科学家成功解码鱼类胚胎中的新生转录本
上海海洋大学教授陈良标、胡鹏团队，在活体鱼类胚胎中实现了单细胞新生RNA测序技术的系统优化和应用，首次实现对“合子激活”阶段新转录基因的高灵敏度、高准确性检测，打开了研究生命起源奥秘的新窗口，也为水产育种的基因精准设计提供了重要工具。相关研究近日发表于《自然-通讯》。每个新生命的开始都经历过一次“主权交接”，即从母亲提供遗传物质过渡到胚胎自主控制基因表达。这一过程被称为“母源-合子转换”，是胚胎发育中最关键的转折点。然而，刚被激活的合子基因转录本数量极其稀少，常常被海量的母源RNA“淹没”，使得传统的测序技术很难“听见”这些微弱却至关重要的声音。研究团队围绕鱼类胚胎模型，开展了系统性优化。通过对10种主流RNA化学转化方法进行系统筛选，并在超过5万个斑马鱼细胞中测试，研究团队发现，基于mCPBA/TFEA 的“on-beads”转化方案，能实现超过8%的T-to-C替换率，表现远优于传统“体内标记”方法。此外，研究人员在斑马鱼受......阅读全文
PNAS：RNA测序解开“为什么大多数克隆动物胚胎会失败？”
生物通报道：自从20年前英国科学家成功克隆出克隆羊多莉已经20年了，但是克隆哺乳动物仍然是一个挑战。最近，由美国和法国研究人员进行的一项新研究，阐释了为什么大多数克隆胚胎可能会失败。 多莉羊是利用“体细胞核转移”技术克隆出来的，来自一个成年细胞的细胞核被转移到已经去核的未受精卵子中，然后电击以
利用鱼类胚胎敏感性－探测水质细微污染
日前，研究人员利用出生几天鱼类胚胎的敏感性作为工具，有效地探测到有害化学物质。 美国普渡大学研究员马歇尔·波特菲尔德称，胚胎发育鱼类对污染物质和受压状态下会变得十分敏感，通过测量处于胚胎发育鱼类的耗氧等级，可以揭示在污染物变得恶化或构成真实损害之前有毒物质的详细等级水平。它可用于探测环境污染或生物
双RNA测序技术
在发表于《自然》（Nature）杂志上的一篇研究论文中， 由来自德国、奥地利和美国的研究人员组成的一个研究小组发现，采用一种允许在感染过程中同时研究细菌与宿主小RNA的新技术，可以揭示出两者转录谱的改变。该研究小组描绘了他们的技术、该技术如何更多地帮助了解细菌感染机制，以及在研究中获得的重要发现
从果蝇胚胎中提取总－RNA－或－poIy(A)－+RNA
试剂、试剂盒 0.lmol LNaOH 乙醇 3mol L 乙酸钠 苯酚 无 SDS 的结合缓冲液 含 SDS 的结合缓冲液 TE 缓冲液 SEVAG 漂白剂（Bleach) 含 MgCl2 的 PBS(pH7.2) 果蝇勻浆缓冲液实验步骤 一 材料与设备1)0.lmol/LNaOH2)70%(V/
从果蝇胚胎中提取总－RNA－或－poIy(A)－+RNA
试剂、试剂盒 0.lmol LNaOH 乙醇 3mol L 乙酸钠 苯酚 无 SDS 的结合缓冲液 含 SDS 的结合缓冲
我国完成首个鱼类基因组测序项目
记者8月5日从深圳华大基因研究院获悉，中国水产科学研究院黄海水产研究所和深圳华大基因研究院已联合完成半滑舌鳎全基因组测序和组装，绘制了半滑舌鳎全基因组序列图谱。这是我国完成的第一个鱼类基因组测序项目和全基因组序列图谱，使半滑舌鳎成为世界上第一个测定了全基因组序列的鲽形目鱼类。 据了解
卵和胚胎细胞总RNA提取
试剂、试剂盒 Triton X-100匀浆缓冲液 酚氯仿乙酸钠 乙醇 氯化锂实验步骤 一 材料与设备1)5%TritonX-1002) 匀浆缓冲液：50 mmol/LNaCl,50 mmol/LTris-Cl,(PH7.5),5 mmol/LEDTA(pH8.0),0.5%SDS,200ug/ml
卵和胚胎细胞总RNA提取
试剂、试剂盒 Triton X-100 匀浆缓冲液 酚 氯仿 乙酸钠 乙醇 氯化锂
2.3.1－从果蝇胚胎中提取总－RNA－或－poIy(A)－+RNA
试剂、试剂盒0.lmol LNaOH乙醇3mol L 乙酸钠苯酚无 SDS 的结合缓冲液含 SDS 的结合缓冲液TE 缓冲液SEVAG漂白剂（Bleach)含 MgCl2 的 PBS(pH7.2)果蝇勻浆缓冲液实验步骤一 材料与设备1)0.lmol/LNaOH2)70%(V/V) 乙醇3)3mol/
核糖核酸（RNA）测序
RNA在细胞中的稳定性较差，在实验中也更容易受到核酸酶的攻击。因为RNA是由DNA转录产生的，所以信息已经存在于细胞的DNA中。然而，有时也需要对RNA分子进行测序。虽然DNA测序给出了生物体的遗传图谱，但RNA测序却反映了细胞中活跃表达的序列。为了给RNA测序，通常的方法是首先对从样品中提取的
环状－RNA－测序案例分析
案例：以结肠癌，卵巢癌，特发性肺纤维化及正常的人组织为例探讨 circular RNAs 的富集与增殖的相关性 背景：最新研究表明，circular RNAs 大量存在，是构成生物体 RNA 网络的一部分，而且研究者们推测 circular RNAs 与 miRNAs 一样具有生物学功能。 目的
RNA甲基化测序
1、NSUN2影响m5C在HEK293细胞中整体分布情况NSUN2被报道是RNA甲基转移酶，能使tRNAs和mRNA发生m5C甲基化修饰。为了探究NSUN2对HEK293细胞mRNA m5C甲基化修饰的影响。作者利用CRISP/Cas9技术敲减NSUN2（NSUN2-/-HEK293细胞）后进行
基因测序技术首次实现胚胎筛选
来自牛津大学的科学家们利用新的基因测序技术对胚胎进行分析，从而选择试管受精的胚胎。之前，新的基因测序技术从来没用被用于胚胎的筛选。 这项分析技术称为“下一代测序技术”，一种强大的方用来解读所有的基因。通过测试每个样品产生大量的DNA数据，同时揭示遗传性疾病，染色体的异常及线粒体的突变。下一
科学家成功解码鱼类胚胎中的新生转录本
上海海洋大学教授陈良标、胡鹏团队，在活体鱼类胚胎中实现了单细胞新生RNA测序技术的系统优化和应用，首次实现对“合子激活”阶段新转录基因的高灵敏度、高准确性检测，打开了研究生命起源奥秘的新窗口，也为水产育种的基因精准设计提供了重要工具。相关研究近日发表于《自然-通讯》。每个新生命的开始都经历过一次“主
2.1.4－卵和胚胎细胞总RNA提取
本方法是分离蛙、海 胆 、被囊动物、蠕虫和蝇的卵母细胞、受精卵及其胎细胞 RNA 的简便有效的方法。试剂、试剂盒Triton X-100匀浆缓冲液酚氯仿乙酸钠乙醇氯化锂实验步骤一 材料与设备1)5%TritonX-1002) 匀浆缓冲液：50 mmol/LNaCl,50 mmol/LTris-Cl,
“RNA测序”通用模板新突破
通过检测血液或尿液中少量的RNA来诊断或治疗疾病是一个新兴领域。随着技术的进步，研究人员可以对RNA片段进行测序，但不同的人使用不同的方法来测序RNA，有时会得到不同的结果，这是影响成功的一个重大障碍，使得此领域很难取得进展。近来，密歇根大学Tewari教授的实验室领导了美国和荷兰的9个实验室组
RNA测序，真的有那么准确吗？
RNA测序是遗传学家工具箱中的一种常用工具。利用RNA测序，研究人员能够定量地检测各种生物体的基因表达，从而更好地了解细胞中正在发生的事情以及特定基因的功能。由于在药物发现、疾病诊断和基因鉴定中具有潜在作用，RNA测序的应用似乎无极限。RNA测序的准确性早在2014年，《Nature Biotech
RNASeq和线粒体测序介绍
如今NGS已能够快速经济地阅读数亿个reads，所及之处远超越基因组学（如RNA测序使转录组学发生革命性变化）。尽管NGS取得了诸多进步，但依然存在一些重大的挑战。日前，牛津大学举办的“NGS七周年大会”聚焦了NGS面临的挑战，此次会议阐述了NGS领域最令人生畏的障碍，同时也阐述了跨越这些障碍的技术
Nature－Methods发布新RNA测序技术
Santa Cruz公司和Rochester大学的研究人员开发了一种新的RNA测序技术。他们通过这一技术发现了许多此前未被检测到的调控性小RNA。这一成果发表在八月三日的Nature Methods杂志上。 这个新技术可以在细胞中灵敏检测到带有化学修饰（甲基化）的小RNA。“tRNA是生物体内
单核RNA测序的芯片现已上市
高通量的单核RNA测序方法——DroNc-Seq才刚刚在《Nature Methods》上发表。一转眼，相应的芯片已经上市。Dolomite Bio公司针对DroNc-Seq推出一款新的芯片，可实现高通量的单核RNA-Seq分析。 DroNc-Seq方法在Broad研究所的张锋（Feng
单个循环肿瘤细胞RNA测序结果
由麻省总医院，哈佛大学主持的一项最新研究发现了前列腺癌细胞对一种常见的癌症治疗方法产生抗性的原因，研究人员完成了前列腺癌单个循环肿瘤细胞的RNA测序，其中找到了非经典Wnt信号所起的关键作用。 这一研究成果公布在9月18日的Science杂志上。 Androgendeprivationthe
RNA测序发现杂交蝉遗传证据
据英国《通讯·生物学》杂志近日发表的一项动物学研究，日本科学家通过RNA测序，出乎意料地发现了13年蝉与近亲17年蝉杂交的遗传证据，而这两种蝉至少221年才相遇一次。研究显示，杂交蝉在极其漫长时间里都维持了各自不同的生命周期，目前科学家无法就这种平行趋异演化给出遗传学解释。长期以来，周期蝉的生命
Science发表超深度线粒体RNA测序
蒙特利尔大学的一项新研究显示，线粒体遗传物质在个体内和个体间具有显著的多样性，而线粒体RNA上的修饰影响着我们每个人的身体健康。 线粒体基因组中的突变与多种疾病和生物学过程有关，然而此前人们还不了解线粒体转录组中的序列多样性。这项研究通过超深度线粒体RNA测序，首次为人们展示了线粒体RNA
Nature：5种RNA测序法终极PK
近日，美国哈佛大学与麻省理工学院的研究人员，将5种不同的转录组测序( RNA -seq )法进行了对比，比较结果显示 RNAse H 技术在分析低质 RNA 样品方面优于其他技术，且价格最为便宜; SMART 和 NuGEN 法适应于分析少量 RNA 。两篇研究论文在线发表在5月19日的
“泛转录组”首次用于RNA测序分析
近日发表在《自然·方法》杂志上的一篇新论文中，美国加利福尼亚大学圣克鲁斯分校（UCSC）的研究人员介绍了有史以来第一种使用“泛转录组”分析全基因组RNA测序数据的方法。 分析一个人的基因表达需要将他的RNA图谱映射到一个标准参照物，以深入了解基因在多大程度上“开启”并在体内发挥功能。但当参照物不
长链非编码－RNA－测序案例分析
背景：人类寿命的延长伴随着神经退行性疾病的发病几率的增加，因而价格不贵的血液诊断的发展迫在眉睫。通过 RNA-seq 分析血液细胞的转录本是发现新的生物标志物的非常高效的途径。 目的：利用 Illumina 测序平台对帕金森病人白血球中 lncRNAs 进行分析，探讨其对 mRNA 选择性剪接的
RNA测序解析白血病转录组
巴塞罗那基因组调控中心Dr. Roderic Guigó领导研究团队，对慢性淋巴细胞白血病进行了转录组分析，获得了CLL相关基因和突变的功能图谱。这项工作发表在Genome Research杂志上。 这一项目是西班牙慢性淋巴细胞白血病基因组联盟的最新成果，该联盟曾鉴定了涉及CLL发展的
“泛转录组”首次用于RNA测序分析
近日发表在《自然·方法》杂志上的一篇新论文中，美国加利福尼亚大学圣克鲁斯分校（UCSC）的研究人员介绍了有史以来第一种使用“泛转录组”分析全基因组RNA测序数据的方法。 分析一个人的基因表达需要将他的RNA图谱映射到一个标准参照物，以深入了解基因在多大程度上“开启”并在体内发挥功能。但当参照物
RNA测序深入了解疱疹病毒
近日，发表在《Nature Communications》上的一项研究中，研究人员利用单细胞RNA测序深入了解了疱疹病毒，为预防疱疹感染带来了新的见解。 如果你的嘴唇开始刺痛发痒，通常意味着你将患上唇疱疹，这是一种小而令人疼痛的水泡，里面充满了具有高度传染性的单纯疱疹病毒（HSV）。 单纯疱疹
NASA首次在太空完成RNA直接测序
去年底，美国宇航员在国际空间站首次完成了DNA测序，而不用将样本运送回地球。如今，他们又利用Oxford Nanopore的MinION测序仪，在太空成功完成了RNA直接测序。 这项工作是基于前人的努力。2016年8月，美国宇航员Kate Rubins首次在微重力的环境下完成了DNA测序工作。