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西班牙女教授被指控论文造假《细胞》展开调查

《细胞》出版社(Cell Press)接到匿名举报,声称西班牙巴塞罗那基因调控中心(Centre for Genomic Regulation)Maria Pia Cosma教授发表的三篇《细胞》系列论文数据造假。随后,《细胞》出版社展开一系列调查。 3月份,有网友在Pubpeer上指控Maria Pia Cosma发表在《细胞》旗下的三个杂志《细胞》(Cell),《分子细胞》(Molecular Cell ),《分子与细胞生物学》(Molecular and Cellular Biology)上的三篇文章中关于蛋白印迹和染色质免疫沉淀的数据出现重复利用,随后便引起网友激烈讨论。 澳大利亚墨尔本Walter—Eliza Hall 医学研究所细胞生物学家David Vaux称,通过仔细研究这三篇文章中的数据,他个人认为文章中数据有太大相似的地方,但不排除编辑原始数据时出现问题的可能。 论文的第二作者,英国牛津大学Kim ......阅读全文

流式细胞仪主要构造和工作原理

一. 流式细胞术概述  流式细胞术(Flow Cytometry, FCM)是七十年代发展起来的高科学技术,它集计算机技术、激光技术、流体力学、细胞化学、细胞免疫学于一体, 同时具有分析和分选细胞功能。它不仅可测量细胞大小、内部颗粒的性状,还可检测细胞表面和细胞浆抗原、细胞内DNA、RN

流式细胞仪主要构造和工作原理(二)

信号检测系统 当测定标本在鞘流液约束下细胞成单行排列依次通过激光检测区时产生散射光和荧光信号,散射光分为前向角散射(Forward Scatter, FS)和侧向角散射或900散射(Side Scatter, SS),散射光是细胞的物理参数与细胞样本的制备(如

发起建立细胞治疗多中心临床注册登记

  发起建立细胞治疗多中心临床注册登记—第七届细胞治疗国际研讨会  行业年度盛会—第七届细胞治疗国际研讨会将于6月17-18日在武汉欧亚国际会展中心召开。  近段时间,细胞免疫治疗遭遇行业规范发展的危机,受到媒体和社会的高度关注,市场混乱和监管不规范是最重要的因素,细胞的制备标准和治疗技术的规范化成

单细胞数据降维可视化最新工具UMAP的介绍

  高通量单细胞组学数据的一个显著性特点就是数据量大,一次能反映的细胞数量多。因此,通过降维和可视化去展示细胞数据特征是一个非常重要的工作。翻开各类发表的单细胞组学文章,不管是CNS的还是其他,几乎所有的结果中,映入眼帘的第一张图片通常是数据结果的降维图形化展示。   图1 PBMC细胞单细胞转

单细胞数据降维可视化最新工具UMAP的介绍

  高通量单细胞组学数据的一个显著性特点就是数据量大,一次能反映的细胞数量多。因此,通过降维和可视化去展示细胞数据特征是一个非常重要的工作。翻开各类发表的单细胞组学文章,不管是CNS的还是其他,几乎所有的结果中,映入眼帘的第一张图片通常是数据结果的降维图形化展示。   图1 PBMC细胞单细胞转录

单细胞数据降维可视化最新工具UMAP的介绍

高通量单细胞组学数据的一个显著性特点就是数据量大,一次能反映的细胞数量多。因此,通过降维和可视化去展示细胞数据特征是一个非常重要的工作。翻开各类发表的单细胞组学文章,不管是CNS的还是其他,几乎所有的结果中,映入眼帘的第一张图片通常是数据结果的降维图形化展示。图1  PBMC细胞单细胞转录

科学家想创建人体细胞超级精确3D地图:进展如何了

  4月24日消息,据史密森学会网站报道,大部分人都听说过人类基因组计划,这是当年的一项跨国跨学科的科学探索工程,并在2001年发布了人类基因组精细图谱及初步分析结果。而人类细胞图谱计划(Human Cell Atlas)同样是一项规模宏大的国际合作项目。目前进展如何了?  人类细胞图谱计划涵盖了1

流式细胞仪和流式细胞术指南篇-2

核酸插入染料溴化乙锭(EtBr) 和碘化丙啶(PI)能够结合到DNA双螺旋的大沟。4,6-二脒基-2-苯基吲哚(DAPI)和Hoechst染料(有几种常用的)则结合小沟。请注意, 一些染料 (例如碘化丙啶)也会结合到RNA发卡结构形成的沟中,因此如果要做DNA定量,需要用染料和RNA

9102,《Nature Methods》上scRNA-seq“天天”见

  《Nature Methods》是专门用来对生命科学研究领域具有显著性意义的新方法和研究技术改进的经典杂志。单细胞转录组测序是2019年不折不扣的热点领域,截至2019年9月,Nature Methods总共发表了10篇关于单细胞转录组测序相关的研究报道。本期,小编和大家一起分享这些重要的研究成

9102,《Nature Methods》上scRNA-seq“天天”见

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Nature重磅!利用单细胞RNA测序构建人类肝脏细胞图谱

  肝脏是人体最大、功能最多的器官之一,在人体的新陈代谢及免疫过程中发挥着关键作用。更值得关注的是,肝脏还是人体唯一一种仅需原体积的25%,就能够完全再生的内脏器官。另外,包括脂肪肝、肝癌及肝炎在内的各类肝病是当今世界最大的健康问题之一,也是导致死亡的主要原因。  尽管肝脏对人类健康极为重要,但健康

Nature重磅!利用单细胞RNA测序构建人类肝脏细胞图谱

  肝脏是人体最大、功能最多的器官之一,在人体的新陈代谢及免疫过程中发挥着关键作用。更值得关注的是,肝脏还是人体唯一一种仅需原体积的25%,就能够完全再生的内脏器官。另外,包括脂肪肝、肝癌及肝炎在内的各类肝病是当今世界最大的健康问题之一,也是导致死亡的主要原因。  尽管肝脏对人类健康极为重要,但健康

构建出人类肝脏的完整细胞图谱,鉴定出新的肝细胞亚型

  肝脏是人体最大、功能最广泛的器官之一。它将我们食物中的糖、蛋白和脂肪转化为对身体有用的物质,并将它们释放到细胞中。肝脏除了在人体新陈代谢中发挥作用外,还是一种免疫器官,对血液的排毒是必不可少的。最引人注目的是,当仅为原始质量的25%时,肝脏是唯一能够恢复到原来大小的内脏器官。  肝病是世界上最大

单细胞检测技术在肿瘤研究中的新挑战和新方向

  单细胞转录组研究是近期生命科学领域运用最火的组学检测技术之一,来自麻省总医院和哈佛医学院的研究人员在《Molecular Cell》(Suva and Tirosh 2019)上讨论了单细胞转录组测序技术在肿瘤研究中的经验与未来挑战。在此,我们对该review中的部分内容进行解读和分享。   

单细胞检测技术在肿瘤研究中的新挑战和新方向

  单细胞转录组研究是近期生命科学领域运用最火的组学检测技术之一,来自麻省总医院和哈佛医学院的研究人员在《Molecular Cell》(Suva and Tirosh 2019)上讨论了单细胞转录组测序技术在肿瘤研究中的经验与未来挑战。在此,我们对该review中的部分内容进行解读和分享。   

质谱流式技术及组织细胞群体深度解析方法概述

Data Driven Research: 组织细胞群体的深度解析——神奇的质谱流式技术质谱流式是单细胞分析技术的一大突破,目前应用于血液、免疫、干细胞以及肿瘤等诸多研究领域。它创造性地使用了金属元素做为抗体的标签,利用ICP质谱实现了单细胞多参数的检测。金属标签具有极低的背景信号以及很好的标签化学

单细胞数据细胞分类与功能挖掘的基因分析法介绍

  接触过单细胞转录组数据的小伙伴们都知道,数据的核心结果在于根据每个细胞的基因表达数据,来对细胞进行分群分类。现有通用的分析思路如下:首先根据转录组稀疏矩阵,通过计算和分析,找到不同的细胞Cluster,并找到每一类集群的Marker基因。根据已有对细胞特定Marker基因的认识,来对细胞可能的集

单细胞数据细胞分类与功能挖掘的基因分析法介绍

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单细胞数据细胞分类与功能挖掘的基因分析法介绍

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基于单细胞数据理解细胞变化过程拟时间序列分析详解

  单细胞检测技术的发展为我们理解复杂生命体中细胞的组成与各自功能及变化过程提供了强有力的工具。基于单细胞基因表达谱数据,我们可以窥探发育过程中细胞内的调控变化,发现肿瘤微环境中的各类细胞及它们的细胞间交流,理解器官组织中复杂多样的细胞类型。现有单细胞研究是一个从整体到个体,再由个体特征重建整体的过

基于单细胞数据理解细胞变化过程——拟时间序列分析详解

  单细胞检测技术的发展为我们理解复杂生命体中细胞的组成与各自功能及变化过程提供了强有力的工具。基于单细胞基因表达谱数据,我们可以窥探发育过程中细胞内的调控变化,发现肿瘤微环境中的各类细胞及它们的细胞间交流,理解器官组织中复杂多样的细胞类型。现有单细胞研究是一个从整体到个体,再由个体特征重建整体的过

癌症治疗新曙光:AI助力科学家更好地观察人类活体细胞

  [导读]在微软联合创始人保罗·艾伦的资助下创立的艾伦细胞科学研究所(Allen Institute for Cell Science)最近公布了一项研究成果,利用卷积神经网络(CNN)等 AI 算法学习现有的 2D 及 3D 细胞影像资料……   细胞生物学家和细胞学研究者现在有了新的细胞模型

实用技巧二——单细胞转录组高级分析之细胞谱系分析

  基于单细胞转录组数据的细胞轨迹分析常见形式有细胞变化轨迹分析和细胞谱系分析,在上一篇中,我们详细介绍了常规拟时间序列分析的相关内容(具体内容查看链接)。在这里,我们主要就细胞谱系分析进行介绍和解读。   细胞谱系分析,最简明的理解就是细胞领域的进化树,通常指的是某类祖源细胞,在特定条件下,有多

实用技巧二——单细胞转录组高级分析之细胞谱系分析

  基于单细胞转录组数据的细胞轨迹分析常见形式有细胞变化轨迹分析和细胞谱系分析,在上一篇中,我们详细介绍了常规拟时间序列分析的相关内容(具体内容查看链接)。在这里,我们主要就细胞谱系分析进行介绍和解读。   细胞谱系分析,最简明的理解就是细胞领域的进化树,通常指的是某类祖源细胞,在特定条件下,有多

基于单细胞数据理解细胞变化过程—拟时间序列分..(一)

单细胞检测技术的发展为我们理解复杂生命体中细胞的组成与各自功能及变化过程提供了强有力的工具。基于单细胞基因表达谱数据,我们可以窥探发育过程中细胞内的调控变化,发现肿瘤微环境中的各类细胞及它们的细胞间交流,理解器官组织中复杂多样的细胞类型。现有单细胞研究是一个从整体到个体,再由个体特征重建整体的过程。

Nat Comm| 张强锋组利用人工智能算法分析单细胞ATAC-seq数据

  近年来,深度学习等人工智能技术在图像识别,自然语言处理等领域取得了令人瞩目的成就。人工智能技术应用于生命科学,对生物信息多个领域产生了重大的影响。深度学习算法借助于生命科学大数据的飞速发展,从海量大数据中自动高效地提取特征进行学习,极大超越了依赖人工提取特征的传统人工智能算法,在医疗图像处理、结

药物体外测试新进展:实时3D细胞培养和芯片器官

  仍面临挑战的体外培养新技术有望替代现有的、用于药物测试的模型动物,具有纪念意义的是,日前政府拥有的360只黑猩猩正式从药物测试中退役,研究人员相信体外新技术将来可应用于药物测试和生理生化研究。   更灵敏的体外技术新平台被开发出并应用于研究人体药物代谢,从而让动物从药物试验中解放出来。动物保护

单细胞转录组高级分析之细胞谱系分析

基于单细胞转录组数据的细胞轨迹分析常见形式有细胞变化轨迹分析和细胞谱系分析,在上一篇中,我们详细介绍了常规拟时间序列分析的相关内容(具体内容查看链接)。在这里,我们主要就细胞谱系分析进行介绍和解读。细胞谱系分析,最简明的理解就是细胞领域的进化树,通常指的是某类祖源细胞,在特定条件下,有多个发育轨迹和

流式细胞仪的概念、发展历史和主要品牌

1 流式细胞仪的概念及其发展历史1.1 流式细胞仪的基本概念 流式细胞仪(flow cytonletry,FCM)是对高速直线流动的细胞或生物微粒进行快速定量测定和分析的仪器,主要包括样品的液流技术、细胞的计数和分选技术,计算机对数据的采集和分析技术等。流式细胞仪以流式细胞术为理论基础,是流体力学、

个性化治疗的希望!3D细胞培养技术即将走向春天!

  过去二十年来,医学科学取得了巨大的进步。在医学领域的飞速发展过程中,科学技术的进步发挥着重要的作用。其中3D细胞培养技术就是过去十年里一项越来越受欢迎的技术。  在过去十年中,业界的重点已经逐渐转向发现和开发新药。科学家和研究人员们越来越多地开始利用体外技术——从基于生化实验转移到基于细胞的研究