生物物理所专家第九届全球蛋白质结构预测比赛中获佳绩
12月8日，2010年第九届全球蛋白结构预测比赛结果揭晓，中国科学院生物物理研究所蒋太交研究组发展的Jiang_Assembly蛋白质结构预测服务器进入了前二十名。这标志着我国在蛋白质三维结构预测领域中进入了世界上游水平。 众所周知，蛋白质三维结构预测是计算生物学领域中最具挑战性的一个研究方向，迄今为止还有很多问题悬而未决。为了客观和有效地评估蛋白质结构预测技术发展水平，1994年，美国科学家约翰·莫尔特（John Moult）倡议在全球范围内进行蛋白结构预测比赛（CASP，Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction）。CASP比赛每两年举行一次，已成为计算生物学领域中最权威和最富盛名的比赛，每次比赛都吸引了许多来自生物物理学、计算机科学、高能物理学、计算化学和计算数学等不同领域的专家参加。 第九......阅读全文
德国生物学家解析调控生物钟重要蛋白的三维结构
德国慕尼黑大学阿道夫﹒布特南特研究所的科学家解析了哺乳动物隐花色素蛋白mCRY1/2和果蝇隐花色素蛋白dCRY的三维分子结构，结果发表在2013年6月7日的《细胞》杂志上。 隐花色素是体内生物钟调控的重要因子。这种蛋白通过感应蓝光使果蝇生物钟与外部白天-黑夜循环变化同步。通过高分辨率解析果
冷冻电镜解析了哪种蛋白的三维结构
近日，中国科学技术大学微尺度物质科学国家研究中心和生命科学与医学部教授陈宇星和周丛照课题组与孙林峰课题组合作，利用冷冻电镜技术首次解析了人类溶酶体维生素B12外排蛋白ABCD4的近原子分辨率三维结构，为深入理解该类膜蛋白转运的分子机制以及其突变引发疾病的致病机理提供了基础。该研究成果以Cryo-
基因组的三维结构
摘要： 阐明染色质复杂结构的技术有染色质构象捕获(chromatin conformation capture, 3C)及更高通量的衍生技术4C、5C，这些提供了长距离的染色质相互作用，但不能扩展到整个染色质相互反应组。在2009年末，两种新方法的迸发，有望绘出全基因组范围的相互作用图谱。
破解整合酶的三维结构
英国和研究人员在1月31日的《》杂志上报告说，他们合作进行的一项最新研究模拟出的。整合酶在包括艾滋病等逆转录酶病毒中可以找到，并且充当了艾滋病病毒在人体内复制时的“帮凶”。这项重大突破有助于家解决困扰了艾滋病研究领域长达20年的一个难题，从而找到更好的治疗艾滋病的方法。 当艾滋病病毒感染人体时，
蛋白质三维结构解析固体核磁共振方法获进展
中国科学院武汉物理与数学研究所波谱与原子分子物理国家重点实验室的杨俊研究组，在发展蛋白质高分辨三维结构的固体核磁共振测定新技术和新方法方面取得重要进展，相关研究结果于近日在《美国化学会》(J. Am. Chem. Soc.)上在线发表。 相对于液体核磁共振和X射线晶体衍射技术
重要癌症靶标三维结构获解析
上海科技大学iHuman研究所徐菲课题组与复旦大学、美国南加州大学和斯克瑞普斯研究所等单位合作，解析了重要癌症靶标人源Smoothened受体的多结构域晶体结构，分辨率达到2.9埃（1埃=10-10米），相关成果日前在线发表于《自然—通讯》。 Smoothened受体是Hedgehog信号通路
80后结构生物学家赵强：因为很酷，我选择了结构生物学
赵强在实验室工作。(中科院上海药物所供图) “为什么会选择生物？因为高考的时候觉得，数理化的体系已经很完整了，但生命科学还有那么多说不清楚的东西。” “为什么会选择结构生物学？那是因为觉得它很酷啊！完全不能想象，蛋白质结构可以看到……长出的晶体那么漂亮。” 科学是理性的，可选择自己的科研道路却
糖蛋白的结构
糖蛋白中的糖链变化较大，含有丰富的结构信息。寡糖链往往是受体、酶类的识别位点。 1、 N-糖苷键型（N-连接） N-糖苷键型主要有三类寡糖链： ① 高甘露糖型，由GlcNAc和甘露糖组成； ② 复合型：除了GlcNAc和甘露糖外、还有果糖、半乳糖、唾液酸； ③ 杂合型，包含①和②的特征
扩展蛋白的结构
其氨基末端为约 2 2个氨基酸编码的信号肽，进入分泌途径后被剪切， 使扩张蛋白成为成熟肽 。该蛋白碳末端假定的结合 区域 ( 约10kDa ) 含有一系列保守的色氨酸残基 ( w) ， 这些色氨酸残基有一定的间隔，很像纤维酶 的纤维素结合区域。中间区域 ( 1 5 k Da ) 被认为是重要的催
α角蛋白的结构
α-角蛋白主要是由α-螺旋构象的多肽链构成的，并与角蛋白的长向平行，即其氨基酸序列分为富含α螺旋的中央棒状区和两侧的非螺旋区域。其立体构造是α-螺旋的典型实例，几何表示为：两股右手α-螺旋向左缠绕，拧成一根称为原纤维的结构，直径为2nm，这就是aa组合的超二级结构。原纤维再排列成“9+2”的电缆
冷冻电镜新突破！袁曙光团队解析膜蛋白靶标三维结构
近日，中国科学院深圳先进技术研究院医药所计算机辅助药物设计中心袁曙光课题组与德国马普生物物理所合作，利用真实细胞膜冷冻电镜技术，解析了血清素受体5-HT3离子通道的高分率三维精细结构，并通过生物计算系统阐述了其信号转导的分子原理。相关成果发表于《自然—通讯》。袁曙光和Mikhail Kudrya
关于蛋白质结构的结构种类概述
蛋白质分子是由氨基酸首尾相连缩合而成的共价多肽链，但是天然蛋白质分子并不是走向随机的松散多肽链。每一种天然蛋白质都有自己特有的空间结构或称三维结构，这种三维结构通常被称为蛋白质的构象，即蛋白质的结构。 蛋白质的分子结构可划分为四级，以描述其不同的方面： 一级结构：组成蛋白质多肽链的线性氨基酸
关于蛋白质结构的结构预测介绍
测定蛋白质序列比测定蛋白质结构容易得多，而蛋白质结构可以给出比序列多得多的关于其功能机制的信息。因此，许多方法被用于从序列预测结构。 一、二级结构预测 二、三级结构预测 同源建模：需要有同源的蛋白三级结构为基础进行预测。 Threading法。“从头开始”（Ab initio）：只需要蛋
关于蛋白质结构的结构测定介绍
专门存储蛋白质和核酸分子结构的蛋白质数据库中，接近90%的蛋白质结构是用X射线晶体学的方法测定的。X射线晶体学可以通过测定蛋白质分子在晶体中电子密度的空间分布，在一定分辨率下解析蛋白质中所有原子的三维坐标。大约9%的已知蛋白结构是通过核磁共振技术来测定的。该技术还可用于测定蛋白质的二级结构。除了
Nature：结构生物学重要成果发表
在11月15日的Nature杂志上，美国能源部SLAC国家加速器实验室的研究人员实现了首次对调控蛋白质生产的RNA开关进行了实时成像。这项重要的研究成果向人们展示了X射线无电子激光器（XFEL）在研究RNA方面的强大能力。 领导这项研究的结构生物学家Yun-Xing Wang说：“这是首次在原
Nature发表结构生物学重要成果
美国能源部SLAC国家加速器实验室的研究人员首次对调控蛋白质生产的RNA开关进行了实时成像。这项重要的研究成果发表在十一月十五日的Nature杂志上，向人们展示了X射线无电子激光器（XFEL）研究RNA的强大实力。 “这是首次在原子水平上实时观察由两个生物分子化学互作触发的生物反应，”领导这项
三维离子阱的结构特点及介绍
三维离子阱，由一对环形电极（ring electrod）和两个呈双曲面形的端盖电极（end cap electrode）组成。在环形电极上加射频电压或再加直流电压，上下两个端盖电极接地。逐渐增大射频电压的最高值，离子进入不稳定区，由端盖极上的小孔排出。因此，当射频电压的最高值逐渐增高时，质荷比从小到
血栓形成关键受体三维结构被揭示
中科院上海药物所赵强研究组与美国国立卫生研究院等机构合作，揭示了血栓形成过程中关键受体——嘌呤能受体P2Y12R的三维结构。5月1日，两篇独立的研究论文同时发表于《自然》杂志。据悉，这是中国科研人员极其罕见地在顶级学术期刊上“背靠背”同期发表科研论文，第一作者为药物所的张凯华和张进。 据介绍，
研究测定血栓形成关键因子三维结构
记者日前从中科院上海药物所获悉，该所科学家在嘌呤能受体P2Y1R结构生物学领域再次取得突破性进展，首次测定了该受体蛋白的高分辨率三维结构，并揭示了P2Y1R抑制剂分子的作用机理，为研究治疗血栓性疾病新药提供了重要依据，同时将开启G蛋白偶联受体（GPCR）药物研发的新方向。相关成果以长文形式在线发
Nature－Commu：结构生物学研究揭示蛋白转运背后的新机制
为了保证新合成的分泌蛋白和膜蛋白能够到达它们正确的目的地，这些蛋白一般都会带有一段信号序列作为一种运送标签。除此之外，它们还会利用信号识别颗粒将其导向到细胞膜。在最近发表在国际学术期刊Nature Communication的一项科学研究中，研究人员通过结构生物学的方法证明了信号识别颗粒是如何识
美获得甲型流感病毒蛋白关键部位三维结构图
美国罗格斯大学和德州大学的研究人员8月25日表示，他们成功获得流感病毒蛋白关键部位的三维结构图，该成果有望帮助科学家开发应对包括致命性禽流感在内的多种流感的药物。 流感病毒通常依靠病毒蛋白某部分同人体中特定蛋白的结合来侵入人体，因为通过这样的结合，流感病毒能够抑制人体本身对病毒感染的自然防御体系，
Cell：解析出人teneurin蛋白的三维结构，竟类似于细菌毒素
一类被称作teneurin的蛋白位于细胞的表面上，并与其他细胞表面上的其他蛋白相结合，从而进行细胞间通信。它们参与多个过程，包括胚胎发育、引导神经元轴突向正确的位置延伸从而与其他的神经细胞建立连接和有助这些连接（也称作突触）形成。 基于编码teneurin蛋白的基因序列，人们已隐约觉得tene
Nat.－Comm.：家蚕CPV病毒刺突蛋白的三维结构获解析
中国和美国研究团队通过五年多合作，首次解析了家蚕质型多角体病毒（BmCPV）刺突蛋白（spike蛋白）的高分辨率三维结构。相关研究于1月27日发表在《自然–通讯》杂志。 Spike蛋白是广泛存在于病毒囊膜或衣壳表面的同源三聚体，通常在病毒入侵宿主细胞的过程中发挥关键的作用。相较于囊膜病毒，无
血凝素是HA蛋白的三维结构及受体结合部位
利用X线晶体衍射技术证实,流感病毒的HA蛋白以三聚体(trimer)的形式存在于双层类脂膜上,即由 3个非共价结合的HA蛋白单体所组成,长约 13．5 nm(135A)。HA蛋白三聚体可分为呈杆状的基底部及呈球状的头部两部分,基底部长约7．6nm(76A),纤细杆状,有3个HA。肽链螺旋缠绕而成
蛋白质二维结构的结构特点
二维结构是指原子或离子集团中的原子或离子具有在空间沿二维方向的正、反向延伸作有规律排布的结构。
蛋白质三级结构的结构特点
三级结构是由一个已经具有了某些a-螺旋和/或b折叠区的多肽链折叠成一个紧密包裹的、几乎成球形的空间结构，或称为天然构象。三级结构的一个重要特点是在一级结构上离得远的氨基酸残基在三级结构中可以靠的很近，它们的侧链可以发生相互作用。二级结构是靠骨架中的酰胺和羰基之间形成的氢键维持稳定的，三级结构主要是靠
膜生物学国家重点实验室首次揭示完整藻胆体的三维结构
光合作用是地球上的生物赖以生存的基础。为了获取更多的光能，生物体发展出了多种捕光蛋白系统。其中存在于蓝藻和红藻中的藻胆体是迄今已知的最大的捕光蛋白复合物，它位于膜表面，并与位于膜中的光和反应中心结合，能将吸收的太阳光以极高的效率传递给光合反应中心以便进一步转化为有机物并释放氧气。这个巨大的超分
瘦蛋白的结构特点
瘦蛋白（leptin; OB protein）又称OB蛋白。系肥胖基因（obese gene）在脂肪细胞内的表达产物。分子量16 000，含167个氨基酸残基的单链蛋白质分子、具有高度亲水性，在N端含有分泌信号肽。
波形蛋白的结构
波形蛋白单体，与所有其他中间丝一样，具有一个中心α-螺旋结构域，其末端由非螺旋氨基（头部）和羧基（尾部）结构域覆盖。两种单体可能以促进它们形成卷曲螺旋二聚体的方式共翻译表达，这是波形蛋白组装的基本亚基。α-螺旋序列包含有助于在螺旋表面形成“疏水密封”的疏水氨基酸模式。此外，酸性和碱性氨基酸呈周期性分
简述脂蛋白的结构
脂蛋白中的蛋白部分称为载脂蛋白（Apo）。载脂蛋白在脂蛋白代谢中具有重要的生理功能。Apo是用ABC命名法,当前已经发现很多种类,一般分为5～7类,主要测定其ApoAI,ApoB两种。 ApoAI主要由肝脏合成,小肠也可合成,它是高密度脂蛋白胆固醇（HDL-CHOL）的主要结构蛋白,占HD