《自然》封面:新方法根据结构预测功能
来自美国加州大学旧金山分校药理化学系,得克萨斯农工大学(Texas A&M University),Albert Einstein 医学院的研究人员利用一种变通的分子对接方法(一种用来寻找潜在药物的计算机辅助的模拟方法),设计出一种根据结构来预测某种具有未知活性的酶的功能的方法。如果这一新方法也适用于其他酶,那么就可以作为一种有力工具确定关键的酶在体内是如何发挥作用的。这一研究成果公布在《Nature》封面上。 原文检索:Nature 448, 775-779 (16 August 2007) | doi:10.1038/nature05981; Received 24 January 2007; Accepted 7 June 2007; Published online 1 July 2007Structure-based activity prediction for an enzyme of unknown ......阅读全文
关于蛋白质折叠的格点模型的介绍
格点模型(也简称HP模型),最早是由Dill等人1989年提出的。格点模型可分为二维模型和三维模型两类。二维格点模型就是在平面空间中产生正交的单位长度的网格,每个氨基酸分子按在序列中排序的先后顺序依次放置到这些网格交叉点上,在序列中相邻的氨基酸分子放置在格点中时也必须相邻,即相邻氨基酸分子在格点
JBC:分子伴侣帮助蛋白质折叠的分子机理
分子伴侣是一种协助蛋白质进行折叠的分子助手,其中一种伴侣分子是所谓的热激蛋白60(Hsp60),这种蛋白可以在线粒体中形成一种类似于“桶状”的结构,从而便于蛋白折叠过程的发生,近日刊登于the Journal of Biological Chemistry上的一篇研究论文中,来自弗莱堡大学的研究
RNA折叠的结构特点
中文名称RNA折叠英文名称RNA folding定 义新合成的或变性的RNA转变为特定的、成熟的三维结构构象的过程。应用学科生物化学与分子生物学(一级学科),核酸与基因(二级学科)
折叠酶的结构特点
LIFs的结构由三部分组成N-末端跨膜疏水结构域,中间一段富含脯氨酸和丙氨酸的高度可变的中间铰链区与C-末端催化结构域。LIFs通过N-末端的疏水跨膜结构域锚定在内膜上,使Q-末端的活性结构域游离于周质中。N-末端的疏水跨膜结构域对其折叠活性没有影响,主要是负责将LIFs锚定在内膜上,防止其与脂肪酶
糖蛋白的结构
糖蛋白中的糖链变化较大,含有丰富的结构信息。寡糖链往往是受体、酶类的识别位点。 1、 N-糖苷键型(N-连接) N-糖苷键型主要有三类寡糖链: ① 高甘露糖型,由GlcNAc和甘露糖组成; ② 复合型:除了GlcNAc和甘露糖外、还有果糖、半乳糖、唾液酸; ③ 杂合型,包含①和②的特征
扩展蛋白的结构
其氨基末端为约 2 2个氨基酸编码的信号肽,进入分泌途径后被剪切, 使扩张蛋白成为成熟肽 。该蛋白碳末端假定的结合 区域 ( 约10kDa ) 含有一系列保守的色氨酸残基 ( w) , 这些色氨酸残基有一定的间隔,很像纤维酶 的纤维素结合区域。中间区域 ( 1 5 k Da ) 被认为是重要的催
α角蛋白的结构
α-角蛋白主要是由α-螺旋构象的多肽链构成的,并与角蛋白的长向平行,即其氨基酸序列分为富含α螺旋的中央棒状区和两侧的非螺旋区域。其立体构造是α-螺旋的典型实例,几何表示为:两股右手α-螺旋向左缠绕,拧成一根称为原纤维的结构,直径为2nm,这就是aa组合的超二级结构。原纤维再排列成“9+2”的电缆
《自然—方法学》:蛋白质结构分析新技术创测定速度纪录
过去需几年时间完成的工作现在仅用几天即可完成 据美国物理学家组织网7月20日报道,隶属于美国能源部的劳伦斯伯克利国家实验室的科学家开发出一种利用小角度X射线散射技术测定蛋白质结构的新方法,大大提高了蛋白质结构研究分析的效率,使过去需要几年时间完成的工作仅需要几天即可完成,这将极大地促进结构
科学家利用DNA折纸技术成功折叠蛋白质
科学家利用DNA折纸技术成功折叠蛋白质 “折纸”是指通过生物工程手段将蛋白质从一条连续链折叠成三维结构,这是《自然—化学生物学》上一篇文章的研究发现。 DNA 折纸是一种利用特定碱基来设计大量不同的结构,如笑脸、大学校徽和各种盒子等的DNA技术,该技术已经为科学家创造智能材料和研究弄
翻译全局控制改善外源蛋白质的折叠效率
近日,华南理工大学林影教授和暨南大学张弓教授的团队在Biotechnology for Biofuels杂志(生物工程类一区)上发表文章,使用翻译全局控制方法,改善外源蛋白质在毕赤酵母中表达的折叠效率,有效提高活性蛋白质产量。据悉,这是翻译组调控在真核生物细胞工厂底盘细胞中的首次成功应用,极大地
新方法可辨别蛋白质折叠关键因素
蛋白质折叠模式帮助其执行特定任务。作为细胞的真正“实干家”,即便是蛋白质氨基酸支架的微小改变,也会引发错误折叠并且妨碍蛋白质功能或引发疾病。 科学家试图更好地理解蛋白质折叠,以治疗错误折叠引发的疾病。但这个异常复杂的过程需要复杂算法辨别折叠机制。印度塔塔基础研究所的计算生物物理学家提出了一种辨
RNA翻译与蛋白质折叠之间的微妙舞蹈
在蛋白质的合成过程中,RNA翻译会影响蛋白质的折叠,而蛋白质折叠也会影响RNA的翻译。 在过去的十年里,我们对细胞内蛋白质合成方式的认知取得了快速的增长,其中包括蛋白质合成的各个基本步骤:转运RNA(transfer RNA, tRNA)是如何高保真、高速率地对信使RNA(messenger
关于折叠酶的结构介绍
LIFs的结构由三部分组成N-末端跨膜疏水结构域,中间一段富含脯氨酸和丙氨酸的高度可变的中间铰链区与C-末端催化结构域。LIFs通过N-末端的疏水跨膜结构域锚定在内膜上,使Q-末端的活性结构域游离于周质中。N-末端的疏水跨膜结构域对其折叠活性没有影响,主要是负责将LIFs锚定在内膜上,防止其与脂
细胞化学基础β折叠链结构
肽平面之间呈手风琴状折叠,股与股之间会通过氢键固定,但氢键主要在股间而不是股内。氨基酸残基的R侧链分布在片层的上下。β折叠层并不是平的,因为侧链的存在使得它看上去像手风琴一样波纹起伏。(英语pleated)这样每一股会更紧密排列,氢键更容易建立。氢键的距离为7埃。在蛋白质结构中β折叠通常会用箭头表示
瘦蛋白的结构特点
瘦蛋白(leptin; OB protein)又称OB蛋白。系肥胖基因(obese gene)在脂肪细胞内的表达产物。分子量16 000,含167个氨基酸残基的单链蛋白质分子、具有高度亲水性,在N端含有分泌信号肽。
简述脂蛋白的结构
脂蛋白中的蛋白部分称为载脂蛋白(Apo)。载脂蛋白在脂蛋白代谢中具有重要的生理功能。Apo是用ABC命名法,当前已经发现很多种类,一般分为5~7类,主要测定其ApoAI,ApoB两种。 ApoAI主要由肝脏合成,小肠也可合成,它是高密度脂蛋白胆固醇(HDL-CHOL)的主要结构蛋白,占HD
Ras蛋白的结构特点
Ras是大鼠肉瘤(rat sarcoma,Ras)的英文缩写。Ras蛋白是原癌基因 c—ras的表达产物,相对分子质量为21kDa。
载脂蛋白基因结构
载脂蛋白基因的分离是通过用相应的cDNA作为探针筛选基因文库而完成的。比较基因的核苷酸序列与cDNA的核苷酸序列得以鉴定基因的内含子与外显子数目以及它们的分界线。大部分真核细胞的基因含有内含子,内含子不编码氨基酸,但有些内含子参与基因表达的调控。外显子通常占据基因内的三个区域:第一个区域不编码氨
微管蛋白的结构特点
是一种球蛋白,是细胞内微管的基本结构单位。它是由两个蛋白质分子,即α-、β-微管蛋白分子聚合而成的异二聚体;每个这样的二聚体又与两个核苷酸分子相结合,一个属紧密结合,另一个为疏松结合,而且可以快速交换。分子量12万,沉降系数6s。微管蛋白有两个尺寸相等而结构不同的亚基(α和β)。其亚基分子量为5.5
Cell:蛋白固有结构失序
许多蛋白(固有无序蛋白,IDPs)或蛋白区域(固有无序蛋白区域:IDRs)缺乏明确的生理条件三维结构,这些蛋白虽然未折叠,且高度动态化,但是其本身并没有变性,相反蛋白的固有结构失序就是其天然功能状态。 作为一类缺乏稳定结构的特殊蛋白质,固有无序蛋白在生命活动中行使重要的生物学功能,与人类重大
酶蛋白的结构特点
酶蛋白具有一般蛋白质的物理化学性质,由20种天然氨基酸构成的生物大分子化合物,是由氨基酸以肽健(酰胺健)聚合成的肽链,一个蛋白质分子可能由一条肽链构成,也可能由几条肽链构成。在蛋白质肽链上的氨基酸残基按严格确定的顺序排列,它的侧链可以是各种天然氨基酸,不是单一氨基酸残基的重复。 酶蛋白是球蛋白,
波形蛋白的结构
波形蛋白单体,与所有其他中间丝一样,具有一个中心α-螺旋结构域,其末端由非螺旋氨基(头部)和羧基(尾部)结构域覆盖。两种单体可能以促进它们形成卷曲螺旋二聚体的方式共翻译表达,这是波形蛋白组装的基本亚基。α-螺旋序列包含有助于在螺旋表面形成“疏水密封”的疏水氨基酸模式。此外,酸性和碱性氨基酸呈周期性分
微管蛋白的结构特点
tubulin组成微管的蛋白质称为微管蛋白。微管蛋白是球形分子,有两种类型:α微管蛋白(α-tubulin)和β微管蛋白(β-tubulin),这两种微管蛋白约占微管蛋白总量的80%~95%,具有相似的三维结构,能够紧密地结合成二聚体,作为微管组装的亚基。α亚基由450个氨基酸组成,β亚基是由455
Ras蛋白的结构特点
Ras蛋白为膜结合型的GTP/GDP结合蛋白,相对分子质量为2.1万,定位于细胞膜内侧.它由188或189个氨基酸组成,它的第一个结构域为含有85个氨基酸残基的高度保守序列,接下来含有80个氨基酸残基的结构域中,Ras蛋白结构轻微不同,除了K2Ras末端25个氨基酸由于不同的外显子而分为A型和B型外
肌动蛋白的结构
肌动蛋白的氨基酸序列是最高度保守的蛋白质之一,因为它在进化过程中几乎没有变化,在藻类和人类等不同物种中的差异不超过20%。因此,它被认为具有优化的结构。它有两个显着特征:它是一种缓慢水解ATP的酶,ATP是生物过程的“通用能量货币”。然而,需要ATP以保持其结构完整性。其高效的结构是由几乎xxx的折
胶原蛋白的结构功能
胶原蛋白是生物高分子,动物结缔组织中的主要成分,也是哺乳动物体内含量最多、分布最广的功能性蛋白,占蛋白质总量的25%~30%,某些生物体甚至高达80%以上。
骨桥蛋白的基因结构
OPN人的OPN基因定位在染色体4q13,是单一编码基因,8kb大小,具有7个外显子和6个内含子组成。小鼠位于5号染色体上,基因长约7Kb,包括7个外显子,其5’端有启动子序列,该启动子中IKb长度也被测序并用GCG程序分析了转录因子的可能识别部位,这些转录因子包括API-5、PEA-3、PEA
肌球蛋白的结构
肌球蛋白是长形不对称分子,形状如“Y”字,长约160nm。电子显微镜下观察到它含有两条完全相同的长肽链和两对短肽链,组成两个球状头部和一个长杆状尾部。肌球蛋白分子量约460kD,长肽链的分子量约240kD,称重链;短链称轻链。将肌肉肌球蛋白用5,5′-二硫双(α-硝基苯甲酸,DTNB)处理后放出的一
胶原蛋白的基本结构
其基本结构为三股胶原蛋白多肽链相互缠绕形成的三螺旋结构,直径为1.5nm。部分类型的胶原蛋白三螺旋可组合成相互平行的有序多聚体,称为胶原蛋白纤丝(collagen fibril),其直径在10-300nm,长度可达几μm。胶原蛋白纤丝可以进一步组装成直径为0.5-3μm、长度为上百μm的胶原蛋白纤维
蛋白质根据蛋白质结构进行分类
纤维蛋白(fibrous protein):一类主要的不溶于水的蛋白质,通常都含有呈现相同二级结构的多肽链许多纤维蛋白结合紧密,并为单个细胞或整个生物体提供机械强度,起着保护或结构上的作用。球蛋白(globular protein):紧凑的,近似球形的,含有折叠紧密的多肽链的一类蛋白质,许多都溶于水