多种单细胞数据结合在一起的新工具，确定细胞类型
单细胞研究揭示了可能在其他分析中被忽略的细胞细节。生物学家当前使用一系列方法来收集不同组织和物种的单细胞数据。一些科学家可能使用基于组织的原位方法来研究小鼠神经元中的DNA甲基化，而另一些科学家可能使用液滴方法来探究人神经元中的RNA表达。 这些研究创建了许多独特的不易结合在一起的数据集。但是，将这些数据结合在一起来比较多个个体、组织和物种的相似细胞的所有方面对于真正理解细胞类型的不同作用是必要的。 在一项新的研究中，美国斯坦利精神病学研究中心准会员Evan Macosko、访问学者Joshua Welch及其团队开发出一种将这些数据集结合在一起的新工具。这种称为基因组实验关系关联推理（Linked Inference of Genomic Experimental Relationships, LIGER）的工具将不同的单细胞数据集整合在一起；将来自不同受试者、物种或分子衡量指标的类似细胞进行分组；针对不同组彼此之间的......阅读全文
多种单细胞数据结合在一起的新工具，确定细胞类型
单细胞研究揭示了可能在其他分析中被忽略的细胞细节。生物学家当前使用一系列方法来收集不同组织和物种的单细胞数据。一些科学家可能使用基于组织的原位方法来研究小鼠神经元中的DNA甲基化，而另一些科学家可能使用液滴方法来探究人神经元中的RNA表达。 这些研究创建了许多独特的不易结合在一起的数据集。但是
单细胞数据降维可视化最新工具UMAP的介绍
高通量单细胞组学数据的一个显著性特点就是数据量大，一次能反映的细胞数量多。因此，通过降维和可视化去展示细胞数据特征是一个非常重要的工作。翻开各类发表的单细胞组学文章，不管是CNS的还是其他，几乎所有的结果中，映入眼帘的第一张图片通常是数据结果的降维图形化展示。 图1 PBMC细胞单细胞转
单细胞数据降维可视化最新工具UMAP的介绍
高通量单细胞组学数据的一个显著性特点就是数据量大，一次能反映的细胞数量多。因此，通过降维和可视化去展示细胞数据特征是一个非常重要的工作。翻开各类发表的单细胞组学文章，不管是CNS的还是其他，几乎所有的结果中，映入眼帘的第一张图片通常是数据结果的降维图形化展示。 图1 PBMC细胞单细胞转录
单细胞数据降维可视化最新工具UMAP的介绍
高通量单细胞组学数据的一个显著性特点就是数据量大，一次能反映的细胞数量多。因此，通过降维和可视化去展示细胞数据特征是一个非常重要的工作。翻开各类发表的单细胞组学文章，不管是CNS的还是其他，几乎所有的结果中，映入眼帘的第一张图片通常是数据结果的降维图形化展示。图1 PBMC细胞单细胞转录组数据展示
新工具实现贴壁细胞的单细胞分析
美国麻省理工学院的研究人员开发出一种微流体装置，一次能吸取一个细胞内的东西，而不干扰周围的细胞，这为研究人员测定单细胞的生化性质带来了一种新方法。它有助于研究不同干细胞之间的差异，或为什么同一肿瘤的不同细胞有着不同的治疗响应。 MIT电气工程与计算机科学系的Jongyoon
华人学者Nature－Methods发布单细胞测序重要工具
新一代测序技术（NGS）大大增进了我们对疾病（比如癌症）的理解。不过NGS的研究对象是细胞群体，会掩盖细胞之间的异质性。正因如此，单细胞测序（SCS）技术受到了越来越多的关注。 德克萨斯大学MD安德森癌症中心的研究人员开发了首个用于单细胞DNA测序的突变检出程序，Monovar。这一重要成果发
华人学者Nature－Methods发布单细胞测序重要工具
新一代测序技术（NGS）大大增进了我们对疾病（比如癌症）的理解。不过NGS的研究对象是细胞群体，会掩盖细胞之间的异质性。正因如此，单细胞测序（SCS）技术受到了越来越多的关注。 德克萨斯大学MD安德森癌症中心的研究人员开发了首个用于单细胞DNA测序的突变检出程序，Monovar。这一重要成果发
单细胞RNA测序发现新的免疫细胞
最近在《Nature Immunology》发表的一项新研究，详细检测了一组新发现的免疫细胞（被称为ILC）。通过对单个扁桃体细胞的基因表达进行分析，瑞典卡罗林斯卡学院的科学家们，发现了三个以前未知的ILC子群，并揭示了关于“这些细胞在人体中如何发挥功能”的更多信息。 先天淋巴细胞（ILC）是
Nature：如何利用单细胞mRNA测序发现罕见细胞类型？
近日，来自荷兰的科学家在著名国际学术期刊nature上发表了一项最新研究进展，他们利用一种新的计算方法结合转录组测序发现了小肠中一些罕见的细胞类型，这对于深入了解器官的细胞组成，探究健康和疾病状态下的组织生物学具有重要意义。 理解一个器官的发育和功能需要对组成该器官的所有细胞类型的特性有一个清
高通量单细胞技术获得新突破
人类肠道是一件了不起的事情。每周，肠道都会再生一层新的内皮细胞，脱落的表面面积相当于一个小型公寓，并用新的细胞进行修复。几十年来，研究人员已经知道，负责这一改头换面行为的是肠道干细胞，但是直到今年，美国北卡大学教堂山分校(UNC)医学、细胞生物学和生理学、生物医学工程副教授Scott Magne
mtSC：单细胞类型自动鉴定的新方法
单细胞测序技术有助于刻画细胞层面的异质性，为进一步探索细胞功能和内在作用机制等奠定了基础。在单细胞转录组测序数据的分析过程中，细胞类型鉴定是必须且重要的一步。常规的细胞类型鉴定依赖于细胞类型标记基因，这种方法费时费力且不稳定，可重复性差，易导致不同实验室的鉴定结果不可比较。随着单细胞测序技术的迅
细胞增殖新的工具以确定细胞分裂
细胞增殖，可能会发生许多刺激如细胞因子的曝光或多种其他进程。BD有一个新的产品，以帮助研究人员研究细胞增殖。空?紫扩散染料450，用于检测细胞的增殖与紫色激光，这有利于使用较大的面板。这使得更多的数据从有限样本使用多色流式细胞仪测定。 VPD450是一个非荧光酯化染料。酯基使染料进入细胞。一旦染
单细胞测序数据的分析有什么意义
单细胞测序可以分析一个细胞里面的基因组序列这个主要适用于受精卵的试管婴儿
肿瘤基因专家致力挖掘单细胞大数据潜能
近年来，随着测序技术的迅猛发展，单细胞测序技术已逐渐走入人们视野。2013年，单细胞测序技术成为《自然》评选的“Method of the Year”。大多数的基于NGS的基因检测，都是在大量细胞宏观水平上，对整个细胞群进行遗传分析。单细胞测序技术则是在单个细胞的水平上，对其遗传物质进行检测，从
研究开发单细胞测序分析TEs表达的工具包
中国科学院广州生物医药与健康研究院（以下简称广州健康院）陈捷凯课题组和南方科技大学Andrew Hutchins课题组合作开发出单细胞测序分析转座元件表达的工具包scTE。相关研究3月5日发表于《自然—通讯》。据悉，生物岛实验室副研究员何江平为该论文第一作者，陈捷凯、Andrew Hutchin
干细胞先驱发表单细胞RNA测序新成果
人多能干细胞是研究人类胚胎发育的理想模型，可以揭示谱系分化背后的细胞和分子机制。不过，人们还不清楚单个干细胞如何退出多能状态并转化为相应的前体细胞。 Morgridge研究院的科学家们使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，对来自人胚胎干细胞的谱系特异性前体细胞进行了转录组分析，揭示了
单细胞基因组突变检测新突破
爱因斯坦研究人员已经开发并验证了一种准确识别单细胞基因组中突变的方法。这种新方法可以帮助预测癌症是否将在看似健康的组织中发展，在今天的自然方法的在线版本中发表的论文中被描述。相应的作者是Lola和Saul Kramer分子遗传学主席Jan Vijg博士。 在科学家可以分析单个细胞的基因组之前，
单细胞生信分析，新的高分热点
关于单细胞测序（Single cell sequencing，ScRNA-seq），相信大家或多或少都听过，粗略的说，这几点是出现频率比较高的关键词：“很火”、“高端，是发大文章的利器”、“价格贵”。不过，大家如果留意最近单细胞测序相关的文章进展，就会发现这样的一个问题：现在只做单细胞测序，
单细胞数据挖掘算法方面取得新进展
图 SEVtras高效识别单细胞转录组数据中的胞外小囊泡 在国家自然科学基金项目（批准号：32025009、32130020等）资助下，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队在单细胞数据挖掘算法方面取得新进展，研究成果以“SEVtras识别单细胞转录组中液滴分辨率的胞外小囊泡（SEVtras de
利用单细胞RNA测序技术阐明机体多种类型味觉细胞机制
日前，一项刊登在国际杂志Scientific Reports上的研究报告中，来自美国滨州莫奈尔中心(Monell Center)的研究人员通过研究开发出了一种新技术能够鉴别出了任何味觉受体细胞的一整套基因，相关研究或能帮助研究人员阐明味觉感受器细胞发挥特殊功能的分子机制。 研究者Sunil S
利用单细胞空间转录组揭示猕猴大脑皮层的细胞类型
阐明大脑皮层的细胞类型组成对于理解大脑结构和功能至关重要。中国科学院脑智卓越中心利用单细胞空间转录组揭示猕猴皮层的细胞类型。该研究成果于近日发表在《Cell》杂志上，题为：Single-cell spatial transcriptome reveals cell-type organizati
单细胞分离用于单细胞基因扩增
单细胞分离连接不同管径大小的毛细玻璃针，可分离捕获各种非贴壁状态的单细胞和微粒等，如细菌、酵母、藻类细胞、植物花粉、原生动物单细胞、悬浮细胞、血液细胞、免疫细胞、卵细胞、各种悬液中单细胞及特殊标记的单细胞等。 单细胞分离用于各种类型的细胞分离培养、纯化、检测；获得单克隆细胞；用于单细胞基因扩增，
新微型电机可将药物引入特定单细胞
以色列理工学院日前宣布，机械工程院吉拉德·约西凡教授率领的团队，研发出一种新型自行微型机器（self-propelling micromachine），能直接将药物、DNA和化学物质通过电穿孔技术导入特定的单细胞内。相关研究发表在近期的《科学进展》杂志上。图片来源于网络 微型机器也被称为“活性
单细胞多组学整合技术有了新突破
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/1/516674.shtm近日，军事科学院军事医学研究院应晓敏团队在国际著名学术期刊《自然·生物技术》以Article类长文形式在线发表重大原创研究成果。该团队自主研发的用于单细胞多组学数据马赛克整合的人工智能
单细胞多组学整合技术有了新突破
近日，军事科学院军事医学研究院应晓敏团队在国际著名学术期刊《自然·生物技术》以Article类长文形式在线发表重大原创研究成果。该团队自主研发的用于单细胞多组学数据马赛克整合的人工智能算法取得新突破。细胞是生物体内发挥功能的基本结构单元。单细胞测序技术是近年来生命科学领域的突破性技术，能够检测单个细
基于单细胞数据理解细胞变化过程—拟时间序列分..（二）
图3 细胞轨迹图（按阶段分类）当然，通过以上的分析结果，我们无法判断出来轨迹的开始，因此无法确定轨迹路线。所以，我们需要结合已有认知，通过函数识别包含时间为零的大多数细胞的状态，绘制拟时间轨迹图：图4 拟时间轨迹图得到上述拟时间轨迹图后，我们就可以根据不同的阶段分类，分别进行分类绘制，得到以下结果
单细胞数据细胞分类与功能挖掘的基因分析法介绍
接触过单细胞转录组数据的小伙伴们都知道，数据的核心结果在于根据每个细胞的基因表达数据，来对细胞进行分群分类。现有通用的分析思路如下：首先根据转录组稀疏矩阵，通过计算和分析，找到不同的细胞Cluster，并找到每一类集群的Marker基因。根据已有对细胞特定Marker基因的认识，来对细胞可能的集
基于单细胞数据理解细胞变化过程拟时间序列分析详解
单细胞检测技术的发展为我们理解复杂生命体中细胞的组成与各自功能及变化过程提供了强有力的工具。基于单细胞基因表达谱数据，我们可以窥探发育过程中细胞内的调控变化，发现肿瘤微环境中的各类细胞及它们的细胞间交流，理解器官组织中复杂多样的细胞类型。现有单细胞研究是一个从整体到个体，再由个体特征重建整体的过
基于单细胞数据理解细胞变化过程—拟时间序列分..（三）
此外，根据细胞类型分类，我们也可以将差异基因沿着拟时间轨迹绘制不同类型细胞基因表达散点图：图8差异基因拟时间表达轨迹图最后，根据拟时间序列轨迹，我们把特征差异基因表达变化进行聚类，以热图形式展示基因的变化过程： 图9 差异基因聚类热图因此，通过拟时间序列分析，我们可实现构建细胞变化轨迹途径，并能找到
基于单细胞数据理解细胞变化过程—拟时间序列分..（一）
单细胞检测技术的发展为我们理解复杂生命体中细胞的组成与各自功能及变化过程提供了强有力的工具。基于单细胞基因表达谱数据，我们可以窥探发育过程中细胞内的调控变化，发现肿瘤微环境中的各类细胞及它们的细胞间交流，理解器官组织中复杂多样的细胞类型。现有单细胞研究是一个从整体到个体，再由个体特征重建整体的过程。