基因组研究的“98K”——人工智能算法

每个分子遗传学家都希望找到一个易于使用的程序,可以比较来自不同细胞条件的数据集,识别增强子区域,然后将其分配给目标基因。 如今,柏林马克斯·普朗克分子遗传学研究所的马丁·温格隆(Martin Vingron)领导的研究小组现已开发出一个掌握所有这些内容的程序。 “ DNA非常无聊,因为它在每个细胞中几乎都一样。如果将基因组比作生命之书,那么我对旁注则更感兴趣。”这些“旁注”是指附着在DNA分子上的小化学标记,它们不会改变遗传信息本身,但会影响相应位点上DNA发生的变化。换句话说,这些标记具有表观遗传作用。它们充当负责启动子和增强子等基因激活和失活的基因组区域的调节剂。 在许多复杂的疾病中,基因的表观遗传控制无法正常工作,这对科学家非常感兴趣。然而,在实验室中对这些区域的分析通常是麻烦,费时且复杂的。这就是为什么Vingron和他的团队决定开发一个新的程序包的过程。 该程序包称为条件特定的调节单元预测(CRUP),它可以......阅读全文

基因组研究的“98K”——人工智能算法

  每个分子遗传学家都希望找到一个易于使用的程序,可以比较来自不同细胞条件的数据集,识别增强子区域,然后将其分配给目标基因。  如今,柏林马克斯·普朗克分子遗传学研究所的马丁·温格隆(Martin Vingron)领导的研究小组现已开发出一个掌握所有这些内容的程序。 “ DNA非常无聊,因为它在每个

人工智能加速期:算法为王还是场景落地优先-?

  人脸识别、语音识别是人工智能应用最为人熟知的两个领域。智能音箱、人脸门禁也已经走进不少人的生活。去年大火的无人货柜,则用到了“物品识别”技术。接下来,人工智能推广应用会怎么走?靠算法的不断提升吗?  海康威视高级副总裁徐习明说:“今天的人工智能还是一种弱人工智能。基于深度学习的算法精度会无限逼近

人工智能算法打开月球永久阴影区的神秘大门

以瑞士苏黎世理工大学为首的一个国际研究小组利用人工智能算法观察到月球上的永久阴影区。该人工智能有望“照亮”永久的阴影区,尤其是那些尽管旋转但自然阳光仍无法到达的区域。这项近期刊载于《地球物理研究快报》上的研究也包含在美国国家航空航天局(NASA)“阿尔忒弥斯1号”任务计划中,有助于为其将来的登月计划

新算法提升基因融合检测效率

  近日,华大基因公开一种基因融合检测算法SOAPfuse。模拟数据和真实验证数据的综合测评表明,该算法具有准确率高、敏感性强、精度高、资源消耗少等优点。该算法主要采用局部穷举算法和一系列精细的过滤策略,从而对基因融合进行快速、精确的检测。相关研究成果在《基因组生物学》(Genome

人工智能算法超越化学家,精确预测科学试验

  科学研究领域中,追求真理经常意味着穿着白大褂在实验室做实验,其中免不了做一些失败的试验。没关系,因为失败的试验有时候也能带来很多新发现。现在,哈佛大学正努力帮助科学家加速试验研究的速度,通过一个可以预测化学反应成功率的机器学习算法,算法成功率超过了人类科学家。   算法分析了失败实验的数据。通

人工智能算法似乎在检测皮肤癌方面效果更好

  分析测试百科网 研究人员首次发现人工智能或机器学习的形式被称为深度学习卷积神经网络(CNN),它比经验丰富的皮肤科医生在检测皮肤癌方面更好。  在今日(星期二)发表在主要癌症杂志Annals of Oncology上的一项研究中,德国,美国和法国的研究人员通过向CNN展示100,000多幅恶性黑

人工智能算法准确描绘海洋浮游生物图像真实色彩

你一定听说过“蓝眼泪”海滩。实际上,“蓝眼泪”是海洋甲藻等多种海洋浮游生物发光产生的自然现象。 海洋浮游生物作为一类悬浮在水层常随水流移动的海洋生物,是海洋生态系统的基本组成部分,对浮游生物的观测不仅是海洋生态科学研究的基础,也是现代海洋生态环境管理不可或缺的手段。 近期,来自中国科学院深圳

人工智能算法魅力:判断癌症患者能否从免疫治疗获益

  免疫治疗在癌症统治的世界里不断攻城略地。  癌症患者看到了生的希望,但遗憾的是患者很难知道自己究竟是不是免疫治疗泽被的那些人。  目前的临床统计显示,PD-1抑制剂只能在20%-50%的晚期实体瘤病人中发挥作用[1]。受益的患者究竟是谁?目前找到这些患者的手段有限。  因此,找到一种可靠的生物标

“量子人工智能”:向可扩展算法更进一步

原文地址:http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/2/494403.shtm 据英国《自然》杂志22日报道,谷歌科学家团队改善了量子计算机的纠错能力,演示了随着纠错规模增加,错误率反而降低的量子计算。这项工作意味着人们向可扩展的量子纠错更进一步,使量子计算

人工智能算法有助于快速分析蛋白质折叠结构

近日,英国《自然》杂志报道,美国哈佛大学医学院生物学家AlQuraishi开发出新型人工智能算法,能够快速分析预测蛋白质三维结构,大大提高蛋白质三维结构预测的效率,将预测时间从若干小时或几天缩短至几毫秒。  报道称,蛋白质三维结构与蛋白质功能密切相关,当前生物学界一大挑战在于如何基于氨基酸序列预测蛋

人工智能解锁新领域-深度学习算法助力发现古人类遗迹

  近年来,深度学习作为机器学习的一个分支,在考古学中迅速普及应用,使得考古工作的效率得到提升。除了用于发现考古遗迹,预测、翻译古文字,人工智能还参与了部分文物的修复过程。  人工智能继续探索新领域,这次是考古。  近日,来自美国宾夕法尼亚州立大学、澳大利大悉尼大学等4所研究机构的研究人员,在著名考

人工智能“进军”基因检测市场

  据加拿大《环球邮报》报道,在利用机器学习检测DNA(脱氧核糖核酸)中的致病突变十多年后,加拿大多伦多大学生物医学工程教授布伦丹·弗雷近日成立了“深基因组学”公司,准备将其团队开发的新技术推向市场。  弗雷将深基因组学技术比喻成基因突变领域的谷歌搜索:研究人员可对一个DNA序列进行查询,系统将鉴别

识别黑色素瘤图片-德国人工智能算法胜过医生

   德国研究人员最新开发出一种可用于诊断黑色素瘤的人工智能算法。在一场157名皮肤科医生与人工智能算法的诊断比拼中,人工智能的准确度总体来讲更胜一筹。  德国国家肿瘤疾病中心等机构研究人员在新一期《欧洲癌症杂志》上发表研究报告说,他们开发出一种人工智能算法,可分析皮肤病变用于诊断。  为验证该算法

基于影像学的多种人工智能算法在肿瘤研究中的应用进展

  人工智能(artificial intelligence,AI)即为研究、探索如何模拟人类智能并对人类智能进行扩展延伸的一门学科。现如今人工智能已成为人们广泛关注的焦点,其今后的发展将对各行各业产生深远的影响。机器学习(machine learning,ML)是实现人工智能的方法之一,是使计算机

基于影像学的多种人工智能算法在肿瘤研究中的应用进展

  人工智能(artificial intelligence,AI)即为研究、探索如何模拟人类智能并对人类智能进行扩展延伸的一门学科。现如今人工智能已成为人们广泛关注的焦点,其今后的发展将对各行各业产生深远的影响。机器学习(machine learning,ML)是实现人工智能的方法之一,是使计算机

注水算法

迭代注水算法是由Wei Yu提出的,它是一种多用户功率分配算法。这是一种自私算法,当接收端和发送端没有共享信道信息时,它的实现非常简单,复杂度低。但是,当信道上有共享信 息,需要共享信道,这是网络拓扑就会出现远近效应,这就产生了非平衡状态,引起用户间信号干扰,信息传输效率下降。       迭代注水

新算法比较分析可搜索癌症基因突变

  桑福德伯翰医学研究所(Sanford Burnham Prebys Medical Discovery Institute,SBP)承担了前所未有的对一个新兴算法类别的比较分析,该算法通过聚焦内部基因结构,在癌症数据库中挖掘遗传信息(即亚基因像素算法),这与专注于基因视其为单个单元的经典方法形成

香山科学会议:中国“材料基因”亟待算法创新

  在美国最新发布的“先进制造业伙伴关系”计划中,“材料基因”概念的身影有所显现,而美国的“材料基因组计划”(MGI)也受到了中国学者的广泛关注。    在近日举行的第S14次香山科学会议上,学者们提出,要发展中国的材料基因组工程,当务之急是解决算法和程序包的原创问题。    预测先进材料靠计

人工智能进军基因检测市场

  据加拿大《环球邮报》报道,在利用机器学习检测DNA(脱氧核糖核酸)中的致病突变十多年后,加拿大多伦多大学生物医学工程教授布伦丹·弗雷近日成立了“深基因组学”公司,准备将其团队开发的新技术推向市场。   弗雷将深基因组学技术比喻成基因突变领域的谷歌搜索:研究人员可对一个DNA序列进行查询,系统将鉴

双向扫描算法和电梯调度算法区别

双向扫描算法和电梯调度算法区别:1、双向扫描(SCAN)算法不仅考虑到欲访问的磁道与当前磁道间的距离,更优先考虑的是磁头,当前的移动方向。例如,当磁头正在自里向外移动时,SCAN算法所考虑的下一个访问对象应足其欲访问的磁道既在当前磁道之外,又是距离最近的。这样自里向外地访问直至再无更外的磁道需要访问

测序仪巨头推出AI算法,预测致病基因突变

ChatGPT等大模型点燃人工智能新一轮热潮之际,另一种累积数百万年的天书般“语言”也在试图用该技术获得最新解码。近日,全球基因测序仪龙头因美纳(Illumina)宣布推出全新的人工智能算法PrimateAI-3D,以求更准确地预测患者致病基因突变。据美国国家卫生研究院发布的数据,每年生成的基因组数

接触角、水滴角测量仪软件应用人工智能算法提升自动...

接触角、水滴角测量仪软件应用人工智能算法提升自动水平线的精度接触角测量仪或水滴角测量仪通常的测试方法为侧视法,在侧视法原理条件下,除了硬件部件的结构要求必须具备样品台和镜头各自的独立水平调整功能的保证外,基准线或水平线的查找同样是一个zui为重要的功能。CAST3在原有自动水平线或基线的基础上,引入

Nat-Comm|-张强锋组利用人工智能算法分析单细胞ATACseq数据

  近年来,深度学习等人工智能技术在图像识别,自然语言处理等领域取得了令人瞩目的成就。人工智能技术应用于生命科学,对生物信息多个领域产生了重大的影响。深度学习算法借助于生命科学大数据的飞速发展,从海量大数据中自动高效地提取特征进行学习,极大超越了依赖人工提取特征的传统人工智能算法,在医疗图像处理、结

从百万基因组“驶向”人工智能

  导读: 7月28日,王俊接受了Nature和Science网站的专访,畅谈了他现在想将自己的一生都贡献给一项新的“研究计划”的原因,他想构建出一个人工智能健康监测系统,来识别人类个体基因组数据、生理性状(表型)和生活方式之间的关系。   王俊(Jun Wang)是中国最著名的科学家之一。自从16

基因组算法立功!发现膀胱癌新靶点

  膀胱癌是美国第六常见的癌症,根据美国癌症学会(ACS)的统计,2017年美国约有79000人被诊断为膀胱癌,将近17000人死于这种疾病。在过去几年中,逐渐形成了根据基因表达模式对膀胱癌进行分类的趋势。已知一种称为p53样膀胱癌(p53-like bladder cancer)的基因表达模式与侵

基因组算法立功!发现膀胱癌新靶点

  膀胱癌是美国第六常见的癌症,根据美国癌症学会(ACS)的统计,2017年美国约有79000人被诊断为膀胱癌,将近17000人死于这种疾病。在过去几年中,逐渐形成了根据基因表达模式对膀胱癌进行分类的趋势。已知一种称为p53样膀胱癌(p53-like bladder cancer)的基因表达模式与侵

华大基因成功开发移植瘤生物信息分析新算法――PDXomics™

  2012年7月17日,华大基因宣布其成功开发出一套适用于异种移植瘤模型生物信息学分析的新算法——PDXomics™,该算法能够将移植瘤与宿主基因组序列进行区分,有效地排除后续分析中异源物种数据的污染,保证分析结果的准确性和可靠性,从而可使移植瘤模型更为有效的应用于肿瘤新药开发和疾病机理研究。

三代基因测序组装算法和软件研发获突破

  DNA基因测序技术从上世纪70年代起,历经三代技术后,目前已发展成为一项相对成熟的生物产业。测序技术的应用也扩展到了生物、医学、制药、健康、农林、园艺、花卉、环保、法医等许多领域,并成为一项与我们衣食住行密切相关的高技术产业。据最新统计,2012年全球基因测序市场的产值已超过百亿,按最近几年增长

北京生科院提出基因组重复区域组装新算法

  2016年12月,国际学术期刊《核酸研究》(Nucleic Acids Research)发表了中国科学院北京生命科学研究院计算基因组学实验室赵方庆团队题为The combination of direct and paired link graphs can boost repetitive

北京基因组所开发出比较群体基因组学新算法

  随着基因组测序技术的发展,物种和群体水平基因组数据呈指数增长。这些数据为在基因组水平鉴定和解析自然选择机制提供了机遇。然而,目前的分析方法面临着技术瓶颈和挑战。其中,关键问题是如何高效准确地检测作用于非编码区的自然选择效应。同时,能够高效、高性能地分析多物种大样本数据,成为方法学方面的迫切要求。