全基因组测序的竹亚科及生物学性状的比较基因组学研究
禾本科（禾草）是被子植物最大科之一，约有12000种，是水稻、小麦、玉米等人类粮食和牲畜饲料的主要来源，也为人类提供了加工淀粉、制糖、酿酒、造纸、编织和建筑等方面的重要原料。同时，禾本科又是植物遗传学和基因组学研究的模式类群。竹亚科（竹子）是禾本科的12个亚科之一，与早熟禾亚科、稻亚科组成BOP支系，是该科适应森林生境的一个主要分支。竹类植物多数种类植株高大、生长迅速，营养生长周期长达几十年，最长可达120年，且开花后即成片死亡。竹子作为“木质化的禾草”（woody grass）和独特开花性状而备受关注，但由于研究难度大，一直是禾本科研究的一个薄弱环节。竹亚科具有丰富的物种多样性，约有1500种，包括以染色体基数为12、不同倍性的四个分支，即二倍体的草本竹类（2n=20-24）、四倍体的温带木本竹类（2n=46-48）、四倍体的新热带木本竹类（2n=40-48），以及六倍体的旧热带木本竹类(2n=70-72)。然而，木本竹类......阅读全文
表观基因组学研究指南（三）
今年九月，对于基因组研究者们来说是一个具有纪念意义的月份，因为美国人类基因组研究院(NHGRI)资助的ENCODE项目在 Nature，Genome Biology，Genome Research等杂志上公布了三十多份论文，还有在Science，Cell，以及the Journal
基因组学:－跨越癌症研究国界
1982年11月，在尼日利亚海军医院外足球场上踢球的一名军官，突然摔倒死亡。这名男子被带到急诊室时，当时还是一个新人的 Olufunmilayo Funmi Olopade医生正在值班。“我们搞不明白为什么他死亡，这让我感到震惊，从那时开始我意识到，我需要做更多的工作来理解和帮助人们。”Ol
表观基因组学研究指南（一）
今年九月，对于基因组研究者们来说是一个具有纪念意义的月份，因为美国人类基因组研究院(NHGRI)资助的ENCODE项目在Nature，Genome Biology，Genome Research等杂志上公布了三十多份论文，还有在Science，Cell，以及the Journal of Bi
作物基因组学研究进展
摘要：农作物基因组学研究的发展，对于有效利用现代分子生物学手段进行物种的遗传改良发挥了重要作用。随着测序技术的发展，已经实现对重要农作物，如水稻、小麦、玉米、大豆、油菜、棉花、蔬菜等作物基因组的测序或重测序，在此基础上完成对控制重要农艺性状基因的克隆和鉴定。本文综述了２０１７年度主要农作物基因组
昆明植物所解析九倍体木本竹基因组
竹子即竹亚科是禾本科的重要分支，广泛分布于亚洲、非洲和拉丁美洲，约有1,700种。作为一类生长快、多年生、可再生的森林资源，木本竹子越来越多被用作木材的替代品，具有重要的经济价值和生态价值。有研究发现，木本竹子均为异源多倍体，具有长时间营养生长、一次性开花等独特的生物学习性。多倍体是植物尤其是竹子进
昆明植物所禾本科BEP分支及近缘物种比较研究取得进展
BEP分支——即竹亚科 (Bambusoideae)、稻亚科 (Ehrhartoideae) 和早熟禾亚科 (Pooideae)，是禾本科 (Poaceae) 重要组成部分之一。最近十几年以来，研究人员付出了巨大的努力，但是BEP分支的系统发育关系仍然存在争议。值得欣喜的是，近两年来，研
研究揭示宿主基因组趋同是地下哺乳动物适应穴居生活的趋同演化基础
趋同演化是指亲缘关系较远的物种在相似环境或生活方式下，独立演化出相似的表型或特征。地下哺乳动物独立演化出多种适应性表型和特征，以应对极端地下环境带来的低氧、黑暗等挑战，是研究特殊环境适应性演化与趋同演化的理想模型。目前，地下哺乳动物的适应性演化和趋同演化机制的研究集中在基因组层面，而转录组和肠道
竹类组学和分类学信息平台发布
日前，中国科学院昆明植物研究所研究员李德铢带领的研究团队在《分子植物》上在线发表论文，发布了“竹类组学和分类学信息平台（BambooBase，https://bamboo.genobank.org/）”。BambooBase收录了竹类植物18个基因组、476个转录组和16个表观基因组的数据，以及13
基因组研究揭示金丝猴演化历史－主要以叶子和种子为食
近日，中国科学院动物研究所、中国科学院大学等科研机构的研究人员对一只雄性川金丝猴进行了全基因组测序，通过比较基因组学，结合功能实验和宏基因组分析，揭示了灵长类植食性适应的分子机制，并阐明了金丝猴属的起源和演化历史。该研究结果发表在11月2日英国《自然遗传学》杂志上。 金丝猴又称仰鼻猴，是一群濒
国际基因组学大会在长春落幕
10月24日，2011国际基因组学大会在长春落幕。中科院院士贺林、美国国立卫生研究院癌症研究所资深研究员Charles Vinson等国内外知名专家学者，围绕“基因组学时代的机遇与挑战”主题，从基因组科学、基因组技术、基因组信息学与计算生物学、基因组转化与应用等方面进行了交流，并就全球基因
基因组学出手－寻找番茄旧时味
近日，《科学》杂志以封面报道形式介绍了中美科学家关于番茄风味改良的化学和遗传学路线图研究成果，同期刊发了两国科学家合作的论文。与此同时，《自然》杂志也就此在线发表了亮点报道。 小小番茄之所以获得如此高的关注度，源于这种果实既是一种非常受消费者欢迎的蔬菜，又是植物生物学家的最爱之一，堪称植物遗
基因组学推进肿瘤研究未来发展
——访亿明达肿瘤业务营销副总裁约翰·莱特 基因组学正在改变肿瘤研究，其最终目标是推进癌症的诊断、治疗、监控及最终的筛查方式。 癌症通常按照形态进行分类，这指的是病理学家在显微镜下看到的内容。“如今，癌症分类依据已经开始从形态特征转变为更有效的治疗方式，其中的主要转变在很大程度上归功于基因组研
基因组学出手助番茄复“味”
以《更好吃的番茄》为题，1月27日的《科学》杂志用封面报道介绍了中美科学家关于番茄风味改良的化学和遗传学路线图研究成果，同期刊发了两国科学家合作的论文。与此同时，《自然》杂志也就此在线发表了亮点报道。 《科学》和《自然》杂志如此重视这小小番茄的原因在于，番茄既是一种非常受消费者欢迎的蔬菜，根
当免疫治疗遇到基因组学
近来一种能够激活人体自身免疫系统对付肿瘤的新药大获成功，然而，只有部分癌症患者得以受益。科学家们近来发现编码肺部肿瘤的基因序列有可能能够帮助我们预测免疫药物能够让哪些人受益最多。 肿瘤细胞之所以能否逃脱人体免疫系统的监视，是通过激活了免疫T细胞表面一个叫做PD-1的受体。该受体被激活以后，T细
作物基因组学研究进展（一）
作物基因组学研究进展农作物基因组学研究的发展，对于有效利用现代分子生物学手段进行物种的遗传改良发挥了重要作用。随着测序技术的发展，已经实现对重要农作物，如水稻、小麦、玉米、大豆、油菜、棉花、蔬菜等作物基因组的测序或重测序，在此基础上完成对控制重要农艺性状基因的克隆和鉴定。本文综述了２０１8年度主要农
作物基因组学研究进展（二）
⑵小麦基因组研究小麦是全球最重要的粮食作物之一，小麦的稳产和增产对我国乃至全世界粮食安全的影响举足轻重。近年来由于全球气候变化、环境变化的影响，小麦生产面临严峻的挑战，对于小麦的育种和品种改良工作提出了新的要求。普通小麦（Ｔｒｉｔｉｃｕｍ ａｅｓｔｉｖｕｍ Ｌ．）是３个不同亚基因组形成的异源
药物基因组学发展和应用（三）
药物基因组学为临床医生和临床药师提供了很大程度上改善几百万患者药物治疗效果的机会。但是，这个机会的利用却受到阻碍和挑战，并且新的知识还在不断的更新。 药物转运体的基因多态性 药物的生物利用度不仅取决于药物代谢酶的活性，在较大程度上也有赖于生物膜上转运体的活性。转运体分布在许多屏
药物基因组学发展和应用【一】
影响患者对药物反应的因素有很多，包括患者本身的内在因素如年龄、性别、种族/民族、遗传、疾病状态和器官功能，还有其它生理变化，包括怀孕、哺乳以及外源性因素如吸烟和饮食。基因变异可导致疾病表现和药物反应的多样性这一观念目前已得到广泛认可，并经许多的研究证实。对于一些遗传因素影响研究比较明确的药物，在治疗
药物基因组学发展和应用【五】
药物基因组学为临床医生和临床药师提供了很大程度上改善几百万患者药物治疗效果的机会。但是，这个机会的利用却受到阻碍和挑战，并且新的知识还在不断的更新。 药物基因组学临床应用的机遇与挑战 药物反应个体差异的发现和遗传机制的证实，为改变药物治疗模式提供了重要的理论依据。使传统的“千人一
药物基因组学发展和应用【二】
药物基因组学为临床医生和临床药师提供了很大程度上改善几百万患者药物治疗效果的机会。但是，这个机会的利用却受到阻碍和挑战，并且新的知识还在不断的更新。 药物代谢酶的基因多态性 一、I相代谢酶 人类细胞色素P450（CYP459）超家族在诸多药物的代谢中发挥着重要作用，CYP
作物基因组学研究进展（三）
⑸棉花基因组研究棉花是重要的天然纤维和油料作物，也是研究多倍体进化和作物驯化的重要模式植物。南京农业大学张天真等课题组通过将栽培棉与野生棉对比，绘制出了棉花表观遗传基因的“甲基化基因图谱”，对野生棉和栽培棉之间超过１２００万个的差异甲基化胞嘧啶进行分析，鉴定出５１９个表观等位基因（ｅｐｉａｌｌｅｌｅ
药物基因组学发展和应用【四】
药物基因组学为临床医生和临床药师提供了很大程度上改善几百万患者药物治疗效果的机会。但是，这个机会的利用却受到阻碍和挑战，并且新的知识还在不断的更新。 药物受体的基因多态性 一、β肾上腺素受体基因多态性 目前认为至少存在β1、β2和β3三种不同的肾上腺素受体亚型，β1肾上腺素受体
PNAS：甜瓜基因组测序
甜瓜在世界范围具有很高的经济价值，日前西班牙的九个研究中心通力合作，利用罗氏454平台完成了甜瓜基因组的测序。除了甜瓜的全基因组，科学家还得到了 7个特定甜瓜品种的基因组，文章发表在Proceedings of the National Academy杂志上。 联合国粮农组织2009年
认识泛基因组测序
什么是泛基因组？2005年，Tettelin等人提出了微生物泛基因组概念（pangenome，pan源自希腊语‘παν’，全部的意思），泛基因组即某一物种全部基因的总称。2009 年，Li等人首次采用新全基因组组装方法对多个人类个体基因组进行拼接，发现了个体独有的DNA序列和功能基因，并首次提出了“
基因组测序仪简介
基因组测序仪是一种用于生物学领域的分析仪器，于2012年12月19日启用。 技术指标 个体化基因组测序仪主机/ION TORRENT主机。 主要功能 样品处理、快速的运行时间以分析单个或多个样品 支持多重文库，从而实现最大的效率和经济性 可在必要时禁用个别测序通道，以节约试剂用量。
关于全基因组测序的测序指标介绍
一、全基因组测序的测序指标— 深度 测序深度（Sequencing depth）是指测序得到的碱基总量（bp）与基因组大小的比值，它是评价测序量的指标之一。测序深度与基因组覆盖度之间是一个正相关的关系，测序带来的错误率或假阳性结果会随着测序深度的提升而下降。测序的个体，如果采用的是双末端或Ma
核基因和形态学证据揭示我国梨藤竹属的分类学谜团
竹亚科是禾本科适应森林生境的主要分支之一，广泛分布于亚洲东南部、中南美洲和非洲地区，具有重要的经济、生态和文化价值。为适应多样的生存环境，竹子演化出了多种多样的植株类型，包括乔木状、灌木状和草本竹，其中，有一类竹子因具有攀爬或攀援习性，被称为“藤本竹”。在我国记录过具攀爬或攀缘习性的竹子有6个属
杂交稻基因组学研究获进展
中科院上海生科院植物生理生态研究所韩斌院士课题组联合中国水稻所杨仕华等团队，在杂交稻基因组学及杂种优势遗传机制研究中获重要进展，2月5日，相关成果在线发表于《自然—通讯》杂志。 据介绍，杂交水稻育种技术的成功是我国近几十年来取得的一项重要科技成就。伴随着汕优63、两优培九等一大批高产杂交稻品种
2011国际基因组学大会在长春召开
10月23日，由中科院、吉林省政府主办的2011国际基因组学大会暨中国北方药用物种基因组学转化研究中心成立仪式在吉林省长春市举行。海内外200多名知名专家学者出席大会。 与会专家学者围绕“基因组学时代的机遇与挑战”主题，从“基因组科学”“基因组技术”“基因组信息学与计算生物学”，及“基因组
英国基因组学研究进展迅速
随着基因数据的逐渐增多，临床医生能够更好地治疗患者，同时减少医疗事故的发生。英国国家医疗服务体系(National Health Service，NHS)中的许多遗传学中心现在都在使用芯片和外显子测序。 近日，英国卫生大臣Jeremy Hunt和生命科学部长George Freeman将宣布新