,

血红蛋白分子的特点

①正常情况下,99%血红蛋白为还原血红蛋白,1%为高铁血红蛋白。②只有Fe2+状态的血红蛋白才能与氧结合,称为氧合血红蛋白。③出生后3个月,HbA占95%以上,而HbF<1%。④血红蛋白合成受红细胞生成素、雄激素调节。⑤血红蛋白相对分子质量为64458。⑥血红蛋白降解产物为珠蛋白、血红素。

免疫球蛋白分子的结构

  (1)VL和VH是与抗原结合的部位,其中HVR(CDR)是V区中与抗原决定簇(或表位)互补结合的部位。VH和VL通过非共价相互作用,组成一个FV区。单位Ig分子具有2个抗原结合位点(antigen-bindingsite),二聚体分泌型IgA具有4个抗原结合位点,五聚体IgM可有10个抗原结合位

分子克隆蛋白表达实验指南(七)

目的基因表达      14.快速诱导表达  快速诱导目的是为检测该重组质粒在BL21中是否能被诱导表达重组蛋白,并确定在不同IPTG浓度蛋白诱导效率的差异。  5.  挑单克隆菌落于7ml含有相应抗生素LB培养液的50ml培养管中,37C振荡培养过夜(8-16h)。  6.  37C,1mM  

分子克隆蛋白表达实验指南(十六)

Amp(50mg/ml)        溶解1g Amp于足量的水中,最后定容至20ml。分装成小份于-20℃贮存。常以20~50ug/ml的终浓度添加于生长培养基,1:1000比例稀释             Kan(50mg/ml)        溶解1g Kan于足量的水中,最后定容至20ml

分子克隆蛋白表达实验指南(三)

若有非特异性条带,可进行Touchdown PCR,提高引物的特异性。     PCR反应条件:            1      94C     5min            2      94C     45s            3      65C     45s      退火温度视

分子克隆蛋白表达实验指南(十一)

SDS-PAGE胶样品排列:        MarkerUII 37CUI’I’        Marker:低分子量蛋白marker,上样10ul        UI:未诱导菌液,上样10ul。任取37C和20C中一个        I:诱导后对照,上样10ul        UI’, I’代表G