全球水稻核心种质资源重测序在深圳启动
由中国农科院、国际水稻所和华大基因研究院协作开展的“全球3000份水稻核心种质资源重测序重大科研项目”11月15日在深圳启动，将在2012年年内完成并向全球发布。 这一项目的启动意味着水稻全基因分子育种全面展开。国际水稻研究所所长罗伯特·瑞格勒表示，这是具有里程碑意义的事件，表明中国对进一步促进世界粮食安全和所需设施的大力支持，研究成果将会使全世界水稻种植者获益。 中国农科院原院长翟虎渠在启动仪式上表示，这一项目把生物基础研究、生物育种和农业产业化有效结合起来，对于促进农业产业长期稳定发展、保障国家粮食安全具有重要意义。 ......阅读全文
全球水稻核心种质资源重测序在深圳启动
由中国农科院、国际水稻所和华大基因研究院协作开展的“全球3000份水稻核心种质资源重测序重大科研项目”11月15日在深圳启动，将在2012年年内完成并向全球发布。 这一项目的启动意味着水稻全基因分子育种全面展开。国际水稻研究所所长罗伯特·瑞格勒表示，这是具有里程碑意义的事件
全球三千份水稻核心种质重测序项目即将发布
在深圳市大鹏新区召开的中国农业科学院深圳生物育种创新研究院科研用房升级改造工程启动仪式上披露,由该创新研究院主导的全球3000份水稻核心种质的重测序项目接近完成,即将向全球发布。 据介绍，3000份核心资源基本涵盖了世界上主要水稻品种的遗传多样性，其基因组测序的完成，将搭建起一个包含水稻全
浙大教授Nature子刊：水稻基因组重测序及群体遗传学研究
浙江大学农业与生物技术学院作物科学研究所，中国水稻研究所的研究人员发表了题为“Genomic variation associated with local adaptation of weedy rice during de-domestication” 的文章，以杂草稻群体为材料，通过基因组
整合RNA测序与ATAC测序：揭示耐盐水稻品种抗氧化防御机制，助力培育抗逆水稻新种
在广袤的农田里，水稻是人类重要的主食作物之一。然而，土壤盐渍化这一全球性难题，正严重威胁着水稻的生长与产量。据联合国粮食及农业组织相关数据显示，全球至少 10% 的土地受到盐渍化影响，这使得水稻在生长过程中面临诸多挑战。盐胁迫会导致水稻植株矮小、千粒重下降、小穗数量减少，最终造成产量大幅降低。在众多
重测序（RADseq）做群体遗传分析套路
构建的群体，或自然群体，如各地方品种。提取DNA后，构建文库，简要步骤如下：① 限制性内切酶TaqI酶切；② 连接P1接头；③ DNA随机打断片断化；④ 目的片段回收与末端修复；⑤ 连接P2接头；⑥ RAD片段富集；⑦ 上机测序。参考： Rapid and cost-effective polymo
PacBio助力感染菌株基因组重测序
Andrew Kasarskis博士是Icahn基因中心遗传与基因组中心的副主任。他目前领导着一些专攻治疗和诊断的合作项目，而他自己的研究也主要在病原体检测，药物基因组学，睡眠与遗传的关系几个方面展开。在加入西奈山之前，他曾经就职于PacBio，Sage Bionetworks和Merck。他有
通过单细胞测序解析体细胞重编程路径
随着单细胞技术日新月异的发展和应用，准确有效地解读数据提供的信息尤为重要。这项研究提供了利用单细胞测序数据研究细胞命运动态变化的新方法，通过发现细胞命运分支的产生，找到影响分支产生的原因，更好的实现对生理或病理条件下细胞命运变化理解，实现控制细胞命运变化的目标。 体细胞重编程是研究细胞命运转
美国科学家开发全基因组测序水稻变体
水稻不仅是全球一半人口的主食，也为研究能源作物提供了模型。为优化生物燃料作物，科学家正寻找决定水稻产量、抗病性和灌溉效率等性状的基因。 最近在《植物细胞》杂志刊登的一篇论文中，美国加州大学戴维斯分校的研究团队与来自能源部联合基因组研究所的合作者，宣布开发出粳稻Kitaake的第一个全基因组测
中国科学家完成水稻5个“近亲”基因组测序
中国科学家３日说，他们完成了亚洲栽培稻（一般称为水稻）５个“近亲”的全基因组测序，获得了高质量的基因组参考序列。这有望进一步推动水稻品种的改良。 中国科学家在美国《国家科学院学报》上报告说，他们从２００７年至今，自主完成了尼瓦拉野生稻、非洲栽培稻、短舌野生稻、展颖野生稻和南方野生
全基因组重测序的生物信息分析内容
1．数据量产出总碱基数量、Totally mapped reads、Uniquely mapped reads统计，测序深度分析。2．一致性序列组装与参考基因组序列（Reference genome sequence）的比对分析，利用贝叶斯统计模型检测出每个碱基位点的最大可能性基因型，并组装出该个体
依托高通量测序技术－400多个水稻基因转基因克隆工作完成
我国的水稻研究已进入了一个全新的领域，目前华大基因农能平台已经完成400多个水稻基因的转基因克隆工作，依托华大基因强大的高通量测序技术，今后将进一步加快水稻转基因育种研究工作。这是记者在6月29日结束的“水稻基因组学与农业应用研讨会”上获悉的消息。 作为世界上最早种植水稻的国家，水稻
PNAS：下一代测序助力张启发研究“转基因水稻”
水稻是世界上最重要的粮食作物之一，与玉米、小麦、土豆被称为“世界四大主粮”。在过去的50年里水稻尤其是籼稻（indica ）的改良取得了一些里程碑式的成果。其中一项重大的突破是在上世纪的五六十年代中国及国际水稻研究所（IRRI）开发出了一系列半矮杆水稻品种，促成了水稻的“绿色革命”。 此后，半
重测序结果揭示枣树起源于山西—陕西地区
全基因组选择消除分析及调控含仁率的候选基因筛选 洛阳师范学院供图 近日，《植物生物技术》在线发表了洛阳师范学院教授赵旭升课题组的研究成果。他们通过对分布广泛的493份枣种质（包括202份野生种和291份栽培种）进行基因组重测序，结合群体基因组进化分析、全基因组关联分析系统揭示了枣树的起源、
我国已完成31个大豆基因组重测序
由香港中文大学、华大基因研究院、农业部、中国科学院等单位合作的“大豆回家”项目研究成果，“31个大豆基因组重测序揭示遗传多样性和进化选择模式”11月14日在国际著名杂志《自然—遗传学》上在线发表。 该研究首次对野生大豆和栽培大豆全基因组进行了大规模遗传多态性分析，为全球大豆的遗传学研
世界首个梅花全基因组重测序研究完成
日前，北京林业大学张启翔教授领衔的国家花卉工程技术研究中心，与青岛华大基因研究院、深圳华大生命科学研究院以及宾夕法尼亚州立大学等单位通力合作完成了首个梅花全基因组重测序研究，构建完成了世界首张梅花全基因组变异图谱，“梅花花部性状的遗传结构”（The genetic architecture of
利用单细胞测序，揭示水稻受精过程中DNA甲基化机制
DNA甲基化是一种重要的表观遗传修饰，对于维持基因组稳定、抑制转座子和调控基因表达发挥着重要作用。同时DNA 甲基化的动态变化对于个体发育过程具有非常重要的意义。受精作用是有性生殖生物生命周期的开端，在该过程配子基因组通常会经历染色质的动态变化。大量研究表明哺乳动物早期胚胎发育过程中，亲代染色质
“重测序”寻找高粱遗传变异－助力粮食作物育种改良
2013年8月28日，来自澳大利亚昆士兰大学、深圳华大基因研究院等单位的科研人员对一重要粮食饲料作物--高粱进行了全基因组测序及分析。该研究比较了44个高粱品种的基因组序列，发现高粱基因组中存在大量的遗传变异，为今后高粱及其它粮食作物的育种改良提供了宝贵的遗传资源，同时也为解决全球日益
大规模基因重测序确认亚洲栽培稻起源于中国
美国研究人员在一项通过大规模基因重测序分析稻米进化史的研究中确认，亚洲栽培稻起源于中国，最早可能8000多年前就出现在中国长江流域。 亚洲栽培稻是世界上最古老的农作物物种之一。此前曾有研究认为，亚洲栽培稻有两个起源地——印度和中国。但5月2日刊登在美国《国家科学院院
小粒咖啡种质资源全基因组重测序解析获进展
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2022/3/474824.shtm 随着全球对特色咖啡需求的显著增加，开发市场需求高的咖啡品种是必不可少的。近日，中国科学院武汉植物园的科研人员，通过基因组重测序等方式发现的SNPs，或与咖啡中重要农艺性状的重要基
追根溯源：细说靶向重测序与扩增子捕获技术
追根溯源：细说靶向重测序与扩增子捕获技术 Thermo 与 Illumina合作的消息公布之后，在生物医学界投下了一颗重磅炸弹，Ion Ampliseq也一下子成为网络热搜词。Ion Ampliseq这个技术究竟是什么？它有什么独特之处？为什么这个技术会造成轰动性的效应呢？让我们追根溯源，
追根溯源：细说靶向重测序与扩增子捕获技术
追根溯源：细说靶向重测序与扩增子捕获技术 Thermo 与 Illumina合作的消息公布之后，在生物医学界投下了一颗重磅炸弹，Ion Ampliseq也一下子成为网络热搜词。Ion Ampliseq这个技术究竟是什么？它有什么独特之处？为什么这个技术会造成轰动性的效应呢？让我们追根溯源，
遗传发育所开发水稻分子育种整合组学知识库
10月18日，中国科学院遗传与发育生物学研究所植物基因组学国家重点实验室梁承志研究组开发的分子育种整合组学知识库水稻子库在线发表于学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）。文章题目为MBKbase for rice: an integrated omics knowl
Nature－Methods发表单细胞重亚硫酸盐测序技术
Babraham研究所和Wellcome Trust Sanger研究所的科学家们开发了一个单细胞表观遗传学检测技术，并将其发表在七月二十日的Nature Methods杂志上。这一成果可以帮助人们解读，环境怎样影响人类的发育和遗传性状。 “表观遗传学标志”是指DNA上的化学或蛋白标签，它们在
给300多橡胶树重测序后，他们终于发现产量密码
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/8/506120.shtm 将近150年前，橡胶树被英国人魏克汉引种到英国的邱园，开启了人工驯化历程。近日，中国热带农业科学院橡胶研究所教授田维敏团队联合中国科学院遗传与发育生物学研究所研究员李家洋院士团队和梁
重测序构建芝麻超高密度图谱以及花序基因的定位
连锁分析寻找QTL位点，是最经典的性状定位方法。而遗传图谱的密度是限制定位精度的其中一个方面。目前，构建图谱的方法已从基于传统的SSR、AFLP等基于片段长度多态性的分子标记，过渡到了基于SNP芯片或NGS测序的SNP分子标记。NGS测序最常用的是简化基因组测序和全基因组重测序，区别在于标记数量的多
研究团队部通过基因组重测序结果揭示枣树起源
近日，《植物生物技术》在线发表了洛阳师范学院教授赵旭升课题组的研究成果。他们通过对分布广泛的493份枣种质（包括202份野生种和291份栽培种）进行基因组重测序，结合群体基因组进化分析、全基因组关联分析系统揭示了枣树的起源、驯化历史，解析了枣树重要园艺性状变异的遗传基础，为后续其他重要性状的研究
中国科学家揭示杂草稻遗传机制，指导精准防控
杂草稻是田间的“山寨版”水稻，直接导致稻田减产，品质下降。浙江大学联合中国水稻研究所的科研人员通过基因组重测序及分析，揭示了杂草稻的遗传机制，为杂草稻防治奠定理论基础。相关论文日前在线发表在《自然·通讯》杂志上。 “杂草稻出现在田间，与正常的栽培水稻争阳光、水和养分，严重影响着水稻产量与品
大豆基因组重测序表明:野生大豆遗传多样性更高
“中原有菽，庶民采之。”五千年前，华夏始祖将野生大豆驯化，变成今天的“五谷”之一。而今，一项被称为“大豆回家”的基因组研究计划在其故乡中国取得突破。 11月15日，由香港中文大学、华大基因研究院、农业部基因组重点实验室、中国农业科学院等单位合作完成的《31个大豆基因组重测序揭示遗传多样性和
Nature重磅！PacBio－三代测序技术又一重大应用
近期，《Nature Biotechnology》上在线发表了一篇由西奈山伊坎医学院，生物信息学公司Sema4，纽约大学和佛罗里达大学的科学家们联合开展的研究结果。在这项新工作中，科学家使用PacBio长读长单分子实时测序技术(SMRT 测序技术)和新型算法进行微生物组菌株鉴定，提出不同种的微生
中国科学家主导完成“绿色超级稻”国际扶贫项目
自2008年启动以来，由中国农业科学院主导的“为亚洲和非洲资源贫瘠地区培育绿色超级稻”国际农业科技扶贫项目，已在18个非洲和亚洲国家审定高产、优质、多抗品种78个，累计推广面积达612万公顷，令160万农户收入显著增加。 4月2日，“绿色超级稻”项目结题会在京举行。项目首席科学家、中国农科院作