基因组精确注释新方法:增强子鉴定新技术

近日,中国农业科学院深圳农业基因组研究所动物功能基因组学创新团队研发出增强子鉴定新技术。该技术与传统技术相比,平均分辨率提高了约10倍,为基因组的精确注释提供了新方法。相关研究成果发表在《核酸研究》(Nucleic Acids Research)上。 增强子是一种基因组非编码区的顺式调控元件,它与启动子相互作用调控基因的表达,对增强子的正确鉴定有助于理解基因表达机制。然而目前不同的技术对增强子鉴定的长度差别较大,导致基因组中这些增强子区域没有被正确解读。 为了解决这一问题,科研团队开发了增强子鉴定新技术。该技术的优势在于具有较高的准确性和一致性,可以有效地去除序列冗余,直接鉴定序列的增强子功能。它还可以大规模地进行增强子鉴定,适用于多种细胞类型。 文章摘要图片该研究得到国家重点研发计划项目、国家自然科学基金、中国农业科学院科技创新工程和广东省自然科学基金等项目的支持。......阅读全文

证实基因组测序成功鉴定癌症相关突变

  最近,UT西南医学中心的癌症研究人员表明,全基因组测序可以用来确定患者遗传性癌症的风险,这可能会促进癌症的预防、诊断和护理。  这项研究首次采用全基因组测序来评估258名癌症患者的基因组,以提高癌症诱发突变的诊断能力。相关研究结果发表在12月份的国际期刊《EBioMedicine》。  UT西南

水稻LEA基因组规模的鉴定与分析

实验概要本实验鉴定了OsLEA基因,将基因定位到水稻染色上,进行了序列对比和基因转变分析,LEA基因的表达分析及启动子基序分析。实验材料基因组及蛋白质序列的来源:分别从TIGR (http://www.tigr.org)和BGI (http://rise.genomics.org.cn/rice

水稻RGA基因组规模的鉴定与分析

实验概要本实验对粳稻蛋白质数据库进行BLASTP,获得所有粳稻的RGA序列,对RGA进行分类,分别统计了各类RGA在不同染色体上的分布情况,对两个亚种间RGA多态性进行了鉴定和开发。实验步骤1. 水稻RGA的搜索搜集已报道的45个R基因,然后用它们对粳稻蛋白质数据库进行BLASTP (参数取E

北京基因组所法医鉴定合作研究获进展

  年龄推断是法医学领域研究的重要课题之一,尤其是涉及青少年犯罪以及推断高度腐败甚至白骨化无名尸的年龄,可为尸源的查找提供侦查范围和线索。另外,根据现场遗留生物物证推断嫌疑人年龄在法医学实践中也具有重要的应用价值。传统的个体年龄的评估主要是依据骨骼、牙齿等组织以及组织中各类物质的物理和化学特性等随年

Nature:CRISPR实施全基因组筛选鉴定肠道病菌感染靶标

  10月20日Nature上刊登的一项研究用CRISPR实施全基因组筛选,鉴定了新兴的威胁生命的胃肠道艰难梭菌(Clostridium difficile)感染的关键靶标。美国波士顿儿童医院的Min Dong博士和Liang Tao博士领导的研究小组的工作揭示了这种细菌最强效的毒素如何进入细胞,这

基因组所小鼠组织新转录本鉴定研究取得进展

  近日,中国科学院北京基因组研究所胡松年项目组利用新一代测序数据,运用生物信息学方法,在小鼠的几个组织中发现了几千个新的转录本。该研究成果的完成拓宽了转录组数据分析的思路,有利于更全面地认识小鼠的转录组组成,并进一步补充了其基因组的注释,相关成果论文在frontiers in genetics

琼脂糖凝胶电泳鉴定基因组dna的意义

鉴定基因组时候有降解,即完整性(有的话表现为拖带);是否有RNA污染(有的话可以看出,没空给你放图片了);是否有蛋白质残留(加样孔);是否和分光光度计测值相符(即测值是否准确)。电泳是非常有必要的,对评价你的gonomeDNA有很大的意义,

琼脂糖凝胶电泳鉴定基因组dna的意义

鉴定基因组时候有降解,即完整性(有的话表现为拖带);是否有RNA污染(有的话可以看出,没空给你放图片了);是否有蛋白质残留(加样孔);是否和分光光度计测值相符(即测值是否准确)。

版纳植物园完成蓖麻基因组bZIP家族鉴定与表达分析

  蓖麻是双子叶胚乳型植物的典型代表,是大戟科中重要的油料作物,其种子油被广泛地应用在工业上。bZIP(basic leucine zipper)转录因子广泛分布于真核生物中,在植物中涉及多种生物进程,其中ABF亚族更是ABA信号途径中重要的调控因子。   中国科学院西双版纳热带植物园分子遗传

分子层面鉴定遗传-儿童癌症基因组找到可用药物靶点

  英国《自然》杂志1日在线发表的两篇文章,美国和欧洲科学家在基因组和分子层面上详细表征了上千例儿童癌症,这是在儿童中进行的首次泛癌症基因组分析。其结果有利于人们理解儿童癌症的起因,并有助于研发新的治疗方案。图片来源于网络  德国NCT海德堡霍普儿童癌症中心(KiTZ)的科学家团队,此次选取914名

Science:鉴定出保持细菌基因组完整性的关键分子ppGpp

  在一项新的研究中,来自美国纽约大学朗格尼医学中心和俄罗斯科学院的研究人员发现一种关键的生物化学分子ppGpp能够让细菌修复它们DNA上的致命性损伤,包括抗生素导致的DNA损伤。相关研究结果发表在2016年5月20日那期Science期刊上,论文标题为“ppGpp couples transcri

通过全基因组关联分析-科学家鉴定出多动症遗传信号

  英国《自然·遗传学》杂志26日在线发表的一项医学研究称,美国和欧洲科学家联合团队鉴定了与注意缺陷多动障碍(ADHD)有关的遗传变异。这是人类首次发现这一疾病的遗传信号。图片来源于网络   此次,美国纽约州立大学上州医科大学的斯蒂芬·法拉那和丹麦精神病学综合研究中心(iPSYCH)的安德·博格鲁姆

“死神”长什么样?大规模基因组分析鉴定决定寿命新SNPs

  为什么有些人更长寿?虽然环境、社会经济地位和饮食习惯对长寿的贡献最大,但人类仍有20-30%的寿命变化归结于基因组。DNA序列中一些特定位置的变化,如单核苷酸多态性(SNP)可能是长寿与否的关键组成部分。  课题组组长、社会和预防医学研究所助理教授Zoltan Kutalik指出,此前最全面的基

逐次修正基因组法:有效提高非模式生物蛋白质组鉴定...

逐次修正基因组法:有效提高非模式生物蛋白质组鉴定的新策略随着高通量测序技术的不断崛起,全基因组测序也逐步普及。越来越多的物种基因组予以公布。目前,主要有两种获得研究物种参考基因组的策略:de novo 基因组拼接和基于mapping算法的基因组序列修正,mapping是指将所有测序读段通过序列比对定

血型鉴定Rh血型鉴定

Rh血型鉴定介绍: Rh血型鉴定一般指Rh系统中D抗原的检测,根据病人红细胞是否带有D抗原,分为Rh阳性和Rh阴性。Rh血型鉴定正常值: Rh血型分为Rh阳性、Rh阴性。Rh血型鉴定临床意义: (1) 我国汉族人的Rh阴性率为0.34%,绝大多数人为Rh阳性,故由Rh血型不合引起的输血反应相对较AB

全基因组测序鉴定非洲结核杆菌病原体早期感染情况

  最近,发表在《PNAS》杂志上的一项研究检查了南非地区爆发的广泛耐药结核病流行株LAM4 / KZN的进化和流行病学历史。   该菌株首次报道于2005年在夸祖鲁-纳塔尔省的图格拉渡轮,此后已在全省广泛传播。这项新研究确定了促进XDR-TB菌株疫情爆发的关键宿主,病原体和环境因素,以及可以采

PNAS:全基因组测序鉴定非洲结核杆菌病原体早期感染

  最近,发表在PNAS的一项研究检查了南非地区爆发的广泛耐药结核病流行株LAM4 / KZN的进化和流行病学历史。  该菌株首次报道于2005年在夸祖鲁-纳塔尔省的图格拉渡轮,此后已在全省广泛传播。这项新研究确定了促进XDR-TB菌株疫情爆发的关键宿主,病原体和环境因素,以及可以采取的早期发现和遏

细菌鉴定仪的鉴定原理

  Biolog公司独创的碳源利用方法,利用微生物对不同碳源代谢率的差异,针对每一类微生物筛选95种不同碳源,配合四唑类显色物质(如TTC、TV),固定于96孔板上(A1孔为阴性对照),接种菌悬液后培养一定时间,通过检测微生物细胞利用不同碳源进行新陈代谢过程中产生的氧化还原酶与显色物质发生反应而导致

细菌鉴定仪的鉴定原理

  利用微生物对不同碳源代谢率的差异,针对每一类微生物筛选95种不同碳源,配合四唑类显色物质(如TTC、TV),固定于96孔板上(A1孔为阴性对照),接种菌悬液后培养一定时间,通过检测微生物细胞利用不同碳源进行新陈代谢过程中产生的氧化还原酶与显色物质发生反应而导致的颜色变化(吸光度)以及由于微生物生

ABO血型鉴定的鉴定原理

  常用盐水凝集法检测红细胞上存在的血型抗原,以及血清中存在的血型抗体,依据抗原抗体存在的情况判定血型。常规的方法有:①正向定型:用已知抗体的标准血清检查红细胞上未知的抗原。②反向定型:用已知血型的标准红细胞检查血清中未知的抗体。结果判定:凡红细胞出现凝集者为阳性,呈散在游离状态为阴性。

ABO血型鉴定的鉴定方法

  生理盐水凝集法  ①玻片法:操作简单,适于大量标本检查,但反应时间长;被检查者如血清抗体效价低,则不易引起红细胞凝集,因此,不适于反向定型。  ②试管法:由于离心作用可加速凝集反应,故反应时间短,而且,借助于离心力可以使红细胞接触紧密,促进凝集作用,适于急诊检查。  红细胞亚型抗原性弱,如抗A抗

细菌鉴定系统的鉴定原理

由于细菌的理化性质不同,分解底物导致 pH 改变而产生不同的颜色。经光电比色法测定来判断反应结果。每张卡上有32项生化反应,采用终点判读法,培养4h 或24h 待反应完成后,由读数仪判读结果。具体为根据所要鉴定的目标菌选取21种典型生化试验,并把生化反应的结果转换为一个8进制数,通过提供的标准数据库

裸子植物鉴定实验_松科鉴定

实验材料苏铁带球果新鲜材料、苏铁大抱了叶新鲜叶片(或腊叶标本)、银杏腊叶标木(或新鲜叶片)银杏种子纵切片油松新鲜材料(或腊叶标本)油松叶横切片、侧柏新鲜材料(或腊叶标本)试剂、试剂盒乙酸洋红仪器、耗材显微镜镊子解剖针载玻片盖玻片滴管培养皿吸水纸实验步骤(三)松科 Pinaeeae油松 ( 图 2-2

痕迹鉴定的足迹鉴定法

足迹是人们在站立和行走时,与地面或其他承受面接触形成的脚掌或鞋、袜等形象痕迹。足迹是刑事案件调查中经常使用的一种重要物证。足迹有两大类特征:一是足迹的形象特征,即单个足迹所反映的赤脚、鞋或袜外表结构特征;一是足迹的步伐特征,即单个或成趟足迹,反映人的行走习惯规律的特征,这些特征是经过长期练习和反复实

修正基因组法有效提高非模式生物蛋白质组鉴定的新策略

  随着高通量测序技术的不断崛起,全基因组测序也逐步普及。越来越多的物种基因组予以公布。目前,主要有两种获得研究物种参考基因组的策略:de novo 基因组拼接和基于mapping算法的基因组序列修正,mapping是指将所有测序读段通过序列比对定位到参考基因组上。De novo 基因组拼接是利用短

裸子植物鉴定实验_苏铁科鉴定

实验材料苏铁带球果新鲜材料、苏铁大抱了叶新鲜叶片(或腊叶标本)、银杏腊叶标木(或新鲜叶片)银杏种子纵切片油松新鲜材料(或腊叶标本)油松叶横切片、侧柏新鲜材料(或腊叶标本)试剂、试剂盒乙酸洋红仪器、耗材显微镜镊子解剖针载玻片盖玻片滴管培养皿吸水纸实验步骤苏铁科cycadaceae苏铁为常绿乔木,茎短不

裸子植物鉴定实验_银杏科鉴定

实验材料苏铁带球果新鲜材料、苏铁大抱了叶新鲜叶片(或腊叶标本)、银杏腊叶标木(或新鲜叶片)银杏种子纵切片油松新鲜材料(或腊叶标本)油松叶横切片、侧柏新鲜材料(或腊叶标本)试剂、试剂盒乙酸洋红仪器、耗材显微镜镊子解剖针载玻片盖玻片滴管培养皿吸水纸实验步骤(二)银杏科 Ginkgoaceae银杏 ( 图

裸子植物鉴定实验_柏科鉴定

实验材料苏铁带球果新鲜材料、苏铁大抱了叶新鲜叶片(或腊叶标本)、银杏腊叶标木(或新鲜叶片)银杏种子纵切片油松新鲜材料(或腊叶标本)油松叶横切片、侧柏新鲜材料(或腊叶标本)试剂、试剂盒乙酸洋红仪器、耗材显微镜镊子解剖针载玻片盖玻片滴管培养皿吸水纸实验步骤柏科Cupressaeeae侧柏,如图取侧柏新鲜

全基因组连锁分析和外显子测序非综合征耳聋家系中鉴定

  伯豪客户应用全基因组连锁分析和外显子测序在非综合征耳聋家系中鉴定   DMXL2致病变异   期刊:Genet Med   影响因子:7.710   发表时间:2016   使用服务:Illumina Infinium Human OminiZhongHua-8基因芯片和外显子

AB0血型鉴定的鉴定方法

(1)生理盐水凝集法①玻片法操作简单,适于大量标本检查,但反应时间长;被检查者如血清抗体效价低,则不易引起红细胞凝集,因此,不适于反向定型。②试管法由于离心作用可加速凝集反应,故反应时间短,借助于离心力可以使红细胞接触紧密,促进凝集作用,适于急诊检查。玻片法凝集结果判断呈一片或几片凝块,仅有少数单个