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单细胞和空间组学技术在肝脏领域的应用

近期,中国科学院上海营养与健康研究所李虹研究组在《肝脏病学杂志》(Journal of Hepatology)上,发表了题为Single-cell and spatially resolved transcriptomics for liver biology的综述文章。该文章阐述了前沿的单细胞技术及空间组学技术,论述了这些技术在肝脏研究的前沿进展,总结归纳了相关计算生物学策略,并对未来的发展方向提出了新思考。 单细胞转录组测序(single-cell RNA sequencing)与空间组学(spatially resolved techniques)作为新兴技术,被越来越多地运用于肝脏研究,推动了肝脏领域的发展。随着肝脏单细胞及空间数据的积累,计算生物学分析策略和工具不断丰富和完善,并展现出多元特征。多样化的实验及分析方案加快了肝脏研究的进程,但为设计目的导向型的单细胞或空间组学实验及策略提出了新挑战。 该文章介绍了......阅读全文

空间转录组和单细胞转录组测序联合应用的典型案例

单细胞转录组测序技术的如火如荼,伴随着空间转录组测序技术的蓬勃发展,可以看到,在现有的高通量检测技术领域,这两种技术已为科学研究的发展提供了前所未有的技术支撑。从2019年单细胞多组学被评为《Nature Methods》年度技术进展,到2020年空间转录组技术也被评为年度技术进展,相信在接

布鲁克发布全新空间单细胞代谢组学研究策略

  摘要  * 创新的无偏原位空间单细胞代谢组学(SSCM)能够以单细胞分辨率实现高通量代谢组织样本表征;  * 基于 timsTOF fleX MALDI 的全新 5 μm microGRID 技术可在大视场内提供几乎无伪影的小分子图像;  * 创新的 4D-代谢组学可通过 CCS-Predict

2018年新技术:空间转录组学技术

  ——也许不久的将来,定位组织中的基因表达就会成为一种常规技术了。  对于基因表达研究来说,空间一直都是具有挑战性的前沿研究领域。但是随着越来越多的研究人员获得了技术进展,这已经不再是令人望而生畏的领域了。这些方法的多样性和创造性使其成为一个值得关注的技术方向。  空间基因表达对于理解组织中细胞的

Namocell单细胞分离仪在单细胞测序领域的应用

9月26至27日2019年细胞产业大会暨2019第四届(上海)细胞与肿瘤医疗高峰论坛在上海新南雅酒店举行。本届会议,邀请了全国30位专家学者、人物演讲、40家企业参展,400余人报名参会,逾500人参加了会议,就细胞储存、细胞治疗、细胞培养、细胞工程、细胞银行、细胞能量与代谢、细胞免疫学、细胞生理学

空间转录组测序技术在肿瘤研究进展的应用

  空间转录组测序技术是一种基于组织空间结构进行高通量转录组测序的技术。通过该技术,可以得到组织空间位置的基因表达图谱。因此,空间转录组技术是现阶段可实现空间二维基因表达检测的高通量技术。该技术为基于空间的发育研究和疾病异质性问题提供了一个解决方案。   空间转录组测序运用方向(Trends Bi

空间转录组测序技术在肿瘤研究进展的应用

空间转录组测序技术是一种基于组织空间结构进行高通量转录组测序的技术。通过该技术,可以得到组织空间位置的基因表达图谱。因此,空间转录组技术是现阶段可实现空间二维基因表达检测的高通量技术。该技术为基于空间的发育研究和疾病异质性问题提供了一个解决方案。空间转录组测序运用方向(Trends Biotechn

当代谢组学技术遇到单细胞测序技术

代谢组的状态是对遗传因素、外部环境和治疗干预等信息的综合反映,因此是一个跟踪和了解上述因素对表型影响的理想研究目标。代谢组可做多种样品类型、结果富含各种信息、可作为连接其他组学数据与表型之间的桥梁。过去20年,组学研究飞速发展,处于中心法则末端的代谢组学虽然起步较晚但是发展很快。很多组学研究目前已进

糖组学的概念、研究技术和应用

概念:醣体学(Glycomics)是生物学的一个学门,专门研究寡醣类(oligosaccharide)构造与功能。Glycomics一词是从表示糖或甜味的「glyco-」与基因体学(genomics)和蛋白质体学(proteomics)之命名规律而来。此规律也导致了醣体(glycome)一字的出现,

大咖云集,共襄单细胞多组学及空间组学线上峰会

  2009年,第一篇单细胞mRNA测序的文章的发表,标志着单细胞转录组测序的时代正式来临。2013年,单细胞测序技术被《Nature Methods》评为年度技术。同年,《Science》将单细胞测序列为年度最值得关注的六大领域榜首,认为该技术将改变生物界和医学界的许多领域。  目前,基于单细胞技

大咖云集,共襄单细胞多组学及空间组学线上峰会

  2009年,第一篇单细胞mRNA测序的文章的发表,标志着单细胞转录组测序的时代正式来临。2013年,单细胞测序技术被《Nature Methods》评为年度技术。同年,《Science》将单细胞测序列为年度最值得关注的六大领域榜首,认为该技术将改变生物界和医学界的许多领域。  目前,基于单细胞技

第二届单细胞技术及组学应用发展大会

议程揭晓,亮点荟萃 | 第二届单细胞技术及组学应用发展大会聚势来袭!(文末领取限量免费入场券)2023年5月 19-20日,第二届单细胞技术及组学应用发展大会将在上海虹桥绿地铂瑞酒店盛大召开,大会以“聚焦技术前沿,加速科研转化”为主题,邀请众多单细胞及组学领域的科学家、代表性企业展示单细胞及多组学技

第二届单细胞技术及组学应用发展大会

专场早知道!单细胞分析迈入多组学时代,掀起单细胞多组学研究新革命!       大量的多组学分析,如基因组、转录组和蛋白质基因组学分析,已被证明有利于加强对细胞事件的全面了解。这一优势促进了单细胞多组学分析的发展。近年来出现了一些前沿的单细胞多组学技术,并掀起了一场新的研究革命!       今天,

单细胞分离技术应用于众多领域的单细胞分析

  单细胞分离目前主要有三种选择:手动分离、荧光激活细胞分选和微流体技术。当然,除了成熟的方法,巧妙的新方法也在不断涌现,能以更高的准确性和特异性来分离单细胞。  将细胞分散到悬液中,会失去它们在组织里的位置信息。如果想了解单细胞所处的环境,就需要用到激光捕获显微切割技术,这种技术通过扫描组织切片来

代谢组学技术在临床医学中的应用

  代谢组学是继基因组学和蛋白质组学之后新发展起来的一门学科,它通过对人体内小分子代谢物(50~1,500 Da)进行精准定性定量,分析代谢物与人体生理病理变化的关系,研究疾病发生发展、寻找疾病生物标记物、预测疾病预后等。代谢组学在临床诊断上将有广阔的发展前景,主要应用方向有四个方面:在临床诊断(B

单细胞脂质组学技术的机制及意义

  5月17日,清华大学精密仪器系质谱研究团队发文报道基于质谱的单细胞脂质组精细结构表征技术,实现了哺乳动物单细胞内脂质的大规模精细结构分析,解决了单细胞质谱领域长期面临的关键技术挑战。基于单细胞内多种类型脂质异构体的鉴定与相对定量,该团队实现了野生型非小细胞肺癌(HCC827)细胞群体中耐药细胞的

Nature发布单细胞基因组学新技术

  胚胎是如何形成我们肺脏、肌肉、神经和其他组织中的细胞的?一种新的方法可以解码使得胚胎万能细胞能够增殖并转变为机体许多特化细胞类型的遗传指令。   一开始是一团相同的细胞,随着增殖不断地改变形状和功能,最终变为我们肺脏、肌肉、神经和机体所有其他特化组织中的细胞。胚胎拥有这种创造奇迹的能力。  

我国在单细胞蛋白质组学研究获突破

  浙江大学化学系微分析系统研究所方群教授团队,联合北京大学医学部精准医疗多组学研究中心主任黄超兰教授团队,在单细胞蛋白质组学分析研究领域取得突破性进展。研究论文近日在线发表在美国《分析化学》杂志上。  黄超兰介绍,近年来,基于细胞群体内的蛋白质组学研究,已越来越难以满足对生命功能深入探究的需要。从

代谢组学、脂质组学在病毒研究中的应用(一)

在疫情逐步可控的情形下,一线的医务工作者和科研人员将有更多精力和时间对冠状病毒进行更深一步的研究和认识。我们此次调研了基于Orbitrap超高分辨的代谢组学,脂质组学,以及药物治疗在病毒学研究中的应用。致敬白衣天使和深耕医学研究的学者。 目前的研究显示,新型病毒进入细胞的路径与SARS冠状病毒一样,

代谢组学、脂质组学在病毒研究中的应用(二)

案例三基于代谢组学技术挖掘病毒感染宿主后代谢动态变化情况2019年发表在Viruses杂志上的另一篇文章,采用基于Orbitrap 的非靶标和靶标代谢组学方式研究了麻痹病毒(Cricket paralysis virus, CrPV)感染昆虫Bm5细胞后宿主代谢的动态变化情况。研究人员发现,CrPV

生物质谱技术在蛋白质组学中的应用

  一、 前言[1,2]   基因工程已令人难以置信的扩展了我们关于有机体DNA序列的认识。但是仍有许多新识别的基因的功能还不知道,也不知道基因产物是如何相互作用从而产生活的有机体的。功能基因组试图通过大规模实验方法来回答这些问题。但由于仅从DNA序列尚不能回答某基因的表达时间、表达量、蛋白质翻

布鲁克发布多重空间蛋白组学和microGRID成像创新技术

   靶蛋白快速、大视野的 MALDI HiPLEX-IHC 成像,并把新鲜冷冻或 FFPE 组织切片小分子 MALDI 成像数据叠加,为空间生物学和癌症研究提供了具有说服力的创新性证据;  基于 MALDI 定位的 timsTOF fleX 平台,全新 microGRID 技术可在低至 5 µm

布鲁克发布多重空间蛋白组学和microGRID成像创新技术

  ● 靶蛋白快速、大视野的 MALDI HiPLEX-IHC 成像,并把新鲜冷冻或 FFPE 组织切片小分子 MALDI 成像数据叠加,为空间生物学和癌症研究提供了具有说服力的创新性证据;  ● 基于 MALDI 定位的 timsTOF fleX 平台,全新 microGRID 技术可在低至 5

超滤技术在制药领域的应用

超滤技术可用于药物的分离精制、除热原、灭菌等,尤其是在抗生素及维生素的分离提取方面。有学者提出的超滤/萃取法从根本上解决了抗生素萃取过程的乳化问题,提高了萃取收率和产品质量。目前(2018年),生产过程中常利用活性炭吸附去除人参皂苷注射液制备过程中热原,该方法具有总皂苷损失量大、生产成本高等缺点。而

“临床用单细胞组学技术开发与肺癌应用研究”项目获批

   近日,由博奥生物集团有限公司暨生物芯片北京国家工程研究中心牵头申报的“临床用单细胞组学技术开发与肺癌应用研究”项目获得国家重点研发计划“精准医学研究”2016年度项目立项。  该项目将围绕单细胞组学技术临床转化应用的难点和热点问题,整合微电子、自动化、生物芯片、新一代测序、大数据、医学等多学科

蛋白组学应用前沿:肝脏疾病研究进入后基因组时代

蛋白组学应用前沿:肝脏疾病研究进入后基因组时代

LCMS在脂质组学中的应用

  脂质组学(lipidomics)已经作为一门独立的学科与非靶代谢组学、靶向代谢组成为代谢组学中“三大主要研究领域”。为什么脂质组学会成为研究热点中的新宠?请听我一一道来。  还记得上面这张18年初风靡全生物圈的“小鼠拔罐”图吗?今年2月,陆军军医大学新桥医院李咏生团队发表在【Cellular P

综述:代谢组学在疾病中的应用

   代谢组学经历了迅猛的技术演化在过去二十年。尤其是广泛靶向代谢组学技术的新起,实现一次性检测坚定上千种物质,同时能够定量。整合了非靶向和靶向代谢物检测技术的优点,创造性实现了高通量、高灵敏度靶向代谢物检测,为定性、定量检测大批量、低丰度代谢物提供了高效的方法。   应用代谢组学的定义事件的预测生

流形学习在单细胞组学数据分析中的运用

  以10x Genomics为代表的单细胞组学检测技术的发展,为我们从细胞层面去理解生命体的发育过程,疾病发生和发展过程提供了重要的手段。以单细胞转录组(scRNA-Seq)为例,我们可以发现,单细胞组学数据具有横向细胞数量巨大,纵向数据分布稀疏的特点。因此,针对单细胞数据,从分析的角度提出了巨大

流形学习在单细胞组学数据分析中的运用

  以10x Genomics为代表的单细胞组学检测技术的发展,为我们从细胞层面去理解生命体的发育过程,疾病发生和发展过程提供了重要的手段。以单细胞转录组(scRNA-Seq)为例,我们可以发现,单细胞组学数据具有横向细胞数量巨大,纵向数据分布稀疏的特点。因此,针对单细胞数据,从分析的角度提出了巨大