科学家提出蛋白质—配体复合物柔性结构预测方法PackDock
作为细胞的“主力军”，蛋白质往往通过与小分子配体或其他蛋白质发生特异性结合来发挥功能。然而，蛋白质结构具有天然的动态性，配体结合也常伴随构象变化。因此，获得准确的结合构象是基于结构药物设计的重要前提。近日，中国科学院上海药物研究所研究团队提出了蛋白—配体复合物柔性结构建模新方法PackDock。该方法将生成式AI与物理算法相结合，用于预测柔性蛋白—配体复合物构象。研究显示，该方法在多种应用场景中展现出良好的精度与效率，并兼具较强的泛化能力。PackDock通过整合物理建模与深度学习方法，来表征蛋白质—配体相互作用，并通过考虑蛋白质在无配体（自由态）与配体结合态下的构象分布，可更精准地建模柔性蛋白—配体复合物的结合构象。同时，其核心模块PackPocket结合等变图神经网络与生成式建模策略，学习侧链构象空间的能量景观，并在不同状态分布中采样口袋侧链构象，以描述结合过程中可能发生的构象变化。研究表明，PackDock框架可兼容多种刚......阅读全文
解析人源松弛素/胰岛素样肽受体4复合物三维结构
人源松弛素/胰岛素样肽受体4（Relaxin family peptide receptor 4，RXFP4）为A类G蛋白偶联受体（G protein-coupled receptor，GPCR），2003年首见于人类基因组数据库，2005年被证实为胰岛素样肽5（Insulin-like pep
我国学者揭示FPR2与一种多肽激动剂结合复合物晶体结构
近日，中国科学院上海药物研究所在抗炎药物靶点的结构和功能研究方面取得新进展——测定了甲酰肽受体FPR2与一种多肽激动剂结合的复合物晶体结构，揭示了该受体与多种配体分子的相互作用机制，为抗炎药物研发提供了重要依据。研究成果于伦敦时间3月5日在国际学术期刊《自然-通讯》（Nature Communi
糖胺聚糖调控帕金森病致病蛋白αsyn聚集的分子机制
α-突触核蛋白（α-syn）作为帕金森病（PD）、路易体痴呆（DLB）、多系统萎缩（MSA）等神经退行性疾病的关键致病蛋白，具有在不同条件下形成不同结构和病理毒性的淀粉样纤维聚集的能力。近期研究发现，来自MSA，PD及DLB患者脑中的α-syn病理纤维结构均含有不同的化学配体通过与附近氨基酸残基
Nature重大突破：破解蛋白的新技术
来自美国能源部(DOE)劳伦斯伯克利国家实验室(Berkeley Lab)的研究人员发表了一项飞跃性的成果，能令科学家们更深入的了解蛋白质之类的大分子在溶液中的结构状态。研究人员利用X射线(SAXS)或中子(SANS)SAS小角散射实验数据，开发出了一套新指标，这将能令所需时间缩减达20倍。
Nature重大突破：破解蛋白的新技术
来自美国能源部(DOE)劳伦斯伯克利国家实验室(Berkeley Lab)的研究人员发表了一项飞跃性的成果，能令科学家们更深入的了解蛋白质之类的大分子在溶液中的结构状态。研究人员利用X射线(SAXS)或中子(SANS)SAS小角散射实验数据，开发出了一套新指标，这将能令所需时间缩减达20倍。
东北地理所推演Karrikin信号途径调控根际微生物组的模式
微生物组能够提升作物生产力，利用微生物组服务作物生长和抗逆是当前农业的发展趋势。作物如何实现对根际微生物组的有效调控，是当前迫切需要回答的科学问题。对此，中国科学院东北地理与农业生态研究所黑土区农业生态重点实验室土壤微生物研究员田春杰团队开展研究。 Karrikin（KAR）是燃烧植物释放的一
徐华强教授JBC发表最新成果
5月13日，国际学术期刊《Journal of Biological Chemistry》在线发表了华东师范大学、美国Van Andel研究所和中科院上海药物研究所的一项最新研究成果，题为“Differential Requirement of the Extracellular Domain
关于非经典C－型凝集素受体的简介
与经典的 C 型凝集素受体相比，非经典C 型凝集素受体具有类似的CTLD 结构，但该结构域中缺少与Ca2+ 结合的保守基序，识别配体是Ca2+非依赖的。非经典 C 型凝集素样受体编码基因主要定位于 NK 基因复合物 (natural killer gene complex，NKC)，人的定位于
细胞内受体的简介
细胞内受体(intracellular receptor)位于胞质溶胶中受体要与相应的配体结合后才可进入细胞核。胞内受体识别和结合的是能够穿过细胞质膜的小的脂溶性的信号分子,如各种类固醇激素、甲状腺素、维生素D以及视黄酸。细胞内受体的基本结构都很相似,有极大的同源性。细胞内受体通常有两个不同的结构域
细胞内受体的简介
细胞内受体(intracellular receptor)位于胞质溶胶中受体要与相应的配体结合后才可进入细胞核。胞内受体识别和结合的是能够穿过细胞质膜的小的脂溶性的信号分子,如各种类固醇激素、甲状腺素、维生素D以及视黄酸。细胞内受体的基本结构都很相似,有极大的同源性。细胞内受体通常有两个不同的结
关于细胞凋亡的膜受体通路介绍
各种外界因素是细胞凋亡的启动剂，它们可以通过不同的信号传递系统传递凋亡信号，引起细胞凋亡，我们以Fas -FasL为例： Fas是一种跨膜蛋白，属于肿瘤坏死因子受体超家族成员，它与FasL结合可以启动凋亡信号的转导引起细胞凋亡。它的活化包括一系列步骤：首先配体诱导受体三聚体化，然后在细胞膜上形
关于蛋白质结构的结构种类概述
蛋白质分子是由氨基酸首尾相连缩合而成的共价多肽链，但是天然蛋白质分子并不是走向随机的松散多肽链。每一种天然蛋白质都有自己特有的空间结构或称三维结构，这种三维结构通常被称为蛋白质的构象，即蛋白质的结构。 蛋白质的分子结构可划分为四级，以描述其不同的方面： 一级结构：组成蛋白质多肽链的线性氨基酸
关于蛋白质结构的结构预测介绍
测定蛋白质序列比测定蛋白质结构容易得多，而蛋白质结构可以给出比序列多得多的关于其功能机制的信息。因此，许多方法被用于从序列预测结构。 一、二级结构预测 二、三级结构预测 同源建模：需要有同源的蛋白三级结构为基础进行预测。 Threading法。“从头开始”（Ab initio）：只需要蛋
关于蛋白质结构的结构测定介绍
专门存储蛋白质和核酸分子结构的蛋白质数据库中，接近90%的蛋白质结构是用X射线晶体学的方法测定的。X射线晶体学可以通过测定蛋白质分子在晶体中电子密度的空间分布，在一定分辨率下解析蛋白质中所有原子的三维坐标。大约9%的已知蛋白结构是通过核磁共振技术来测定的。该技术还可用于测定蛋白质的二级结构。除了
研究揭示光合作用核心蛋白复合物的修复机制
中国科学院生物物理研究所柳振峰团队揭示了绿藻光系统II（PSII）修复过程中多个中间态复合物的结构特征及其重新装配的原理，阐明了蛋白因子TEF30在PSII修复循环中后期发挥功能的分子机制。相关论文发表于《自然-植物》。PSII是光合生物中关键的膜蛋白复合物，负责水的裂解并启动光合电子传递，但其核心
自噬受体蛋白招募自噬起始相关ULK复合物分子机制
Nat Comm 细胞自噬（Autophagy）是真核细胞中一种高度受调控的、溶酶体依赖的细胞代谢过程，对于维持细胞内稳态以及促进细胞的生长、发育和存活具有至关重要的作用。选择性自噬通过自噬受体蛋白来特异性地识别和降解特定的底物，包括蛋白聚集体、受损线粒体、外源性的入侵病原体等。选择性自噬在众
含甲状腺球蛋白免疫复合物(tgic)正常值
阴性。（注具体参考值请根据各实验室而定。）
昆明动物所揭示孔道形成蛋白复合物激发无疤痕组织修复
组织修复是动物生存期间面临的常见问题。疤痕组织的形成是人体创伤修复中的一种常见副产物，可导致严重的临床功能障碍和容貌美观问题，如何促进组织再生修复同时避免和减少疤痕形成，是人们努力探究的重要问题。两栖动物的皮肤承担呼吸和水盐平衡等重要生理功能，其创伤修复必须是无疤痕的，以免损害相应的生理功能而造
肿瘤坏死因子的主要群体介绍
第一类受体是在胞质尾区包含死亡结构域（DD）。通过配体与相应的包含死亡结构域的受体结合可以招募胞内含有死亡结构域的受体，例如Fas相关死亡结构域蛋白（FADD/MORT1）和TNF受体相关的死亡结构域蛋白（TRADD），它们一起构成了所谓的死亡诱导信号复合物（DISC）。这些分子导致caspase活
华裔青年Cell追随诺奖脚步－解析GPCR
来自Salk生物研究所，Scripps研究院等处的研究人员发表了题为“Genetically Encoded Chemical Probes in Cells Reveal the Binding Path of Urocortin-I to CRF Class B GPCR”的文章，破
清华颜宁教授本月连发Nature、Science文章
来自清华大学的研究人员报道称，她们利用脂质立方相结晶法和微聚焦X射线衍射法，揭示出了葡萄糖转运蛋白识别及转运配体的分子基础。研究结果发布在7月15日的《自然》（Nature）杂志上。清华大学的颜宁（Nieng Yan）教授是这篇论文的通讯作者。2007年作为普林斯顿大学博士的颜宁受聘于清华大学医
清华颜宁教授本月连发Nature、Science文章
来自清华大学的研究人员报道称，她们利用脂质立方相结晶法和微聚焦X射线衍射法，揭示出了葡萄糖转运蛋白识别及转运配体的分子基础。研究结果发布在7月15日的《自然》（Nature）杂志上。 清华大学的颜宁（Nieng Yan）教授是这篇论文的通讯作者。2007年作为普林斯顿大学博士的颜宁受聘于清华大
我国科学家揭示了嗅觉感知的分子机制
大多数动物（包括人类）均拥有一套主嗅觉系统来识别挥发性的气味分子。大量的嗅觉受体通过“组合编码”的气味识别方式，帮助动物识别数以万亿计的气味分子。嗅觉受体可以分为三个家族，第I类是气味受体（OR）家族，第II类是痕量胺相关受体（TAAR）家族，OR和TAAR都属于A类G蛋白偶联受体（GPCR）家
新研究阐释II类特异嗅觉受体感知气味的分子机制
大多数动物（包括人类）均拥有一套主嗅觉系统来识别挥发性的气味分子。大量的嗅觉受体通过“组合编码”的气味识别方式，帮助动物识别数以万亿计的气味分子。嗅觉受体可以分为三个家族，第I类是气味受体（OR）家族，第II类是痕量胺相关受体（TAAR）家族，OR和TAAR都属于A类G蛋白偶联受体（GPCR）家
关于网格蛋白的运输作用介绍
网格蛋白在人体中起运输的作用,生物分子激素、神经递质、膜蛋白等物质都可通过网格蛋白进行运输。 在内吞过程中,质膜上受体与配体特异结合部位的胞质面(将形成有被小泡的外衣)有一些蛋白附着：网格蛋白是其中最主要的一种蛋白。它是一种纤维蛋白,与另一种较小的多肽形成了有被小泡外衣的结构单位,即三腿蛋白复
人源大麻素受体“阴阳双面”均获解析
日前，上海科技大学iHuman研究所科研团队成功解析了人源大麻素受体CB1与激动剂——四氢大麻酚（THC）类似物复合物的三维精细结构，揭示了大麻素受体在激动剂调控下的结构特征和激活机制。相关研究7月6日在《自然》杂志发表。 G蛋白偶联受体（GPCR）是人体内最大的细胞膜表面受体家族，在细胞信号
解析人源二型大麻素受体CB2在激活形态下的信号机制
大麻作为药用植物被用于致幻、镇痛的历史可以追溯至几千年之前的世界各大文明之中。大麻的药用价值比较复杂，内含包括四氢大麻酚（THC）、大麻二酚（CBD）等在内的几十种大麻素。植物来源大麻素和合成大麻素通过人体内的内源大麻系统（ECS）发挥多种生理功能。ECS包括两种被称为大麻素受体的G蛋白偶联受体
我国科学家揭示神经激肽A激活神经激肽2受体的分子机制
神经激肽（neurokinin）是一类神经肽，在炎症、疼痛伤害感受、上皮细胞分泌和增殖等发挥重要作用，普遍分布在哺乳动物中枢和周围神经系统中。近日，来自中国科学院上海药物所的研究团队在《Cell Discovery》杂志发表题为“Structural insights into the acti
通过膜蛋白受体NMDARs解析小分子与膜蛋白受体作用机制
近日，中国科学院大连化学物理研究所生物分子结构表征新方法创新特区研究组研究员王方军团队与中科院神经科学研究所研究员竺淑佳团队合作，在N-甲基-D-天冬氨酸受体（NMDARs）-小分子配体相互作用机制分析方面取得新进展，相关结果作为Back Cover在Chemical Communication
科学家破译大麻素受体选择性信号转导机制
大麻这种拥有药用价值的植物，因其中的活性成分作用于人体内的大麻素受体，可以有效治疗抑郁、焦虑、疼痛和癫痫。由于大麻存在包括药物耐受、精神活性等严重的副作用阻碍了大麻的临床药用。如何让大麻在发挥治疗作用的同时减弱甚至规避其副作用，成为了亟待解决的科学难题。 近日，浙江大学医学院李晓明教授课题组联