海生院发现NF90／NF110对环形RNA表达调控和功能作用新机制
6月15日，国际学术期刊《分子细胞》（Molecular Cell）在线发表了中国科学院－马普计算生物学研究所杨力研究组和中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所陈玲玲研究组关于环形RNA（circRNA）研究的最新进展：Coordinated circRNA biogenesis and function with NF90/NF110 in viral infection。该研究通过全基因组筛选发现了一系列与环形RNA生成加工等密切相关的反式作用蛋白因子，包括与抗病毒免疫相关的NF90和NF110等，揭示其通过结合两侧内含子配对序列进而促进环形RNA产生的机制，并阐明环形RNA通过与NF90/NF110的竞争性结合在抗病毒免疫过程中发挥重要功能作用。 研究组系统揭示了顺式元件－内含子互补配对序列对环形RNA表达的关键作用（Zhang et al., Cell 2014； Zhang et al., Cel......阅读全文
单细胞的可靠全基因组扩增
目前多种新型分析技术，如新一代测序和芯片，都是为细胞群体而设计的，需要一定的样本量。对于一些临床或法医样本，如肿瘤细胞或循环胎儿细胞等，它们的细胞数量有限，直接限制了其下游应用。例如，在分析肿瘤细胞中的体细胞DNA突变或单个细菌基因组时，单细胞中的DNA无法满足测序的mg级样品量需求。为了从少量样品
我国率先完成菊花全基因组测序
中国中医科学院中药研究所和安利植物研发中心对外发布消息称，由他们共同发起的科研团队，在菊花全基因组计划获重大进展的同时，还完成了重要的药用菊花品种——杭白菊的全长转录组遗传信息发掘。此举使我国成为世界上首次完成菊属植物菊花全基因组测序的国家。 据了解，菊属植物染色体结构复杂，包含从2n=18到
简述全基因组测序的技术路线
全基因组测序的技术路线：提取基因组DNA，然后随机打断，电泳回收所需长度的DNA片段（0.2~5Kb），加上接头, 进行DNA簇（Cluster）制备，最后利用Paired-End（Solexa）或者Mate-Pair（SOLiD）的方法对插入片段进行测序。然后对测得的序列组装成Contig，通
中国树鼩全基因组解析完成
中科院昆明动物研究所张云研究员课题组与深圳华大基因研究院合作，解析了新型实验动物中国树鼩的全基因组，系统评估了树鼩作为药物研发实验动物的特征和优势。研究近日发表于《公共科学图书馆·综合》。 研究不仅为中国树鼩用于新药研发的药效学、药理学和毒理学评价提供了系统的基础信息数据和科学依据，而且揭示了
关于全基因组测序的应用介绍
全基因组测序的应用：通过生物信息手段，分析不同个体基因组间的结构差异，同时完成SNP及基因组结构注释。 DNA突变可诱发癌症。吸烟过程中所释放的>60种致癌化学物质可与DNA结合并对DNA链上的鸟嘌呤和腺嘌呤进行化学修饰从而产生大的加合物，该加合物改变了DNA双螺旋的结构，如果不被核苷酸剪切修复
关于全基因组测序的内容介绍
1998年，克莱格·凡特的塞雷拉基因组公司成立，而且宣布将在2001年完成测序工作。随后国际团队也将完成工作的期限提前。2000年6月26日，塞雷拉公司的代表凡特，以及国际合作团队的代表弗朗西斯·柯林斯（Francis Collins），在美国总统柯林顿的陪同下发表演说，宣布人类基因组的概要已经
白菜甘蓝油菜全基因组序列测定
由中国科学家领衔的白菜、甘蓝和油菜全基因组测序项目取得阶段性重大成果,获得了白菜全基因组的精细图,甘蓝和油菜全基因组的框架图。 研究表明，白菜、甘蓝和油菜的基因组大小分别约为5亿、6.5亿和11亿个碱基对,白菜和甘蓝含有的基因总数目分别约4.2万和4.5万个,油菜基因覆盖度85%以上。该
“863”肿瘤全基因组研究获进展
7月14日，“十一五”国家“863”重大专项“食管癌全基因组关联分析和药物基因组学研究”和“肺癌全基因组关联分析和药物基因组学研究”成果汇报会在京召开。 日前，遗传学权威期刊《自然—遗传学》刊登了我国科学家食道癌和肺癌研究的重要进展。由中国医学科学院肿瘤研究所分子肿瘤学国家重点实验室教授林东昕
我国率先完成枣树全基因组测序
在科技部“十一五”和“十二五”科技支撑计划项目的持续资助下，河北农业大学刘孟军教授研究团队在世界上率先完成了枣树的高质量全基因组测序，组装出总长4.38亿个碱基的枣基因组序列，达估测基因组的98.6%，使枣树成为世界鼠李科植物（近千种）和我国干果树种中第一个完成基因组测序的物种。 相关论文
研究人员开发环形RNA定量和剪接体转换识别新方法
2020年1月3日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队在《自然-通讯》（Nature Communications）杂志上发表题为Accurate quantification of circular RNAs identifies extensive circular isoform sw
RNA甲基化调控基因出核新机制
中国科学院北京基因组研究所精准基因组医学重点实验室及遗传与发育协同创新中心杨运桂研究组和郑州大学第一附属医院生殖与遗传专科医院孙莹璞研究组、中国科学院生态环境研究中心汪海林研究组合作研究，揭示了m5C（5-甲基胞嘧啶）修饰在mRNA的分布图谱规律及其对调控mRNA出核作用新机制。该研究成果以5-
基因组所肝癌全基因组合作研究取得新进展
近日，由中国科学院北京基因组研究所所长吴仲义及其科学团队与国立台湾大学医学院陈定信院士、陈培哲院士共同合作开展的“肝癌癌症基因组合作研究”计划获最新进展，相关学术论文在在最新出版的PNAS杂志上发表。 “肝癌癌症基因组合作研究”计划于2009启动，作为基因组所一项长期的癌症基因
自然子刊：揭示基因组编辑新机制
中国科学院上海生命科学研究院（人口健康领域）中科院-马普学会计算生物学伙伴研究所杨力研究组与上海科技大学陈佳研究组、南京医科大学沈彬研究组合作研究揭示了胞嘧啶脱氨酶（APOBEC）在CRISPR/Cas9引发的DNA断裂修复过程中产生突变的新机制，为进一步提高基因组编辑保真度提供了新思路。 C
从总－RNA－中除去基因组－DNA－实验
试剂、试剂盒 变性（甲醛)琼脂糖凝胶琼脂糖蒸馏水甲醛蒸馏水乙醇 甲醛MOPS 缓冲液乙二胺四乙酸MOPS乙酸钠酚 氯仿（3:1) 溶液氯仿液体酚Tris-HCl电泳缓冲液仪器、耗材 离心机和转头离心管配胶板微波炉实验步骤 一、材料1. 缓冲液、溶液和试剂变性（甲醛)琼脂糖凝胶（配制过程见第 18步）
从总－RNA－中除去基因组－DNA－实验
为了进行 FDD 基因表达的分析，以及使用任何其他基于 RNA 的基因表达技术，在反转录合成单链 cDNA 和后续的 PCR 操作之前，必须除掉污染的基因组 DNA。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。试剂、试剂盒变性（甲醛)琼脂糖凝胶琼脂糖蒸馏水甲醛蒸馏水乙醇甲醛MOPS
从总－RNA－中除去基因组－DNA－实验
从总 RNA 中除去基因组 DNA 实验 试剂、试剂盒 变性（甲醛)琼脂糖凝胶 琼脂糖 蒸馏
如何选择最佳的全血DNA、RNA提取方法？
从全血中提取DNA和RNA应该说是最基本的工作了，提取的DNA和RNA质量的好坏直接影响了下游的实验和分析，可供选择的方法非常多，乱花渐欲迷人眼，如何选择最适合的方法，成了很多人实验开始前最难以抉择的事情。我们从两个方面，层层剥茧，分析最佳的实验方法。 1、全血的采集保存和DNA的提取I. 用含抗凝
林文楚课题组等发现环形RNA具有抑制胃癌转移的新功能
近日，中国科学院合肥物质科学研究院强磁场科学中心林文楚课题组在环形RNA参与胃癌转移研究中取得重要进展，相关研究成果以CircURI1 interacts with hnRNPM to inhibit metastasis by modulating alternative splicing i
陈玲玲团队利用AAV递送环形RNA适配体，治疗阿尔茨海默病
酒，是人类文明的产物，酒文化伴随着整个人类文明的发展而不断壮大。何以解忧？唯有杜康。无论是悲欢，还是离合，酒从不缺席。有趣的是，古有温酒斩华雄，今有冰啤加烧烤，关于饮酒的最适温度一直广为争论，就像豆腐脑是吃咸还是甜，这一问题长期争吵不休而没有定论。 2024年5月1日，中国科学院理化技术研究所
科学家揭示内含子来源环形RNA新分子及转录调控功能机制
9月27日，国际学术期刊《分子细胞》(Molecular Cell)发表了中科院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所陈玲玲组与计算生物学所杨力组的最新合作研究论文，发现来源于基因内含子区域的环形RNA新分子，揭示其成环机制及在基因转录调控中的重要功能。 众所周知，人类基因组中存
Nature－Genetics：全基因组测序的诊断价值
根据《Nature Genetics》上发表的一项新成果，全基因组测序有望用于临床上的遗传病诊断。这项研究评估了影响全基因组测序在临床诊断中取得成功的因素。 这个国际研究小组由英国的研究人员领导，对156个病例或家庭开展了临床基因组测序。这些病例有着遗传疾病的特征，但无法通过之前的筛查检测来
全基因组设计培育高产优质抗病粳稻
近日，江苏里下河地区农业科学研究所李爱宏团队联合中国农业科学院植物保护所宁约瑟团队、扬州大学杨泽峰团队在《基因组生物学》发表研究论文。 该研究收集了我国江苏省、浙江省和山东省等地大面积推广的198份粳稻品种并进行基因组重测序分析，解析了华中地区优良粳稻品种的基因组信息和优势基因位点的遗传学
芝麻大规模全基因组关联分析完成
由中国农科院油料所张秀荣研究员领衔的芝麻与特色油料遗传育种创新团队，与中科院国家基因研究中心等单位合作，在国际上率先完成了芝麻高密度单倍型图谱构建、主要农艺性状大规模全基因组关联分析。10月19日，国际知名期刊《自然·通讯》杂志在线发表了上述研究成果。 该研究得到973、国家自然科学基金、中国
动物全物种基因组测序仍有很大空白
近日，美国华盛顿州立大学领导的一项研究发现，目前对动物基因组进行的测序多数集中在与人类相似的动物上，研究人员警告称，该现状可能会忽视大量的生物多样性和机会。相关研究结果发表于美国《国家科学院院刊》。 研究人员分析发现，近3300种动物的基因组已被测序。虽然动物物种测序工作一直在进行，但与世界
全基因组测序提高罕见病诊断率
每4300人中就有1人患有线粒体疾病，并会导致进行性的不治之症。这种疾病是最常见的遗传疾病之一，但对临床医生来说很难诊断，这是因为它们可以影响许多不同的器官，并与许多其他疾病相似。而其中40%的患者未能被目前的基因检测制度诊断。 近日，英国研究人员的一项新研究为尚不能被确诊的患者带来了希望。该
Science：全基因组测序探究疟疾传播机制
近日，发表在国际杂志Science上的一篇研究论文中，来自加拿大西蒙弗雷泽大学等处的研究人员对可传播疟疾的16种按蚊进行了遗传测序，从而为揭示人类为何对其易感提供了新的思路和线索。 文章中，研究者Cedric Chauve表示，我们利用计算机方法来重新构建蚊子祖先的基因组，并且分析在过去1亿年
全基因组测序提高罕见病诊断率
每4300人中就有1人患有线粒体疾病，并会导致进行性的不治之症。这种疾病是最常见的遗传疾病之一，但对临床医生来说很难诊断，这是因为它们可以影响许多不同的器官，并与许多其他疾病相似。而其中40%的患者未能被目前的基因检测制度诊断。 近日，英国研究人员的一项新研究为尚不能被确诊的患者带来了希望。该研
全基因组及转录组测序案例分析
案例：应用全基因组测序和 RNA 测序来描绘常见的变异型免疫缺陷综合症（CVIDs）的基因图谱 背景：常见的变异型免疫缺陷综合症（CVIDs）是机体免疫应答反应中不能产生抗体的最主要原因。CVIDs 变异度很高，大概 5% 的病人是由基因改变引起的。 目的：利用 Illumina HiSeq25
又一灭绝物种全基因组数据解析
日前，吉林大学考古学院蔡大伟教授团队与西北农林科技大学动物科技学院姜雨教授团队在马属动物古DNA研究领域取得重要进展。该研究在国际上首次成功获取已灭绝马属动物奥氏马的高质量全基因组数据，重建了马属动物的演化历史。 马科动物自古以来就与人们的关系密切,对人类社会文明的发展产生了重大影响。中国家马起源
草鱼全基因组序列图谱绘制完成
近日，记者从中国科学院水生生物研究所获悉，该所鱼类功能基因组学学科组负责的草鱼全基因组序列图谱绘制完成。该成果由水生生物研究所、中国科学院国家基因研究中心和中山大学等机构合作完成，相关研究成果于5月4日在线发表于《自然—遗传学》杂志。 据该所研究员汪亚平介绍，该研究采用鸟枪法测序策略，分别对一