Nature：CRISPRa截然不同的非编码调控序列分析技术
来自加州大学旧金山分校的一组研究人员修改了现有的基因编辑CRISPR技术，用以来寻找增强子，他们的方法并不是编辑增强子，令其发挥作用，而是利用一种称为CRISPRa（CRISPR activation）的工具，搜寻影响T细胞免疫细胞发育的一种基因的增强子。这项研究发现将有助于解析自身免疫疾病，如炎性肠病（IBD）和克罗恩病的病理机制。 这一研究成果公布在8月30日的Nature杂志上，由加州大学旧金山分校的Alexander Marson博士，以及加州大学伯克利分校的Jacob Corn博士这两位助理教授领导完成。这两位科研人员是随着CRISPR技术共同成长的一批科学家，他们曾参与发表了多项CRISPR重要研究，比如Alexander Marson曾领导完成设计出了一种基于基因组编辑系统CRISPR/Cas9的新策略来精确改造人类T细胞，为开展T细胞功能研究提供了一个万能的新工具；Jacob Corn对CRISPR-Cas......阅读全文
大鼠CAAT区增强子结合蛋白β(C;EBPβ)ELISA试剂盒说明书
大鼠CAAT区;增强子结合蛋白β(C;EBPβ)ELISA试剂盒试验原理：大鼠CAAT区;增强子结合蛋白β(C;EBPβ)ELISA试剂盒是固相夹心法酶联免疫吸附实验（ELISA）.已知待测物质浓度的标准品、未知浓度的样品加入微孔酶标板内进行检测。先将待测物质和生物素标记的抗体同时温育。洗涤后，加入
研究可视化观察增强子和启动子的动态运动控制基因活性
尽管密集地排列在细胞核中，但储存我们遗传信息的染色体总是处于运动状态。这使得染色体的特定区域能够被接触到，从而激活一些基因。在一项新的研究中，来自奥地利科技学院、美国普林斯顿大学和法国巴斯德研究所的研究人员可视化观察这一动态过程，并对DNA的物理特性提出了新的见解。相关研究结果发表在2023年6
中国科学家实现灵长类动物基因定向敲除
这是两只运用CRISPRA/Cas9技术成功实现基因靶向修饰的食蟹猴(1月10日摄)。 记者从云南省科技厅获悉，经过近一年的努力，中国科学家在云南昆明成功培育了多只被去除特定基因的猴子，实现了基因靶向修饰技术在灵长类动物身上的应用，并于近期在国际权威学术刊物发表了相关成果，将为人类遗传疾病
发现小鼠耳蜗中三个Atoh1增强子协同调控听觉毛细胞发育
8月5日，《美国国家科学院院刊》（PNAS）在线发表了题为《三个不同的Atoh1增强子协同调控声音受体毛细胞发育》的研究论文。该研究由中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心（神经科学研究所）、神经科学国家重点实验室、上海脑科学与类脑研究中心刘志勇研究组与中科院遗传与发育生物学研究所陆发隆研究组合
研究证明增强子活性的维持不依赖H3K27乙酰化修饰
2月21日，Genome Biology 在线发表了中国科学院生物物理研究所朱冰课题组的研究论文“Histone H3K27 acetylation is dispensable for enhancer activity in mouse embryonic stem cells”。组蛋白H3
科学家识别出人类巨噬细胞炎性增强子的“守卫蛋白”—EGR1
近日，一项刊登在国际杂志Science Advances上的研究报告中，来自美国威斯达研究所等机构的科学家们通过研究发现，一种在血细胞发育期间能开启和关闭特殊基因表达的蛋白—EGR1（早期生长应答因子1，Early Growth Response 1）或能抑制巨噬细胞中促炎性基因的表达。作为保护
CRISPR新成果：－针对长链非编码RNA的完全敲除高通量筛选
之前的方法在效率、质量（假阳性、假阴性）上各有欠缺：比如CRISPRi的方法只能实现基因表达抑制而不是完全敲除，CRISPRa的方法只能上调基因表达，无法对基因不可或缺的作用实施筛选评估。大片段删除的策略由于步骤的繁琐，也限制了其在更大规模上得到应用。 作为强大的基因编辑工具，CRISPR/C
新型免疫疗法有望治疗癌症
近日，耶鲁大学的研究团队开发了一种新的癌症免疫疗法，可利用CRISPR技术激活多个癌症相关内源基因，帮助人体免疫系统识别、攻击并杀死癌细胞。初步研究结果表明，基于CRISPR激活（CRISPRa）平台的多重激活内源基因免疫疗法（MAEGI，Multiplex Activation of Endo
生物物理所等发现SALL4A蛋白调节增强子上的DNA去甲基化
11月10日，《分子细胞》（Molecular Cell）杂志在线发表了题为Cooperative Action between SALL4A and TET Proteins in Stepwise Oxidation of 5-Methylcytosine 的研究文章，报道了在小鼠胚胎干细胞
eLife：癌基因总闸与超强抗癌小鼠
将一个与不同类型癌症相关的调节区域移除，小鼠对肿瘤的形成产生了巨大的抵抗力！ 我们每个细胞内都有接近2万个基因，这些基因是维系我们身体和生存的说明书。在细胞生命周期的某个时间点上，只有部分基因需要保持活跃，每个基因的活性一直处于动态的调节状态，使细胞响应环境变化。 增强子是控制基因活性的分子
The－scientist为你解读神秘的eRNA
近年来科学家们发现，增强子也常常转录成RNA，不过他们还不能确定这些eRNA有何功能。日前，The scientist杂志刊发文章对这种神秘的eRNA进行了解读。 增强子大约发现于三十五年前，关于这一元件还有许多的未解之谜。与启动子不同的是，增强子能够上调较远距离的基因，这一距离并不一定，不过
Cell子刊：谁在推动干细胞的分化
美国凯斯西储大学的科学家们发现了多能干细胞分化的关键推手，这一突破性成果为干细胞的临床应用提供了宝贵的新线索，文章于六月五日发表在Cell旗下的Cell Stem Cell杂志上。 多能干细胞能够分化成为多种不同的细胞类型，具有修复机体损伤治疗疾病的巨大潜力。这项研究的两位资深作者，凯斯西储大
结肠癌分子发病机理的新发现
根据凯斯西储大学医学院发表在Nature Communications上的最新研究，科学家们发现，在结肠癌基因外的增强子能够助长肿瘤增长。并且该区域基因的变异在肿瘤样品中高度保守，暗示着一个可以用于药物开发的常见机制。 增强子是一段短DNA序列，能够充当开关，调节基因、激活基因。它们散布在整个
一种新的分子方法让癌细胞放慢了生长速度
德国Hopp儿童癌症中心是由德国海德堡大学附属医院和德国癌症研究中心（DKFZ）共同创建的，近期这一癌症中心的研究人员研发了一种新的分子方法，能用于治疗以往难以治疗的儿童脑癌形式：室管膜瘤（ependymoma）。这一研究成果公布在12月20日的Nature杂志上。 室管膜瘤是第三大最常见的儿
“垃圾DNA”片段是如何开启或关闭基因？
普林斯顿大学的研究人员近日捕捉到一段视频，显示曾被认为是“垃圾DNA”的片段如何开启或关闭基因。这段视频和成果于周一发表在《Nature Genetics》上。 在人类基因组中，未编码基因的DNA片段占90%以上。过去，它们被认为是“垃圾DNA”，但是后续的研究证实，这些片段包含了开启或关闭基
复旦大学Cell发布表观遗传重要发现
来自复旦大学、哈佛医学院的研究人员在新研究中揭示，由RACK7/KDM5C复合物充当增强子“刹车”，抑制了增强子过度激活。这一重要的研究发现发布在4月7日的《细胞》（Cell）杂志上。 复旦大学的蓝斐(Fei Lan)教授与施扬(Yang Shi)教授是这篇论文的共同通讯作者。蓝斐教授的主要科
基于抗体的化学诱导二聚化策略应用于细胞治疗
本文来自Nat Chem Biol，通讯作者Prof. James A Wells， University of California， San Francisco。 这篇文章在Nat Chem Biol上发表，蛋白质组学鉴定酶连接位点策略优化肽连接酶特异性。作者报道了一种新颖的基于人类抗体的
生物物理所揭示基因组重复序列Alu调控转录新机制
7月12日，中国科学院生物物理研究所薛愿超团队在《自然》（Nature）上，在线发表了题为Complementary Alu sequences mediate enhancer-promoter selectivity的研究论文。 转录调控在维持细胞功能和正常发育过程中起着关键作用。其中，增
男孩？or女孩？是什么决定着婴儿的性别？
众所周知，决定婴儿性别当然是性染色体！这个说法似乎没毛病。但是最近，墨尔本默多克儿童研究所（MCRI）的医学研究人员找到了决定婴儿性别关键因素的新发现，这不仅仅与XY染色体相关，还与一个“调节器”相关，它可以增加或减少基因活性，从而决定我们是男性还是女。该研究近日已发表在《Nature Comm
Cell：神秘的非编码RNA在基因表达中起重要作用
在细胞中，DNA被转录成RNA，提供给细胞制造蛋白质的分子配方。大多数的基因组被转录成RNA，但实际上只有一小部分的RNA是来自于基因组中的蛋白质编码区域。 宾夕法尼亚大学Perelman医学院Penn表观遗传学研究所主任Shelley Berger博士说：“为什么非编码区能转录？它们的功能一
Cell绘制广泛的人类基因组互作图谱
来自欧洲分子生物学实验室(EMBL)、斯坦福大学的科学家们阐明了，我们的基因表达在DNA中受控的机制。发表在《细胞》(Cell)杂志上的这项新研究，将促成更好地了解某些遗传变异可以开启或关闭控制基因表达的调控元件，最终表现为个体特征和疾病易感性的机制。 这些变异存在于非直接负责编码基因，而是发
eRNA与Super－Enhancer－RNA在转录调控中扮演的角色
增强子是真核生物中关键的顺式作用基因调控元件，能有效地促进基因表达。它们可以通过作为转录因子和辅助因子的结合平台来维持转录的精确控制。超级增强子是由一簇典型增强子串联组成的具有更强转录调控能力的顺式元件。而全基因组分析发现增强子和超级增强子可以普遍进行转录，产生eRNA和SE-lncRNA。它们都具
震惊！肾癌竟然可以从其他细胞偷基因帮助转移
癌症转移（也就是癌细胞从原发灶转移到远端器官）是导致癌症病人死亡的主要原因。由于很少发现转移特异性的驱动突变，因此异常的基因调节可能是转移的原因之一。但是研究人员并不知道转移相关基因调节是如何产生的。图片来源：Medical Research Council 为了解释这个问题，来自剑桥大学等单
癌基因的关键——染色体外环状DNA（eccDNA）
实验方法：环状DNA-seq, RNA-seq（云序生物提供以上服务）1. ecDNA是环状结构为了了解ecDNA的结构，作者通过环状DNA-seq（云序生物提供以上服务）方法研究了三种人类癌细胞系和来自于TCGA的临床肿瘤样品。通过这种方法检测到了GBM39细胞中的圆形扩增子游离于染色体之外，并且
基因组研究的“98K”——人工智能算法
每个分子遗传学家都希望找到一个易于使用的程序，可以比较来自不同细胞条件的数据集，识别增强子区域，然后将其分配给目标基因。 如今，柏林马克斯·普朗克分子遗传学研究所的马丁·温格隆（Martin Vingron）领导的研究小组现已开发出一个掌握所有这些内容的程序。 “ DNA非常无聊，因为它在每个
武汉大学发现一个新的结直肠癌的致癌转录因子
结直肠癌是世界上发病率和死亡率最高的恶性肿瘤之一。近日，武汉大学生命科学学院的一项最新研究成果，揭示了一个新的结直肠癌的致癌转录因子，为结直肠癌的研究提供了重要的表观基因组数据和新的关键调控因子，相关论文近日在线发表于《自然—通讯》。 据介绍，目前关于结直肠癌的多组学研究广泛集中在基因组学和转
DNA研究或可揭示遗传突变引发人类疾病的机制
近日，刊登于国际杂志Nature Communications上的一篇研究论文中，来自爱丁堡大学的研究人员通过研究开发了一种新技术，其可以鉴别基因被控制的方式，从而来帮助科学家们寻找诱发人类疾病的遗传错误。 这种技术主要针对DNA的部分区域，即增强子区域，该区域可以调节基因的活性并且指导对机体
Science重大成果：细胞分化的通用规则
本RIKEN牵头的国际合作项目FANTOM（Functional Annotation of the Mammalian Genome）在本期Science杂志上发表了一项具有里程碑意义的新成果。 研究人员对不同细胞类型的RNA表达进行了广泛的分析。他们发现，当细胞经历表型改变（比如细胞分化）
Science重大成果：细胞分化的通用规则
日本RIKEN牵头的国际合作项目FANTOM（Functional Annotation of the Mammalian Genome）在本期Science杂志上发表了一项具有里程碑意义的新成果。 研究人员对不同细胞类型的RNA表达进行了广泛的分析。他们发现，当细胞经历表型改变（比如细胞分化
Nature子刊：用CRISPR操控表观基因组
杜克大学的研究人员开发出了一种新方法，可以精确地控制基因开启及激活的时间。借助这一新技术研究人员可通过化学操控包装DNA的蛋白，来开启特异的基因启动子和增强子——控制基因活性的基因组片段。 研究人员说，拥有操控表观基因组的能力将有助于他们探究特殊启动子和增强子在细胞命运或遗传病风险中所起的作用