中科院团队单细胞分泌组分析新方法研究取得新进展
近日，中科院大连化物所生物技术研究部生物分子高效分离与表征研究组（1810组）张丽华研究员和袁辉明研究员团队在单细胞分泌组分析新方法研究中取得新进展，通过结合非天然氨基酸代谢标记、基于点击化学的选择性富集、nanoLC-MS/MS等技术，实现了单细胞分泌组的全景式分析，为在单细胞水平深入研究细胞分泌异质性提供重要技术支撑。细胞作为生命活动的基本单元，通过细胞间相互交流和作用以协同完成生物学功能。分泌组是通过各种机制分泌到细胞外空间的蛋白质，包括分泌蛋白和细胞外囊泡（EV）蛋白等，是介导细胞间通讯的重要介质。单细胞分泌组分析可以发现隐藏在群体平均值下的细胞分泌异质性等信息，对于深入理解细胞功能、预测患者免疫反应、加速药物开发等具有重要意义。然而，由于单细胞分泌组的含量极低，并且在生理培养条件下易受血清高丰度蛋白的干扰，目前，单细胞分泌组分析主要依赖于抗体法，分泌蛋白的鉴定数量不超过42种，单细胞分泌组的非靶向大规模分析仍面临挑战......阅读全文
解析古老的单细胞基因组
单细胞的古细菌用肉眼根本看不到，甚至在使用显微镜时，也必须特别用心才能观察到它们。近日由丹麦奥尔胡斯大学地质微生物学中心领导的一个国际研究人员小组，却成功地从海底淤泥中获得了四个古细菌细胞，并绘制出了每个细胞的基因组图谱。这一突破性研究成果发表在著名的《自然》(Nature)杂志上。 “直
单细胞转录组制备仪的功能
fluidigm C1 单细胞自动制备仪用于 mRNA 测序 更完整的流程 -首尾相连的流程对单细胞进行全转录组分析 最高的通量 -每次运行可前所未有的平行处理 96 个单细胞 更容易的操作 -直接从单细胞开始，简化的样本制备，只需 3 小时手工操作时间，没有 片段化和纯化步骤 更节省的成
单细胞分泌分析技术解析神经—免疫细胞互作网络
近日，我所单细胞分析研究组（1820组）陆瑶研究员团队利用单细胞多种类分泌因子检测技术，实现了对神经—免疫细胞互作网络的解析。 随着全球人口逐步进入老龄化阶段，神经退行性疾病正成为威胁人类健康的重大疾病之一。与神经退行性疾病直接相关的是神经细胞，但神经细胞并不是孤立存在的，神经细胞需要通过物理
单细胞表观组学：单细胞ChIPseq解码细胞命运决定机制
在国家重点研发计划“干细胞及转化”重点专项（批准号：2017YFA0103402）等资助下，北京大学分子医学研究所、北大-清华生命科学联合中心何爱彬课题组近期突破单细胞表观遗传研究的瓶颈，开发了两种具有普适性、操作简单、风格迥异的单细胞ChIP-seq技术，可适应于不同课题研究需要，解析发育与疾
单细胞的可靠全基因组扩增
目前多种新型分析技术，如新一代测序和芯片，都是为细胞群体而设计的，需要一定的样本量。对于一些临床或法医样本，如肿瘤细胞或循环胎儿细胞等，它们的细胞数量有限，直接限制了其下游应用。例如，在分析肿瘤细胞中的体细胞DNA突变或单个细菌基因组时，单细胞中的DNA无法满足测序的mg级样品量需求。为了从少量样品
当宏基因组遇上单细胞测序
日前，科学家们通过宏基因组测序和单细胞测序鉴定了一类新细菌。 16S rRNA基因序列的保守性和普遍性，使其成为了微生物检测和分类鉴定的强有力工具。这种方法为科学家们揭示了微生物群体的高度复杂性，但它还是有所遗漏。美国能源部联合基因组研究所上周的一次会议上，研究者人员向人们展示了在四个温泉样本
单细胞基因组突变检测新突破
爱因斯坦研究人员已经开发并验证了一种准确识别单细胞基因组中突变的方法。这种新方法可以帮助预测癌症是否将在看似健康的组织中发展，在今天的自然方法的在线版本中发表的论文中被描述。相应的作者是Lola和Saul Kramer分子遗传学主席Jan Vijg博士。 在科学家可以分析单个细胞的基因组之前，
家蚕丝腺单细胞转录组图谱绘成
中新网重庆6月15日电 (记者 钟旖)记者15日从家蚕基因组生物学国家重点实验室(西南大学)获悉，我国家蚕研究又有新进展。该实验室徐汉福教授课题组近日在国际知名期刊Nature Communications《自然通讯》上发表相关主题研究论文，以单细胞分辨率揭示了家蚕丝腺的全细胞异质性及其基因转
单细胞转录组重要研究文献汇总（二）
4.单细胞转录组测序在植物领域崭露头角相比动物的单细胞研究，由于植物具有细胞壁的特点，使得植物的单细胞研究相比较难，但是继2月份的拟南芥根组织单细胞转录组学研究[8]，本月在《Developmental Cell》上又发表了一篇基于拟南芥根组织的单细胞转录组学研究报道[9]。来自德国图宾根大学植
单细胞测序和转录组测序的区别
单细胞测序不同于传统的高通量测序，它是对于一个细胞群中的某一个细胞进行测序分析。单细胞转录组测序就是对单个细胞转录组水平进行测序，它的优势是准确地分析每一个细胞的基因表达，能准确区分细胞群体，并进行细胞分类间比较，以及能找到稀有的细胞的表达情况。
单细胞测序和转录组测序的区别
单细胞测序不同于传统的高通量测序，它是对于一个细胞群中的某一个细胞进行测序分析。单细胞转录组测序就是对单个细胞转录组水平进行测序，它的优势是准确地分析每一个细胞的基因表达，能准确区分细胞群体，并进行细胞分类间比较，以及能找到稀有的细胞的表达情况。
单细胞转录组重要研究文献汇总（一）
1.单细胞测序用于生殖领域研究持续火热精子生成过程是一个复杂又具有严格分化过程的生理过程，继18年10月份《Cell Research》上的成年人睾丸转录组图谱研究[1]和19年2月份《Cell Reports》上新生与成年人睾丸细胞单细胞水平鉴定分类[2]的步伐，本月在《Nature
单细胞测序和转录组测序的区别
单细胞测序不同于传统的高通量测序，它是对于一个细胞群中的某一个细胞进行测序分析。单细胞转录组测序就是对单个细胞转录组水平进行测序，它的优势是准确地分析每一个细胞的基因表达，能准确区分细胞群体，并进行细胞分类间比较，以及能找到稀有的细胞的表达情况。
单细胞测序和转录组测序的区别
单细胞测序不同于传统的高通量测序，它是对于一个细胞群中的某一个细胞进行测序分析。单细胞转录组测序就是对单个细胞转录组水平进行测序，它的优势是准确地分析每一个细胞的基因表达，能准确区分细胞群体，并进行细胞分类间比较，以及能找到稀有的细胞的表达情况。
机器学习遇到单细胞组学：Perturbation－Modeling
细胞生物学的相关研究一直受限于数据的完整性和表型的完整性，对应激状态和稳态下的细胞区别观察不够充分。过去五年中，计算机视觉和语音识别领域通过对大量的无标签数据进行学习、建模，很好的解决了数据不足的问题。同样在最近的研究中，机器学习方法使用单细胞数据进行扰动建模也推动了细胞生物领域前进。
空间转录组和单细胞转录组测序联合应用的典型案例
单细胞转录组测序技术的如火如荼，伴随着空间转录组测序技术的蓬勃发展，可以看到，在现有的高通量检测技术领域，这两种技术已为科学研究的发展提供了前所未有的技术支撑。从2019年单细胞多组学被评为《Nature Methods》年度技术进展，到2020年空间转录组技术也被评为年度技术进展，相信在接
世界首张人类全面分泌miRNA组图谱
在一项精心设计的研究中，卢森堡大学的生物学家发现与人们的希望相违，称作为microRNAs的小分子不适合在血液样本中用于早期诊断皮肤癌，并且可能也不适用于其他的癌症类型。他们第一次分析了健康人群血清中所有的microRNAs，提供了第一张全面的人类血液样本“miRNA组”（ miRNome）图谱
单细胞基因组扩增法的定量评估
近日， Nature出版集团旗下刊物Scientific Reports刊发南方科技大学副教授贺建奎课题组最新研究成果《单细胞基因组扩增法的定量评估及其在检测单个海马神经元基因拷贝数变异的应用》，从多个角度评估了三种最常用的单细胞基因组扩增方法。经过细致比较发现，MALBAC和GenomePle
Nature发布单细胞基因组研究重要成果
在第一个基因组范围的这类实验中，研究人员获得了对于小鼠胚胎如何首先从一个结构松散的细胞球开始转变为小的结构化实体的新认识。这项由欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI)和维康信托基金会-MRC剑桥干细胞研究所领导的单细胞基因组学研究发布在《自然》（Nature）杂志上。 原肠胚形成（Gastr
对疟原虫的单细胞基因组测序
美国圣安东尼奥，2014年5月8日——美国德克萨斯生物医学研究所的科研人员和他们的同事开发出了一种分离单个疟原虫细胞然后对其基因组测序的新方法。这一进展将让科学家能够改进他们识别病人感染的多种类型的疟原虫的能力，而且还可带来最佳的经设计的药物何疫苗以应对这种主要的全球性杀手。疟疾仍然是全世界最致
单细胞转录组制备仪的技术指标
将 C1 应用于单细胞 mRNA 测序，可以从多个细胞个 体平行处理多达 96 个 cDNA 文库，在任何 Illumina 测序仪上对 mRNA表达进行相对定量。此系统的主要特征包括： 高通量 -可对 96 个单细胞进行大规模平行、连贯的制备， 引入条形码序列标记（Barcode），可将测序
单细胞转录组高级分析之细胞谱系分析
基于单细胞转录组数据的细胞轨迹分析常见形式有细胞变化轨迹分析和细胞谱系分析，在上一篇中，我们详细介绍了常规拟时间序列分析的相关内容（具体内容查看链接）。在这里，我们主要就细胞谱系分析进行介绍和解读。细胞谱系分析，最简明的理解就是细胞领域的进化树，通常指的是某类祖源细胞，在特定条件下，有多个发育轨迹和
3月单细胞转录组重要研究文献汇总
1.单细胞测序用于生殖领域研究持续火热 精子生成过程是一个复杂又具有严格分化过程的生理过程，继18年10月份《Cell Research》上的成年人睾丸转录组图谱研究[1]和19年2月份《Cell Reports》上新生与成年人睾丸细胞单细胞水平鉴定分类[2]的步伐，本月在《Nature
玉米单细胞转录组测序，11种细胞类型
近日，广东省科学院南繁种业研究所生物育种研究室在玉米单细胞转录组测序研究方面取得新进展。相关研究在线发表于《作物学报》（The Crop Journal）。广东省科学院南繁种业研究所李旭辉博士为该论文第一作者，齐永文研究员为通讯作者。玉米是全球重要的粮食和能源作物，而其产量形成的基础依赖其特殊的根系
当代谢组学技术遇到单细胞测序技术
代谢组的状态是对遗传因素、外部环境和治疗干预等信息的综合反映，因此是一个跟踪和了解上述因素对表型影响的理想研究目标。代谢组可做多种样品类型、结果富含各种信息、可作为连接其他组学数据与表型之间的桥梁。过去20年，组学研究飞速发展，处于中心法则末端的代谢组学虽然起步较晚但是发展很快。很多组学研究目前已进
高通量单细胞转录组测序发展与展望
单细胞转录组测序技术这几年的发展之快，运用之广已众所周知。为更好的在国内推广该技术，也为更好的将该技术运用到广大科研工作者的实际工作中，上海生物芯片有限公司生物信息团队通过对该技术的整理和归纳，在《生命科学》杂志上发表了名为“高通量单细胞转录组测序发展与展望”综述文章，希望能进一步提升科研工作者对该
3月单细胞转录组重要研究文献汇总
1.单细胞测序用于生殖领域研究持续火热 精子生成过程是一个复杂又具有严格分化过程的生理过程，继18年10月份《Cell Research》上的成年人睾丸转录组图谱研究[1]和19年2月份《Cell Reports》上新生与成年人睾丸细胞单细胞水平鉴定分类[2]的步伐，本月在《Nature
新篇章：单细胞基因组从头组装
随着单碱基精度和读取长度的提高，利用批量样本的单分子长读测序技术已广泛应用于基因组组装。通常，长读测序组装需要大量的DNA(通常来自数百万个细胞的几微克)，因此大多数人类基因组组装被限制在批量基因组测序数据集，而没有保持单个细胞之间潜在的遗传异质性。然而，这在许多情况下是不切实际的。相比之下，单细胞
单细胞测序新技术：同时分析转录组和甲基化组
单细胞转录组和甲基化组分析已经成为了单细胞研究的强大工具。然而，在单细胞中揭示DNA甲基化与基因表达的直接关联还比较困难。这是因为细胞之间存在较大的差异，又不能同时检测一个细胞的转录组和甲基化组。加州大学范国平教授和同济大学薛志刚教授领导团队解决了这个问题。他们在Genome Biology杂志上发
台式扫描仪实现高通量单细胞外囊泡分泌分析
近日，中科院大连化物所单细胞分析研究组（1820组）陆瑶研究员团队在高通量单细胞外囊泡分泌分析技术研究中取得新进展，利用台式扫描仪实现了高通量单细胞外囊泡分泌分析。 细胞是生命存在的基础，细胞研究是探索生命健康与疾病的基本条件和起点。长期以来，人们假定细胞群是同类的，但是越来越多的研究表明，即