国外企业“妙招”攻克长读长测序技术中“DNA提取”的痛点？
近年来，Pacific Biosciences、Oxford Nanopore Technologies、Bionano Genomics和10x Genomics等公司的长读长测序和基因组图谱技术越来越受欢迎。随着相关技术的推广应用，长读长测序技术在快速、高效提取高质量高分子量DNA方面的痛点日益凸显。 长读长测序技术痛点：DNA提取速度、产量是关键 在过去的基因组研究中，人们可能会更多的选择短读长测序。现在，那些新开展的基因测序研究更愿意选择PacBio、Oxford Nanopore、Bionano、10x Genomics等公司的技术。例如将为地球上所有66,000种脊椎动物物种生成参考基因组的脊椎动物基因组计划(VGP)，就已承诺在研究中使用高通量基因组图谱技术和长读长测序技术。 利用目前已有的许多DNA提取标准方法，如色谱柱法和磁珠法，获得高分子量DNA并不容易。大多数用户最终选择的还是非常传统的方法，如琼......阅读全文
我国学者成功完成小麦A基因组的测序和精细图谱绘制
小麦是全球最重要的粮食作物，养活了世界上40%的人口，提供了人类所需热能和蛋白质的20%。我国是世界上小麦生产和消费大国，常年种植面积为2,400万公顷左右，年产量近1.3亿吨。生产上广泛种植的普通小麦是一个经两次自然杂交而形成异源六倍体，含有A、B和D三个亚基因组，其基因组大（约17 Gb，是
新一代测序技术之三国时代(中):Roche/454
454公司可谓新一代测序技术的奠基人。2005年底，454公司推出了革命性的基于焦磷酸测序法的超高通量基因组测序系统——Genome Sequencer 20 System，被《Nature》杂志以里程碑事件报道，开创了边合成边测序（sequencing-by-synthesis）的先河
新一代超高通量基因组测序系统－GS－FLX开创科研无限新...
新一代超高通量基因组测序系统 GS FLX开创科研无限新可能GS FLX系统是由罗氏454生命科学公司推出的目前应用最广的超高通量基因组测序系统，研究人员利用高准确性、长读长的GS FLX系统快速的获得高质量的生物数据，取得科研突破性进展。自GS系统问世以来，于世界顶级杂志共发表250余篇高质量
斯坦福团队证明，长读长如何诊断结构变异引起的疾病
一项最近发表的研究显示，长读长测序可以帮助诊断结构变异引起的罕见病，而这些变异难以通过短读长来鉴定。斯坦福大学临床基因组学服务的研究人员上个月在刊前版服务器（Pre-print Server）bioRxiv上报道称，他们利用Pacific Biosciences的Sequel仪器来测序一名身患未知疾
Genome－Biology：RNAseq需要多长的读长？
随着新一代测序（NGS）的读长在不断增长，研究人员也开始纠结：到底多长的读长才合适？双端测序是不是优于单端测序？近日，康奈尔大学维尔医学院的研究人员在《Genome Biology》杂志上发表文章，认为对于差异表达分析而言，读长并非越长越好。不过，双端测序和长的读长无疑能改善剪接的检测。 最初
新一代测序技术之三国时代(上):Illumina
【摘要】2005年454公司首推划时代的新一代测序仪，从而引发了测序市场上454、Illumina、ABI等公司在新一代测序技术上的比拼高潮。也正是这种你追我赶，让绘制人类全基因组图谱由过去的耗费4.37亿美元和13年时间，骤然缩短到如今SOLiD 3运行一次即获得50GB可定位测序数据。新一代测序
基因组测序
如果楼主指的是人类基因组计划，那时用的方法叫做双脱氧终止法，也叫做sanger法。它的原理是在DNA合成过程中，DNA聚合酶能够使用ddNTP(双脱氧核苷酸）来作为原料，但它的反应会在加入ddNTP的时候终止。具体实验是通过PCR来完成的，但与普通PCR不同，它只需要一个引物而不是一对。在4个相同的
Nature：借助第三代测序韩国发表最连续人类基因组
国立首尔大学医学院的研究人员和美国被誉为“测序黑马”的公司——10x Genomics联合运用去年新发售的GemCodeTM测序平台以及第三代测序PacBio单分子实时测序平台在本期的Nature上发表了一项新的研究，对一名韩国人的基因组（AK1）进行从头组装和单倍体型定相信息分析。这是迄今为止
454用于西红柿基因组测序
最近，西红柿基因组学会完成了一个农业种植西红柿品系Solanum lycopersicum的基因组图谱，以及一个野生型西红柿品系S. pimpinellifolium的基因组图谱，并将其与已知的土豆基因组以及其他植物比较，寻找与水果有些特性相关的基因，相关文献在Nature杂志作为封面文章发
中国花生基因组计划取得阶段性研究成果
近日，由山东圣丰种业科技有限公司、广东省农业科学院、山东省农业科学院和Macrogen千年基因联合启动的中国花生基因组计划取得了阶段性研究成果，该成果报告会于Macrogen千年基因圆满举办。本次会议总结了中国花生基因组计划的阶段性研究成果及国际上花生基因组研究的进展，并讨论了花生基因组计划后期
Sanger采用SMRT测序技术获得－NCTC－3,000株细菌基因组图谱
英国著名的Wellcome Sanger研究所与Pacific Biosciences（PacBio）合作已完成了对英国公共卫生部国家标准菌库NCTC中 3,000多株细菌的基因组的测序工作，其中包括一些世界上最危险的细菌，如引起鼠疫、痢疾和霍乱的细菌。通过解码DNA，研究人员能够更好地了解细菌
突破性进展：如何追踪抗生素耐药细菌抗性基因的来源？
根据世界卫生组织（WHO）报道，“抗抑菌剂基因的出现对于由细菌、寄生虫、病毒及真菌所引起的感染疾病的预防与治疗带来了很大的挑战，在后抗生素时代，看似普通的感染有可能扼杀一条生命不再是不切实际的幻想，而正逐渐变为现实”。 通常抗抑菌剂基因的获得是由细菌内可动遗传因子元件介导的致病菌间或者是致
IonPGM测序仪读长达到400bp
Life Technologies公司近日宣布，适用于Ion PGM™测序仪的400 bp测序试剂盒已上市。读长的改善使产量增加，也带来了更完整的细菌de novo组装。目前Ion 318™芯片上的400 bp运行的产量可达1-2 Gb。 德国明斯特大学的Dag Harmsen教授去年
新算法TRFill解决生物基因组重复序列组装难题
近日，中国农业科学院农业基因组研究所农业基因组学技术研发与应用创新团队开发出了一种新算法——TRFill，解决了现有工具无法完全填补基因组间隙的难题，显著提升了基因组质量。相关研究成果发表在《基因组生物学》（Genome Biology）上。 动植物基因组的许多区域存在大量高度重复的DNA片段
因美纳向Broad研究所交付全球首台NovaSeq－X－Plus测序系统
美国佛罗里达州好莱坞——2023年2月8日，全球基因测序和芯片技术的领导者因美纳（纳斯达克股票代码：ILMN）宣布近期已向Broad研究所交付全球首台NovaSeq X Plus测序系统。因美纳首席技术官Alex Aravanis博士今日在佛罗里达州好莱坞举行的基因组生物学技术进展大会（AGBT
让众多科学家心存疑虑的第三代测序技术
在第二代测序技术的协助下，个人基因组图谱正在如火如荼地绘制中。但第二代测序技术很快就遇上了强劲的对手——第三代测序技术，也被称为“下、下一代的测序(next-next-generation sequencing)”。第三代测序技术是基于纳米孔(nanopore)的单分子读取技术，有着更快的数据读
昆明动物所发布中国恒河猴基因组并解析猿类结构变异
恒河猴（Macaca mulatta）是生物科学研究和新药研发广泛应用的非人灵长类实验动物。构建一个高质量的恒河猴基因组是开展相关研究的重要基础。当前国际上广泛使用的是印度恒河猴的参考基因组，但这个主要基于二代测序的恒河猴参考基因组组装质量较差，序列碎片化和缺失严重，极大地限制了它的应用，特别是
基因是否表达，做个cfDNA全基因组测序就可揭晓
8月29日，《Nature Genetics》杂志上的研究表明，血循环游离DNA（cfDNA）可提供线索来预测基因的表达。 全基因组测序就能知道基因是否表达 基因表达(gene expression)是指细胞在生命过程中，把储存在DNA顺序中的遗传信息经过转录和翻译，最后转变成具有生物活性的
基因是否表达：cfDNA全基因组测序可揭晓
《Nature Genetics》杂志上的研究表明，血循环游离DNA（cfDNA）可提供线索来预测基因的表达。 全基因组测序就能知道基因是否表达 基因表达(gene expression)是指细胞在生命过程中，把储存在DNA顺序中的遗传信息经过转录和翻译，最后转变成具有生物活性的蛋白质分子的
我国完成桑蚕大规模基因组重测序和遗传变异图谱构建
北京时间8月28日凌晨2时，由深圳华大基因研究院与西南大学合作的研究成果“40个基因组的重测序揭示了蚕的驯化事件及驯化相关基因”在国际权威学术刊物《科学》上发表，这是科学家继2003年在家蚕基因组研究领域取得进展后的又一重要成果。 据悉，科学家共获得了40个家蚕突变品系和中国野桑蚕的全基因
国产纳米孔测序仪市场化加速，这家企业做对了什么？
“目前，已有超过100个机构使用齐碳QNome测序平台。” 在6月28日举行的新品发布会上，齐碳科技联合创始人谢丹博士回顾了公司商业化探索的第一项成绩单。QNome-3841是齐碳科技研发的国内首款商业化纳米孔测序仪，在2021年12月正式面市，随后被迅速应用到疾病控制与预防、病原体研究、动物疫病防
鱼和熊掌兼得，PacBio获得高度准确的长reads
如今，人类基因组的测序已经达到群体规模，但仍需要结合不同的测序技术（短读长和长读长），才能覆盖各种类型的遗传变异。这无疑增加了测序项目的成本和复杂度。为此，Pacific Biosciences公司的研究人员开发出一种方案，能够在Sequel测序平台上产生高度准确的长reads。 如今，人类基
一代测序、二代测序及三代测序的应用对比
一、初现庐山真面目 一代测序：又称Sanger测序(多分子，单克隆) 历史：第一代DNA测序技术(又称Sanger测序)在1975年，由Sanger等人开创，并在1977年完成第一个基因组序列(噬菌体X174)，全长5375个碱基。研究人员经过30年的实践并对技术及测序策略的不断改进(如使用
一代测序、二代测序及三代测序的应用对比
一、初现庐山真面目 一代测序：又称Sanger测序(多分子，单克隆) 历史：第一代DNA测序技术(又称Sanger测序)在1975年，由Sanger等人开创，并在1977年完成第一个基因组序列(噬菌体X174)，全长5375个碱基。研究人员经过30年的实践并对技术及测序策略的不断改进(如使用
－长读取测序揭秘转录本结构
短读取的 RNA-seq 虽然可以精确计数已表达的转录本，但无法提供这些转录本的结构信息。 现在，斯坦福大学研究人员在《自然-生物技术》(Nature Biotechnology)杂志上报告称，他们开发出了一种能保留转录本结构信息的新方法，他们通过环状 cDNA 模板和长读取测序，
兜里掏出小仪器－就能测你基因组
《自然-生物技术》日前在线发表一篇论文，介绍了一种纳米孔装置。该装置仅有一个口袋大小，却可以测序和从头组装人类基因组。该研究报告了迄今为止最连续的人类基因组组装且仅使用了单一测序技术。 理解和解读人类基因组是现代医学的基石，人们一直希望可以尽可能多地测序基因组。此前，受速度、成本和测序系统有限
Nature公布大麦基因组图谱
大麦是世界上最重要的粮食作物之一，17日Nature公布了目前为止最完善的大麦基因组测序图谱。这项由美国农业部主导的大工程，在德国、日本、芬兰、澳大利亚、英国、美国和中国科学家们的共同努力下，历经六年终于取得了重大进展。大麦基因组图谱将成为人们提高大麦产量、增强大麦抗虫抗病能力、增加大麦营养价值
Nat－Biotechnol：长读DNA分析技术可能会产生错误
在一项新的研究中，来自英国爱丁堡大学的研究人员指出读取长片段DNA的先进技术可产生有缺陷的数据，从而可能影响后续的遗传研究工作。能够读取长片段遗传物质的新方法的准确率高达99.8%，然而，在30亿多个碱基的人类基因组中，这可能等同于结果中出现数百万个碱基差错。这些错误可能错误地表明个体具有增加他
三代测序的DNA提取和宏基因组学分析（一）
改进的人类肠道微生物组的高分子量DNA提取，纳米孔测序和宏基因组学装配Improved high-molecular-weight DNA extraction,nanopore sequencing and metagenomicassembly from the human gut microb
DNA测序技术的比较表
第X代 公司 平台名称