北京生科院发表环形非编码RNA识别新技术
2月28日，国际学术期刊Briefings in Bioinformatics 发表了中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队题为Circular RNA identification based on multiple seed matching 的最新研究成果。因为目前在环形RNA识别方面存在着假阳性率高、敏感度不够等问题，该团队研究并提出了全新的多重种子匹配算法及最大似然估计模型，可以精确识别环形RNA接头序列，以显著提升环形RNA的识别效率。 目前已有的环形RNA识别算法均基于对环形RNA接头序列的查找，可分为基于注释的算法以及从头预测的算法。然而，由于真核生物转录的复杂性及环形RNA分子的特殊性，以上两类识别算法均面临着灵敏度低、可靠性差、运算时间长或内存使用高等问题，其应用也因此受到限制。此外，对上述识别算法的评价体系却仍主要依赖模拟数据，难以对相关算法在真实转录数据中的表现进行客观衡量。 针对此现状，赵方庆......阅读全文
北京生科院发表环形非编码RNA识别新技术
2月28日，国际学术期刊Briefings in Bioinformatics 发表了中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队题为Circular RNA identification based on multiple seed matching 的最新研究成果。因为目前在环形RNA识别方面存
北京生科院提出环形RNA识别的新方法
环形RNA是一类新报道的结构特殊的非编码RNA。近两年的研究发现，环形RNA在动物细胞内广泛存在，且大多位于基因的外显子区域。另有研究表明，少数环形RNA分子可以充当microRNA“海绵”，在转录后水平对基因表达进行调控。然而，目前绝大多数的环形RNA功能仍不明确，科学家们推测其可能与蛋白质及
北京生科院提出环形RNA全长转录本解析技术
4月12日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队在《自然-实验手册》（Nature Protocols）上，发表了题为Full-length circular RNA profiling by nanopore sequencing with CIRI-long的研究论文，建立了环形RNA全长
上海生科院总结多种基因内部来源的非编码RNA生成机制
10月1日，中国科学院上海生命科学研究院计算生物学研究所研究员杨力受邀在WIREs RNA 发表了题为Splicing noncoding RNAs from the inside out 的综述论文，系统总结了多种来自于前体RNA内部序列的非编码RNA分子及其产生机制和潜在功能作用。 真核基
北京生科院在环形RNA研究领域取得新进展
6月28日，国际学术期刊Nature Communications 在线发表了中国科学院北京生命科学研究院计算基因组实验室赵方庆团队题为Comprehensive identification of internal structure and alternative splicing even
北京生科院建立单细胞环形RNA分析技术及表达图谱
环形RNA是一类在真核细胞中广泛存在的内源性非编码RNA分子，在生物体发育过程中发挥重要作用。之前研究已在不同物种中鉴定出数百万个环形RNA分子，并产生了大量用于揭示生物体组织表达模式的环形RNA数据资源。然而，由于大多数环形RNA表达量较低，传统的转录组测序方法无法表征单个细胞环形RNA表达谱
简述非编码RNA的成熟
多数生物体中的非编码基因（ncRNA）被转录为需要进一步加工的前体。核糖体RNA（rRNA）通常被转录为含有一个或多个rRNA的前体rRNA,前体rRNA后来在特定位点被大约150种不同的snoRNA切割和修饰。转移RNA（tRNA）的5'和3'端序列分别被RNase P和tRN
上海生科院构建细胞核内长非编码RNA的新型表达载体
11月5日，国际学术期刊Nucleic Acids Research在线发表了中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所陈玲玲研究组关于研究细胞核内长非编码RNA的新型表达载体。该研究首次构建了一种可以将外源过表达的RNA滞留在细胞核内的载体（snoVector），而且过表达的RN
上海生科院揭示长非编码RNA对MYC基因转录调控的分子机制
5月5日，中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所陈玲玲课题组在《细胞研究》(Cell Research)发表当期封面文章Human colorectal cancer-specific CCAT1-L lncRNA regulates long-range chromatin
上海生科院发现长非编码RNA对细胞核仁功能重要调控机制
5月5日，国际学术期刊《细胞》（Cell）杂志发表了中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所陈玲玲研究组关于长非编码RNA的最新研究成果：SLERT regulates DDX21-rings associated with Pol I transcription，该成果揭示了长非
生科院提出环形RNA内部序列结构可视化新方法
1月18日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队于Bioinformatics 杂志上在线刊发了题为Visualization of circular RNAs and their internal splicing events from transcriptomic data 的研究。该研
Cell惊人发现：谁说非编码RNA不编码？
来自德克萨斯大学西南医学中心的Eric Olson和同事们在分析梳理肌肉特异性的长链非编码RNAs(lncRNAs)以了解它们的功能时，发现了一种在骨骼肌中特异性表达的lncRNA。尽管这一RNA以往被归类为是非编码RNA，它的序列中包含的一小段却看上去好像一个编码区域。这一研究发现发布在《细胞
上海生科院揭示非编码RNA和转座子在长寿中的作用机制
3月21日，中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所研究员韩敬东在《细胞-报告》（Cell Reports）上在线发表了题为Impact of Dietary Interventions on Noncoding RNA Networks and mRNAs Encoding Chromatin
长非编码RNA与肺癌转移
我们体内的大多数DNA(约80%)并没有编码蛋白，不过它们会转录为RNA。这些非编码的RNA分子负责在细胞中实现多种功能。microRNA等小RNA已经被研究得很多了，近年来人们又发现了一类长非编码RNA，这些RNA拥有两百个以上的核苷酸。 长非编码RNA对细胞周期、细胞生长和细胞死亡等细
细胞化学词汇非编码小RNA
中文名称：非编码小RNA英文名称：small non-messenger RNA;snmRNA定 义：细胞中一大类由几十核苷酸到几百核苷酸组成的、不编码蛋白质的RNA。本身或与蛋白质结合形成的复合体有生物学功能。如核小RNA、核仁小RNA、微RNA、干扰小RNA、时序小RNA等。应用学科：生物化学
Nature解析癌症与非编码RNA
人类基因组可生成1万多种长链非编码RNA(lncRNA) 分子，但人们至今却只知道其中几十种转录物的功能。在发表在8月14日《自然》(Nature)杂志上的一篇新研究中，来自加州大学的杨柳青(Liuqing Yang，音译)等研究人员揭示，两种lncRNAs结合并控制了雄激素受体的功能。
北京生科院提出环形RNA全长转录本重建和定量新方法
国际学术期刊Genome Medicine 在线发表了中国科学院北京生命科学研究院计算基因组学实验室赵方庆团队题为Reconstruction of full-length circular RNAs enables isoform-level quantification 的最新研究成果。该研
我国学者成功挖掘和识别哺乳动物环形RNA功能
2019年3月19日，国际学术期刊Cell Reports 在线发表了中国科学院北京生命科学研究院计算基因组学实验室赵方庆团队题为“Expanded expression landscape and prioritization of circular RNAs in mammals”的最新研究
上海生科院发表关于神经系统环形RNA研究的专评
6月4日，国际学术期刊《分子细胞》（Molecular Cell）在线发表了中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所研究员陈玲玲和计算生物学研究所研究员杨力题为Gear up in circles的专评，对当期Molecular Cell 和4月刊Nature Neuroscien
Nature重要发现：独特的非编码RNA
我们的皮肤表皮是由许多不同细胞类型构成的混合体，每种细胞类型都有非常明确的职责。这样复杂的组织，其生成或分化在细胞水平上需要进行大量的协调，这一过程发生故障可以导致灾难性的后果。现在，来自斯坦福大学医学院的研究人员确定了这一分化过程的一个主要调控因子。研究成果发表在12月2日的《自然》(Natu
长链非编码－RNA－测序案例分析
背景：人类寿命的延长伴随着神经退行性疾病的发病几率的增加，因而价格不贵的血液诊断的发展迫在眉睫。通过 RNA-seq 分析血液细胞的转录本是发现新的生物标志物的非常高效的途径。 目的：利用 Illumina 测序平台对帕金森病人白血球中 lncRNAs 进行分析，探讨其对 mRNA 选择性剪接的
长链非编码－RNA（lncRNA）研究策略
长链非编码 RNA（long noncoding RNA，lncRNA）指的是转录本长度在 200-100000 nt 之间的 RNA 分子，它们不编码蛋白，位于细胞核或胞质内，具有保守的二级结构。研究显示，lncRNA 并非以前所认识的那样没有功能，它可与蛋白质、DNA 和 RNA 相互作
长链非编码RNA调控肿瘤生长
人类基因组能够产生10000多种长链非编码RNA(lncRNA)，但是至今为止，人们只知道几十种lncRNA分子的功能。 加州大学圣地亚哥分校的Liuqing Yang等人发表在Nature上的一项研究成果表明，两种lncRNAs可以与雄激素受体结合并控制其功能。雄激素受体是一种转录因
非编码小RNA的结构和功能
中文名称非编码小RNA英文名称small non-messenger RNA;snmRNA定 义细胞中一大类由几十核苷酸到几百核苷酸组成的、不编码蛋白质的RNA。本身或与蛋白质结合形成的复合体有生物学功能。如核小RNA、核仁小RNA、微RNA、干扰小RNA、时序小RNA等。应用学科生物化学与分子生
非编码小RNA的基本信息
中文名称非编码小RNA英文名称small non-messenger RNA;snmRNA定 义细胞中一大类由几十核苷酸到几百核苷酸组成的、不编码蛋白质的RNA。本身或与蛋白质结合形成的复合体有生物学功能。如核小RNA、核仁小RNA、微RNA、干扰小RNA、时序小RNA等。应用学科生物化学与分子生
带你认识RNA军团中“非正规军”——非编码RNA
人类的每一个细胞随时都像在进行着一场无止尽的战争，细胞核是司令部，细胞质是战场。六十年前，弗朗西斯·克里克（Francis Crick）的“中心法则”（ DNA转录成RNA，再翻译成蛋白质）现在一直是细胞作战的绝对军规，军事机密（遗传信息）必须从司令DNA先到RNA军团，再到“武器弹药”蛋白质。司令
非编码RNA为癌症研究提供新思路
澳大利亚纽卡斯尔大学和中国科技大学等机构合作完成的两项最新研究表明，非编码RNA（核糖核酸）在癌症治疗方面存在巨大潜力，有助于开发出新型的癌症靶向治疗方法。 非编码RNA是指不编码蛋白质的RNA。长期以来，全球各地开展的癌症研究主要针对能编码蛋白质的基因，这些基因只占人类基因组的2%。 发表
深入研究非编码RNA的新工具
最近，加拿大多伦多大学Donnelly中心的一个研究小组，开发出了一种方法，可使科学家们能够深入探索“ncRNAs在人类细胞内做了什么”。 这项研究发表在5月19日的《Molecular Cell》杂志，同一天，来自新加坡基因组研究所的Yue Wan研究组与斯坦福大学的Howard Chang
可以促进癌细胞生长的非编码RNA
国际著名学术期刊《美国国家科学院院刊》发表西奈山伊坎医学院教授Benjamin Greenbaum的一篇研究文章。研究人员在癌细胞中发现了一组可以激发免疫反应的非编码RNA分子，它们具有与病原体相似的一些特征。由于这些分子在癌细胞中表达并扩增，它们造成的免疫反应有可能影响癌细胞的生长。 研究
出人意料的非编码RNA调控
为了将六英尺多的DNA塞进细胞核里，细胞将基因组紧紧缠绕在组蛋白核心上形成核小体，并最终将其包装成紧密的染色质。DNA转录的时候需要打开核小体，而胚胎干细胞的染色质重塑复合体esBAF可以做到这一点。它不仅会打开需要转录的DNA，还暴露了促进转录的启动子和增强子。 基因组测序研究最近显示，增强