天津工业生物所通过信息整合获得更可靠的基因组注释
不同来源的数据信息的比较整合是提高数据质量，获得对特定生物更准确认识进而进行设计改造的常用方法。目前已有多种基于web的基因组注释服务(如RAST, JCVI, IMG, IGS等)，通过这些服务提交序列信息即可得到基因注释结果，但不同服务得到的结果往往有较大不同，因此对不同来源的基因注释信息进行数据比对整合对得到可靠的注释结果非常重要。但由于很多注释信息并不标准化，这个比较整合的过程常常需要费时的人工检验核对。 近日，中科院天津工业生物技术研究所研究员马红武和英国爱丁堡大学合作提出了一种通过对不同来源的基因组注释数据整合得到更准确可靠的注释结果的半自动化方法。研究组对由四种基因组注释服务(RAST, JCVI, IMG, IGS)得到的注释结果进行了比较分析。首先，通过程序对用各种ID(如EC号，COG ID，Pfam ID等)表示的功能进行比较，然后重点通过借鉴计算机科学领域中自然语言处理的方法解决......阅读全文
丙肝检测结果注释
丙肝核心抗原（HCVcAg）丙肝抗体（HCVAb）丙肝RNA（HCV RNA）简要意义---没有感染丙肝病毒或早于14天感染，低于试剂最低检测灵感度-+-没有感染丙肝病毒或丙肝病毒感染后病毒已清除+-+丙肝病毒感染早期，丙肝抗体检测窗口期，有传染性--+早期丙肝病毒感染，12-14天感染，低于抗原最
蛋白质组学之逆袭，深度注释基因组
申请课题缺创新点？撰写论文没思路？急着毕业时间紧？别怕，对于吉凯，一切都是套路！更有甚者，对于宇宙终极难题：“屌丝如何逆袭白富美？”老司机黄博也有一套经典案例分享给大家。 从前，在生物学研究领域，有一个白富美叫基因组学（Genomics），她有一项强大的技能：DNA测序，凭借这项技能，她完
研究人员发布最新版树鼩基因组注释
树鼩是一种与实验大鼠差不多大小的小型哺乳动物，是灵长类的近亲。由于其繁殖周期短（约6周），饲养成本低，单胎产仔数较高（每胎2-5只）等特点，在某些方面有望替代非人灵长类用于生物医学研究和应用。目前，树鼩已被用于多种感染性疾病模型创建，是研究视觉系统与功能的很好的动物。中国科学院昆明动物研究所研究
蛋白质组学之逆袭：深度注释基因组（三）
人类尚未充分认识复杂的癌症基因组是如何转化为导致复发和死亡的驱动生物学的，将蛋白质组学与基因组学结合在一起能够让我们获得对癌症的新认识，同时提供一种有价值的资源以便科学界能够用来提出关于这些疾病的新假设，以及治疗它的手段。蛋白质基因组学终有一天会被证明是一种强大的临床工具，使得人类能够横跨癌症基因组
蛋白质组学之逆袭：深度注释基因组（一）
申请课题缺创新点？撰写论文没思路？急着毕业时间紧？别怕，对于吉凯，一切都是套路！更有甚者，对于宇宙终极难题：“屌丝如何逆袭白富美？”老司机黄博也有一套经典案例分享给大家。从前，在生物学研究领域，有一个白富美叫基因组学（Genomics），她有一项强大的技能：DNA测序，凭借这项技能，她完成了对多种物
蛋白质组学之逆袭：深度注释基因组（二）
针对一些乳腺癌亚型和携带常见突变如PIK3CA和TP53突变的肿瘤，分析结果揭示出了一些新的蛋白质标记物和信号通路。另外将一些基因中的拷贝数改变与蛋白质水平联系一起，从而鉴别出了10个新的候选调控因子。其中两个候选基因SKP1和 CETN3可能与癌基因EGFR有关联。EGFR是一种特别具有侵
昆明动物所等发布最新版树鼩基因组注释
树鼩是一种与实验大鼠差不多大小的小型哺乳动物，是灵长类的近亲。由于其繁殖周期短（约6周），饲养成本低，单胎产仔数较高（每胎2-5只）等特点，在某些方面有望替代非人灵长类用于生物医学研究和应用。目前，树鼩已被用于多种感染性疾病模型创建，是研究视觉系统与功能的很好的动物。中国科学院昆明动物研究所研究
分析变异毒株突变－新冠病毒精确完整基因注释图谱完成
美国麻省理工学院的科学家在11日出版的《自然·通讯》杂志撰文称，在进行了广泛的比较基因组学研究之后，他们绘制出了新冠病毒迄今最精确完整的基因注释图谱，确认了几种蛋白质编码基因，也发现有些基因并不编码任何蛋白质。此外，他们还分析了新冠病毒不同毒株产生的近2000个突变，从而能更好地评估这些突变的重
基因组精确注释新方法：增强子鉴定新技术
近日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所动物功能基因组学创新团队研发出增强子鉴定新技术。该技术与传统技术相比，平均分辨率提高了约10倍，为基因组的精确注释提供了新方法。相关研究成果发表在《核酸研究》（Nucleic Acids Research）上。 增强子是一种基因组非编码区的顺式调控元件，
天津工业生物所通过信息整合获得更可靠的基因组注释
不同来源的数据信息的比较整合是提高数据质量，获得对特定生物更准确认识进而进行设计改造的常用方法。目前已有多种基于web的基因组注释服务(如RAST, JCVI, IMG, IGS等)，通过这些服务提交序列信息即可得到基因注释结果，但不同服务得到的结果往往有较大不同，因此对不同来源的基因注
比较基因定位的定义
中文名称比较基因定位英文名称comparative gene mapping定 义不同物种间的同源基因在染色体上定位的过程。应用学科遗传学（一级学科），基因组学（二级学科）
我学者开发精确的CRISPR注释程序
CRISPR系统对于原核生物免疫系统对抗入侵元素发挥关键的作用，也 被设计成促进真核生物基因组的靶向基因编辑。近期，来自中科院深圳先进技术研究院、湖北工业大学和吉林大学等处的研究人员，在《Scientific Reports》发表一项研究，提出了一种精确的从头CRISPR注释程序——CRISPR
天津大学：新冠病毒基因组注释数据库向全球开放
疫情就是命令！30日从天津大学获悉，该校生物信息中心新型冠状病毒基因组注释数据库上线，并纳入中国国家基因组科学数据中心向全球开放服务。新型冠状病毒基因组注释数据库 ZCURVE_CoV Database 网站截图 面对疫情加快蔓延的严重形势，科技界正在争分夺秒与病毒抗争，开展病毒防治相关药物的
一个高度注释的与癌症铂耐药相关的基因数据库
10-20% 的癌症患者接受了铂类化疗，包括顺铂、卡铂和奥沙利铂。不幸的是，铂耐药在大量患者中产生，并成为临床结果的决定因素。铂耐药的机制可分为几个广泛的生物学过程，包括调节药物的进入、退出、积累、隔离和解毒，增强铂诱导的DNA损伤的修复和耐受性。 细胞存活途径的改变，多效过程和途径的改变，以
比较基因组杂交方法介绍
比较基因组杂交是将消减杂交、荧光原位杂交相结合，用于检测DNA序列的拷贝数变异并将其定位在染色体上的方法。CGH 只能检测不平衡的染色体改变。结构染色体变异，例如：平衡的相互易位或倒位不能被检测出来，因为拷贝数没有变化。CGH最初设计是用来检测单一副本缺失的，所以它的的区带长度至少5～10Mbarr
比较基因组杂交芯片介绍
比较基因组杂交芯片（Comparative Genomic Hybridization Array）、基于芯片的比较基因组杂交（Microarray-based comparative genomic hybridization）或者阵列比较基因组杂交技术（array comparative gen
比较基因组杂交芯片介绍
比较基因组杂交芯片（Comparative Genomic Hybridization Array）、基于芯片的比较基因组杂交（Microarray-based comparative genomic hybridization）或者阵列比较基因组杂交技术（array comparative g
一个高质量的黄连染色体规模的基因组组装和注释
黄连 (Coptis chinensis Franch.) 是毛茛科的一员，代表了一个重要的早期分叉双子叶植物谱系，具有多种药用价值。 2021年6月2日，湖北省食品药品监督检验研究院聂晶，华中农业大学王学奎，中国中医科学院陈士林及湖北中医药大学Liu Yifei（湖北中医药大学为第一单位）共
如何通过qPCR比较不同基因的表达
对同一种样本，针对不同基因采用不同的引物进行qPCR，对于每一个样本还得设置一个内参对照。用每个基因复孔CT值的平均值减去内参的平均值求的δCT，再比较各组基因的表达差异。也可以绝对定量，将稀释的标准品和待测样品同时进行qpcr，通过Ct值根据标准曲线求绝对表达量。
全基因组的比较基因组杂交技术介绍
Whole-Genome and Custom Fine-Tiling Array CGHComparative Genomic Hybridization (CGH) measures DNA copy number differences between a reference genome a
：六大病毒载体技术的比较；不同基因传递方法的比较
病毒载体 经典的病毒载体主要有四类，腺病毒，腺相关病毒，逆转录病毒和慢病毒。他们具备侵染细胞谱广，效率高等特点并广为研究人员熟知。它们的特点总结归纳如表一。 表一：六大病毒载体技术的比较 载体 感染广谱性 靶细胞类型 表达形式 表达时间 免疫原
精密恒温低温液浴槽中的压缩机注释
压缩机作为低温恒温槽中的重要组成部分之一，其工作原理主要是根据物理学中压力体积与温度的关系，当气体的质量一定时，压力与体积的乘积是一个常数。因此，要实现单位质量的气体的压力升高一倍，就必须使其体积缩小一半。所有的低温恒温槽压缩机都是根据这个原理进迁气体压缩的。 一般来说，实现气体压缩的物理
Nature子刊：基于Transformer的单细胞可解释注释方法
近年来得益于单细胞测序技术的发展，我们可以以单细胞分辨率去理解生物学过程，包括发育，衰老和疾病等。细胞类型注释在单细胞数据分析过程中非常关键，传统的注释方法是将细胞降维到去除批次效应的低维空间，再进行一轮或多轮不同分辨率的聚类，最后根据不同细胞簇的标记基因人工的标注细胞类型。这一过程缺乏公认的标
大规模基因比较助力系谱图研究
Emily和Alan Lemmon希望生物学家可以利用他们的技术绘制系谱图。 Emily Moriarty Lemmon永远不会忘记她在读研究生时，为建立青蛙系谱图而付出的努力。为了了解不同种类青蛙之间如何彼此相关，她需要评估尽可能多的DNA差异，但是时间和资金大大限制了她可以确定和测试的
蓝藻和叶绿体基因组的比较研究
原核的蓝藻和真核植物（包括其他藻类）中的叶绿体，都同样进行放氧的光合作用，这为人类和整个生物界提供了赖以生存的食物、氧气、能源和原料。对叶绿体和蓝藻的细胞结构和分子生物学特性作分析，证明真核生物的叶绿体可能起源于蓝藻祖先的内共生。这使蓝藻在20多年来已成为光合作用研究的模式生物。 蓝藻基因组的
敲降斑马鱼基因的方法学比较
一、基因敲降的前期准备工作相同 1.1 生物信息学分析目标基因在斑马鱼早期胚胎发送过程中是否有表达。 1.2 收集斑马鱼早期发育胚胎（通常为48 hpf前的胚胎），提取总RNA，然后进行体外转录（RT）。 1.3 设计检测目标基因表达的PCR引物，以1.2获得的cDNA为模板，
蓝藻和叶绿体基因组的比较研究
原核的蓝藻和真核植物（包括其他藻类）中的叶绿体，都同样进行放氧的光合作用，这为人类和整个生物界提供了赖以生存的食物、氧气、能源和原料。对叶绿体和蓝藻的细胞结构和分子生物学特性作分析，证明真核生物的叶绿体可能起源于蓝藻祖先的内共生。这使蓝藻在20多年来已成为光合作用研究的模式生物。蓝藻基因组的作图和测
敲降斑马鱼基因的方法学比较
一、基因敲降的前期准备工作相同 1.1 生物信息学分析目标基因在斑马鱼早期胚胎发送过程中是否有表达。 1.2 收集斑马鱼早期发育胚胎（通常为48 hpf前的胚胎），提取总RNA，然后进行体外转录（RT）。 1.3 设计检测目标基因表达的PCR引物，以1.2获得的cDNA为模板，
蓝藻和叶绿体基因组的比较研究
原核的蓝藻和真核植物（包括其他藻类）中的叶绿体，都同样进行放氧的光合作用，这为人类和整个生物界提供了赖以生存的食物、氧气、能源和原料。对叶绿体和蓝藻的细胞结构和分子生物学特性作分析，证明真核生物的叶绿体可能起源于蓝藻祖先的内共生。这使蓝藻在20多年来已成为光合作用研究的模式生物。 蓝藻基因组的
蓝藻和叶绿体基因组的比较研究
原核的蓝藻和真核植物（包括其他藻类）中的叶绿体，都同样进行放氧的光合作用，这为人类和整个生物界提供了赖以生存的食物、氧气、能源和原料。对叶绿体和蓝藻的细胞结构和分子生物学特性作分析，证明真核生物的叶绿体可能起源于蓝藻祖先的内共生。这使蓝藻在20多年来已成为光合作用研究的模式生物。蓝藻基因组的作图和测