检测稀有突变的两大工具比拼
物以稀为贵，突变检测也是如此。如今，稀有突变（rare mutation）已成了热门的研究对象，并推动了PCR仪器和检测的发展。尽管定量PCR（qPCR）在相当一段时间内仍将占据优势，但数字PCR（dPCR）并不会让它专美。 什么是稀有突变？ “稀有突变”这个词代表什么意思？你询问不同的人，可能会得到不同的答案。一些人认为，这是指群体中的频率。一个人可能只携带了突变的等位基因，之所以说稀有，是因为人群中携带这个突变的人非常少。 稀有的另一层意思是突变的序列在特定生物中以相对低水平存在。不过，许多个体可能都有相同的突变。例如， “一些引起癌症的热点突变，”赛默飞世尔数字PCR系统的产品经理Lance Wakida解释道。“对于乳腺癌，一小部分突变 – 如EGFR的特定外显子 – 就以一定的规律存在。” 这个术语也有不同的定量解释。对于测序人员来说，鉴于错误率在1%-1.5%的范围内，那么低于5%的突变 都是稀有的。如果......阅读全文
Genome－Res：核糖体RNA基因拷贝数变异和表达调控新发现
核糖体是细胞中最重要的细胞器之一，负责将细胞转录出来的信使RNA（messenger RNA，简称“mRNA”）翻译成蛋白质。真核生物的核糖体，主要由4种核糖体 RNA（rRNA）和80多种核糖体蛋白组成。其中，45S rRNA基因位点通过转录加工可以产生18S、5.8S和25S rRNA；而5
Nature子刊：癌症基因组三维结构和拷贝数变异关系
来自北京大学生命科学学院，清华-北大生命科学联合中心等处的研究人员发表了题为“3D genome of multiple myeloma reveals spatial genome disorganization associated with copy number variations”的
大肠杆菌制成感受态后，其中的的质粒拷贝数会增加吗
不过质粒的拷贝数是质粒自身特性，由载体选用的origin，以及质粒的稳定性和表达产物来决定。一般与感受态无关。当然epicentre的EPI400除外；不过它是用来降低拷贝数来维持质粒稳定性的。
qpcr中拷贝数相差一个数量级，ct值相差多少
3.33+3.33=6.66，理论上相差6.66，实际数值略有出入，因为你的扩增效率不一定是100%
南京大学刘震团队：scPISA用于活细胞低拷贝数蛋白质分析
细胞是生物体结构和生命活动的基本单位，基于细胞的研究是生命科学的基础。然而，由于细胞体积极小，一些重要组分含量极低，细胞微环境的复杂性等等因素使得单细胞分析成为一项十分具有挑战性的工作。通常的生命科学研究主要以大量细胞为研究对象，但是，这种细胞群体水平的分析掩盖了细胞个体间存在的显著微观不均一性
安捷伦科技公司推出新一代人拷贝数变异基因芯片
该芯片由WTCCC设计，应用在全球规模最大的CNV研究项目 安捷伦同期推出了标记试剂盒和纯化组件，以提高通量、降低成本 2009年4月15日，北京—安捷伦科技公司(NYSE:A)日前推出了由维康信托病例控制协会(WTCCC)设计的2x105K CNV基因芯片，用于研究
科学家在核糖体RNA基因拷贝数变异和表达调控方面获进展
核糖体是细胞中最重要的细胞器之一，负责将细胞转录出来的信使RNA（messenger RNA，简称“mRNA”）翻译成蛋白质。真核生物的核糖体，主要由4种核糖体 RNA（rRNA）和80多种核糖体蛋白组成。其中，45S rRNA基因位点通过转录加工可以产生18S、5.8S和25S rRNA；而5
武汉病毒所等实现活细胞内单拷贝艾滋病毒基因原位成像
最近，中科院武汉病毒研究所研究员崔宗强与中科院生物物理研究所研究员张先恩合作，利用量子点标记转录激活子样效应因子（TALEs）探针，在活细胞内单拷贝基因荧光标记与成像方面取得突破，实现了单拷贝整合态HIV前病毒DNA原位标记、动态成像和3D定位分析。研究成果近日发表于《自然—通讯》，马英新和王明
量子点标记实现活细胞内单拷贝艾滋病毒基因的原位成像
艾滋病毒基因组RNA逆转录为DNA，整合在宿主染色体内形成前病毒（HIV provirus），是根除艾滋病毒的最大障碍。在活细胞内对单拷贝或低拷贝的整合态HIV基因标记与成像，对前病毒的识别和切除具有重要意义，但一直是个难题。最近，中国科学院武汉病毒研究所研究员崔宗强与中国科学院生物物理研究所研
计算生物学所等构建出首张中国人群的拷贝数变异图谱
近日，PLoS ONE在线发表了中科院上海生命科学研究院计算生物学所徐书华研究员和金力教授研究组的最新研究成果A Map of Copy Number Variations in Chinese Populations。该项工作构建了首张包括中国汉族和少数民族在内的拷贝数变异图谱，为研究中国人群
沉默转基因的激活不依赖于拷贝数和DNA过甲基化的变化
转基因表达的稳定性在种苗商业化生产中具有重要作用，然而基因沉默现象影响着这种稳定性的产生与维持。 中国科学院华南植物园区永祥团队长期致力于多基因定点叠加技术的研发以加快分子育种进程。要获得定点叠加的多基因材料并非易事，在烟草中的实验结果表明，其效率约为5%，可是在这些留下的材料中，却有1/3存
罗氏NimbleGen芯片绘制最高分辨率的人类基因组拷贝数变...
罗氏NimbleGen芯片绘制最高分辨率的人类基因组拷贝数变异图谱罗氏NimbleGen的CGH芯片平台用于生成最高分辨率的人类基因组拷贝数变异图谱。近来芯片技术的发展引发了对人类基因组拷贝数变异的大规模探索，包括DNA拷贝数增加（重复）、丢失（缺失）以及多等位基因或复杂重排。研究表明拷贝数变异（C
HER2基因检测法的意义
实验室人员可通过HER2基因检测法，在少量乳腺癌标本中，计算第17号染色体上HER2基因的拷贝数。通过化学染色，标本中的HER2基因和第17号染色体拷贝的颜色发生改变。HER2基因的拷贝呈现黑色，第17号染色体拷贝呈现红色。在标准显微镜下可观察到这些颜色变化。 这些特征能使检验人员在同一片子上
荧光定量PCR技术的基本原理
PCR反应过程产生 DNA拷贝数，随反应循环数增加，以呈指数方式增加逐渐转入平台期。在传统PCR中，用终点法对PCR产物定量有不足之处；而RQ––PCR对整个PCR反应扩增过程进行实时检测，并连续分析与扩增相关荧光信号，随反应进行检测到荧光信号变化可绘成一条曲线。因此可在PCR反应处于指数期某一点检
简述乙肝病毒脱氧核糖核酸的检测办法
一种是定性检测，即检测结果以阴、阳来你标示，另一种是定量检测，这比定性检测更进了一步，可以了解HBV载量的多少，一般用“拷贝”来标示。如在治疗前HBv DNA的定量是（10的八次方）拷贝/毫升，而在治疗后，HBv DNA减少到（10的5次方）拷贝/毫升，提示治疗效果见效；如HBv DNA定量下落
胚胎线粒体功能检测重要么
随着三代试管婴儿在我国的不断普及，越来越多的人开始认识这个新技术，很多“久经失败”的生育困难夫妇也开始尝试这种新的试管婴儿技术，我们常说的PGS，中文名字叫“胚胎植入前染色体病筛查”，它是在胚胎移植入子宫前，对胚胎进行全面的染色体检查，然后挑选染色体正常的胚胎植入子宫。PGS技术在国内外很多生殖
PCR用于感染性疾病的诊断
PCR在医学检验学中最有价值的应用领域就是对感染性疾病的诊断。理论上，只要样本有一个病原体存在，PCR就可以检测到。一般实验室也能检出10~100基因拷贝，而目前病原体抗原检测方法一般需要105-7个病原体才可检测到。PCR对病原体的检测解决了免疫学检测的“窗口期”问题，可判断疾病是否处于隐性或亚临
乙肝病毒量怎么计算的
乙肝病毒量，也就是乙肝病毒DNA定量检测正常值为阴性或者是低于检测值下限。乙肝病毒DNA定量是常用的临床检测项目，表示体内病毒含量水平的高低，和乙肝疾病的传染性正相关，病毒量越高，传染性越强。不同的检测试剂，所制定的正常参考范围是不同的，普通的乙肝病毒DNA检测结果的正常值范围小于1000拷贝/ml
深度解读荧光定量PCR仪所运用的技术
深度解读荧光定量PCR仪所运用的技术 荧光定量PCR仪所用到的实时荧光定量PCR技术是通过对PCR扩增反应中每一个循环产物荧光信号的实时检测，而实现对起始模板定量及定性分析的目的。在实时荧光定量PCR反应中，引入了一种荧光化学物质，随着PCR反应的进行，PCR反应产物不断累计，荧光信号强度也等
深度解读荧光定量PCR仪所运用的技术
深度解读荧光定量PCR仪所运用的技术 荧光定量PCR仪所用到的实时荧光定量PCR技术是通过对PCR扩增反应中每一个循环产物荧光信号的实时检测，而实现对起始模板定量及定性分析的目的。在实时荧光定量PCR反应中，引入了一种荧光化学物质，随着PCR反应的进行，PCR反应产物不断累计，荧光信号强度也
深度解读荧光定量PCR仪所运用的技术
深度解读荧光定量PCR仪所运用的技术 荧光定量PCR仪所用到的实时荧光定量PCR技术是通过对PCR扩增反应中每一个循环产物荧光信号的实时检测，而实现对起始模板定量及定性分析的目的。在实时荧光定量PCR反应中，引入了一种荧光化学物质，随着PCR反应的进行，PCR反应产物不断累计，荧光信号强度也
深度解读荧光定量PCR仪所运用的技术
深度解读荧光定量PCR仪所运用的技术 荧光定量PCR仪所用到的实时荧光定量PCR技术是通过对PCR扩增反应中每一个循环产物荧光信号的实时检测，而实现对起始模板定量及定性分析的目的。在实时荧光定量PCR反应中，引入了一种荧光化学物质，随着PCR反应的进行，PCR反应产物不断累计，荧光信号强度也等比
microRNA的实时定量茎环RTPCR技术（二）
图1。上图描述的是TaqMan miRNA的检测原理，基于TaqMan实时定量miRNA的包括两个步骤，茎环RT和实时PCR。茎环RT引物结合在miRNA分子的3'端和用反转录酶逆转录。然后，RT产品使用传统的TaqMan PCR定量，其中包括特定miRNA的正向引物，反向引物和
荧光定量核酸扩增仪相关的功能
荧光定量是通过荧光染料或荧光标记的特异性的探针，对PCR产物进行标记跟踪，实时在线监控反应过程，结合相应的软件可以对产物进行分析，计算待测样品模板的初始浓度。 主要功能： 高灵敏度：可检测单拷贝基因； 动力学范围广：可检测10E0——10E8 拷贝； 高重复性：CV0.3% 高分辨率：轻松区
无创产前检测面临的困难
鉴于常染色体非整倍体无创产前筛查的准确性和安全性，NIPT在21、18及13三体综合征筛查领域中的应用日渐广泛，目前已有服务商将检测范围扩展至性染色体异常和染色体微小缺失的筛查。然而，在NIPT雄心勃勃之时，《美国人类遗传学杂志》、《PNAS》等杂志发文泼冷水，为筛查范围扩大后NIPT的临床化敲警钟
罗斯肉瘤病毒PCR检测试剂盒使用说明书
产品名称：罗斯肉瘤病毒PCR检测试剂盒英文名称：Rous′ Sarcoma Virus(RSV)RTPCR技术特点：1.罗斯肉瘤病毒PCR检测试剂盒在哪里有卖准确可靠，临床双盲对照试验＞1000例，结果与金标准测序法比对，结果*性大于99%。2.高灵敏：可检测低至10ng的人基因组DNA。3.快速：
3D－CNV鉴定实验CN
拷贝数变异 (CNV) 是基因座的野生型拷贝数相比参考基因组增加或减少造成的基因组失衡。这些基因组改变从小的 (小于10 kb) 插入或缺失到大的 (超过1 Mb)、复杂的多等位基因复制均有。CNV是人类基因组中最常见的遗传变异，与多种疾病有关，包括癌症或遗传性疾病易感性 [1, 2]。
MLPA方法与遗传疾病检测
MLPA(Multiples ligation-dependent probe amplification)，多重连接依赖探针扩增，是一种在同一反应管内检测多达50个核苷酸序列的拷贝数变化的方法。MLPA可以快速同时鉴定几十个基因的缺失和插入，可用于血液，肿瘤样本的DNA，mRNA的表达谱分析。而且
研究突破尿路上皮癌诊断和动态监测液体活检技术
泌尿生殖系统肿瘤是严重危害人类健康的一类疾病，当前对于泌尿生殖系统肿瘤的诊断和监测方法通常是侵入性的，且缺乏敏感性和特异性，存在假阳性率。 近日，中国科学院北京基因组研究所慈维敏团队与北京大学第一医院泌尿外科周利群、李学松团队合作，对315例尿液样本（检测队列含泌尿上皮癌、肾癌、前列腺癌，非肿
华人学者Nature－Methods发表超强测序分析工具
拷贝数变异在癌症中起到了重要的作用，但要把它们一一找出来并不是一件容易的事。St. Jude儿童研究医院的科学家们在五月四日的Nature Methods杂志上介绍了一种强大的测序分析工具，CONSERTING。该软件能在二代全基因组测序时非常准确的鉴定拷贝数变异，而且已经免费对全世界的研究者们