遗传发育所在大豆可变剪接研究中取得进展
作为一种重要的基因转录后调控机制,可变剪接在真核生物中普遍发生,在基因表达和功能多样性调控中起着重要的作用。不同物种、同一物种的不同组织以及不同基因家族的可变剪接在形式和比例上都存在差异,然而,决定这些差异的因素还尚不为人知。 中国科学院遗传与发育生物学研究所田志喜课题组通过对来自大豆不同发育时期不同组织的28个样品的转录组测序及可变剪接分析发现,在大豆中63%的多内含子基因能够发生可变剪接,这些可变剪接的数量和剪接形式在不同发育时期都发生着变化。统计分析结果显示可变剪接发生频率和剪接类型的变化与基因所在染色体区域的特性变化、基因自身结构变化和基因表达量密切相关,并且大豆重复基因对中可变剪接的降低与内含子长度的减小、外显子数目的减少和表达量的下降呈正相关。这些结果表明可变剪接在形式和比例上的变化受到基因组特性、基因结构以及基因表达量的影响。 该研究成果3月29日在线发表于Plant Cell 杂志(DOI:1......阅读全文
剪接位点
中文名称剪接位点英文名称splicing site;splice site定 义剪接体可识别的RNA前体中内含子和外显子连接边界的序列和接头位点。根据位置不同可以分为供体和接纳体剪接位点。应用学科生物化学与分子生物学(一级学科),基因表达与调控(二级学科)
剪接体
剪接体(英文:spliceosome)定义:由核小RNA(snRNA,U1、U2、U4、U5、U6等)和蛋白质因子(约100多种)动态组成、识别RNA前体的剪接位点并催化剪接反应的核糖核蛋白复合体。只与SMT蛋白理解与糖性一致。
北京基因组所揭示RNA甲基化调控基因剪接机制
中国科学院北京基因组研究所精准基因组医学重点实验室及遗传与发育协同创新中心杨运桂课题组在研究m6A甲基化修饰调节mRNA选择性剪接规律过程中,发现了读码器YTHDC1通过招募前体mRNA剪接因子SRSF3同时抑制剪接因子SRSF10与RNA的结合,促进外显子被保留的分子机制。该研究结果于2016
计算机技术还能帮助揭示癌症恶化的分子机制!
近日,费城儿童医院(CHOP)领导的一项研究揭示了蛋白质可变剪切与促癌基因之间的联系。相关结果发表在《PNAS》杂志上。 文章作者,计算与基因组学中心主任Xing博士说:“我们的研究为癌症驱动基因与选择性剪接之间的关系提供了见解,这些发现可用于指导靶向可变剪接的癌症疗法的发展”。 选择性剪接
浙江大学Nature子刊发表研究新成果
浙江大学生命科学学院的研究团队最近在Nature Communications杂志上发表了可变剪接研究的新成果,可以帮助人们进一步了解剪接异构体的惊人多样性。文章的通讯作者是浙江大学生命科学学院的金勇丰(Yongfeng Jin)教授。 可变剪接能从单个基因组位点产生数量惊人的异构体,果蝇Ds
简述第Ⅳ类内含子的剪接tRNA的剪接
酵母基因组共有约400个tRNA基因,含有内含子的基因仅占十分之一。内含子的长度从14到46个碱基对不等,它们之间并无保守序列,切除内含子的酶识别仅是共同的二级结构,而不是共同的序列。通常内含子插入到靠近反密码子处,与反密码子碱基配对,未成熟tRNA的反密码子环不存在,而是以插入的内含子所构成的
Mol-Cell:基因的剪接作用如何影响机体的患病风险
没人知道一天中有多少次,甚至在一个小时内,我们体内的数万亿个细胞需要制造多少蛋白质,但我们知道,细胞会以大规模的方式在不断制造蛋白质,一旦该过程发生的话,细胞核中就会发生一种称之为RNA剪接(RNA splicing)的编辑过程,其能够确保RNA指令被传送至与机体基因蓝图精确对应的细胞工厂中。图
北京生科院在环形RNA研究领域取得新进展
6月28日,国际学术期刊Nature Communications 在线发表了中国科学院北京生命科学研究院计算基因组实验室赵方庆团队题为Comprehensive identification of internal structure and alternative splicing even
常兴研究组发现RNA剪接基因编辑的新方法
2018年10月5日,国际知名学术期刊《分子细胞》在线发表了中国科学院上海生命科学研究院(营养与健康研究院)常兴研究组题为“Genetic modulation of RNA splicing with a CRISPR-guided cytidine deaminase”的最新研究成果。证明可
选择性剪接
中文名选择性剪接外文名alternative splicing别 名可变剪接作 用mRNA前体加工特 点表达水平的不同而导致不同的表型定义选择性剪接(也叫可变剪接)是指从一个mRNA前体中通过不同的剪接方式(选择不同的剪接位点组合)产生不同的mRNA剪接异构体的过程,使得最终的蛋白
研究发现增强棉花体细胞胚胎发生的基因可变剪切
近日,中国农业科学院棉花研究所棉花优质育种团队研究发现GhLSM1B基因的一个可变剪切可以加速棉花愈伤组织增殖,并改变体细胞胚胎发生过程中的细胞形态,为提高棉花遗传转化效率提供了新思路。相关研究成果发表在《植物生物技术杂志》(Plant Biotechnology Journal)上。体细胞胚胎发生
关于RNA剪接第Ⅱ类内含子的自我剪接介绍
第Ⅱ类内含子,其5’剪接点和3’剪接点的序列多为…外显子…↓GUGCG…内含子…嘧啶碱AU↓…外显子…,除了剪接点序列特征之外,在离3’剪接点上游6-12bp有一段比较保守的序列,一致序列为CUCAC,在这一保守序列A的两侧各有一段3~5核苷酸的短序列能与上游方向的核苷酸互补,而A总是不包含在这
染色质高级结构变化调控细胞凋亡的新机制
真核生物DNA通过缠绕组蛋白八聚体形成以核小体为重复单元的串珠结构,再通过形成远距离的染色质环等高级结构而存储于细胞核中。近年来研究表明染色质高级结构在维持基因表达和细胞命运决定等方面发挥重要作用,且染色质高级结构的形成和维持需要特定转录因子的介导。多功能转录因子CCCTC结合因子(简称:CTC
HippoYAP信号通路在RNA加工水平上的调控新机制获进展
6月13日,国际期刊Nature Communications(《自然·通讯》)发表了中国科学院上海生命科学研究院计算生物学研究所王泽峰研究组及大连医科大学汪洋研究组等研究人员的共同研究成果:A splicing isoform of TEAD4 attenuates the Hippo–YAP
肺癌细胞中异常剪接的关键调控因子
Pre-mRNA可变剪接是一种增加基因组多样性和调控基因表达的重要机制。在肿瘤的发生发展过程中,许多剪接事件发生异常变化。然而,我们并不清楚这些异常剪接事件是如何产生的,异常剪接产物对肿瘤细胞的生物学功能产生什么影响。肺癌是最常见的恶性肿瘤之一,在全球范围是癌症相关致死的头号杀手。由于缺乏有效的
人类基因组的蛋白产物仍然是一个谜
据新的研究报告,经过一些可变操纵的众所周知的基因仍然会令我们吃惊,其所产生的用于生物性应用的蛋白产物是科学家们过去一直没有发现到的。这一点是重要的,因为大多数的人类基因都被多次进行可变性设计或剪接--尽管所致蛋白产物的实际性研究一直是阙如的。一个叫做AARS酶的酶族对将遗传密码变为活的现实是至关
细胞化学词汇可变臂
中文名称:可变臂英文名称:variable arm定 义:转移核糖核酸二级和三级结构中的特定区域,核苷酸残基数长短不一,仅由可变环(单链区)或由可变环与可变茎(双链区)构成。应用学科:生物化学与分子生物学(一级学科),核酸与基因(二级学科)
光纤可变衰减器
光纤可变衰减器FVA-UV光纤可变衰减器是一种光学机械装置,用于帮助控制两跟光纤之间的光通量,FVA-UV通过SMA 905连接件连接光纤,在UV-VIS至近红外波段一致性衰减所有波长的光。FVA-ADP-UV和FVA-ADP-VIS是用于直接连接到带有准直镜光源的接口上时的适配器。为什么需要信号衰
细胞化学词汇可变环
中文名称:可变环英文名称:variable loop定 义:特指转移核糖核酸二级和三级结构中的特定环区,不同转移核糖核酸可变环的核苷酸残基数长短不一。应用学科:生物化学与分子生物学(一级学科),核酸与基因(二级学科)
miRNA与剪接因子相互作用调控胚胎干细胞的分子机制
该项研究发现在胚胎干细胞中miRNA介导调控了近六百个可变剪接事件,其中大部分是由miR-294所调控,包括Foxp1的可变剪接。结合RNA干扰和高通量测序发现,miR-294主要通过抑制剪接调控因子Muscle blind-like蛋白(Mbnl1/2)的表达来起作用的。有趣的是,分化过程
关于第Ⅲ类内含子的剪接hnRNA的剪接的介绍
核基因hnRNA内含子的剪接点序列为…外显子…↓GU…内含子…AG↓…外显子…,这就是普遍适用的所谓Breathnach-Chambon规则(GU-AG规则)(GU-AG rule),此规律不适合于线粒体和叶绿体的内含子,也不适合于tRNA和某些编码rRNA的核结构基因,酵母的分支位点序列是高度
前剪接体和剪接体的分离及分析实验
实验方法原理 剪接体是由 RNA 和蛋白质构成的核糖核蛋白体(RNP),它在前体 mRNA 的剪接过程中可去除前体 mRNA 的内含子。snRNP 是由 snRNA 及其结合蛋白组成,在前体 mRNA 的剪接过程起着重要作用。
前剪接体和剪接体的分离及分析实验
实验方法原理 剪接体是由 RNA 和蛋白质构成的核糖核蛋白体(RNP),它在前体 mRNA 的剪接过程中可去除前体 mRNA 的内含子。snRNP 是由 snRNA 及其结合蛋白组成,在前体 mRNA 的剪接过程起着重要作用。实验材料 PIP 10 载体核苷酸焦磷酸酶RNasinT7 RNA 聚合酶
前剪接体和剪接体的分离及分析实验
剪接体是由 RNA 和蛋白质构成的核糖核蛋白体(RNP),它在前体 mRNA 的剪接过程中可去除前体 mRNA 的内含子。snRNP 是由 snRNA 及其结合蛋白组成,在前体 mRNA 的剪接过程起着重要作用。本实验来源「RNA 实验指导手册」主编:郑晓飞。实验方法原理剪接体是由 RNA 和蛋白质
第1类内含子自我剪接rRNA的自我剪接介绍
第1类内含子,其5’剪接点和3’剪接点的序列绝大部分为…外显子…U↓…内含子…G↓…外显子…,除了剪接点序列特征之外,第1类内含子还具有比较保守的4种10一12核苷酸的序列,分别以5’-P-Q-R-S-3’表示,P、Q、R、S的一致序列。序列能与Q序列互补,R序列能与S序列互补,形成一个所谓中部
揭秘致癌蛋白作用新机制
PTB蛋白(多聚嘧啶串结合)是一种在癌中起重要作用的蛋白,在癌细胞中高表达。家研究证明,PTB蛋白可以通过结合特定的RNA序列,而抑制靶的可变剪接,从而控制靶基因产生的种类。这一结论已被写进许多教科书里了。 然而,武汉大学生命科学学院教授张翼和付向东联合指导的研究组发现,PTB蛋白不仅能直接抑制
致癌新机制:“选择性剪接”
由于正常细胞周期基本机制(如复制、DNA修复和细胞死亡)遭到破坏,在世界范围内,癌症已成为死亡的主要原因之一。 在基因组测序技术的帮助下,如今的生物医学研究人员已经可以鉴定不同肿瘤患者体内的常见遗传突变。 通常情况,人们认为只有DNA突变会导致癌症。9月21日《Cell Reports》杂志
我国学者阐述MED25调控JAZ基因可变剪切的机制
作为一种重要的植物激素,茉莉酸(Jasmonate,JA)信号调控了植物生长和防御过程之间的资源分配,在植物应对病虫侵害或其他逆境胁迫过程中发挥了关键作用。茉莉酸信号的过度激活会大量消耗植物自身能量而抑制其生长发育进程,而茉莉酸信号的响应不足则使得植物无法有效抵御病虫的侵害。因此,必须严格控制茉
我国科学家揭示致癌蛋白作用新机制
国外同行称该成果“重绘已制好的地形图” PTB蛋白(多聚嘧啶串结合蛋白)是一种在癌细胞中起重要作用的蛋白,在癌细胞中高表达。科学家研究证明,PTB蛋白可以通过结合特定的RNA序列,而抑制靶基因的可变剪接,从而控制靶基因产生的蛋白质种类。这一结论已被写进许多教科书里了。 然而,武汉大学生命
上海生科院发现肺癌细胞中异常剪接的关键调控因子
4月10日,国际学术期刊PLOS Genetics 在线发表了中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所惠静毅课题组题为The RNA-binding protein QKI suppresses cancer-associated aberrant splicing 的研究