Nature：CRISPRa截然不同的非编码调控序列分析技术
来自加州大学旧金山分校的一组研究人员修改了现有的基因编辑CRISPR技术，用以来寻找增强子，他们的方法并不是编辑增强子，令其发挥作用，而是利用一种称为CRISPRa（CRISPR activation）的工具，搜寻影响T细胞免疫细胞发育的一种基因的增强子。这项研究发现将有助于解析自身免疫疾病，如炎性肠病（IBD）和克罗恩病的病理机制。 这一研究成果公布在8月30日的Nature杂志上，由加州大学旧金山分校的Alexander Marson博士，以及加州大学伯克利分校的Jacob Corn博士这两位助理教授领导完成。这两位科研人员是随着CRISPR技术共同成长的一批科学家，他们曾参与发表了多项CRISPR重要研究，比如Alexander Marson曾领导完成设计出了一种基于基因组编辑系统CRISPR/Cas9的新策略来精确改造人类T细胞，为开展T细胞功能研究提供了一个万能的新工具；Jacob Corn对CRISPR-Cas......阅读全文
是男，是女，可不是XY染色体说了算这么简单……
有些人， 即便拥有X-Y染色体，也不能发育出男性的性别特征器官——睾丸； 有些人， 即便拥有两条X染色体，也不能发育出女性的性别特征器官——卵巢； 这种病症被称为性发育障碍——DSDs。 性别不是由XY染色体决定的吗？ 是。 但不全是。 12月14日，来自墨尔本默多克儿童研究所的
基因捕获的主要分类
根据报告基因在载体中的位置及报告基因激活表达的方式，基因捕获分为3种类型。增强子捕获载体基因捕获含有一个最小的启动子和翻译起始位点,当载体整合到顺式增强子元件附近时,此增强子将调控报告基因的表达 。对报告基因在体内表达的ES 细胞系插入位点进行克隆鉴定发现插入位置邻近编码序列。关于增强子捕获的诱变比
基因捕获技术的主要分类
根据报告基因在载体中的位置及报告基因激活表达的方式，基因捕获分为3种类型。增强子捕获载体基因捕获含有一个最小的启动子和翻译起始位点,当载体整合到顺式增强子元件附近时,此增强子将调控报告基因的表达 。对报告基因在体内表达的ES 细胞系插入位点进行克隆鉴定发现插入位置邻近编码序列。关于增强子捕获的诱变比
基因捕获技术的基本分类
根据报告基因在载体中的位置及报告基因激活表达的方式，基因捕获分为3种类型。增强子捕获载体基因捕获含有一个最小的启动子和翻译起始位点,当载体整合到顺式增强子元件附近时,此增强子将调控报告基因的表达 。对报告基因在体内表达的ES 细胞系插入位点进行克隆鉴定发现插入位置邻近编码序列。关于增强子捕获的诱变比
西北农林科大等破译维持干细胞“多能性”的核心
哺乳动物多能性相关超级增强子的进化模型。论文作者供图 西北农林科技大学动物医学院华进联教授团队等成功破译维持干细胞“多能性”的核心，鉴定出三个在胎盘哺乳动物中高度保守的超级增强子（SE-SOX2、SE-PIM1、SE-FGFR1）。其相关成果《胎盘动物超级增强子维持干细胞多能性》9月26日
是男是女，并不是XY染色体说了算这么简单
有些人，即便拥有X-Y染色体，也不能发育出男性的性别特征器官——睾丸；有些人，即便拥有两条X染色体，也不能发育出女性的性别特征器官——卵巢；这种病症被称为性发育障碍——DSDs。MAURIZIO DE ANGELIS/SCIENCE SOURCE性别不是由XY染色体决定的吗？是。但不全是。12月14
脂肪沉积相关研究取得重要进展
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/3/518517.shtm近日，生物学大类一区期刊Cell Proliferation以封面论文形式发表了由四川农业大学猪禽种业全国重点实验室联合重庆市畜科院/国家生猪技术创新中心等单位共同完成的研究论文。
计算机”课程“识别基因组调控区域
来自约翰霍普金斯大学的研究人员成功教会了计算机如何去识别用以调控基因活性的DNA序列的共同点，并利用这些共同点预测基因组中的其它调控区域，这种新工具能帮助科学家们更好地了解疾病风险和细胞发育。这些研究成果公布在Genome Research杂志是两篇论文中。 “我们的目的是分析调控信息
锻炼或能通过改变机体的DNA来改善人类健康！
有规律地体育锻炼或能通过降低多种慢性疾病的风险来帮助改善机体健康；研究人员假设，耐力运动训练或能重塑骨骼肌中基因增强子的活性，而这种重塑作用会促进锻炼对人类机体健康的有益效应。尽管我们都知道有规律锻炼能降低人类几乎所有慢性疾病的风险，但其背后的分子机制，研究人员并不清楚，近日，一篇发表在国际杂志
动物棕色脂肪产热研究取得新进展
近日，四川农业大学动物科技学院教授王林杰课题组在Nature旗下期刊《通讯—生物学》（Communications Biology）上发表研究论文。动物棕色脂肪组织（BAT）通过非颤栗性产热调节体温，解偶联蛋白1（UCP1）在这一过程中起着核心作用。但Ucp1上游是否存在功能性增强子，进而调控Ucp
动物棕色脂肪产热研究取得新进展
近日，四川农业大学动物科技学院教授王林杰课题组在Nature旗下期刊《通讯—生物学》（Communications Biology）上发表研究论文。 动物棕色脂肪组织（BAT）通过非颤栗性产热调节体温，解偶联蛋白1（UCP1）在这一过程中起着核心作用。但Ucp1上游是否存在功能性增强子，进而调
马铃薯低温糖化－关键基因活跃之谜揭开
安徽农业大学获悉，该校园艺学院教授朱晓彪团队与国内外团队合作，揭开了马铃薯低温糖化关键基因活跃之谜。该项研究成果为研究植物逆境应答相关基因的调控和适应提供了很好的模型系统。相关研究成果近日发表于植物学领域期刊《植物细胞》。马铃薯块茎含水量较高，通常在低温下贮藏，以减少发芽和病害带来的严重损失。然而，
合成工具dCas9在DNA中传递信息
莱斯大学的研究人员已经证明，CRISPR-Cas9作为一种越来越出名的基因编辑工具，可以在人类细胞中以更强大的方式使用。由莱斯大学生物工程师艾萨克斯·希尔顿(Isaac Hilton)和研究生王开元(Kaiyuan Wang)领导的团队使用失活Cas9 (dCas9)蛋白靶向人类基因组的关键片段，并
张锋Nature发布CRISPR新成果
波士顿儿童医院癌症及血液疾病中心的研究人员发现，改变一小段DNA可以避开镰状细胞病（SCD）背后的遗传缺陷。这一发布在《自然》（Nature）杂志上的新发现，为开发出一些基因编辑方法来治疗SCD和诸如地中海贫血等其他的血红蛋白疾病开辟了一条途径。 Dana-Farber/波士顿儿童医院的Stu
关于顺式作用元件的简介
顺式作用元件是指与结构基因串联的特定DNA序列，是转录因子的结合位点，它们通过与转录因子结合而调控基因转录的精确起始和转录效率。 在分子遗传学领域，相对同一染色体或DNA分子而言为“顺式”（cis）；对不同染色体或DNA分子而言为“反式”（trans）。 顺式作用元件是转录调节因子的结合位点
混合谱系白血病原癌基因MEIS1过表达机制研究获进展
混合谱系白血病(MLL leukemia)是一类预后不良的血液系统恶性肿瘤，由于染色体易位形成MLL融合基因而得名。转录因子MEIS1的持续过度表达是混合谱系白血病的特征表现，其表达水平和人类急性白血病预后反向相关。MEIS1过度表达能够缩短小鼠MLL相关白血病的潜伏期，并加速其发展。现有的
冷泉港科学家揭示促癌“垃圾DNA”
来自冷泉港实验室(CSHL)的一个研究人员小组，确定了在急性髓细胞性白血病(AML)中，一种白血病特异性的增强子元件促进了癌性血细胞增殖。AML是一种毁灭性的癌症，70%的患者无法医治。此外，研究人员还提供了已进入人类临床试验的、一类有前景的新药有效阻止癌细胞生长机制的认识。 在发表于《G
利用CRISPR筛查人类基因组“垃圾”DNA
在几个研究小组正致力将CRISPR/Cas9系统应用于临床的同时，另一些研究团队则在利用这一工具来解决有关生物学的基础问题。近期，荷兰癌症研究所遗传学教授Reuven Agami与和同事们应用CRISPR搜寻了整个基因组中的调控增强子元件。 他们将Cas9核酸酶靶向了从前鉴别出的两个转录因子p
独特人类基因进化是平衡行为
人类和黑猩猩的DNA仅百分之一不同。人类加速区域（HAR）是基因组的一部分，美国研究人员分析了数以千计的人类和黑猩猩HAR，发现人类进化过程中积累的许多变化具有相反的影响。研究结果近日发表在《神经元》杂志上。 论文主要作者、格拉德斯通数据科学与生物技术研究所所长凯蒂·波拉德博士说，这有助于回答
干细胞牛人Cell子刊探讨癌症与“垃圾”DNA
来自Whitehead生物医学研究所、Dana-Farber癌症研究所的研究人员，在一项研究中揭示出了称作为超级增强子（super-enhancers）的基因控制元件是如何作为功能部件将多个信号通路集中于一些关键基因处以及调节转录活性的。 这项研究工作表明，这些基因控制元件为一些信号通路提供了
高通量解析骨质疏松非编码易感变异被揭示
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/2/517668.shtm西安交通大学生命科学与技术学院杨铁林教授团队开发了一个增强子调控网络打分方法，鉴定了33个显著富集的转录因子，并发现这些转录因子显著富集到转录激活和骨代谢相关分子通路。近日该研究成果发
出人意料的非编码RNA调控
为了将六英尺多的DNA塞进细胞核里，细胞将基因组紧紧缠绕在组蛋白核心上形成核小体，并最终将其包装成紧密的染色质。DNA转录的时候需要打开核小体，而胚胎干细胞的染色质重塑复合体esBAF可以做到这一点。它不仅会打开需要转录的DNA，还暴露了促进转录的启动子和增强子。 基因组测序研究最近显示，增强
新研究揭示猪肌纤维类型分化及转化机制
7月1日，华南农业大学教授吴珍芳团队首次揭示了不同代谢类型猪骨骼肌的染色质空间构象及其介导的调控差异，通过整合表观基因组学与三维基因组学分析并结合分子实验，阐明了超级增强子调控肌纤维类型分化与转化的分子机制。相关成果发表于《自然-通讯》（Nature Communications）。研究对象及高通量
真核基因转录水平的调控1
一、真核生物的RNA聚合酶有三种RNA聚合酶：RNA聚合酶Ⅰ；RNA聚合酶Ⅱ；RNA聚合酶Ⅲ。二、真核基因顺式作用元件（一）、顺式作用元件概念指DNA上对基因表达在调节活性的某些特定的调控序列，其活性仅影响其自身处于同一DNA分子上的基因。（二）、种类启动子、增强子、静止子1、启动子的结构和功能启动
单细胞染色质图谱|揭示转录因子网络和细胞谱系关系
2019年10月8日，美国圣地亚哥的Salk研究所的Geoffrey Wahl团队在Cell Reports杂志上发表文章“Single-Cell Chromatin Analysis of Mammary Gland Development Reveals Cell-State Transcr
庄小威院士：新成像方法测量染色质的表观遗传修饰
空间组学方法的最新发展使得单细胞转录组分析和三维基因组组织具有较高的空间分辨率。空间分辨单细胞表观基因组学方法将扩展空间组学工具的知识库，加速对细胞和组织功能的空间调节的理解。 2022年10月21日，哈佛大学庄小威团队在Cell 在线发表题为“Spatially resolved epige
十年探索，甲基化与癌症
组蛋白是负责包装DNA的蛋白，DNA与组蛋白互作调节着许多基础细胞活动，例如干细胞分化或者血细胞变为白血病细胞等。上述相互作用由抑制子和激活子之间的拉锯战控制，这两种因子会通过对组蛋白进行化学修饰，告诉组蛋白包装更紧还是松开让基因表达。 在十一月十九日Genes & Developme
－谁控制着你的口腹之欲
肥胖是现代工业社会的一种流行病，随着人们饮食习惯和生活方式的改变，全球的肥胖发病率正在逐年攀升，已经成为了世界性的健康问题。 大脑深处的下丘脑中聚集着上万个POMC神经元，它们是饱足感和饥饿感的控制中心，能根据机体信号对食欲和进食行为进行调节。科学家们一直希望能够通过操纵这些神经元来解决肥胖问
Nat－Genet：染色体结构的重排真会影响其功能吗？
长期以来，分子生物学家一直认为，基因组的3D结构域能够控制基因的表达方式，当在果蝇中研究了高度重排的染色体后，欧洲分子生物学实验室的科学家们通过研究揭示了在某些基因中发现的一些情况，研究人员阐明了3-D基因组结构（染色体拓扑学结构）和基因表达之间的解偶联机制，相关研究刊登于国际杂志Nature
研究人员鉴定肺癌风险筛查和临床预后的潜在生物标志物
肺癌是最常见的癌症类型，发病机制复杂，具有高度异质性，遗传因素在肺癌发生和发展中发挥重要作用，但其具体遗传机制尚不清楚。增强子元件是一类特定的DNA序列，其序列富含转录因子结合位点，并具有特异性的表观遗传修饰标记，通过形成染色质环高级结构与靶基因启动子相互作用，实现对靶基因的远程调控，是基因组中