北京生科院在环形RNA研究领域取得新进展
6月28日，国际学术期刊Nature Communications 在线发表了中国科学院北京生命科学研究院计算基因组实验室赵方庆团队题为Comprehensive identification of internal structure and alternative splicing events in circular RNAs 的最新研究成果。该研究采用计算与实验相结合的手段，首次深入探索了环形RNA内部结构并发现四种普遍存在的可变剪接类型，指出环形RNA的可变剪接可能具有与mRNA剪接不同的调控机制。 近年来的研究表明环形RNA在动物细胞内普遍存在，其中一些种类承担着重要的生物学功能。最新研究发现个别环形RNA并非完全由已知外显子组成，可能具有特殊的内部结构。相对于mRNA，环形RNA表达量低并与前者在基因组位置上有较大重叠，所以此前环形RNA的识别研究都集中在环形接合位点的检测上，而尚无高通量手段对环形RNA的内......阅读全文
环形RNA获新研究进展
9月18日，国际著名学术期刊《细胞》在线发表了中科院上海生命科学研究院计算生物学伙伴研究所杨力课题组和生物化学与细胞生物学研究所陈玲玲课题组关于环形RNA研究的最新进展。该研究成果首次阐明了互补序列对外显子来源环形RNA产生的调节机制，并进一步揭示了互补序列竞争性配对介导的可变环化调控，以全新的
环形RNA与线性RNA定量比较分析新系统CLEAR发布
1月15日，国际学术期刊Genomics,Proteomics & Bioinformatics在线发表了中国科学院－德国马普计算生物学伙伴研究所杨力研究组关于环形RNA研究的最新进展“CIRCexplorer3: A CLEAR Pipeline for Direct Comparison o
我国科学家发现环形RNA新功能
基因“暗物质”间接参与免疫调节 人类基因“暗物质”环形RNA (核糖核酸)又被“发掘”一项新功能。中科院生物化学与细胞生物学研究所与中科院—马普计算生物学研究所科研人员，合作研究发现了环形RNA及其生成调控过程参与抗病毒免疫反应，为环形RNA的功能和抗病毒免疫相关研究提供了新视角。日前，相关成
科研家提出环形RNA全长转录本解析技术
近日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队在《自然-实验手册》（Nature Protocols）上，发表了题为Full-length circular RNA profiling by nanopore sequencing with CIRI-long的研究论文，建立了环形RNA全长转录本解析
环形RNA：从“无名之辈”到“明日之星”
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/1/516892.shtm动植物体内存在种类繁多的环形核糖核酸（circular RNA），其中以反向剪接产生的环形RNA含量最为丰富，因其具有独特的闭环结构，近期引发全世界科学家的关注。在国家自然科学基金重大
北京生科院提出环形RNA识别的新方法
环形RNA是一类新报道的结构特殊的非编码RNA。近两年的研究发现，环形RNA在动物细胞内广泛存在，且大多位于基因的外显子区域。另有研究表明，少数环形RNA分子可以充当microRNA“海绵”，在转录后水平对基因表达进行调控。然而，目前绝大多数的环形RNA功能仍不明确，科学家们推测其可能与蛋白质及
北京生科院提出环形RNA全长转录本解析技术
4月12日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队在《自然-实验手册》（Nature Protocols）上，发表了题为Full-length circular RNA profiling by nanopore sequencing with CIRI-long的研究论文，建立了环形RNA全长
北京生科院发表环形非编码RNA识别新技术
2月28日，国际学术期刊Briefings in Bioinformatics 发表了中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队题为Circular RNA identification based on multiple seed matching 的最新研究成果。因为目前在环形RNA识别方面存
研究开发出高效环形RNA检测与定量工具
近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）高远团队与动物研究所赵方庆团队，开发出面向TB级转录组数据的高效环形RNA检测与定量工具CIRI3，通过反向剪接序列比对与跨样本整合算法设计，实现了TB级数据的超高速处理，并可高灵敏识别低丰度及非传统剪接信号的新型环形RNA，突破了环形RNA大规模
北京生科院在环形RNA研究领域取得新进展
6月28日，国际学术期刊Nature Communications 在线发表了中国科学院北京生命科学研究院计算基因组实验室赵方庆团队题为Comprehensive identification of internal structure and alternative splicing even
分子细胞卓越中心发表关于环形RNA的综述文章
5月17日，中国科学院分子细胞科学卓越创新中心陈玲玲团队在Cell上，在线发表了题为Circular RNAs: characterization, cellular roles and applications的综述论文。该论文系统梳理了针对环形RNA研究的生物学技术手段，总结了其以非编码RN
研究揭示环形RNA促进相分离调控肿瘤发展分子机制
环形RNA是由pre-mRNA通过反向剪接形成的闭合环状RNA分子，在生物体内可发挥miRNA海绵、结合蛋白以及翻译成短肽等分子功能来调控各种生理和病理过程。与线性mRNA相比，环形RNA独特的环状结构使其具有更高的稳定性，在细胞内可更稳定地存在。因此，环形RNA更适合作为肿瘤的分子标志物及治疗
北京生科院建立单细胞环形RNA分析技术及表达图谱
环形RNA是一类在真核细胞中广泛存在的内源性非编码RNA分子，在生物体发育过程中发挥重要作用。之前研究已在不同物种中鉴定出数百万个环形RNA分子，并产生了大量用于揭示生物体组织表达模式的环形RNA数据资源。然而，由于大多数环形RNA表达量较低，传统的转录组测序方法无法表征单个细胞环形RNA表达谱
我国学者成功挖掘和识别哺乳动物环形RNA功能
2019年3月19日，国际学术期刊Cell Reports 在线发表了中国科学院北京生命科学研究院计算基因组学实验室赵方庆团队题为“Expanded expression landscape and prioritization of circular RNAs in mammals”的最新研究
生科院提出环形RNA内部序列结构可视化新方法
1月18日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队于Bioinformatics 杂志上在线刊发了题为Visualization of circular RNAs and their internal splicing events from transcriptomic data 的研究。该研
中国科学院动物所团队综述环形RNA药物设计
环形 RNA（circular RNA,circRNA）是一类广泛存在于真核细胞中的内源性非编码 RNA 分子，在生物体发育过程中发挥着重要作用。其独特的环状结构使其免受外切酶降解，因此比线性 RNA 更加稳定。自 2010 年代初以来，circRNA 在 RNA 适配体、 guide RNA 等领
环形RNA可变反向剪接和可变剪接表达图谱被系统绘制
6月30日，国际学术期刊Genome Research 在线发表了中国科学院上海生命科学研究院计算生物学研究所杨力研究组和生物化学与细胞生物学研究所陈玲玲研究组关于环形RNA研究的最新进展：Diverse alternative back-splicing and alternative spl
北京生科院提出环形RNA全长转录本重建和定量新方法
国际学术期刊Genome Medicine 在线发表了中国科学院北京生命科学研究院计算基因组学实验室赵方庆团队题为Reconstruction of full-length circular RNAs enables isoform-level quantification 的最新研究成果。该研
中科院学者发现：环形RNA在天然免疫中的功能
近年来，随着科学技术的发展，隐身于细胞中数以万计的环形RNA逐渐浮出水面。但与已经被科学家反复深度剖析论证与人类生命活动密切相关的线形RNA相比，RNA分子家族的“新人”——环形RNA身上至今仍有许多未解之谜。当长链的核糖核酸（RNA）“变身”成环形RNA后，这些“重塑外形”的RNA是否连“内
赵方庆团队提出环形RNA转录本重建和定量新方法
在以往的研究中，环形RNA的识别方法主要是利用环形RNA特有结构——反向剪接序列特征进行识别。然而，由于二代测序的读长普遍较短，研究者们虽然可以获得大量的反向剪接位点，却无法高通量获得环形RNA的完整内部结构信息，也无法对不同可变剪接产物进行精确定量。 2018年1月19日，Genome Me
上海生科院发表关于神经系统环形RNA研究的专评
6月4日，国际学术期刊《分子细胞》（Molecular Cell）在线发表了中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所研究员陈玲玲和计算生物学研究所研究员杨力题为Gear up in circles的专评，对当期Molecular Cell 和4月刊Nature Neuroscien
赵方庆团队开发环形RNA定量和差异表达分析新方法
2020年1月3日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队在《自然-通讯》（Nature Communications）杂志上发表题为Accurate quantification of circular RNAs identifies extensive circular isoform sw
大模型驱动的基因组环形可视化生成研究获进展
近日，中国科学院计算机网络信息中心科研团队研发出大模型驱动的基因组环形可视化智能生成框架AuraGenome。AuraGenome突破“人工-脚本-静态”传统范式，开创“自然语言-智能体-交互”新模式，能够将基因组数据快速转化为高质量、可交互的可视化结果，并支持全流程的可追溯与复用。在急性髓系白血病
Cell：RNA机器如何越过基因组障碍
曾几何时，科学家们认为，RNA聚合酶——通过将DNA转录成RNA开启蛋白质合成的分子，就像一个发条玩具那样工作：它置于我们DNA中的一个起始位点上，一直稳步急速运作，抽出一个RNA拷贝，直到它到达停靠位置。延伸阅读：单细胞RNA-seq实现细胞空间定位。 最近，科学家们意识到，他们没有给予RN
研究人员开发环形RNA定量和剪接体转换识别新方法
2020年1月3日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队在《自然-通讯》（Nature Communications）杂志上发表题为Accurate quantification of circular RNAs identifies extensive circular isoform sw
海生院发现NF90/NF110对环形RNA表达调控和功能作用新机制
6月15日，国际学术期刊《分子细胞》（Molecular Cell）在线发表了中国科学院－马普计算生物学研究所杨力研究组和中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所陈玲玲研究组关于环形RNA（circRNA）研究的最新进展：Coordinated circRNA biogenesis
从总－RNA－中除去基因组－DNA－实验
为了进行 FDD 基因表达的分析，以及使用任何其他基于 RNA 的基因表达技术，在反转录合成单链 cDNA 和后续的 PCR 操作之前，必须除掉污染的基因组 DNA。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。试剂、试剂盒变性（甲醛)琼脂糖凝胶琼脂糖蒸馏水甲醛蒸馏水乙醇甲醛MOPS
从总－RNA－中除去基因组－DNA－实验
从总 RNA 中除去基因组 DNA 实验 试剂、试剂盒 变性（甲醛)琼脂糖凝胶 琼脂糖 蒸馏
从总－RNA－中除去基因组－DNA－实验
试剂、试剂盒 变性（甲醛)琼脂糖凝胶琼脂糖蒸馏水甲醛蒸馏水乙醇 甲醛MOPS 缓冲液乙二胺四乙酸MOPS乙酸钠酚 氯仿（3:1) 溶液氯仿液体酚Tris-HCl电泳缓冲液仪器、耗材 离心机和转头离心管配胶板微波炉实验步骤 一、材料1. 缓冲液、溶液和试剂变性（甲醛)琼脂糖凝胶（配制过程见第 18步）
科学家揭示内含子来源环形RNA新分子及转录调控功能机制
9月27日，国际学术期刊《分子细胞》(Molecular Cell)发表了中科院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所陈玲玲组与计算生物学所杨力组的最新合作研究论文，发现来源于基因内含子区域的环形RNA新分子，揭示其成环机制及在基因转录调控中的重要功能。 众所周知，人类基因组中存