美国政府停摆给中国生命科学界的警示
美国政府停摆给中国生命科学界的警示：中国需要自主的“国家生物信息学中心“ 10月1日，由于美国民主、共和两党尚未解决新财年的政府预算分歧，联邦政府的非核心部门被迫关门了两个多星期。其中医学、药学及生命科学从业者及研究者依赖度甚高的NCBI(美国国立生物技术信息中心)网站在此期间处于基本维持状态，数据暂停更新。 NCBI 是由美国参议员Claude Pepper于上世纪80年代后期发起成立。30多年来，NCBI负责收集、存储、注释关于分子生物学、生物化学、遗传学等方面的数据信息，通过开发大量的软件和数据库为国际生命科学的研究提供数据的搜索、浏览、分析和下载服务。这些服务已成为国际生命科学研究重要的生物信息学基础。 美国政府停摆 NCBI暂停更新对中国研究者的影响更甚，由于中国尚未有自主的国家级生物信息学中心(简称：国家中心)，中国生命科学研究人员高度依赖NCBI的服务。如果因为政治、经费或其他......阅读全文
生物信息分析数据挖掘
DNA芯片技术能够在基因组水平分析基因表达，检测许多基因的转录水平及在不同条件下的基因转录变化，显示反映特征组织类型、发育阶段、环境条件应答、遗传改变的基因谱。基因芯片产生了海量的数据，仅仅进行差异表达分析还远远不够，如何管理分析这些数据、从中挖掘信息已经成为利用这一技术的新的难点。芯片数据大量出现
首届科学数据大会探讨“科研大数据与数据科学”
2月24日，首届科学数据大会在中国科学院大学国际会议中心举行。包括中科院院士郭华东、陈润生，中国工程院院士汪懋华在内的400多名专家、青年科研人员参会。 中科院副院长、国际科技数据委员会(CODATA)中国全国委员会主席丁仲礼向会议发来贺信。他在贺信中表示，科研大数据和数据科学的作用越来越
生物学家借助数据科学破解生命奥秘
自2000年人类基因组图谱绘制后，生物学研究迈入全新的“组学”时代，科学家们争先恐后地测序各种有机生物的基因组或蛋白质组。 现在，即使一些简单的实验都会产生大量数据，而从“背景噪音”中获得想要的结果则成为了一大挑战。美国趣味科学网站近日报道指出，计算机技术正帮助科学家们征服这些数据大山，甚至提
科学家开发完成水稻多组学数据整合和信息共享数据库
水稻不仅是世界近一半人口的主要粮食作物，同时也是一种重要的模式生物。高通量测序技术的迅速发展促进了水稻组学数据的广泛积累，使深入研究控制水稻重要农艺性状、种质资源多样性以及水稻驯化过程的机制成为可能。为此，研究人员构建了相关的水稻数据库，主要包括RAP-DB（日本农业生物资源研究所构建的水稻注释
科学家呼吁共享新能源数据信息提高产出
可再生能源领域数据共享机制的缺乏正在阻挠技术进步，让改善能源市场错失良机。 能源产业一直在通过改变能耗速率满足人们的需求。控制一个燃油发电厂的发电量，就像改变一辆汽车的速度一样：踩下油门踏板，就会有更多汽油涌向发动机。 但风能却不能如此随心所欲。不过，智能软件却可以让风电厂提高能效，增强对位
生物信息学数据库和软件的搜索实验
实验方法原理熟练掌握上网搜索生物信息学数据库和软件的方法及技能。实验材料电脑实验步骤一、搜索生物信息学数据库或者软件数据库是生物信息学的主要内容，各种数据库几乎覆盖了生命科学的各个领域。核酸序列数据库有GenBank， EMBL， DDB等，蛋白质序列数据库有SWISS-PROT， PIR，OWL，
科学数据，如何科学管理
《科学数据管理办法》（以下简称《办法》），2018年1月经中央深改组审议通过，近日由国务院办公厅正式印发。《办法》旨在进一步加强和规范科学数据管理，保障科学数据安全，提高开放共享水平，更好地为国家科技创新、经济社会发展和国家安全提供支撑。 这是我国第一次在国家层面出台科学数据管理办法。当前，为
科学数据，如何科学管理
《科学数据管理办法》（以下简称《办法》），2018年1月经中央深改组审议通过，近日由国务院办公厅正式印发。《办法》旨在进一步加强和规范科学数据管理，保障科学数据安全，提高开放共享水平，更好地为国家科技创新、经济社会发展和国家安全提供支撑。 这是我国第一次在国家层面出台科学数据管理办法。当前，为
农残数据库：高分辨质谱+互联网+数据科学/地理信息技术
近日，由市场监管总局组织实施，中国检验检疫科学研究院庞国芳院士团队牵头承担的国家科技基础性工作专项项目“水果和蔬菜中农药化学污染物残留水平调查及数据库建设”项目综合绩效评价会在京召开。庞国芳院士代表项目团队进行了情况汇报，杨志峰院士、任发政院士、李培武院士等13名专家听取了汇报，根据项目任务内容
国家微生物科学数据中心：保障主权，推动共享
细菌、病毒、真菌、支原体、衣原体…… 谈及它们，你定会避之不及。但是，你知道吗？在地球生物圈，它们占据着重要位置——环境、食品、医药、健康、工业、农业、化学化工、材料、生物安全，与人类存续相关的所有环节，几乎都与它们有关。其家族成员还包括放线菌、立克次氏体、螺旋体……它们，都是微生物。 微生
中科信息取得基于元数据的数据存储专利
2024年9月4日，中科院成都信息技术股份有限公司取得一项名为“基于元数据的数据存储方法、装置、设备及存储介质“，授权公告号CN117312319B，申请日期为2023年10月。 专利摘要显示，本申请公开了一种基于元数据的数据存储方法、装置、设备及存储介质，所述数据存储方法包括以下步骤：获取统
新的生物信息学工具，可以分析CRISPR合并的筛选数据
由贝勒医学院的研究人员领导的团队开发了一种新的生物信息学工具，可以分析CRISPR合并的筛选数据，并以比其他现有方法更高的灵敏度和准确度确定潜在相关基因的候选基因。新的基于网络的分析工具也更快，更友好，因为它不需要生物信息学培训来使用它。该研究发表在《Genome Research》杂志上。
《中国科学数据》：从根源唤醒沉睡的数据
近年来，因“原始数据丢失，工作无法重复”造成的撤稿事件屡见不鲜。 2020年1月，2018年诺贝尔化学奖得主Frances H. Arnold撤掉了2019年5月发表在《科学》上的一篇论文，原因是缺失了关键的原始数据，致使研究成果无法重复。 “只发表论文不公开研究数据，可能会导致科学研究
香山科学会议聚焦分子遗传与古生物信息整合
日前，以“古今对话：分子遗传与古生物信息的整合研究”为主题的第498次香山科学会议在北京举行，与会专家强调，将分子遗传信息与重要古生物实证相结合，利用双方优势探讨地球生命的进化过程及其与环境变化之间的关系，对于提升我国基础科学研究的理论水平，促进我国在相关领域的探索与开拓能力的提升以及了解全球环
香山科学会议聚焦分子遗传与古生物信息整合
日前，以“古今对话：分子遗传与古生物信息的整合研究”为主题的第498次香山科学会议在北京举行，与会专家强调，将分子遗传信息与重要古生物实证相结合，利用双方优势探讨地球生命的进化过程及其与环境变化之间的关系，对于提升我国基础科学研究的理论水平，促进我国在相关领域的探索与开拓能力的提升以及了解全球环
生物信息中心组学原始数据归档库数据汇交量突破10PB！
9月28日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心（CNCB-NGDC）组学原始数据归档库（Genome Sequence Archive，简称GSA）的用户汇交数据量突破10 PB（1 PB=1024 TB）。 为存好、管好、用好我国生命组学大数据，解决国内重要
生物数据唤醒日常家居
谈到智能物体，多数的家居用品都相当地不够智能。它们蹲在固定位置，了无生气，跟主人毫无交流。但据亚力克斯·罗瑟拉和詹姆斯·克拉厄所言，即使是最不声不响的物体也能拥有神奇的互动性，而这只是个时间问题。这些设计师称，通过身体传达出的数据，家居用品将可以与我们进行互动。 在都柏林科学画廊生命记录展的
中国科学院：生物组学数据库获国际认可
记者12月20日从中国科学院北京基因组研究所获悉，该所生命与健康大数据中心(BIGD)建成的生物组学数据库首次获得国际认可。 BIGD团队近日在国际学术期刊《核酸研究》上发表研究论文《北京基因组研究所生命与健康大数据中心：从存储到整合、再到转化》，这是中国首次以数据中心的模式，整体发布中国生物
科学家如何还原和挖掘海洋微生物基因数据？
·GOMC数据库为未来的研究提供了丰富的资源，包括开发新型生物技术产品、探索微生物的生态功能、研究微生物与环境变化的关系、开发新的疾病治疗方法等。基因是生命的“源代码”，其中不仅蕴藏着自然演化的奥秘，也囊括了数之不尽的生物工程资源。如何获取、分析和应用基因数据，是现代生物学的核心议题之一。近日，一支
中国科学家建立全球首个冰川微生物数据库
青藏高原被称为世界“第三极”和“亚洲水塔”。除南北极外，它是全球最大的冰川分布区，现有冰川2万条以上，面积超过2万平方公里，也是我国及亚洲20亿人赖以生存的十多条大江大河的源头。青藏高原冰川是微生物的天然存储器，封存了不同历史时期的微生物。 现在，中国科学家构建的
中国科学家建立全球首个冰川微生物数据库
青藏高原被称为世界“第三极”和“亚洲水塔”。除南北极外，它是全球最大的冰川分布区，现有冰川2万条以上，面积超过2万平方公里，也是我国及亚洲20亿人赖以生存的十多条大江大河的源头。青藏高原冰川是微生物的天然存储器，封存了不同历史时期的微生物。 现在，中国科学家构建的全球首个青藏高原冰川微生物
生物信息学在基因芯片数据功能分析中的应用
随着人类基因组计划(Human Genome Project)即全部核苷酸测序的即将完成，人类基因组研究的重心逐渐进入后基因组时代(Postgenome Era)，向基因的功能及基因的多样性倾斜。通过对个体在不同生长发育阶段或不同生理状态下大量基因表达的平行分析，研究相应基因在生物体内的功能
生物信息学在基因芯片数据功能分析中的应用
随着人类基因组计划(Human Genome Project)即全部核苷酸测序的即将完成，人类基因组研究的重心逐渐进入后基因组时代(Postgenome Era)，向基因的功能及基因的多样性倾斜。通过对个体在不同生长发育阶段或不同生理状态下大量基因表达的平行分析，研究相应基因在生物体内的功能，
科学家合作构建再生生物学多组学数据库
随着细胞重编程、基因编辑、合成生物学、高通量测序等技术的快速发展，再生生物学进入前所未有的蓬勃发展时期，助力解决组织替代、功能修复、衰老干预、疾病治疗等一系列生命医学领域的重要科学难题。面对科学数据的爆炸式增长，亟需建立以再生生物学为核心的开放数据库，以存储世界范围内的组学研究数据为基础，推动再
升级换代“加速跑”－走进国家微生物科学数据中心
“人家凭什么给你交数据？”作为国家微生物科学数据中心和中国科学院微生物科学数据中心主任，马俊才时常这样问自己。 “数据中心不是档案库，我们也不是‘官老爷’，一定要给对方提供所需的增值服务。”从事数据库建设多年，这是他的深切体会。 国家微生物科学数据中心和中国科学院微生物科学数据中心的前身可追
《信息技术－生物特征识别数据交换格式－第14部分－DNA数据》国家标准解读
一、 标准编号及标准名称 标准编号为： GB/T 26237.14-2023；标准名称：信息技术 生物特征识别数据交换格式 第14部分 DNA数据 二、 标准制定背景 DNA分型技术的出现，使得DNA作为生物特征进行身份验证已经被公安、司法、法医等领域高度认可，广泛应用于个体识别、亲权鉴
让科学大数据“跑”起来
“一直以来，科研数据的开放共享，在国内外都是科学大数据领域的‘老大难’问题。”8月25日，在上海召开的第三届科学数据大会上，国家科技基础条件平台中心主任叶玉江再度抛出这个问题。 相对于商业大数据，科学数据领域更容易形成“烟囱林立”的局面。“这和科学数据的特殊性有关。”叶玉江在接受科技日报记
让科学大数据“跑”起来
“一直以来，科研数据的开放共享，在国内外都是科学大数据领域的‘老大难’问题。”8月25日，在上海召开的第三届科学数据大会上，国家科技基础条件平台中心主任叶玉江再度抛出这个问题。 相对于商业大数据，科学数据领域更容易形成“烟囱林立”的局面。“这和科学数据的特殊性有关。”叶玉江在接受科技日报记者
生物医疗大数据如何应用？
随着生物科技和医疗技术的迅猛发展、高通量手段的成熟，生物医疗行业的大数据急剧膨胀。然而，与其它行业的数据不同，生物医疗行业的数据呈现分散、破碎、低透明度、以及意义尚等解析等特征。不象其它行业，数据具有时效性以及数据很轻、易于解析；生物医疗行业的数据普遍很“重”、信息量超大、不同的解析策略可能得出
数据学与数据科学国际研讨会在京举办
5月29日至30日，由中国科学院虚拟经济与数据挖掘研究中心主办的主题为“探讨数据科学的原理、结构与应用”的“第二届数据学与数据科学国际研讨会”在北京举行。原全国人大副委员长、中国科学院虚拟经济与数据科学研究中心主任、中国科学院研究生院管理学院院长成思危先生担任本次会议的荣誉主席，中国科学院虚拟经