华北理工大学豆科作物比较基因组学研究获重要进展
3月21日，华北理工大学生命科学学院王希胤课题组在植物科学顶尖杂志《Plant Physiology》 (IF=6.28；中科院JCR分区1区)上发表标题为“Hierarchically aligning 10 legume genomes establishes a family-level genomics platform”的创新性研究成果。 豆科作物是人类粮、油等食品的重要来源之一，具有重要的经济价值，包括大豆、野生花生等10个豆科植物也因此相继完成了全基因组测序，然而，目前缺少一个综合性豆科植物比较基因组学研究平台。论文描述的相关研究对10个豆科植物受反复多倍化影响的复杂基因组结构进行了层级解析，构建了基因组间的与多倍化事件和物种分歧事件相关联的同源基因列表；研究发现大豆最近加倍产生的重复染色体之间基因保留水平具有高度相似性，这一发现支持大豆可能有一个同源四倍体祖先。研究揭示了不同植物的进化速率存在着显著差异，并......阅读全文
华北理工大学豆科作物比较基因组学研究取得进展
华北理工大学生命科学学院王希胤课题组在豆科作物比较基因组学的研究中取得重要进展，相关成果日前发表在《植物生理学》上。 豆科作物是人类粮、油等食品的重要来源之一，具有重要的经济价值，包括大豆、野生花生等10个豆科植物也因此相继完成了全基因组测序，然而，目前缺少一个综合性豆科植物比较基因组学研究平
华北理工大学豆科作物比较基因组学研究获重要进展
3月21日，华北理工大学生命科学学院王希胤课题组在植物科学顶尖杂志《Plant Physiology》 (IF=6.28；中科院JCR分区1区)上发表标题为“Hierarchically aligning 10 legume genomes establishes a family-level
比较基因定位的定义
中文名称比较基因定位英文名称comparative gene mapping定 义不同物种间的同源基因在染色体上定位的过程。应用学科遗传学（一级学科），基因组学（二级学科）
比较基因组杂交方法介绍
比较基因组杂交是将消减杂交、荧光原位杂交相结合，用于检测DNA序列的拷贝数变异并将其定位在染色体上的方法。CGH 只能检测不平衡的染色体改变。结构染色体变异，例如：平衡的相互易位或倒位不能被检测出来，因为拷贝数没有变化。CGH最初设计是用来检测单一副本缺失的，所以它的的区带长度至少5～10Mbarr
比较基因组杂交芯片介绍
比较基因组杂交芯片（Comparative Genomic Hybridization Array）、基于芯片的比较基因组杂交（Microarray-based comparative genomic hybridization）或者阵列比较基因组杂交技术（array comparative gen
比较基因组杂交芯片介绍
比较基因组杂交芯片（Comparative Genomic Hybridization Array）、基于芯片的比较基因组杂交（Microarray-based comparative genomic hybridization）或者阵列比较基因组杂交技术（array comparative g
如何通过qPCR比较不同基因的表达
对同一种样本，针对不同基因采用不同的引物进行qPCR，对于每一个样本还得设置一个内参对照。用每个基因复孔CT值的平均值减去内参的平均值求的δCT，再比较各组基因的表达差异。也可以绝对定量，将稀释的标准品和待测样品同时进行qpcr，通过Ct值根据标准曲线求绝对表达量。
：六大病毒载体技术的比较；不同基因传递方法的比较
病毒载体 经典的病毒载体主要有四类，腺病毒，腺相关病毒，逆转录病毒和慢病毒。他们具备侵染细胞谱广，效率高等特点并广为研究人员熟知。它们的特点总结归纳如表一。 表一：六大病毒载体技术的比较 载体 感染广谱性 靶细胞类型 表达形式 表达时间 免疫原
全基因组的比较基因组杂交技术介绍
Whole-Genome and Custom Fine-Tiling Array CGHComparative Genomic Hybridization (CGH) measures DNA copy number differences between a reference genome a
大规模基因比较助力系谱图研究
Emily和Alan Lemmon希望生物学家可以利用他们的技术绘制系谱图。 Emily Moriarty Lemmon永远不会忘记她在读研究生时，为建立青蛙系谱图而付出的努力。为了了解不同种类青蛙之间如何彼此相关，她需要评估尽可能多的DNA差异，但是时间和资金大大限制了她可以确定和测试的
蓝藻和叶绿体基因组的比较研究
原核的蓝藻和真核植物（包括其他藻类）中的叶绿体，都同样进行放氧的光合作用，这为人类和整个生物界提供了赖以生存的食物、氧气、能源和原料。对叶绿体和蓝藻的细胞结构和分子生物学特性作分析，证明真核生物的叶绿体可能起源于蓝藻祖先的内共生。这使蓝藻在20多年来已成为光合作用研究的模式生物。 蓝藻基因组的
敲降斑马鱼基因的方法学比较
一、基因敲降的前期准备工作相同 1.1 生物信息学分析目标基因在斑马鱼早期胚胎发送过程中是否有表达。 1.2 收集斑马鱼早期发育胚胎（通常为48 hpf前的胚胎），提取总RNA，然后进行体外转录（RT）。 1.3 设计检测目标基因表达的PCR引物，以1.2获得的cDNA为模板，
蓝藻和叶绿体基因组的比较研究
原核的蓝藻和真核植物（包括其他藻类）中的叶绿体，都同样进行放氧的光合作用，这为人类和整个生物界提供了赖以生存的食物、氧气、能源和原料。对叶绿体和蓝藻的细胞结构和分子生物学特性作分析，证明真核生物的叶绿体可能起源于蓝藻祖先的内共生。这使蓝藻在20多年来已成为光合作用研究的模式生物。蓝藻基因组的作图和测
蓝藻和叶绿体基因组的比较研究
原核的蓝藻和真核植物（包括其他藻类）中的叶绿体，都同样进行放氧的光合作用，这为人类和整个生物界提供了赖以生存的食物、氧气、能源和原料。对叶绿体和蓝藻的细胞结构和分子生物学特性作分析，证明真核生物的叶绿体可能起源于蓝藻祖先的内共生。这使蓝藻在20多年来已成为光合作用研究的模式生物。蓝藻基因组的作图和测
蓝藻和叶绿体基因组的比较研究
蓝藻和叶绿体基因组的比较研究原核的蓝藻和真核植物（包括其他藻类）中的叶绿体，都同样进行放氧的光合作用，这为人类和整个生物界提供了赖以生存的食物、氧气、能源和原料。对叶绿体和蓝藻的细胞结构和分子生物学特性作分析，证明真核生物的叶绿体可能起源于蓝藻祖先的内共生。这使蓝藻在20多年来已成为光合作用研究的模
敲降斑马鱼基因的方法学比较
一、基因敲降的前期准备工作相同 1.1 生物信息学分析目标基因在斑马鱼早期胚胎发送过程中是否有表达。 1.2 收集斑马鱼早期发育胚胎（通常为48 hpf前的胚胎），提取总RNA，然后进行体外转录（RT）。 1.3 设计检测目标基因表达的PCR引物，以1.2获得的cDNA为模板，
蓝藻和叶绿体基因组的比较研究
原核的蓝藻和真核植物（包括其他藻类）中的叶绿体，都同样进行放氧的光合作用，这为人类和整个生物界提供了赖以生存的食物、氧气、能源和原料。对叶绿体和蓝藻的细胞结构和分子生物学特性作分析，证明真核生物的叶绿体可能起源于蓝藻祖先的内共生。这使蓝藻在20多年来已成为光合作用研究的模式生物。 蓝藻基因组的
什么是基因疫苗？与传统疫苗的比较
传统疫苗在过去的一个多世纪以来为提高人类健康水平做出了重大贡献，消灭或极大地抑制了诸如天花、水痘、麻疹和肺结核等一系列疾病的传播。然而，面对新世纪以来频繁爆发的各种新疫情，传统疫苗存在一系列不足，尤其是传统疫苗在生产中时常需要大量培养和分离病原体，这既耗费时间又对生产工艺提出了很高要求。因此，疫苗研
敲降斑马鱼基因的方法学比较
一、基因敲降的前期准备工作相同1.1 生物信息学分析目标基因在斑马鱼早期胚胎发送过程中是否有表达。1.2 收集斑马鱼早期发育胚胎（通常为48 hpf前的胚胎），提取总RNA，然后进行体外转录（RT）。1.3 设计检测目标基因表达的PCR引物，以1.2获得的cDNA为模板，进行PCR扩增，确认目标基因
六大病毒载体技术的比较；不同基因传递方法的比较－二
为什么是shRNA？外源导入的siRNA结合RISC复合物的能力要比shRNA低10倍，虽然将siRNA的长度增加到29-30 nt可以增加结合RISC复合物的效率，但也增加了off target效应，引起更多的非专一性基因干扰。shRNA由于模拟microRNA的作用通路，所以相比siRNA其基因
六大病毒载体技术的比较；不同基因传递方法的比较－一
病毒载体经典的病毒载体主要有四类，腺病毒，腺相关病毒，逆转录病毒和慢病毒。他们具备侵染细胞谱广，效率高等特点并广为研究人员熟知。它们的特点总结归纳如表一。表一：六大病毒载体技术的比较 载体感染广谱性靶细胞类型表达形式表达时间免疫原性外源片段容量(Kb)滴度(TU/ml)缺点腺病毒载体高分裂和非分裂非
细胞遗传学——比较基因组杂交(CGH)
· Comparative Genomic Hybridization (CGH) CGH is a molecular Cytogenetic method of screening a tumor for genetic changes. The alterations are
新算法比较分析可搜索癌症基因突变
桑福德伯翰医学研究所(Sanford Burnham Prebys Medical Discovery Institute,SBP)承担了前所未有的对一个新兴算法类别的比较分析，该算法通过聚焦内部基因结构，在癌症数据库中挖掘遗传信息（即亚基因像素算法），这与专注于基因视其为单个单元的经典方法形成
榕属叶绿体基因组比较研究获进展
近年来，叶绿体基因组因基因组小、突变率和重组率低的特点，被广泛用于植物系统发育、分子进化、谱系地理学的研究。榕属（Ficus）作为桑科的最大属，且是热带雨林的关键物种，而其系统发育关系仍需进一步研究。榕属物种具有多样的生态型，体现了对不同生境的高度适应性。尽管近年来关于榕属叶绿体基因组的研究有所
不同植物SBPbox基因家族的比较分析
实验概要本研究利用生物信息学资源和工具，对双子叶和单子叶模式生物拟南芥和水稻中的SBP-box基因家族进行了比较分析。利用两个物种的SBP-box基因编码的蛋白质序列构建了系统发生树。在系统发生树的末端节点上鉴定出12对旁系同源基因。利用非同义替换率与同义替换率(KalKs)分析了同源基因分离之后所
基因芯片与RNAseq的比较分析
最近几年二代测序（又叫NGS）很火，而且价格越来越便宜，原来都用芯片检测mRNA、miRNA、LncRNA表达量的，好像不少都换用RNA-seq了。那么，到底选择哪种更好呢？今天就来回答下这个问题。一句话—— 看研究目的。 常见误区一： 测序的准确性高，获得的信息更丰富 对，但又不对。
PNAS：比较基因组分析揭示熊猫遗传奥秘
中国科学院动物研究所的魏辅文研究员长期从事濒危动物保护生物学研究，是大熊猫和小熊猫保护生态学等领域的权威科学家，2006年有关大熊猫分子生态学的研究成果曾入选了年度美国Discover杂志12大生物科技新闻，去年其研究组还在Science上发文揭示大熊猫维持异常低能量代谢的机制。最新一期的《美国
基因芯片与RNAseq的比较分析
基因芯片 vs RNA-seq哪个好 ？最近几年二代测序（又叫NGS）很火，而且价格越来越便宜，原来都用芯片检测mRNA、miRNA、LncRNA表达量的，好像不少都换用RNA-seq了。那么，到底选择哪种更好呢？今天就来回答下这个问题。一句话—— 看研究目的。常见误区一：测序的准确性高，获得的信息
Nature发布比较基因组学研究重要发现
来自杜克大学医学院、Brigham妇女医院和哈佛医学院的研究人员，发现了一个机制可以解释：一些遗传突变在一种基因组中会致病，而在另一种基因组中则为良性的原因。 在发表于6月29日《自然》（Nature）杂志上的研究论文中，研究人员比较了成千上万的人类致病突变与大约100个动物物种的相似序列。
北京基因组所开发出比较群体基因组学新算法
随着基因组测序技术的发展，物种和群体水平基因组数据呈指数增长。这些数据为在基因组水平鉴定和解析自然选择机制提供了机遇。然而，目前的分析方法面临着技术瓶颈和挑战。其中，关键问题是如何高效准确地检测作用于非编码区的自然选择效应。同时，能够高效、高性能地分析多物种大样本数据，成为方法学方面的迫切要求。