环形RNA与线性RNA定量比较分析新系统CLEAR发布
1月15日，国际学术期刊Genomics,Proteomics & Bioinformatics在线发表了中国科学院－德国马普计算生物学伙伴研究所杨力研究组关于环形RNA研究的最新进展“CIRCexplorer3: A CLEAR Pipeline for Direct Comparison of Circular and Linear RNA Expression”。该研究发布了升级版的环形RNA与线形RNA直接定量比较的分析系统CIRCexplorer3-CLEAR，用于开展环形RNA的精准定量研究。 真核生物中的反向剪接可以将外显子序列反向首尾连接形成环形RNA。基于发现定位于反向剪接位点的高通量测序读序，杨力研究组在2014年建立了高效的环形RNA计算分析新流程（CIRCexplorer, version 1），并通过合作系统揭示了环形RNA在体内的广泛存在、揭示了互补序列介导的环形RNA产生基础及其调控的......阅读全文
环形RNA与线性RNA定量比较分析新系统CLEAR发布
1月15日，国际学术期刊Genomics,Proteomics & Bioinformatics在线发表了中国科学院－德国马普计算生物学伙伴研究所杨力研究组关于环形RNA研究的最新进展“CIRCexplorer3: A CLEAR Pipeline for Direct Comparison o
研究开发出高效环形RNA检测与定量工具
近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）高远团队与动物研究所赵方庆团队，开发出面向TB级转录组数据的高效环形RNA检测与定量工具CIRI3，通过反向剪接序列比对与跨样本整合算法设计，实现了TB级数据的超高速处理，并可高灵敏识别低丰度及非传统剪接信号的新型环形RNA，突破了环形RNA大规模
环形RNA获新研究进展
9月18日，国际著名学术期刊《细胞》在线发表了中科院上海生命科学研究院计算生物学伙伴研究所杨力课题组和生物化学与细胞生物学研究所陈玲玲课题组关于环形RNA研究的最新进展。该研究成果首次阐明了互补序列对外显子来源环形RNA产生的调节机制，并进一步揭示了互补序列竞争性配对介导的可变环化调控，以全新的
北京生科院提出环形RNA全长转录本重建和定量新方法
国际学术期刊Genome Medicine 在线发表了中国科学院北京生命科学研究院计算基因组学实验室赵方庆团队题为Reconstruction of full-length circular RNAs enables isoform-level quantification 的最新研究成果。该研
赵方庆团队提出环形RNA转录本重建和定量新方法
在以往的研究中，环形RNA的识别方法主要是利用环形RNA特有结构——反向剪接序列特征进行识别。然而，由于二代测序的读长普遍较短，研究者们虽然可以获得大量的反向剪接位点，却无法高通量获得环形RNA的完整内部结构信息，也无法对不同可变剪接产物进行精确定量。 2018年1月19日，Genome Me
赵方庆团队开发环形RNA定量和差异表达分析新方法
2020年1月3日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队在《自然-通讯》（Nature Communications）杂志上发表题为Accurate quantification of circular RNAs identifies extensive circular isoform sw
我国科学家发现环形RNA新功能
基因“暗物质”间接参与免疫调节 人类基因“暗物质”环形RNA (核糖核酸)又被“发掘”一项新功能。中科院生物化学与细胞生物学研究所与中科院—马普计算生物学研究所科研人员，合作研究发现了环形RNA及其生成调控过程参与抗病毒免疫反应，为环形RNA的功能和抗病毒免疫相关研究提供了新视角。日前，相关成
研究人员开发环形RNA定量和剪接体转换识别新方法
2020年1月3日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队在《自然-通讯》（Nature Communications）杂志上发表题为Accurate quantification of circular RNAs identifies extensive circular isoform sw
科研家提出环形RNA全长转录本解析技术
近日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队在《自然-实验手册》（Nature Protocols）上，发表了题为Full-length circular RNA profiling by nanopore sequencing with CIRI-long的研究论文，建立了环形RNA全长转录本解析
北京生科院发表环形非编码RNA识别新技术
2月28日，国际学术期刊Briefings in Bioinformatics 发表了中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队题为Circular RNA identification based on multiple seed matching 的最新研究成果。因为目前在环形RNA识别方面存
环形RNA：从“无名之辈”到“明日之星”
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/1/516892.shtm动植物体内存在种类繁多的环形核糖核酸（circular RNA），其中以反向剪接产生的环形RNA含量最为丰富，因其具有独特的闭环结构，近期引发全世界科学家的关注。在国家自然科学基金重大
北京生科院提出环形RNA识别的新方法
环形RNA是一类新报道的结构特殊的非编码RNA。近两年的研究发现，环形RNA在动物细胞内广泛存在，且大多位于基因的外显子区域。另有研究表明，少数环形RNA分子可以充当microRNA“海绵”，在转录后水平对基因表达进行调控。然而，目前绝大多数的环形RNA功能仍不明确，科学家们推测其可能与蛋白质及
北京生科院提出环形RNA全长转录本解析技术
4月12日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队在《自然-实验手册》（Nature Protocols）上，发表了题为Full-length circular RNA profiling by nanopore sequencing with CIRI-long的研究论文，建立了环形RNA全长
RNA－光谱分析与定量
试剂、试剂盒 DEPC 无核酸酶的水 仪器、耗材 紫外分光光度计 石英比色杯
RNA－光谱分析与定量
试剂、试剂盒 DEPC 无核酸酶的水仪器、耗材 紫外分光光度计 石英比色杯实验步骤 一、材料与设备1）紫外分光光度计。2) 石英比色杯。3)DEPC4) 无核酸酶的水。二、操作方法(一）准备分光光度计用 0.1%DEPC 水浸泡比色皿至少 15 min。2) 用水或无 UV 吸收的缓冲掖设置基线。
DNA和RNA定量利器：Qubit－4
新一代测序（NGS）实验中，我们需要将精确量的DNA文库分子上样到测序仪中。如果测序运行时的文库分子过多或过少，都会使数据质量受损。这不仅浪费宝贵的样本和试剂，也浪费我们和仪器的时间。对于芯片分析（Microarray）和实时定量PCR（qPCR）而言，精确测定样本中的DNA或RNA也是必需的。以往
北京生科院在环形RNA研究领域取得新进展
6月28日，国际学术期刊Nature Communications 在线发表了中国科学院北京生命科学研究院计算基因组实验室赵方庆团队题为Comprehensive identification of internal structure and alternative splicing even
分子细胞卓越中心发表关于环形RNA的综述文章
5月17日，中国科学院分子细胞科学卓越创新中心陈玲玲团队在Cell上，在线发表了题为Circular RNAs: characterization, cellular roles and applications的综述论文。该论文系统梳理了针对环形RNA研究的生物学技术手段，总结了其以非编码RN
北京生科院建立单细胞环形RNA分析技术及表达图谱
环形RNA是一类在真核细胞中广泛存在的内源性非编码RNA分子，在生物体发育过程中发挥重要作用。之前研究已在不同物种中鉴定出数百万个环形RNA分子，并产生了大量用于揭示生物体组织表达模式的环形RNA数据资源。然而，由于大多数环形RNA表达量较低，传统的转录组测序方法无法表征单个细胞环形RNA表达谱
研究揭示环形RNA促进相分离调控肿瘤发展分子机制
环形RNA是由pre-mRNA通过反向剪接形成的闭合环状RNA分子，在生物体内可发挥miRNA海绵、结合蛋白以及翻译成短肽等分子功能来调控各种生理和病理过程。与线性mRNA相比，环形RNA独特的环状结构使其具有更高的稳定性，在细胞内可更稳定地存在。因此，环形RNA更适合作为肿瘤的分子标志物及治疗
5.1－RNA－光谱分析与定量
采用分光光度法对核酸进行精确定量，因为这种方法不破坏结构，并且还能回收样品.。RNA 有吸收紫外光的性质，吸收高峰在 260nm 波长处，这是单个核糖核甘酸在 256nm 和 281nm 之间吸收值的平均值。试剂、试剂盒DEPC无核酸酶的水仪器、耗材紫外分光光度计石英比色杯实验步骤一、材料与设备1）
信使RNA的检测、分析及定量介绍
对mRNA的检测、分析及定量方法目标RNA的类型同时定量的目标RNA的数量用途缺点Northern杂交mRNA通常为一个，最多几个。主要用于估测不同组织、细胞中目标mRNA的分子质量，可用于mRNA的粗略定量。需要大量RNA；只可同时检测一个或最多几个mRNA；与PCR方法相比，灵敏度差、耗时。RN
RNA的定量和完整性分析
RNA的完整性可以通过琼脂糖变性电泳分析检测,而含量则通过紫外分光光度计确定。常见的变性电泳有甲醛变性电泳，戊二醛变性电泳等。甲醛变性电泳检测RNA完整性一、材料、试剂和仪器1 材料: 植物总RNA 5-10μg2 试剂:1）加样运载缓冲液（Loading buffer），50% 甘油，1mmol/
生科院提出环形RNA内部序列结构可视化新方法
1月18日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队于Bioinformatics 杂志上在线刊发了题为Visualization of circular RNAs and their internal splicing events from transcriptomic data 的研究。该研
中国科学院动物所团队综述环形RNA药物设计
环形 RNA（circular RNA,circRNA）是一类广泛存在于真核细胞中的内源性非编码 RNA 分子，在生物体发育过程中发挥着重要作用。其独特的环状结构使其免受外切酶降解，因此比线性 RNA 更加稳定。自 2010 年代初以来，circRNA 在 RNA 适配体、 guide RNA 等领
我国学者成功挖掘和识别哺乳动物环形RNA功能
2019年3月19日，国际学术期刊Cell Reports 在线发表了中国科学院北京生命科学研究院计算基因组学实验室赵方庆团队题为“Expanded expression landscape and prioritization of circular RNAs in mammals”的最新研究
RNA干涉(RNA－Interference，RNAi)（2）
早期的 RNAi 技术可用在研究与胚胎发育相关基因的功能上，但是由于细胞分裂造成 dsRNA 的稀释，使得这种方法在研究成体的基因功能时有一定的局限性。为弥补早期 RNAi 技术的不足，Tavernarakis 等将 RNAi 技术做了一些改进及更动，将目的基因之标的序列以反向重复的方式，由
RNA提取时RNA降解原因
1 ) 新鲜细胞： 裂解液的量不足，使得裂解不充分。 2 ) 新鲜组织： 某些含有内源性核酸酶的样品，很难避免RNA酶的降解，建议采用的方法为在液氮条件下将组织研碎，并且，匀浆时采用更多的裂解液。 3 ) 冷冻样品： 样品取材后应该迅速置于液氮中冷冻存放，然后转移到-70℃冰箱存
RNA干涉(RNA－Interference，RNAi)（1）
基因沉默（gene silencing）是生物体内特定基因由于种种原因不表达的遗传现象。一方面，基因沉默是生物遗传操作创造新的遗传修饰生物（genetically modified organisms）的障碍，另一方面，它又是植物抵抗外来核酸入侵（如病毒）的一种反应，为植物抗病毒的遗传育
RNA干扰技术(RNA－interference，RNAi)
1995年，康乃尔大学的Su Guo博士在试图阻断秀丽新小杆线虫（C. elegans）中的par-1基因时，发现了一个意想不到的现象。她们本是利用反义RNA技术特异性地阻断上述基因的表达，而同时在对照实验中给线虫注射正义RNA（sense RNA）以期观察到基因表达的增强。但得到的结果