NatMethods：利用TruSPADES方法显著改善宏基因组测序
在一项新的研究中，来自俄罗斯圣彼得堡国立大学的研究人员开发出一种方法极大地改善人们对实验室中不能培养的有机体---如生活在人胃肠道中的微生物，或者生活在海洋深处的细菌---的DNA进行测序的能力。相关研究结果于2016年2月1日在线发表在Nature Methods期刊上，论文标题为“TruSPAdes: barcode assembly of TruSeq synthetic long reads”。 这种被称作TruSPADES的方法通过计算机将来自Illumina公司的机器产生的长300个碱基对的短测序片段(short reads)组装成所谓的合成长测序片段(synthetic long reads)，这些合成长测序片段是基因组中长大约10,000个碱基对的片段。 研究人员说，使用这些合成长测序片段而不是短测序片段组装基因组就好比是使用整个章节而不是单个句子来组装一本书。因此，人们有强烈的动机利用长测序片段改进......阅读全文
Nat－Methods：利用TruSPADES方法显著改善宏基因组测序
在一项新的研究中，来自俄罗斯圣彼得堡国立大学的研究人员开发出一种方法极大地改善人们对实验室中不能培养的有机体---如生活在人胃肠道中的微生物，或者生活在海洋深处的细菌---的DNA进行测序的能力。相关研究结果于2016年2月1日在线发表在Nature Methods期刊上，论文标题为“TruSP
Nature－Methods发布宏基因组测序新工具
微生物几乎是无所不在的，它们对生态环境和人体健康起到了不容忽视的作用。然而人们对微生物的了解还相当匮乏，因为许多微生物是无法在实验室中培养的。宏基因组学是了解这些微生物的重要途径，但宏基因组测序并不是一件容易的事儿，就像是把许多拼图拆散混在一起，然后在毫无参考的情况下拼接。 最近Nature
cDNA宏阵列方法分离拟南芥的臭氧应答基因实验
实验步骤 ##一、 cDNA 宏阵列的样品制备培养基： I : 2 (V7 V ) Gamborg B5 培 养 基（GibcoBRL， Rockville, MD), I : 1000(V /V ) Hyponex肥 料（Hypon
cDNA宏阵列方法分离拟南芥的臭氧应答基因实验（一）
实验步骤 ##一、 cDNA 宏阵列的样品制备培养基： I : 2 (V7 V ) Gamborg B5 培 养 基（GibcoBRL， Rockville, MD), I : 1000(V /V ) Hyponex肥 料（Hyponex 10 : 5 : 10; Hyponex Japan
cDNA宏阵列方法分离拟南芥的臭氧应答基因实验(二)
注意事项1.所有的试剂必须用电阻高于 17. 6 的双蒸水配制。2.提取 RNA 所用的玻璃器具必须于 180°C 烘烤至少 8 h 以灭活 RNase。除缓冲液外的所有溶液都要用 0 •1 % DEPC水 配 制（见注释 3)。 RNase 的污染主要来源于实验人员的手，所以进行 RN A 实验时
cDNA宏阵列方法分离拟南芥的臭氧应答基因实验(一)
除 cDNA 微阵列外，基于尼龙膜支持物的 cDNA 宏阵列方法是又一被广泛应用的大规模基因表达数据的收集方法。从新基因的发现到基因表达谱的分析， cDNA 宏阵列被应用于分子生物学研究领域的各个方面。尽 管 cDNA 宏阵列的点阵密度低于微阵列，但由于应用灵敏度较高的同位素标记的 cDNA 探针，
cDNA宏阵列方法分离拟南芥的臭氧应答基因实验（二）
11.用 mRNA 纯 化 试 剂 盒（Amersham Biosciences, Piscataway, NJ) 将 Poly.(A )+ RNA从总R N A 中分离出来（见注释5)。####（2） c D N A 文 库 的 构 建1.取1. 5 〜7. 5 μg poly (A )+ R
张文宏受聘南大！
7月2日上午，南京大学病毒与感染病研究所正式成立。国家传染病医学中心主任、复旦大学附属华山医院感染科主任张文宏，被聘为兼职教授和名誉所长，并现场做了《人类传染病的过去现在及未来》的主题演讲。 演讲中，张文宏提到，从人类与传染病的斗争史来看，病毒将长期存在，今天有新冠病毒，明天可能还会有其他病毒
宏基因组及宏转录组测序揭示极端环境微生物的生态学作用
中山大学与千年基因合作应用宏基因组及宏转录组测序对极端环境酸性矿山废水（Acid mine drainage, AMD）中的微生物群落进行研究，相关成果于11月7日发表于The ISME Journal杂志。 本研究是继2012年11月发表于The ISME Journal杂志的微生物群落多样
基因组分析的代表方法
基因组分析的代表方法 - end -上期回顾“二次元”基因第一回（1）“二次元”基因第一回（2）“二次元”基因第一回（3）“二次元”基因第二回（1）
基因组探针的制备方法
进行分子突变需要大量的探针拷贝，后者一般是通过分子克隆（molecular cloning）获得的。克隆是指用无性繁殖方法获得同一个体、细胞或分子的大量复制品。当制备基因组DNA探针进，应先制备基因组文库，即把基因组DNA打断，或用限制性酶作不完全水解，得到许多大小不等的随机片段，将这些片段体外重组
比较基因组杂交方法介绍
比较基因组杂交是将消减杂交、荧光原位杂交相结合，用于检测DNA序列的拷贝数变异并将其定位在染色体上的方法。CGH 只能检测不平衡的染色体改变。结构染色体变异，例如：平衡的相互易位或倒位不能被检测出来，因为拷贝数没有变化。CGH最初设计是用来检测单一副本缺失的，所以它的的区带长度至少5～10Mbarr
中国学者Nature发表突破性宏基因组研究改写病毒学教科书
中国疾病控制中心与悉尼大学合作十一月二十四日在Nature杂志上发表了一项突破性的宏基因组研究。研究人员深入无脊椎动物的病毒世界，从中发现了1445种病毒，包括不少新病毒家族。文章通讯作者是中国疾病控制中心的张永振（Yong-Zhen Zhang）研究员。 从这项研究来看，过去人们了解的只是病
张文宏：不是我说的
据东方网报道，12月20日下午开始，一段疑似张文宏的音频流传在微信朋友圈中，音频谈到当前新冠感染威胁、家庭防护推荐等多方面话题。但细心的网友发现，此段音频中包含有一些和张文宏医生之前观点相反的意见，甚至还有推销产品的嫌疑，因此，该段音频遭到质疑。这段音频是张文宏医生说的吗？张文宏向东方网回复：“不是
基因组图谱的方法和意义
中文名称基因组图谱英文名称genomic map定 义展示一种生物全基因组结构的图谱。按建立图谱的研究目的方法和精细程度，可以有不同的形式，包括以遗传学方法建立的遗传连锁图谱，按距离绘出基因位置分布的物理图谱，经测定核酸序列建立的核苷酸序列图谱，以及标记出可表达序列的转录图谱等。应用学科生物化学与
细菌基因组DNA提取方法综述
细菌基因组DNA的提取方法综述，提供了5种方法。 1 快速微量提取法A.取1.5ml菌体培养物于一灭菌Ep管中，12000rpm离心1min, 丢去上清夜，收集菌体。B.加入400ul裂解液（40mMTris-醋酸，20mM醋酸钠,1mMEDTA,1%SDS,pH7.8）混匀,置于37oC水浴1hr
张文宏：莫忽视科研行为本身
“创新本身不能被预先设计，也没有既定的方向。”近日，在复旦大学管理学院医疗健康产业峰会圆桌对话环节，国家传染病医学中心主任、复旦大学附属华山医院感染科主任张文宏，围绕“细胞与基因领域技术创新的产业化和国际化”主题，发表了自己的看法。 创新转化为什么有时候很快，有时候又很慢？张文宏认为，如果仅仅
基因组重排的重组方法介绍
基因组重排技术大致的过程可分为突变体库的构建、原生质体融合与融合子筛选、递归原生质体融合三个基本环节。首先需要对常规的菌种进行传统诱变从而建立突变体库,诱变的方式有紫外诱变、X射线诱变、化学诱变剂诱变等,其诱变依然有其不定向性。因此要在此基础上筛选拥有较优良性状的菌株构建突变体库。接下来是原生质体的
基因组足迹分析的方法和应用
中文名称基因组足迹分析英文名称genomic footprinting定 义通过检测DNA在结合有蛋白质可以被保护而免受内切核酸酶降解的区域，对基因组中蛋白质结合位置及其核苷酸序列进行的分析。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），方法与技术（二级学科）
提取基因组DNA的方法有哪些
1、苯酚氯仿抽提法优点是采用了实验室常见的试剂和药品，做起来成本比较低廉。缺点是由于使用了苯酚、氯仿等试剂，毒性较大，长时间操作对人员健康有较大影响，而且核酸的回收率较低，损失量较大，由于操作体系大，不同实验人员操作重复性差，不利于保护RNA，很难进行微量化的操作。 2、离心柱法离心柱法DNA提取它
基因组测序的方法和临床应用
基因组测序主要有两种方法 鸟枪法 和克隆重叠群法。临床全外显子测序是针对人类全部基因的外显子进行检测，适用于一些难以判断病因的复杂遗传病的诊断，是一种常用的基因组测序方法。
基因组DNA甲基化分析方法
早期的基因组DNA甲基化分析技术，如SssI甲基转移酶分析法、氯乙醛反应法、免疫学抗体技术等，已经不能满足现代表观遗传学研究的需求。今年来常用的基因组甲基化的方法有以下两种。1. 甲基化敏感扩增多态性实验甲基化敏感扩增多态性实验技术被用于检测双向型真菌的DNA甲基化，它是在扩增片段长度多态性技术的基
研究发现全新全基因组组装方法
十年前，Illumina基因组测序技术进入市场时，前所未有的庞大数据量淘汰了较早开发的测序分析工具。 历史总是重演。如今，第三代测序技术已经达到低成本群体测序规模的临界点。 英国时间12月9日，《自然—方法学》在线发表了第一个能够跟上基因组测序产生速度的组装算法。 这篇论文只有两位作者，
台湾旭宏柱塞泵保养与柱塞泵维修的几种方法
柱塞泵保养与柱塞泵维修 1.运转检查 1）检查进液压力、排液压力是否出现突变和异常； 2）检查润滑油压力是否正常，润滑油温度是否持续上升或过高，油质是否过脏或进水产生乳化现象； 3）检查各摩擦部位温升是否异常，泵密封部位是否泄漏过大； 4）检查泵有无
南京疫情跨省传播，@张文宏医生－解读！
7月29日凌晨，@张文宏医生 在微博上发声： 南京疫情促使全国经受压力测试，为未来疫情防控提供更多思考。 近期南京疫情跨省传播，成为输入性疫情引发国内传播的新模式。在严格管控疫情和加速疫苗接种的今天发生多省疫情扩散引发公众对于未来的巨大不安，这份不安其实来自对于未来巨大不确定性的不安。 1
刘畊宏新书：别让健康走错路
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/8/506304.shtm8月8日是我国第15个全民健身日，“全民健身，练就对了”新书首发发布会暨全民健身日活动在北京举办，活动邀请《练就自由：开启无限可能的人生》（以下简称《练就自由》）作者、健身教练刘畊宏和
张文宏等获评2020“最美教师”
为热烈庆祝第36个教师节，由中宣部、教育部、中央广播电视总台举办的“闪亮的名字——2020寻找最美教师”发布仪式日前在京举行。在发布仪式上，公布了10位最美教师、1个最美教师团队的先进事迹。 荣获2020年“最美教师”称号的教师有：复旦大学教授张文宏，中国人民大学教授王易，北京航空航天大学教
张文宏称新冠已成常驻病毒
我们都知道新冠肺炎病毒已经存在长达大半年之久了，但是病毒依旧还在传染并未消停，更有消息表示新冠肺炎病毒以后将会成为常伴的病毒，近来张文宏称新冠已成常驻病毒跟着小编一起来看看是怎么回事吧! 转眼已是秋冬季，全球已与新冠病毒抗争了大半年。在预测第二波疫情成为必然、疫情还要延续相当长的时间之后，复旦
刘宏涛：做科普当先立品牌
金秋十月，中国科学院武汉植物园一年一度的“斗菊”大赛又进入了白热化的阶段。 “我们每年都到社区里去，给老百姓赠送菊苗。到秋天举办菊花展时，市民再把自己养的菊花带过来，参加我们的斗菊擂台赛。”中科院武汉植物园园艺中心主任刘宏涛说，“几年下来，这个活动已经发展成很受欢迎的品牌。” 200
科学家开发新的宏基因组分析工具
对环境样品（如海水、医院表面和人类肠道）直接进行微生物测序，已经阐明了我们世界中存在的大量微生物。然而，一个微生物物种可能存在遗传多样性，而在宏基因组分析中往往捕获不到这种多样性。最近在《Genome Research》发表的一项研究中，科学家们开发了一种新的工具，来检测细菌物种内的遗传差异，并