天津工业生物所通过信息整合获得更可靠的基因组注释
不同来源的数据信息的比较整合是提高数据质量，获得对特定生物更准确认识进而进行设计改造的常用方法。目前已有多种基于web的基因组注释服务(如RAST, JCVI, IMG, IGS等)，通过这些服务提交序列信息即可得到基因注释结果，但不同服务得到的结果往往有较大不同，因此对不同来源的基因注释信息进行数据比对整合对得到可靠的注释结果非常重要。但由于很多注释信息并不标准化，这个比较整合的过程常常需要费时的人工检验核对。 近日，中科院天津工业生物技术研究所研究员马红武和英国爱丁堡大学合作提出了一种通过对不同来源的基因组注释数据整合得到更准确可靠的注释结果的半自动化方法。研究组对由四种基因组注释服务(RAST, JCVI, IMG, IGS)得到的注释结果进行了比较分析。首先，通过程序对用各种ID(如EC号，COG ID，Pfam ID等)表示的功能进行比较，然后重点通过借鉴计算机科学领域中自然语言处理的方法解决......阅读全文
敲降斑马鱼基因的方法学比较
一、基因敲降的前期准备工作相同 1.1 生物信息学分析目标基因在斑马鱼早期胚胎发送过程中是否有表达。 1.2 收集斑马鱼早期发育胚胎（通常为48 hpf前的胚胎），提取总RNA，然后进行体外转录（RT）。 1.3 设计检测目标基因表达的PCR引物，以1.2获得的cDNA为模板，
蓝藻和叶绿体基因组的比较研究
原核的蓝藻和真核植物（包括其他藻类）中的叶绿体，都同样进行放氧的光合作用，这为人类和整个生物界提供了赖以生存的食物、氧气、能源和原料。对叶绿体和蓝藻的细胞结构和分子生物学特性作分析，证明真核生物的叶绿体可能起源于蓝藻祖先的内共生。这使蓝藻在20多年来已成为光合作用研究的模式生物。蓝藻基因组的作图和测
敲降斑马鱼基因的方法学比较
一、基因敲降的前期准备工作相同1.1 生物信息学分析目标基因在斑马鱼早期胚胎发送过程中是否有表达。1.2 收集斑马鱼早期发育胚胎（通常为48 hpf前的胚胎），提取总RNA，然后进行体外转录（RT）。1.3 设计检测目标基因表达的PCR引物，以1.2获得的cDNA为模板，进行PCR扩增，确认目标基因
六大病毒载体技术的比较；不同基因传递方法的比较－一
病毒载体经典的病毒载体主要有四类，腺病毒，腺相关病毒，逆转录病毒和慢病毒。他们具备侵染细胞谱广，效率高等特点并广为研究人员熟知。它们的特点总结归纳如表一。表一：六大病毒载体技术的比较 载体感染广谱性靶细胞类型表达形式表达时间免疫原性外源片段容量(Kb)滴度(TU/ml)缺点腺病毒载体高分裂和非分裂非
六大病毒载体技术的比较；不同基因传递方法的比较－二
为什么是shRNA？外源导入的siRNA结合RISC复合物的能力要比shRNA低10倍，虽然将siRNA的长度增加到29-30 nt可以增加结合RISC复合物的效率，但也增加了off target效应，引起更多的非专一性基因干扰。shRNA由于模拟microRNA的作用通路，所以相比siRNA其基因
基因芯片与RNAseq的比较分析
最近几年二代测序（又叫NGS）很火，而且价格越来越便宜，原来都用芯片检测mRNA、miRNA、LncRNA表达量的，好像不少都换用RNA-seq了。那么，到底选择哪种更好呢？今天就来回答下这个问题。一句话—— 看研究目的。 常见误区一： 测序的准确性高，获得的信息更丰富 对，但又不对。
不同植物SBPbox基因家族的比较分析
实验概要本研究利用生物信息学资源和工具，对双子叶和单子叶模式生物拟南芥和水稻中的SBP-box基因家族进行了比较分析。利用两个物种的SBP-box基因编码的蛋白质序列构建了系统发生树。在系统发生树的末端节点上鉴定出12对旁系同源基因。利用非同义替换率与同义替换率(KalKs)分析了同源基因分离之后所
榕属叶绿体基因组比较研究获进展
近年来，叶绿体基因组因基因组小、突变率和重组率低的特点，被广泛用于植物系统发育、分子进化、谱系地理学的研究。榕属（Ficus）作为桑科的最大属，且是热带雨林的关键物种，而其系统发育关系仍需进一步研究。榕属物种具有多样的生态型，体现了对不同生境的高度适应性。尽管近年来关于榕属叶绿体基因组的研究有所
新算法比较分析可搜索癌症基因突变
桑福德伯翰医学研究所(Sanford Burnham Prebys Medical Discovery Institute,SBP)承担了前所未有的对一个新兴算法类别的比较分析，该算法通过聚焦内部基因结构，在癌症数据库中挖掘遗传信息（即亚基因像素算法），这与专注于基因视其为单个单元的经典方法形成
PNAS：比较基因组分析揭示熊猫遗传奥秘
中国科学院动物研究所的魏辅文研究员长期从事濒危动物保护生物学研究，是大熊猫和小熊猫保护生态学等领域的权威科学家，2006年有关大熊猫分子生态学的研究成果曾入选了年度美国Discover杂志12大生物科技新闻，去年其研究组还在Science上发文揭示大熊猫维持异常低能量代谢的机制。最新一期的《美国
细胞遗传学——比较基因组杂交(CGH)
· Comparative Genomic Hybridization (CGH) CGH is a molecular Cytogenetic method of screening a tumor for genetic changes. The alterations are
基因芯片与RNAseq的比较分析
基因芯片 vs RNA-seq哪个好 ？最近几年二代测序（又叫NGS）很火，而且价格越来越便宜，原来都用芯片检测mRNA、miRNA、LncRNA表达量的，好像不少都换用RNA-seq了。那么，到底选择哪种更好呢？今天就来回答下这个问题。一句话—— 看研究目的。常见误区一：测序的准确性高，获得的信息
科学家搭建草莓基因组数据库
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2021/3/454861.shtm 草莓为蔷薇科草莓属，因芳香多汁、营养丰富受到喜爱，在全国各地均可种植。栽培草莓为异源多倍体，基因组复杂，杂合度高。 2019年，《自然—遗传学》发表了利用三代测序数据组装的高
精密恒温低温液浴槽中的压缩机注释
压缩机作为低温恒温槽中的重要组成部分之一，其工作原理主要是根据物理学中压力体积与温度的关系，当气体的质量一定时，压力与体积的乘积是一个常数。因此，要实现单位质量的气体的压力升高一倍，就必须使其体积缩小一半。所有的低温恒温槽压缩机都是根据这个原理进迁气体压缩的。 一般来说，实现气体压缩的物理
Nature子刊：基于Transformer的单细胞可解释注释方法
近年来得益于单细胞测序技术的发展，我们可以以单细胞分辨率去理解生物学过程，包括发育，衰老和疾病等。细胞类型注释在单细胞数据分析过程中非常关键，传统的注释方法是将细胞降维到去除批次效应的低维空间，再进行一轮或多轮不同分辨率的聚类，最后根据不同细胞簇的标记基因人工的标注细胞类型。这一过程缺乏公认的标
Nature发布比较基因组学研究重要发现
来自杜克大学医学院、Brigham妇女医院和哈佛医学院的研究人员，发现了一个机制可以解释：一些遗传突变在一种基因组中会致病，而在另一种基因组中则为良性的原因。 在发表于6月29日《自然》（Nature）杂志上的研究论文中，研究人员比较了成千上万的人类致病突变与大约100个动物物种的相似序列。
北京基因组所开发出比较群体基因组学新算法
随着基因组测序技术的发展，物种和群体水平基因组数据呈指数增长。这些数据为在基因组水平鉴定和解析自然选择机制提供了机遇。然而，目前的分析方法面临着技术瓶颈和挑战。其中，关键问题是如何高效准确地检测作用于非编码区的自然选择效应。同时，能够高效、高性能地分析多物种大样本数据，成为方法学方面的迫切要求。
分析和比较各种基因组数据的多面手
Partek®是一家致力于开发与整合用于生命科学研究数据分析软件的公司。该公司的系列软件包括――Partek® Flow™, Partek® Genomics Suite™, and Partek® Pathway™――可以提供基因组数据分析的整体解决方案，也是唯一一家可以提供
活体电穿孔法与其他活体基因导入方法的比较
到目前为止,非病毒载体的活体基因导入方法有直接注射法、脂质体法、基因枪法、电穿孔法等。每一种方法都有其各自的特殊性,因此很难将这几种方法进行简单的比较。 1、直接注射法 可将外源基因直接注射到靶位点或血管中,但此种方法不适合以肌肉作为靶器官,它的外源基因表达效率极低,仅为电穿孔法的百分之一。
关于蓝藻和叶绿体基因组的比较研究介绍
原核的蓝藻和真核植物（包括其他藻类）中的叶绿体，都同样进行放氧的光合作用，这为人类和整个生物界提供了赖以生存的食物、氧气、能源和原料。对叶绿体和蓝藻的细胞结构和分子生物学特性作分析，证明真核生物的叶绿体可能起源于蓝藻祖先的内共生。这使蓝藻在20多年来已成为光合作用研究的模式生物。 蓝藻基因组的
细胞化学基础蓝藻和叶绿体基因组的比较研究
原核的蓝藻和真核植物（包括其他藻类）中的叶绿体，都同样进行放氧的光合作用，这为人类和整个生物界提供了赖以生存的食物、氧气、能源和原料。对叶绿体和蓝藻的细胞结构和分子生物学特性作分析，证明真核生物的叶绿体可能起源于蓝藻祖先的内共生。这使蓝藻在20多年来已成为光合作用研究的模式生物。蓝藻基因组的作图和测
科研人员开发病毒分类新工具，大幅提升病毒注释率
记者11日从中国海洋大学获悉，该校海洋生命学院汪岷教授团队基于序列比对和图论方法，开发了病毒分类新工具Viral Taxonomic Assignment Pipeline(VITAP)。该成果近日在国际知名期刊《自然-通讯》(Nature Communications)上发表，为病毒组学和病毒生态
冯献忠课题组等在大豆基因组解析研究中取得进展
中国科学院东北地理与农业生态研究所研究员冯献忠课题组等选择1份东北野生大豆、7份我国代表性栽培种，结合平均50×的三代测序和Hi-C测序，组装了高质量大豆参考基因组。组装的8个大豆基因组大小范围为986.1-1001.3Mb，Contig N50=1.4-6.1Mb，BUSCO完整性评估为96.
什么是定性比较－什么是定量比较
定量比较是准确数值之间的比较，多是多多少，高是高几分。定性比较法是研究地景与观赏地景的方法之一。在地球科学定性方法应用中，最常用的是比较法，是对地学客体认知的进步，也是迈向定量数学化方法的前奏。
昆明动物所等采用新的比较基因组方法定位改良相关基因
经历过长期人工选育的具有独特性状的作物优良品种很可能固定了一些在祖先基因库中以低频状态存在的优质等位基因 (elite allele)。这些优质等位基因贡献了该优良品种的优良农艺性状。在传统的遗传学研究中，科学家使用数量性状位点连锁作图(Quantitative trait loci l
西安交大最新文章：疾病基因表达谱的比较分析
来自西安交通大学医学院，山东省地方病防治研究所等处的研究人员发表了文章，通过对比分析发生在同一病区的大骨节病和克山病患者外周血差异表达基因, 深入探讨了两病的病因与发病机制，指出大骨节病与克山病患者不同靶器官损伤可能是由共同和非共同的差异表达基因与环境危险因素相互作用所致。 大骨节病(
基本方案1－应用直接标记－DNA－比较基因组杂交
实验方法原理实验材料荧光素标记的待测探针 DNA德克萨斯红标记的参照 DNA试剂、试剂盒乙酸钠乙醇主要的杂交溶液正常人染色体铺片变性液蛋白酶 K 溶液杂交片洗液2 X SSCPN 缓冲液DAPI 的抗淬灭溶液仪器、耗材玻璃刀水浴箱玻片加热器橡皮胶带湿盒实验步骤展开
比较基因组杂交技术在肿瘤研究中的应用实验
比较基因组杂交（CGH) 可以提供肿瘤细胞全基因组染色体拷贝数改变的信息 [1]。与常规细胞遗传学分析不同，CGH 无需细胞培养，因此只要是可以获得 DNA 的临床标本，包括存档的石蜡包埋组织，都可以进行该实验 ra。CGH 可以在正常染色体上定位扩增或缺失的 DNA 序列，从而显示出重要基因的位点
用比较基因组杂交描述染色体结构异常实验
实验方法原理比较基因组杂交（CGH)是一种能够在一步全基因组筛查程序，描述G带不能发现的细胞遗传物质增加或减少的分子细胞遗传学技术。CGH优于进行全染色体涂染（wcp)的常规荧光原位杂交（FISH)和多色FISH之处，是它不仅能够识别增加的未知片段的染色体来源，而且还可将该片段定位于特定的染色体区带
西安交大最新文章：疾病基因表达谱的比较分析
来自西安交通大学医学院，山东省地方病防治研究所等处的研究人员发表了文章，通过对比分析发生在同一病区的大骨节病和克山病患者外周血差异表达基因, 深入探讨了两病的病因与发病机制，指出大骨节病与克山病患者不同靶器官损伤可能是由共同和非共同的差异表达基因与环境危险因素相互作用所致。 大骨节病(