新技术90分钟完成全基因组序列分析
美国国家儿童医院（Nationwide Children's Hospital）的研发人员最近在Genome Biology上发布了一个自主开发的分析软件，表示这个软件使寻找全基因组致病变异从几周缩短到按几十个小时。 第一个人类基因组测序完成耗时大约13年，耗费30亿美元，而现在技术测序技术的发展，使得即使是很小的研究小组都可以在几天之内完成基因组测序。但是从测序产生的巨大的数据分析得出真正能用于研究或者临床的信息一直是一个挑战。而彼得·怀特博士和他带领的团队针对这个问题，利用新颖的计算技术，开发了一个名为"丘吉尔"（Churchill）的计算管道，表示"丘吉尔"可以在短短90分钟内完成全基因组样品的有效分析。 "丘吉尔"自动输入原始序列资料，通过一系列密集复杂和计算，最终分析出有临床或者科研意义的的遗传变异体。这个过程中的每一步，"丘吉尔"都有优化，以显著减少分析时间，但不损害数据的完整性，该分析是100％的可重复性。......阅读全文
全基因组分析发现多个疾病相关基因
来自伦敦帝国理工学院的研究人员通过多次全组关联，发现了多个与疾病相关的基因，其中包括了糖尿病，冠心病等现代社会热点关注的疾病，这些成果陆续发表在《Nature Genetics》，《JAMA》等杂志上。 第一篇文章中，研究人员找到了控制电信号，也就是控制心律的基因，这种被称为SCN10A的基因受
基因组分析证实：突变频率越高物种寿命越短
科技日报北京4月19日电 （实习记者张佳欣）这是一个困扰科学家多年的谜团——为什么不同的动物有如此不同的寿命？人类可以活到80岁左右，而长颈鹿往往在24岁时死亡，裸鼹鼠的成年个体只有长颈鹿的两万三千分之一，但它可活到25岁。这表明，除了体型之外还有其他原因影响寿命。近日发表在《自然》杂志上的一项研究
用于基因组测序及足迹分析的连接介导PCR实验
PCR可用以指数扩增位于两个特定引物杂交位点之间的DNA片段，而在连接介导 的单侧PCR中，本质上，它只需要一个引物杂交位点的特异性，第二个引物是通过连 接反应加上的单一接头。这个接头和旁侧的基因特异性引物一起可以对任 何DNA片段进行指数级的扩增。由于一个确定的已知长度的序.列被加于每个片段，可以
用于基因组测序及足迹分析的连接介导PCR实验
实验方法原理 实验材料 0.4μg μL溶于pH 7.5的TE缓冲液的经打断的基因组DNA试剂、试剂盒 第一链合成混合物 含有寡核苷酸引物I20μmol L单侧接头混合物连接酶稀释液连接酶混合物2000 〜3000 Weiss 单位 mL T4 噬菌体 DNA 连接酶用于沉淀的盐混合物10
口腔、肠道微生物菌群元基因组关联分析
2015年7月28日，北京协和医院和华大基因等机构的研究人员共同合作完成了类风湿关节炎（RA）口腔和肠道微生物元基因组研究。本项研究揭示口腔和肠道微生物菌群异常是RA病理生理和疾控的重要环节，并且为元基因组学辅助的RA个性化诊疗方案提供基础。研究成果于今日发表在《自然医学》杂志。 RA是一种致
人类基因组DNA甲基化数据分析
近期来自电子科技大学，清华大学等处的研究人员从CpG岛等基本定义出发，阐述了高通量DNA甲基化的检测技术以及针对芯片技术与下一代测序技术的低水平数据处理方法，并重点对比了基于机器学习理论对CpG位点及CpG岛甲基化水平的预测算法，以及所利用的特征对预测效果的影响与发展趋势。 DNA甲基化是表观
新技术90分钟完成全基因组序列分析
美国国家儿童医院（Nationwide Children's Hospital）的研发人员最近在Genome Biology上发布了一个自主开发的分析软件，表示这个软件使寻找全基因组致病变异从几周缩短到按几十个小时。 第一个人类基因组测序完成耗时大约13年，耗费30亿美元，而现在技术测序技术的
万元全基因组测序在望－全新分析平台登场
今年早期，ABI公司应用SOLiD 3系统领先的寡核苷酸连接和检测技术对人类基因组进行了测序，费用低于6万美元。这台新仪器的技术改进使更高的样品和数据通量成为可能，从而有望进一步降低基因组测序的费用。例如，更廉价的基因组数据有望加速疾病关联和生物标志物的发现，从而改善诊断和疾病处理，支持与个人最佳治
基因组分析显示：卵巢癌有7种疾病亚群
一项新研究表明，基因组分析可为卵巢癌提供新的治疗信息。由BC癌症研究所和哥伦比亚大学引领的一项国际研究追踪了100多个卵巢癌的点突变和结构变异，经过分析，确定了7种肿瘤分子亚型。相关研究结果于4月25日在线发表在《Nature Genetics》杂志上。 本文作者写道，“我们的研究结果表明，识
基因组分析或助力基底细胞癌疗法的开发
名为基底细胞癌（BCC）的皮肤癌是最常见的一种癌症，90%的个体都有可能会在某一天发生，尤其是因为年龄原因及暴露于紫外线下；这种癌症很少致命，截至目前为止科学家们也对其研究较少；近日刊登在Nature Genetics的一项报告中，来自日内瓦大学的研究者就对基底细胞癌患者机体的癌细胞进行了DNA
花叶芋叶片关联分析和叶绿体基因组研究获进展
广东省农业科学院环境园艺研究所特色花卉研究室在花叶芋叶片重要观赏性状关联分析和叶绿体基因组研究方面取得新进展。相关研究分别发表于Physiologia Plantarum和Genes。 花叶芋（Caladium）是天南星科花叶芋属多年生草本植物，被誉为“观叶皇后”。花叶芋资源丰富，表型性状变异丰
分析比产生更快？中国“智”造全基因组组装算法
10年前，Illumina基因组测序技术进入市场时，前所未有的庞大数据量淘汰了较早开发的测序分析工具。 历史总是重演。如今，第三代测序技术已经达到低成本群体测序规模的临界点。 12月10日，《自然—方法学》在线发表了第一个能够跟上基因组测序产生速度的组装算法。 论文作者、中国农业科学院农业
用于基因组测序及足迹分析的连接介导PCR实验
连接介导的单侧PCR 从单层细胞制备用于DMS足迹分析的基因组DNA 从悬浮细胞中制备用于DMS足迹分析的基因组DNA 实验方法原理
谁在先？“鸡基因组”和“鸡蛋基因组”
是先有鸡还是先有鸡蛋？这个问题相当恼人，恐怕很难说清楚。现在，研究人员回答了与这个问题一样恼人的问题：是人类基因组中的成千上万的长重复DNA片段中，那个是第一个产生的？那些被复制了？ 这个答案发表在10月7日的《自然·遗传学》杂志上。该研究给出了人类基因组中DNA重复片段复制的第一个进化证据，这种
基因组测序
如果楼主指的是人类基因组计划，那时用的方法叫做双脱氧终止法，也叫做sanger法。它的原理是在DNA合成过程中，DNA聚合酶能够使用ddNTP(双脱氧核苷酸）来作为原料，但它的反应会在加入ddNTP的时候终止。具体实验是通过PCR来完成的，但与普通PCR不同，它只需要一个引物而不是一对。在4个相同的
叶绿体基因组
叶绿体是地球上绿色植物把光能转化为化学能的重要细胞器，叶绿体中进行的光合作用是严格地受到遗传控制的。早在20世纪初，人们就已知叶绿体的某些性状是呈非孟德尔式遗传的，但直到60年代才发现了叶绿体DNA(chloroplast DNA，ctDNA)。叶绿体基因组是一个裸露的环状双链DNA分子，其大小在1
罗氏牵手迪安诊断引入“全面基因组测序分析服务”
艾尔建偏头痛药物取得第二项三期试验成功；曹雪涛院士团队新成果：反馈性免疫自身识别可及时促进炎症消退；更安全有效的CAR-T 2.0疗法要来了？……我们专注医药研发最新动态，给研发人员提供及时准确的信息参考。罗氏牵手迪安诊断引入“全面基因组测序分析服务”27日，罗氏公司宣布，罗氏及其控股公司Fo
多名学者推荐全基因组分析转录因子功能新技术
来自北卡罗来纳大学教堂山分校，NIH等处的研究人员利用一种新型方法，分析了酵母转录因子Rap1在整个基因组中的结合动态，从而可以更好研究这一转录因子的功能，这一方法将有助于科学家们实时分析转录情况，相关成果公布在Nature杂志上。 对于这一成果，来自法国国家科学研究中心的François
华大参与：复杂宏基因组数据的新分析法
当前分析宏基因组数据的大多数方法，都依赖于与参考基因组的对比，但是许多环境中的微生物多样性远远超过了参考数据库所覆盖的范围。将复杂的宏基因组数据从头划分为特定的生物学实体（如特定的菌株或病毒），在很大程度上仍然是一个未解决的问题。 在2014年7月6日的《Nature Biotechnolog
单细胞基因组测序如何实现：从实验到分析，步步解析
随着生命科学研究的微观化，基于细胞群体的研究方法已不适用于某些研究领域（如肿瘤异质性、早期胚胎发育等）。单细胞基因组测序通过在单个细胞水平上进行测序，解决了用组织样本无法获得不同细胞间的异质性信息或样本量太少无法进行常规测序的难题，为科学家研究单个细胞的行为、机制等提供了新的方向。 【应用概览
Nature对儿童癌症基因组分析，有望实现儿童癌症精准治疗
在一项新的研究中，来自美国圣犹大儿童研究医院等研究机构的研究人员证实患有癌症的儿童和成年人通常具有不同的发生突变的基因来促进疾病产生，这提示着这些患者可能受益于不同的疗法。这一发现强调了对儿童癌症进行精准医疗的必要性。相关研究结果于2018年2月28日在线发表在Nature期刊上，论文标题为“P
NEJM：基因组分析解析一种高危白血病亚型
最近，美国圣裘德儿童研究医院进行的一项多机构研究表明，在患有最常见急性淋巴细胞白血病（ALL）的年轻人当中，有超过四分之一的人为一种预后不良的高危亚型，这种白血病亚型的患者，可能从广泛用于其他成年人更常见白血病治疗的药物获益。相关研究结果发表在最近的《新英格兰医学杂志》（The New Engl
用于基因组测序及足迹分析的连接介导PCR实验3
从悬浮细胞中制备用于DMS足迹分析的基因组DNA实验材料悬浮培养细胞试剂、试剂盒PBS裂解液100%硫酸二甲酯（DMS)100%乙醇室温仪器、耗材50 mL螺口聚丙烯管（如Coming公司产品）台式离心机实验步骤1) 在50 mL螺口聚丙烯管中分别准备3份49 mL PBS,用前置于冰上预冷至少30
数十万基因组分析提供精神性疾病线索
“脑力激荡联盟”对近90万人的基因组进行了分析，这一规模巨大的工作揭示了重要的线索：在精神疾病间及人格特质间有基因重叠。论文发表于《科学》。 Verneri Anttila和同事希望通过分析约21万5500名患者和65万名健康参与者的基因组来对25种脑部疾病（包括神经性和精神性疾病）的遗传基
北京基因组所开发表观组关联分析数据库
近日，由中国科学院北京基因组研究所国家基因组科学数据中心开发的人类表观组关联分析数据库EWAS Data Hub正式上线。该项研究成果以EWAS Data Hub: a resource of DNA methylation array data and metadata 为题在国际学术期刊《核
4.6万年前线虫基因组分析揭示新物种
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/7/505770.shtm Panagrolaimus kolymaensis的一般形态，雌性。图片来源：《公共科学图书馆·遗传学》俄罗斯普希诺土壤科学物理化学和生物学问题研究所、德国马克斯·普朗克分子
用于基因组测序及足迹分析的连接介导PCR实验2
从单层细胞制备用于DMS足迹分析的基因组DNA实验材料DNA试剂、试剂盒PBS适用于样品细胞的培养液裂解液在15 cm培养血的单层培养细胞双份样品100%硫酸二甲酯（DMS)缓冲液平衡酚25:24:1 (V V V)酚 氯仿 异戊醇24: 1(V V)氯仿 异戊醇仪器、耗材50 mL和15 mL一次
深海水虱凭啥当上“绝食冠军”？基因组分析找到答案
等足类是甲壳动物中少有的既包含水生、半陆生和完全陆生物种，又包含深海和浅海物种的类群，不同生态位的类群在体型上存在巨大差异。其中，深海等足类呈现出体型巨大化现象。而深海水虱是深海巨型等足类的代表性物种，因保持世界上最长的绝食时间纪录（5年以上）而广受关注。 近日，中国科学院海洋研究所（以下简称
大规模基因组分析揭示酒量高低的根本原因
酒，是人类文明的产物，酒文化伴随着整个人类文明的发展而不断壮大。位于河南的贾湖遗址曾出土多个陶罐，残留物检测表明这些陶罐曾装过用大米、蜂蜜和水果制成的酒，贾湖遗址处于石器时代早期（约公元前7000—前5600年），也就是说8000年前我国人民就开始酿酒了。 何以解忧？唯有杜康。 人生得意须尽
1300多名学者合作－迄今最全面癌症基因组分析完成
英国韦尔科姆基金会桑格研究所5日宣布，一个国际团队完成了迄今覆盖面最广泛的癌症全基因组分析，这有助于加深研究人员对癌症的认识，为开发出更高效的治疗方案铺平道路。这个被称为“泛癌症计划”的项目由来自37个国家的1300多名科学家合作开展，旨在研究可导致癌症的变异基因，绘制出这些基因的全图谱，桑格研