全球微生物组大数据搜索引擎上线
日前，中国科学院青岛生物能源与过程研究所单细胞研究中心正式发布首个微生物组大数据搜索引擎——MSE（Microbiome Search Engine； http://mse.single-cell.cn），使得以整个微生物组为分析单元的智能搜索和大数据挖掘成为现实。 微生物组，又称“菌群”。人体微生物组也被称为每个人的“第二基因组”。一个“第二基因组”可由数百万个微生物基因组成，其数据量是一个人类基因组的成百上千倍。根据人类已经积累的海量微生物组数据，寻找“结构”或“功能”类似的菌群样本，从而实现对未知功能菌群的解读和挖掘，以及对整个已知微生物组数据空间的全局性思考，一直是微生物组业界的关键瓶颈之一。对海量微生物组“大数据”的搜索、挖掘与机器学习，能够帮助人们了解微生物组与相关疾病之间的关系，从而利用人体各个部位的共生菌群实现个体化的精准健康、精准护理与精准营养。 MSE通过建立针对微生物群落的超高速比对算法和数字索......阅读全文
全球微生物组大数据搜索引擎上线
日前，中国科学院青岛生物能源与过程研究所单细胞研究中心正式发布首个微生物组大数据搜索引擎——MSE（Microbiome Search Engine； http://mse.single-cell.cn），使得以整个微生物组为分析单元的智能搜索和大数据挖掘成为现实。 微生物组，又称“菌群”。
微生物组大数据搜索引擎入选中国医药生物技术十大进展
目前，中科院青岛生物能源与过程研究所研发的“微生物组大数据搜索引擎”（Microbiome Search Engine； MSE）入选“2016年中国医药生物技术十大进展”。 微生物组（又称“菌群”）在人体中与生俱来，与人体健康息息相关。因此，对海量微生物组“大数据”的搜索与挖掘，有助于认
微生物所发表中国微生物组数据平台
10月26日，《核酸研究》（Nucleic Acids Research）在线发表中国科学院微生物研究所微生物资源与大数据中心、世界微生物数据中心马俊才团队题为gcMeta: a Global Catalogueof Metagenomics platform to support the ar
全球最大的海洋微生物组数据库建立
9月4日，《自然》在线发表中外科学家的合作成果，该成果建立了全球最大的海洋微生物组数据库，从中发掘塑料降解酶、基因编辑工具、抗菌肽等重要基因资源。山东大学微生物技术国家重点实验室教授李盛英为文章共同通讯作者，助理研究员刘琨为文章共同第一作者。该成果在《自然》报道 山东大学供图微生物已在生物制造、
全球最大的海洋微生物组数据库建立
9月4日，《自然》在线发表中外科学家的合作成果，该成果建立了全球最大的海洋微生物组数据库，从中发掘塑料降解酶、基因编辑工具、抗菌肽等重要基因资源。山东大学微生物技术国家重点实验室教授李盛英为文章共同通讯作者，助理研究员刘琨为文章共同第一作者。 微生物已在生物制造、生物医药、生物农业、环境治理等
基于微生物组大数据的疾病检测方法来了
微生物组具有服务疾病诊治与生态监控的巨大潜力，但是其影响因素错综复杂。如何通过菌群检测实现快速精准的疾病诊断呢？中国科学院青岛生物能源与过程研究所单细胞中心发明了基于菌群大数据搜索的疾病检测方法，为此共性问题提供了原创的解决方案。该工作于3月17日在线发表于mSystems（美国微生物学会会刊）
微生物组测序分析的一大问题
BMC Biology杂志上的一项研究指出，许多已发表的微生物组研究其实受到了污染，错误的报告了来自于环境的杂菌。研究人员认为，在临床样本中检测到出人意料的细菌时，不应过早将其于疾病联系在一起。 我们机体内生活着不计其数的微生物，它们组成的生态系统就是微生物组。微生物组参与了许多重要的机体功能
数据标注优秀案例集之四十七－|－云藏搜索引擎藏文信息处理数据标注
云藏搜索引擎藏文信息处理数据标注 申报单位：海南藏族自治州藏文信息技术研究中心 推荐单位：青海省数据局 一、案例简介 藏文信息处理面临语言结构复杂、标注标准缺失、数字化资源不足等问题。本案例通过系统化数据标注技术，构建高质量藏文语料库，赋能藏文信息化行业，推动藏文自然语言处理技术的进步和实用
青岛能源所微生物组大数据分析工具开发获进展
元基因组是当前微生物组大数据最主要的存在形式之一。由于元基因组数据的复杂性、异质性以及指数级增长的体量，从中深度且快速发掘微生物群落结构和功能上的变化规律，一直是业界的一个重要技术瓶颈。近日，中国科学院青岛生物能源与过程研究所单细胞研究中心发表了元基因组高性能计算分析软件Parallel-MET
华大参与：复杂宏基因组数据的新分析法
当前分析宏基因组数据的大多数方法，都依赖于与参考基因组的对比，但是许多环境中的微生物多样性远远超过了参考数据库所覆盖的范围。将复杂的宏基因组数据从头划分为特定的生物学实体（如特定的菌株或病毒），在很大程度上仍然是一个未解决的问题。 在2014年7月6日的《Nature Biotechnolog
青岛能源所提出“微生物组影响指数”
微生物组是微生物在自然界的存在形式，与人体、空气、土壤与海洋的健康息息相关。因此，微生物组科学与产业已经成为国际科技合作与竞争的“战略高地”。然而，大数据挖掘工具的匮乏，阻碍着微生物组研究从“数据分析”向“数据科学”的跨越。2010年，来自43个国家的500多名研究人员联合启动了“地球微生物组计
“百万微生态”计划将构建全球最大人体微生物组数据库
2019年10月26日，“百万微生态”国际合作计划（MMHP）在深圳第14届国际基因组学大会（ICG-14）上正式启动，来自中国、瑞典、丹麦、法国、拉托维亚等多国科学家将合作开展微生物宏基因组研究，致力于在未来三至五年内对100万份来自肠道、口腔、皮肤、生殖道等器官的微生物组样品进行测序分析，绘
苏晓泉团队开发出基于微生物组大数据的疾病检测方法
微生物组具有服务疾病诊治与生态监控的巨大潜力，但是其影响因素错综复杂。如何通过菌群检测实现快速精准的疾病诊断呢？中国科学院青岛生物能源与过程研究所单细胞中心发明了基于菌群大数据搜索的疾病检测方法，为此共性问题提供了原创的解决方案。该工作于3月17日在线发表于mSystems（美国微生物学会会刊）
Nature：药物对肠道微生物组的影响比人们想象的要大
我们是生活在地球上用药最多的几代人之一。2型糖尿病、肥胖和冠状动脉疾病等心脏代谢性疾病的发病率持续上升，并共同构成了全世界最高的死亡原因。受影响的人往往不得不连续数月甚至数年每天服用多种药物。 如今，在一项新的研究中，位于德国海德堡的欧洲分子生物学实验室（EMBL）的Peer Bork团队与一
融智生物发布全球首个商用化生物组学微生物质谱数据库
近日，融智生物宣布建设完成基于全新生物组学理念的微生物质谱数据库。这是全球首次发布商品化生物组学微生物质谱数据库。 传统上，基于不同的细菌或真菌内蛋白组成分特别是核糖体蛋白有显著的差异，对核糖体蛋白组的质谱测试，可用于快速、高准确度鉴定微生物。基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TO
李小兵教授：微生物组学是影响未来的三大科技之一
近日，由中国广告主协会标准与认证咨询专业委员会承办，多家行业研究机构协办的2019年中国广告主大会“标准与认证服务发展论坛”在杭州举行。国家工程实验室教授、黔酸宝生物实验室主任李小兵 国家工程实验室教授、黔酸宝生物实验室主任李小兵出席论坛，并发表“标准与认证是中国大健康产业发展的基石”主题演讲
世界微生物数据中心落户微生物所
在近日召开的第12届国际菌种保藏大会上，经过大会专家委员会评审并经世界菌种保藏联合会理事会审议通过，中国科学院微生物研究所在众多的竞争者中脱颖而出，成为世界微生物数据中心（World Data Center for Microorganisms, WDCM）新的主持单位。 W
美国推出“材料计划”网络搜索引擎
据美国物理学家组织网近日报道，美国能源部劳伦斯伯克利国家实验室和麻省理工学院联合推出了一项名为“材料计划”的最新网络引擎，专门用于搜索查找各种材料的性质，能让来自大学、国家实验室和私人企业的科学家共享信息，以促进新材料和关键材料的研发。 “加速新材料的研发，能促进在清洁能源和公共消费产品领
DNA搜索引擎MetaGraph研发成功
瑞士苏黎世联邦理工学院科学家在最新一期《自然》杂志上发表论文称，他们开发出一款名为MetaGraph的DNA搜索引擎，能快速、高效地检索公共生物学数据库中的海量信息，为研究生命科学提供了强大的专业工具。MetaGraph索引及大量DNA、RNA和蛋白质序列档案。图片来源：《自然》网站MetaGrap
碳卫星获取首组观测数据
记者2月23日从中科院获悉：中国首颗全球二氧化碳监测科学实验卫星（简称“碳卫星”）已成功获取首批观测数据。 碳卫星于2016年12月22日在酒泉卫星发射中心成功发射入轨。经过平台测试、载荷加热排污等一系列工作后，有效载荷于今年1月12日成功开机，13日转入在轨观测任务模式并获取首批观测数据。
研究构建绵羊和山羊肠道高质量微生物基因组数据库
近日，西北农林科技大学羊遗传改良与生物育种团队携手国内外多家科研机构，在绵羊和山羊肠道微生物基因组数据库构建及肠道粘蛋白和多糖代谢功能菌种挖掘方面取得进展，研究成果发表在Microbiome上。研究团队在全国范围内的32个羊场收集了来自21个绵羊和山羊品种共计320个肠道样本，分别构建了包含1.6亿
研究开发基于菌群大数据搜索的新疾病检测方法
基于菌群大数据搜索引擎实现疾病检测的原理 微生物组具有服务疾病诊治与生态监控的巨大潜力，但是其影响因素错综复杂。如何通过菌群检测实现快速精准的疾病诊断呢？中科院青岛生物能源与过程研究所单细胞中心发明了基于菌群大数据搜索的疾病检测方法，为此共性问题提供了原创解决方案。该研究成果近日在线发表于《美国微
缺乏数据使用指导原则，基因组数据共享遇阻
基因组数据共享将生物医学研究推向快车道，但向公共领域发布的现有数据指南一方面承认免费和无条件使用数据的重要性，另一方面还未能解决这种重要性与数据生产者首次发布数据的“权利”之间的关系。 在美国能源部联合基因组研究所负责人Nikos Kyrpides看来，这种自相矛盾导致了数据生产者和数据使用
百度退位！百度已不是中国第一大桌面搜索引擎
长久以来，百度不只是一个名词，它早已成为人们搜索内容时使用的动词，可见其影响力之大。不过，根据5月22日StatCounter的数据显示，百度已不是中国最大的桌面搜索引擎了。根据数据，到2023年4月，微软必应的份额再次创出历史新高，达到了37.4%，而百度的份额为26.32%。微软必应、搜狗、Ya
Cell：微生物组的确影响免疫
麻省总医院MGH、Broad研究所与荷兰的两家医学研究中心在Cell杂志上发表了人类功能基因组计划（HFGP）的重要研究成果。他们通过三项研究揭示了基因、微生物组和环境对免疫应答的影响。 人类消化道中居住着大量的微生物，它们被统称为肠道微生物组。肠道微生物组在人类代谢食物、抵御感染和应答药物等
Nature：揭秘地球微生物组计划
地球微生物组计划（Earth Microbiome Project）的目标是尽可能多地对地球微生物群落进行取样，以便促进人们对微生物及其与包括植物、动物和人类在内的环境之间的关系的理解。这一任务需要来自世界各地的科学家的帮助。到目前为止，这一计划已覆盖了从北极到南极的七大洲和43个国家，而且有超
国际人类微生物组联盟启动
经过近3年的酝酿和筹备，以解析人类共生微生物与健康关系为目标的国际人类微生物组联盟(IHMC)近日在德国海德堡宣布成立。来自美国国立卫生研究院(NIH)、欧盟委员会，以及中国、日本等9个国家的科学家出席成立大会并交流了各自的计划和进展。 基因与环境相互作用决定人体健康，目前大量的研究都集中在分析人
Cell：微生物组的确影响免疫
麻省总医院MGH、Broad研究所与荷兰的两家医学研究中心在Cell杂志上发表了人类功能基因组计划（HFGP）的重要研究成果。他们通过三项研究揭示了基因、微生物组和环境对免疫应答的影响。人类消化道中居住着大量的微生物，它们被统称为肠道微生物组。肠道微生物组在人类代谢食物、抵御感染和应答药物等过程中起
Nature聚焦微生物组的家
人体内充满了微小的微生物，这些成百上千的细菌物种被统称为微生物组(microbiome)，人们认为它们有助于人体的健康与生存。胃肠道，尤其是结肠是最高密度和最高多样性细菌物种的家园。然而由于食物和流体的通过，这一系统不断发生变化，这些生物体是如何能够存留于其中并旺盛生长的呢? 由加州理工大
超4000种－融智生物发布商用化生物组学微生物质谱数据库
近日，融智生物宣布建设完成基于全新生物组学理念的微生物质谱数据库。这是全球首次发布商品化生物组学微生物质谱数据库。 传统上，基于不同的细菌或真菌内蛋白组成分特别是核糖体蛋白有显著的差异，对核糖体蛋白组的质谱测试，可用于快速、高准确度鉴定微生物。基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TO