Nature：CRISPRa截然不同的非编码调控序列分析技术
来自加州大学旧金山分校的一组研究人员修改了现有的基因编辑CRISPR技术，用以来寻找增强子，他们的方法并不是编辑增强子，令其发挥作用，而是利用一种称为CRISPRa（CRISPR activation）的工具，搜寻影响T细胞免疫细胞发育的一种基因的增强子。这项研究发现将有助于解析自身免疫疾病，如炎性肠病（IBD）和克罗恩病的病理机制。 这一研究成果公布在8月30日的Nature杂志上，由加州大学旧金山分校的Alexander Marson博士，以及加州大学伯克利分校的Jacob Corn博士这两位助理教授领导完成。这两位科研人员是随着CRISPR技术共同成长的一批科学家，他们曾参与发表了多项CRISPR重要研究，比如Alexander Marson曾领导完成设计出了一种基于基因组编辑系统CRISPR/Cas9的新策略来精确改造人类T细胞，为开展T细胞功能研究提供了一个万能的新工具；Jacob Corn对CRISPR-Cas......阅读全文
Cell：两项研究聚焦“超级增强子”
近日，麻省理工白头研究所和哈佛丹娜法伯癌症研究所以及冷泉港实验室这三家知名的研究机构的科学家惊讶地发现，一组称作“超级增强子”( super-enhancer)的强有力基因调控子，它们控制了细胞的状态和特性。相关两个研究论文刊登在了近期出版的《细胞》(Cell)杂志上。 研究发现，健康
关于增强子序列的基本信息介绍
增强子序列是含两组72bp串联(顺向)重复序列，核心部分为TGTGGAATTAG。增强子是指能使和它连锁的基因转录频率明显增加的DNA序列。发现的增强子多半是重复序列，一般长50bp，通常有一个8—12bp组成的“核心”序列，如SV40增强子的核心序列是5’—GGTGTGGAAAG—3’。
任兵教授利用CRISPR发现新型增强子
人类基因组只有不到2%编码蛋白质，因此解析非编码DNA的功能是一个很大的挑战。科学家们已经通过分析DNA甲基化、染色质修饰、核酸酶敏感性、转录因子结合，在人类基因组中预测了数百万个调控序列，但只有少数序列在天然条件下得到证实。 加州大学的研究团队为此开发了基于CRISPR/Cas9的高通量筛选
科学家尝试破解基因增强子之谜
基因可能是细胞核中的主角，但如果没有强有力的配角阵容，它们也将永远无法发光。随着DNA调控剂（增强子）的延展，将帮助基因在正确的时间和位置启动。尽管研究人员像狗仔队追踪好莱坞明星一样详细调查了基因，增强子依然身处幕后，其工作原理仍然成谜。不过，近日举行的遗传学会议可能将改变现状：研究人员描述了
顺式作用元件的结构增强子的介绍
增强子是远离转录起始点、决定基因的时间、空间特异性表达、增强启动子转录活性的DNA序列，其发挥作用的方式通常与方向、距离无关，可位于转录起始点的上游或下游。从功能上讲，没有增强子存在，启动子通常不能表现活性；没有启动子时，增强子也无法发挥作用。 增强子最早是在SV40病毒中发现的长约200bp
关于增强子序列的相关研究分析介绍
观测位于HPV16 LCR序列YY1结合位点上游的组织特异性增强子序列对YY1蛋白的启动子P97抑制作用的影响。 方法构建带有不同长度的HPV16野生株、启动子远端YY1位点突变株、启动子近端YY1位点突变株的5′端LCR缺损序列的荧光素酶报导质粒，以及不同长度的近端YY1/SP1重叠结合位点基
顺式作用元件的结构增强子的特点介绍
（1）增强子可提高同一条DNA链上基因转录效率，可以远距离作用，通常距离l～4kb，个别情况下离开所调控的基因30kb仍能发挥作用，而且在基因的上游或下游都能起作用。 （2）增强子作用与其序列的正反方向无关，将增强子方向倒置依然能起作用。而将启动子倒置就不能起作用，可见增强子与启动子是很不相同
《Cell》：lncRNAs开辟增强子生物学新时代
长链非编码RNAs(long noncoding RNAs ，LncRNAs)是在真核生物中发现的一类长度大于200个核苷酸、没有长阅读框架、但往往具有mRNA结构特征的RNA。LncRNAs在基因组中存在普遍的转录现象，但较之编码蛋白质的基因，往往表达水平比较低。LncRNAs自身的表达水
简述顺式作用元件结构增强子的作用原理
增强子的作用原理：一种观点认为，增强子为转录因子提供进入启动子区的位点。另一种认为，增强子能改变染色质的构象。因为增强子区域容易发生从B—DNA到Z—DNA的构象变化。
Nature子刊：鉴定增强子全新方法
增强子是能够加强特定基因表达的DNA序列。日期，劳伦斯伯克利国家实验室(Berkeley Lab)的研究团队，开发了一个能在人类和其他哺乳动物基因组中鉴定基因增强子的新技术。文章于三月二十三日发表在Nature Methods杂志的网站上。 这一技术被称为SIF-seq(site-sp
CRISPR功能研究入门指南
基因组测序让我们意识到，人类基因组只有一小部分被翻译成蛋白质。其实我们基因组的80%会转录成RNA，但这些转录本大多不生成蛋白质。近年来人们发现非编码RNA往往与人类疾病有关，不过绝大多数非编码RNA的功能还是未知的。CRISPR/Cas9在这方面可以起到重要的作用。 CRISPR激活（CRI
拟南芥超级增强子鉴定与功能验证研究获进展
近日，东北地理所农田有害生物控制学科组孟凡立研究员团队与美国密歇根州立大学（Michigan State University）Jiming Jiang团队和英国约翰英纳斯中心（John Innes Centre）Anne Osbourn团队合作，在国际权威SCI期刊PROCEEDINGS OF
挑战“诺奖技术”，CRISPR可“生产”多能干细胞
图片来源：Nature Communications7月6日，发表在Nature Communications杂志上题为“Human pluripotent reprogramming with CRISPR activators”的研究中，由赫尔辛基大学Timo Otonkoski博士带领的团队首
Nat－Genet：新方法揭示基因“增强子”的工作机理
来自日本理化研究所（RIKEN）综合医学科学中心和肿瘤分子研究所(IFOM)的研究人员与京都大学、卡罗林斯卡研究所和DNAFORM的合作者一起开发出了一种被称为NET-CAGE的新技术，揭示了基因组中被称为增强子的非编码基因的结构，增强子可以激活特定基因的功能。基因组的这些部分曾经被认为是不重要
一种全新肿瘤发生机制：增强子劫持
肿瘤细胞中有着大量的基因组结构变异（Structural Variation/SV），比如基因组的缺失、重复、倒位、异位等。一些很重要的结构变异已被证明和肿瘤的发生息息相关，并被用于肿瘤的分型与预后诊断，成为设计靶向治疗药物的重要依据。然而过去的研究大多数集中在SV介导的融合基因，比如由白血病中
高效的基于相分离蛋白辅助的CRISPR转录激活工具
CRISPR-Cas9（Clustered regularly interspaced short palindromic repeats-CRISPR-associated proteins）系统已被广泛用于许多不同生物体的基因组工程和转录调控，一系列报道证明基于转录激活因子与CRISPR-C
增强子转录在小麦基因表达调控中的作用获揭示
广州大学分子遗传与进化创新研究中心董志诚团队与复旦大学、中国科学院分子植物科学卓越创新中心张一婧团队合作，首次报道了植物中的增强子转录，初步阐释了增强子转录在小麦基因表达调控中的作用。相关研究近日发表于《基因组生物学》（Genome Biology）。 增强子是一种40
为什么增强子对启动子没有专一性
（1）增强子可提高同一条DNA链上基因转录效率，可以远距离作用，通常距离l～4kb，个别情况下离开所调控的基因30kb仍能发挥作用，而且在基因的上游或下游都能起作用。 （2）增强子作用与其序列的正反方向无关，将增强子方向倒置依然能起作用。而将启动子倒置就不能起作用，可见增强子与启动子是很不相同
增强子转录在小麦基因表达调控中的作用获揭示
广州大学分子遗传与进化创新研究中心董志诚团队与复旦大学、中国科学院分子植物科学卓越创新中心张一婧团队合作，首次报道了植物中的增强子转录，初步阐释了增强子转录在小麦基因表达调控中的作用。相关研究近日发表于《基因组生物学》（Genome Biology）。 增强子是一种40
基因组精确注释新方法：增强子鉴定新技术
近日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所动物功能基因组学创新团队研发出增强子鉴定新技术。该技术与传统技术相比，平均分辨率提高了约10倍，为基因组的精确注释提供了新方法。相关研究成果发表在《核酸研究》（Nucleic Acids Research）上。 增强子是一种基因组非编码区的顺式调控元件，
“超级增强子”调控关键基因－科学家为其编目录
据物理学家组织网10月10日报道，最近，美国怀特黑德生物医学研究所科学家发现了一套称为“超级增强子”的基因调控器，能控制、影响人类和小鼠的大量细胞型。研究人员指出，超级增强子富集在基因组的变异区，而这些变异区与多种疾病谱系密切相关，所以它们最终可能在疾病诊断与治疗方面发挥重要作用。相关论文在线发
自然通讯：利用CRISPR将皮肤细胞转变为多能干细胞
近日，来自芬兰、瑞士、英国的一个研究小组在《自然-通讯》上发表文章，首次通过激活细胞自身的基因，成功将皮肤细胞转化为多能干细胞。据报道，该研究小组使用了一类CRISPRa基因编辑技术，该技术不切割DNA，可以在不改变基因组的情况下激活基因表达。到目前为止，只有通过向皮肤细胞内人工引入一组名为Ya
Science：保守再生反应性增强子竟影响脊椎动物再生能力
在一项新的研究中，来自美国斯托瓦斯医学研究所、霍华德-休斯医学研究所和斯坦福大学的研究人员发现保守的与两种鱼类的尾部再生有关的再生反应性增强子（regeneration-responsive enhancer）。相关研究结果近期发表在Science期刊上，论文标题为“Changes in reg
遗传发育所等发现增强子调控茉莉酸信号途径的机理
增强子是真核细胞调控基因转录的重要元件。在模式动物中，增强子与相应的基因启动子通过形成染色质环在物理上相互靠近，从而精确调控基因的时空特异性表达。然而目前在植物中，如何界定特定基因的启动子和增强子元件尚未明确，特定生理途径中增强子的系统鉴定未见报道，增强子与启动子之间染色质环的形成及其作用机理也
CRISPR技术如何助力癌症研究
在美国癌症研究学会（AACR）的新一届年会上，不少研究人员介绍了他们如何利用当下热门的CRISPR技术来研究癌症并寻找治疗方法。 据Whitehead研究所的首席研究员David Sabatini介绍，他们实验室利用CRISPR筛选癌细胞系，以搜索目标基因，并确定致癌通路的组分。 研究人员利
科学家发现功能增强子导致染色体外致癌基因扩增
近日，美国克利夫兰凯斯综合癌症中心等科研机构的科研人员在Cell上发表了题为“Functional Enhancers Shape Extrachromosomal Oncogene Amplifications”的文章，发现功能增强子导致染色体外致癌基因扩增 跨越致癌基因边界的非编码区扩增一
CAR增强子！让CART细胞更强、更持久，有效防止肿瘤复发
嵌合抗原受体T细胞疗法（CAR-T）作为一种单独疗法或与其他疗法联合使用，正在广泛研究用于各种实体瘤、血液系统恶性肿瘤和自身免疫性疾病的治疗。目前，美国FDA已批准6款CAR-T细胞疗法上市，其中4款靶向CD19，用于治疗B细胞白血病和淋巴瘤，2款靶向BCMA，用于治疗多发性骨髓瘤。 BCMA
脑细胞类型中增强子遗传变异或预测精神/神经疾病风险
可能有人认为，大多数遗传相关疾病的主要原因来自编码DNA的突变---基因组编码区域的改变可以直接导致对健康人体重要的特定蛋白的表达发生变化。但是，人类DNA的大部分是非编码DNA，即不直接翻译成功能性蛋白的DNA区域。这些非编码DNA区域包含称为增强子的调节性序列元件，这些序列元件可以改变特定蛋
岳峰课题组揭示“增强子劫持/共扩增”在脂肪肉瘤中
脂肪肉瘤（Liposarcoma）是成年人中一种常见的软组织肿瘤， 常常出现在四肢、腹腔和胸腔等部位。这种癌症目前缺乏有效的治疗方法，因此寻找其病因和治疗靶点非常重要。近年来，研究发现脂肪肉瘤中存在巨大染色体以及大量拷贝数变异[1]。然而，这些基因组上的变异与失控的癌基因转录调控有何关联尚不清楚
研究人员揭示超级增强子动态甲基化调控转录异质性
CpG DNA甲基化早在70年代就被提出是一种用来控制基因表达的DNA化学修饰，而我们对DNA甲基化在基因组不同区域的具体功能，在疾病、发育过程中所扮演的具体角色，以及控制基因表达的详细机理，直到今天并没有全面详细的认知。 2019年8月15日，美国Whitehead研究所Rudolf Jae