微生物基因组测序的应用
一、传染病暴发的时代 致死性大肠杆菌传染病在欧洲暴发，至本报道发表前，已导致27人死亡，2800人染病。在拿到明斯特大学医院卫生研究所的研究人员分离的致病株后，Guenther所在的Life Technologie公司德国实验室利用Ion PGM仅用了3天时间就完成了该致病型大肠杆菌菌株的全基因组测序和序列的组装，为快速研究该致病菌株的致病机理创造了条件。与此同时华大基因与德国汉堡-Eppendorf医疗中心合作，也宣布完成了对致病菌株的测序工作。 Guenther说： “在有限的时间里完成了对微生物的全基因组测序，极大的方便了研究者从一个整体的水平上去研究微生物，进而揭示在这些目标微生物的基因组究竟发生了哪些改变。”事实上也的确如此，科学家根据从基因组测序的数据所获得的证据，将本次的致病型大肠杆菌鉴定为致病型大肠杆菌的一个新杂交品种，并且携带了一些抗性基因。“从宏观的基因组水平上来研究这类细菌，将在......阅读全文
微生物基因有助昆虫生存繁衍
数亿年前，微生物和植物可能通过水平基因转移将基因传递给了昆虫，从而给昆虫带来了进化优势。浙江大学与美国范德堡大学科学家合作发现，蝴蝶、飞蛾等218种昆虫的1400多个基因来自细菌、病毒、真菌和植物。这项研究认为，这些基因可能对昆虫的进化至关重要，使它们在交配、营养、生长和适应环境变化等方面发展出有益
华大基因完成肠道微生物基因组关联分析
从物种、功能及生态群落上展示肠道微生物与结直肠腺瘤及结直肠癌的关联特征，这是深圳华大基因研究院、奥地利因斯布鲁克医科大学、奥本多夫医院、丹麦哥本哈根大学、华南理工大学等多家单位最新的联合取得的科研进展。3月11日，国际学术期刊《自然通讯》杂志发表了这项研究成果。该研究对结直肠腺瘤、结直肠癌的早期
华大基因参与全球最大微生物基因组研究项目
华大基因3月22日宣布将参与全球最大微生物基因组研究项目EarthMicrobiomeProject(简称“EMP”)，将负责EMP亚洲地区所有样本的收集和鉴定，并对整个项目提供DNA提取、扩增、建库、宏基因组测序，以及研发生物信息学分析流程所需的计算资源。 EMP将对来自全球的20万个样本进
微生物基因检测——基因检测新蓝海产业简析
一、抗生素“退潮”，抗生素“精准应用”成难题 1. 高昂的研发成本及不匹配的市场前景，曾拯救全人类的抗生素正在被众多药企“抛弃”。 2018年6月，美国FDA批准Achaogen新一代氨基糖苷类抗生素Plazomicin用于治疗成人复杂性尿路感染，包括由肠杆菌科细菌、假单胞菌属等引起的肾盂肾
华大基因构建全球首个小鼠肠道微生物参考基因集
2015年9月28日，中国深圳—深圳华大基因研究院、哥本哈根大学等研究机构共同构建了全球首个小鼠肠道微生物参考基因集，为以小鼠为基础的人类疾病模型研究提供有益参考。最新研究成果今日在线发表于《自然生物技术》。 人类的肠道中居住着种类繁多，数量惊人的微生物，而在这些微生物中，细菌的比例高达90%
首个草鱼肠道微生物基因目录构建
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/1/515836.shtm10日，记者从中国农业科学院获悉，该院饲料研究所水产微生物与饲料创新团队成功构建了首个草鱼肠道微生物基因目录。该成果日前发表于国际期刊《微生物组》。肠道菌群在鱼类的新陈代谢过程和免疫系
迄今最久微生物基因组草图出炉
英国《自然》杂志日前在线发表的一项演化学研究报告，近乎完整地构建出了一种口腔细菌的基因组，这个有48000年历史的微生物的基因组，是迄今为止历史最悠久的微生物基因组草图，研究同时揭示了尼安德特人的饮食结构。 尼安德特人的DNA序列和现代人类的DNA序列非常相似。他们是现代欧洲人祖先的近亲，从1
母亲与婴儿肠道微生物可共享基因
近日，研究人员发现了一种母婴微生物群垂直传播的新模式。从围产期一直延续到出生后的几周，母体肠道中的微生物与婴儿肠道中的微生物共享基因。相关研究近日发表于《细胞》杂志。 研究表明，这种水平基因转移使母体微生物菌株能够在其没有持续转移的情况下，影响婴儿微生物组的功能。这项大规模综合分析，提供了一系列
微生物基因的转移和重组都有哪些？
基因的突变 ◇基因突变的规律 （1）自发突变和诱导 一般细菌每分裂106～109次即可发生一次。 （2）随机突变和选择 突变是随机和不定向的，细菌染色体上数千个基因中哪个基因发生突变、导致何种性状的改变均不是由外界因素决定。 （3）突变和回复突变 某种细菌在自然环境下大多数所具有的
PNAS：从基因到植物微生物群
像人类和动物一样，植物也有微生物群。一个由芝加哥大学领导的研究小组，包括INRAE，研究了一种植物物种内的遗传变异是否控制其叶片微生物群的组成。研究人员在两年多的时间里在四个地点的实验装置中种植了3万多株植物，以分析一株模型植物的200个基因型的叶片微生物群的变异和繁殖成功率(通过种子产量估计)。7
基因测序找出肠道核心微生物群
人类肠道中有数以万亿计的微生物，也称为肠道菌群，与多种疾病如肠炎、肥胖、糖尿病等都有关系。最近，比利时鲁汶大学和荷兰格林宁根大学两个团队分别在《科学》杂志发表论文，通过两项大型研究计划找出了肠道核心微生物群，为进一步建立生物标记体系，评估肠道菌群是否正常提供了线索。 肠道微生物组能产生维生素
微生物实验室技术基因探针技术
基因探针技术基因探针技术利用具有同源性序列的核酸单链在适当条件下互补形成稳定的DNA?RNA或DNADNA链的原理,采用高度特异性基因片段制备基因探针来识别细菌。基因探针的优点是减少了基因片段长度多态性所需要分析的条带数。如法国生物一梅里埃公司的GEN?PROBE基因探针检测系统,对于分离到的单个菌
在古老牙石中寻找失去的微生物基因
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/5/500166.shtm大约1.9万年前，一名女性死于西班牙北部。她的遗体被特意埋在天然赭石碎片中，并放置于尔米龙洞穴一块石灰石后面。2010年，当她的赭色骨骼出土时，考古学家称她为“红娘子”。由于那时糟糕的
转基因微生物安全性的生死开关
最近，来自哈佛大学和麻省理工学院（MIT）的一个研究小组，提出了两种新的方法，将一个“生死开关”连入一种转基因微生物中，以防止其肆虐发展而带来安全隐患。相关研究结果发表在最近的《Nature Chemical Biology》杂志上，该研究小组在这篇论文中描述了他们的技术，为什么他们认为它比其他
宏基因组如何指导微生物分离培养
近日，中国农业科学院北京畜牧兽医研究所奶产品质量与风险评估科技创新团队受邀撰写综述文章，阐述了宏基因组指导未培养微生物分离培养的机遇与挑战，系统总结了基于宏基因组分离培养未培养微生物的方法。相关综述文章发表在《微生物》（Microbiome）。 随着宏基因组测序技
首个草鱼肠道微生物基因目录构建成功
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/1/516186.shtm近日，中国农业科学院饲料研究所水产微生物与饲料创新团队构建了首个草鱼肠道微生物基因目录，并解析了草鱼肠道微生物组的主要互作模式和功能特征，为鱼类肠道菌群调控提供了理论基础。相关研究成果
细胞和基因技术有望揭开海洋微生物之谜
全球50%的氧气都是由海洋微生物产生。然而，这些微小的海洋生物在很大程度上仍然是科学界的一个谜。4月6日发表在《自然—方法学》的研究称，在全球100多名研究人员的努力下，科学家们找到了一种通过细胞和基因技术解开部分海洋生物细胞基因组的方法。添加到海洋原生生物（左）的基因在荧光显微镜下显示为绿点（
单分子测序改善微生物基因组组装
美国国家生物防卫分析和反制中心的研究人员近日在《Genome Biology》上发表文章，介绍了SMRT技术在微生物基因组组装上的应用。他们认为，单分子测序数据能降低测序费用，并带来更多完整的基因组，改善微生物基因组数据库的质量。 随着测序费用的不断下降，测序项目的数量也在不断上升。G
微生物基因重组技术的相关内容
在所有转基因技术中，以微生物基因重组技术应用最为宽泛和常见。 与动植物不同的是，微生物重组技术通常需要用到专门的重组基因载体——质粒。质粒是一种细胞质遗传因子，因此具有不稳定的遗传特性。但相比于动植物，微生物重组技术具有周期短、效果显著、控制性强的特点，因而广泛应用于生物医药和酶制剂行业。经过
青藏高原水生微生物基因组和基因目录初步建立
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/2/517774.shtm 中国科研人员搜集来自青藏高原湿地、淡水湖、盐水湖、河流、温泉和冰川等六种水生生态系统的498个水体环境DNA样本，并进行宏基因组测序，初步建立了青藏高原水生微生物基因组和基因目录
微生物有望成饮食时尚－转基因益生菌有助减肥
微生物有望成为未来的饮食时尚。最近，美国范德堡大学研究人员修改了一种益生菌的基因，使之能产生一种特殊分子，这种分子正常代谢后会变成一种抑制饥饿的脂质。在治疗实验中，摄入转基因细菌的小鼠吃得更少，体内脂肪更少，即使在吃高脂肪食物的情况下，也能延缓或避免糖尿病。这为人类提供了一种很有希望的减肥方法。
全球微生物模式基因组测序计划获进展
近日，《核酸研究》（Nucleic AcidsResearch）在线发表了国家微生物科学数据中心（中国科学院微生物研究所微生物资源与大数据中心、世界微生物数据中心）关于全球模式微生物基因组数据库gcType的论文。gcType是由我国牵头的全球模式微生物基因组测序计划的重要成果。 模式菌株（t
微生物所开发出梭菌基因删除新策略
梭菌(Clostridium)是一类与人类关系非常密切的细菌。其中既有许多致病菌，如产生外毒素的破伤风梭菌和肉毒梭菌等；也有一些具有重要工业应用价值或潜力的梭菌，如丙酮丁醇梭菌和热纤梭菌等。 基因失活或基因删除是细菌功能基因组学研究的基本手段。近年来，基于乳酸乳球菌II型内含子剪切机制开发
转基因微生物反应器的相关介绍
从DNA重组技术诞生以来，作为现代生物技术核心的基因工程技术得到迅速的发展。由于微生物具有结构简单、繁殖迅速、容易培养等特点，而成为良好的转基因对象。，可以将目的基因通过适当改建后导人大肠杆菌等工程菌中，通过原核生物来表达基因蛋白。 对于细菌或细胞基因工程的生物反应器都是基于传统发酵工程技术，
Cell重磅发布15万人体微生物基因组！－揭示微生物新物种
微生物宏基因组是当今世界最热门的科研领域之一。越来越多的研究表明，人体微生物发挥着重要的健康作用，但大部分多样性仍未得到充分探索，尤其是在除肠道以外的身体部位及非西方人群。 在今日发表在Cell期刊的一项研究中，由意大利特伦托大学Nicola Segata领导的研究团队利用来自不同地理位置、生
微生物所等发表植物基因组编辑研究综述
序列特异性核酸酶使得基因组编辑成为可能，快速推动了基础和应用生物学的发展。CRISPR-Cas9系统自出现以来，作为可转化植物的基因组编辑工具已得到广泛应用。CRISPR-Cas9对基因组靶位点进行定向切割，造成DNA双链断裂。DNA双链断裂主要通过两种高度保守的机制进行修复，即非同源末端连接
微生物克隆系统使重组基因表达的筛选更加容易
传统的手工挑取微生物克隆是一个费时烦人且易出错的过程。微生物克隆筛选系统一小时可以完成3000 个克隆的挑取，而一个熟练的人工只能挑取约600 个克隆。自动化系统的速度相比人工提高了至少5 倍，最关键的是更加准确，有效性>98%。微生物克隆筛选系统的荧光成像模块可以显著减
微生物克隆系统使重组基因表达的筛选更加容易
传统的手工挑取微生物克隆是一个费时烦人且易出错的过程。微生物克隆筛选系统一小时可以完成3000 个克隆的挑取，而一个熟练的人工只能挑取约600 个克隆。自动化系统的速度相比人工提高了至少5 倍，最关键的是更加准确，有效性>98%。微生物克隆筛选系统的荧光成像模块可以显著减少下游的工作量，因为通
微生物克隆系统使重组基因表达的筛选更加容易
传统的手工挑取微生物克隆是一个费时烦人且易出错的过程。微生物克隆筛选系统一小时可以完成3000 个克隆的挑取，而一个熟练的人工只能挑取约600 个克隆。自动化系统的速度相比人工提高了至少5 倍，最关键的是更加准确，有效性>98%。微生物克隆筛选系统的荧光成像模块可以显著减少下游的工作量，因为通过
人类肠道微生物基因集－为研究提供精准数据支持
7月7日，由华南理工大学生物科学与工程学院博士研究生李俊桦为第一作者，与深圳华大基因研究院、丹麦哥本哈根大学等单位共同合作完成的《人肠道微生物组参考基因集》研究成果在《自然—生物技术》上发表。这是“华工—华大”基因组科学创新班学子在国际顶级学术期刊上以第一作者身份发表的第二篇文章。 据介绍，人