如何获取漂亮的ClustalX序列比对图片

发表论文当然需要一些质量高的图片,那么如何将ClustalX序列比对的结果转化成比较漂亮的图片呢?小编在此搜集了一个还不错的教程,分享给大家。多序列比对在分子生物学中是一个基本方法,用来发现特征序列,进行蛋白分类,证明序列间的同源性,帮助预测新序列二级结构与三级结构,确定PCR 引物,以及在分子进化分析方面均有很大帮助,Clustal W(Dos版本)很适合这些方面的要求,Clustal X是window版本。用Clustal比对后的序列,有时候我们需要转为图片放在文章作详细方析,但大部分人的方法都是直接截图,这样的后果就是图片一点都不美观。如果你是想要发表文章或其它比较重要的用途,图片的质量还是需要高一点的。今天教大家如何把ClustalX的结果转为漂亮的图片的方法,你可以根据需要设置每一行显示的字母数,是黑白的还是彩色的,够酷吧。先来看个效果图吧。这里需要用到两个软件 ,一个是Clustal X,这个就不......阅读全文

如何获取漂亮的ClustalX序列比对图片

发表论文当然需要一些质量高的图片,那么如何将ClustalX序列比对的结果转化成比较漂亮的图片呢?小编在此搜集了一个还不错的教程,分享给大家。多序列比对在分子生物学中是一个基本方法,用来发现特征序列,进行蛋白分类,证明序列间的同源性,帮助预测新序列二级结构与三级结构,确定PCR 引物,以及在分子进化

如何获取漂亮的ClustalX序列比对图片

发表论文当然需要一些质量高的图片,那么如何将ClustalX序列比对的结果转化成比较漂亮的图片呢?小编在此搜集了一个还不错的教程,分享给大家。多序列比对在分子生物学中是一个基本方法,用来发现特征序列,进行蛋白分类,证明序列间的同源性,帮助预测新序列二级结构与三级结构,确定PCR 引物,以及在分子进化

如何获取漂亮的ClustalX序列比对图片

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序列比对之Clustalx与Clustalw使用指南

这几天实验需要做多序列比对,很久不做了,一时之间不知道如何使用clustal这个工具了。在网上搜集了一些资料,做个整理,总结了Clustalx和Clustalw的使用,省得以后久不使用又生疏了,又要去整理了,在此分享给大家,希望有所帮助。1.先提供下载地址:Clustalx、Clustalw的各种最

βTubulin抗体—做出漂亮WB和IHC图片的内参

Tubulin即微管蛋白,是细胞的一种骨架蛋白。Tubulin分为α、β、γ、δ、ε等多种tubulin,其中α-Tubulin和β-Tubulin可以形成异源二聚体,是形成微管的最主要的两种Tubulin。α-tubulin和β-tubulin分子量分别为55kDa和50kDa,其实际检测条带均在

获取时间序列图像

获取时间序列图像  共聚焦显微镜的"Time-Series"功能,可以自动在实验者规定的时间内按照设定的时间间隔获取图像。只需设定所需的时间间隔以及所需图像数量,开启“Start T”功能键,即可进行实验。“Time-Series"功能大大减轻了实验者的劳动强度,对于荧光漂白恢复和钙离子成像等实验非

多序列比对的目标是什么?

多序列比对的目标是使得参与比对的序列中有尽可能多的列具有相同的字符,即使得相同残基的位点位于同一列,这样以便于发现不同的序列之间的相似部分,从而推断它们在结构和功能上的相似关系,主要用于分子进化关系,预测蛋白质的二级结构和三级结构、估计蛋白质折叠类型的总数,基因组序列分析等。

多序列比对的实际应用2

模体和样式前面叙述的方法对于多序列比对极为有用,但是用户必须实现搜集好独立的输入序列,要么通过一系列的BLAST或其它的数据库搜索,要么在实验室里直接作出决定。但是,有太多的方法可以获取一个单独的序列,并且基于此序列中的任何模体或样式,返回所有的蛋白质家族,完成某个特异方法所定义的最佳比对。很多时候

多序列比对的实际应用1

Andreas D.BaxevanisGenome Technology BranchNational Human Genome Research InstitudeNational Institutes of HealthBethesda.Maryland 在寻找基因和致力于发现新蛋白的努力中,人

构建多序列比对模型的方法介绍

手工比对方法手工比对方法在文献中经常看到。因为难免加入一些主观因素,手工比对通常被认为有很大的随意性。其实,即使用计算机程序进行自动比对,所得结果中的片面性也不能予以忽视。在运行经过测试并具有比较高的可信度的计算机程序基础上,结合实验结果或文献资料,对多序列比对结果进行手工修饰,应该说是非常必要的。

双序列比对的背景及临床意义

是序列分析的基础·然而,对于构成基因家族的成组的序列来说,我们要建立多个序列之间的关系,这样才能揭示整个基因家族的特征·多序列比对在阐明一组相关序列的重要生物学模式方面起着相当重要的作用。多序列比对有时用来区分一组序列之间的差异,但其主要用于描述一组序列之间的相似性关系,以便对一个基因家族的特征有一

多重序列比对及系统发生树的构建

【实验目的】1、熟悉构建分子系统发生树的基本过程,获得使用不同建树方法、建树材料和建树参数对建树结果影响的正确认识;2、掌握使用Clustalx进行序列多重比对的操作方法;3、掌握使用Phylip软件构建系统发生树的操作方法。【实验原理】在现代分子进化研究中,根据现有生物基因或物种多样性来重建生物的

如何把细胞养的更漂亮

不同的细胞,喜欢的环境是不一样的。这个不仅仅是说培养基的不同,还有就是细胞生长的空间密度问题。有一些细胞是数量多一点比较好生长,生长情况也比较好。这种一般是归于生长速度慢的细胞。比方内皮细胞。而有一些是细胞是数量少一点细胞情况会生长的比较好,比方巨噬细胞和某些肿瘤细胞。尤其是巨噬细胞,生长速度十分得

如何把细胞养的更漂亮?

  1、对细胞君“量才适性”  不同的细胞,生长环境不同,除了细胞君其饮食习惯(培养基)的不同,还有就是细胞生长的空间密度问题。  有一些细胞就是喜欢热闹,对他们来说,数量多一点比较好生长,生长状态也比较好。这种一般是属于生长速度慢的细胞。比如内皮细胞。而有一些细胞则倾向于离群索居,数量少一点细胞状

如何做出漂亮的革兰氏染色

   革兰氏染色是一项经典的细菌鉴别手段,自19世纪80年代丹麦的医师GRAM创立起,至今已经近一个半世纪,仍旧在细菌的检测和鉴定分类上被广泛应用着。在我国,GB 4789系列的国标中很多致病菌的检测也都需要进行革兰氏染色,可见其重要性。甚至可以说没有精准掌握革兰氏染色的微生物检验员,不会是一个合格

RNA电泳如何得出漂亮的条带?

方法改进:1.电泳槽,制胶器,梳子等的清洗:去污剂浸泡过夜——>自来水冲洗干净——>ddH20 冲洗——>3%H2O2 灌满浸泡过夜——>灭活的 0.1%DEPC水冲洗干净——>超净台内紫外线照射过夜.2.烧瓶,烧杯,药匙,量筒等制胶器械的清洗:0.1%DEPC 水浸泡过夜后高压消毒灭活,烘箱烘干.

多重序列比对及系统发生树的构建实验

            实验方法原理 在现代分子进化研究中,根据现有生物基因或物种多样性来重建生物的进化史是一个非常重要的问题。一个可靠的系统发生的推断,将揭示出有关生物进化过程的顺序,有助于我们了解生物进化的历史和进化机制。 实验步骤

多序列比对法的一般步骤

多序列比对一般通过3个步骤完成:(1)两两进行双重比对。(2)生成一系统树图(dendrogram),将序列按相似性大致地分组。(3)使用系统树图作为引导,产生出最终的多序列比对结果。

多重序列比对及系统发生树的构建实验

实验方法原理在现代分子进化研究中,根据现有生物基因或物种多样性来重建生物的进化史是一个非常重要的问题。一个可靠的系统发生的推断,将揭示出有关生物进化过程的顺序,有助于我们了解生物进化的历史和进化机制。实验步骤一、用CLUSTALX软件对已知DNA序列做多序列比对。操作步骤:1.  以FASTA格式准

多重序列比对及系统发生树的构建实验(二)

2.  文件outfile改为infile。点击DNADIST程序。选项M是输入刚才设置的republicate的数目,输入D选择data sets,输入200。设置好条件后,输入Y确认参数。程序开始运行,并在EXE文件夹中产生outfile,部分内容如下:将outfile文件名改为infile,为

多重序列比对及系统发生树的构建实验(一)

实验方法原理在现代分子进化研究中,根据现有生物基因或物种多样性来重建生物的进化史是一个非常重要的问题。一个可靠的系统发生的推断,将揭示出有关生物进化过程的顺序,有助于我们了解生物进化的历史和进化机制。实验步骤一、用CLUSTALX软件对已知DNA序列做多序列比对。操作步骤:1.  以FASTA格式准

流式软件如何融合图片

1、新建画布:工具栏中“新建”——然后更改对话框中的各个选项即可。2、点击选择工具图表中的“矩形选框工具m。3、框选流式图主要部分。4、点击右侧的拖移工具v。5、将刚才选定的流式图拖至新建的画布中逐一调整大小、整齐度,再裁减保存即可。

基因序列排序与整理、数据库比对与意义

由于定序系统的定序方法都是将体细胞内的基因序列打断成很多段落后,再利用DNA扩增的方式原理,在扩增的同时借由侦测萤光的方式(将不同碱基原料接上萤光讯号,只要这有接讯号的碱基被合成了,即会发出不同强度的萤光讯号)即能得到大量的片段式基因序列。经数字化后的基因序列需经整理将每段落的头尾相接成一个完整的基

扫描电镜图片如何分析

你的SEM图片,工作电压是5KV,放大倍数是40倍,你的样品应该是颗粒状的直接放置在导电胶上进行SEM测试的,通过这个图片,可以看到你的样品的形貌,大部分是规则的多面体颗粒,大小的话,这张图片的尺寸标尺是100um,你的颗粒大小在400~600um之间

扫描电镜图片如何分析

第一、扫描电镜照片是灰度图像,分为二次电子像和背散射电子像,主要用于表面微观形貌观察或者表面元素分布观察。一般二次电子像主要反映样品表面微观形貌,基本和自然光反映的形貌一致,特殊情况需要对比分析。背散射电子像主要反映样品表面元素分布情况,越亮的区域,原子序数越高。第二、看表面形貌,电子成像,亮的区域

如何获取精确的水分测试结果?

文章摘要:日常生活中,水无处不在,许多行业都需要对水分含量进行控制。测试方法、水分仪的位置、样品制备等因素都会影响水分测试结果。本文以MB120卤素水分仪为例,和大家一起探讨如何获取精确的水分测试结果。 如何获取精确的水分测试结果?水在日常环境中无处不在,许多行业都需要对水分含量进行控制。常见的水分

如何做出一手漂亮的Western-Blot实验结果?

蛋白质免疫印迹杂交实验(Western Blotting)是成熟 mRNA 翻译指导蛋白质合成量分析检测手段中最经典和最广泛为业界认可的一种,也是论文中最常见的数据呈现形式之一。虽然Western Blot实验原理比较简单,但是实验耗时长、步骤繁琐和实验结果重复性差,导致刚进实验室的小伙伴们

如何养出一盘饱满漂亮细胞的基本要点

了解细胞生长习性 不同的细胞生长习性不同,了解细胞生长习性,正确计数,才能掌握好传代密度。对于一般细胞株,控制在三天一传,是比较合适的,细胞不会太挤。但例如癌细胞,一发起疯来半天就可以传代,不及时换液或扩增分分钟会饿死或挤死。所以刚开始接触一款细胞,要勤观察,及时掌握它的生长情况。掌握细胞的生长节奏

如何构建分析方法

  小编在后台收到不少关于建树的问题,今天转载一篇PLoB的帖子,分享给大家,一起来看一下吧~   方法的选择  首先是方法的选择。  基于距离的方法有UPGMA、ME(Minimum Evolution,最小进化法)和NJ(Neighbor-Joining,邻接法)等。其他的几种方法包括MP(Ma

为什么deSALT技术能够突破长RNAseq读序列比对瓶颈

  由于高测序错误和复杂的基因结构,长读RNA测序读段的比对就显得非常重要。2019年12月16号,哈尔滨工业大学臧天仪、王亚东团队在Genome Biology上在线发表了题为deSALT: fast and accurate long transcriptomic read alignment