赵方庆团队开发环形RNA定量和差异表达分析新方法
2020年1月3日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队在《自然-通讯》（Nature Communications）杂志上发表题为Accurate quantification of circular RNAs identifies extensive circular isoform switching events 的文章。该研究开发了环形RNA定量和差异表达分析的新方法——CIRIquant。与常用的环形RNA分析软件相比，CIRIquant可以更准确对环形RNA转录本进行识别和定量，并为环形RNA的差异表达分析提供了便捷的一站式分析工具。 环形RNA是一类在真核生物中广泛存在的具有特殊环状结构的非编码RNA分子。已有文献表明，在生物体内，环形RNA有着miRNA海绵、RBP海绵以及翻译短肽等多项功能，在许多生物学过程中发挥着重要作用。目前研究表明，大部分环形RNA来源于蛋白编码基因的外显子区域。在pre-mRN......阅读全文
上海生科院发表关于神经系统环形RNA研究的专评
6月4日，国际学术期刊《分子细胞》（Molecular Cell）在线发表了中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所研究员陈玲玲和计算生物学研究所研究员杨力题为Gear up in circles的专评，对当期Molecular Cell 和4月刊Nature Neuroscien
3篇Science文章：大规模人类基因表达差异图谱
在美国国立卫生研究院基因型-组织表达（GTEx）项目的资金资助下，研究人员构建出了一个万众期待的新数据资源，它可以帮助确立个体基因组构成之间的差异对于基因活性的影响以及对疾病的贡献。借助于这一新资源，科学家们可以同时探究许多不同人类组织和细胞的潜在基因组学，并有望为研究和了解人类生物学开辟新途径
研究揭示汉族和日本人之间的基因表达谱差异
6月4日，《医学遗传学杂志》在线发表了中科院上海生科院计算生物学研究所徐书华研究组的研究成果Identification of well-differentiated gene expressions between Han Chinese and Japanese using geno
T7RNA聚合酶系统基因表达实验
实验方法原理 含有 pT7 控制的外源基因（「痘苗病毒系统基因表达实验」中「重组痘苗病毒（VTF7-3）感染后的脂质体转染」）的重组质粒，通过同源重组可整合到痘苗病毒中,并制备重组病毒储液。将此病毒储液与 vTF7-3 共同感染贴壁或悬浮细胞，在培养过程中，外源基因被高效的 T7 RNA
T7RNA聚合酶系统基因表达实验
两种重组痘苗病毒共感染细胞 单病毒感染OST7-1细胞 利用VOTE系统 实验方法原理 含有 pT7 控制的外源基因（「痘苗病毒系统基
环状RNA（circRNA）功能研究又一利器——过表达载体
circRNAs 环状 RNA（circular RNAs,circRNA）是一类具有闭合环状结构的 RNA 分子，早在 20 世纪八十年代即有研究报道，但由于其表达丰度低，文献报道较少，一直被认为是 RNA 转录剪切的罕见错误而被忽视。直到 2012 年开始有研究者开始大批量鉴定 circRN
上海生科院揭示反向剪接RNA成环与RNA转录的偶联机制
4月19日，国际学术期刊Cell Reports 发表了中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所陈玲玲研究组与计算生物学研究所杨力研究组最新合作研究论文。此工作深入研究了环形RNA生成与RNA转录的偶联机制，揭示了环形RNA在神经分化过程中表达上调原理。 环形RNA是一类通过反向
坐骨神经损伤后近远端神经组织差异基因的表达
在神经损伤和修复过程中，Wallerian溃变为神经再生创造了有利的条件。目前尽管对大鼠坐骨神经损伤后Wallerian溃变过程中远端神经组织的基因表达已有了深入的报道，但相关基因的作用机制尚不明确。中国南通大学姚登兵博士所在团队运用分子生物学技术与生物信息学技术，全面系统地分析大鼠坐骨神经损伤
军事医学科学院：差异表达蛋白统计研究方法比较
随着质谱技术的快速发展， 蛋白质组学已成为继基因组学、转录组学之后的又一研究热点， 寻找可靠的差异表达蛋白对于生物标记物的发现至关重要. 因此， 如何准确、灵敏地筛选出差异蛋白已成为基于质谱的定量蛋白质组学的主要研究内容之一. 目前， 针对该问题的研究方法众多， 但这些方法策略的适用范围不尽相同
Western－blot中蛋白表达差异量检测？数字成像VS－X光胶片
在检测Western blot中蛋白表达差异量时，数字成像和X光胶片哪种效果最好？哪种方法得出的图像才是我们最想要的？针对此问题，最近，武汉大学生命科学院舒红兵院士实验室特意用“化学发光成像仪”和“胶片”做了一次严谨的对比。 通过这次PK，我们发现： 1、化学发光成像仪具有灵敏度高、
军事医学科学院：差异表达蛋白统计研究方法比较
随着质谱技术的快速发展, 蛋白质组学已成为继基因组学、转录组学之后的又一研究热点, 寻找可靠的差异表达蛋白对于生物标记物的发现至关重要。 因此, 如何准确、灵敏地筛选出差异蛋白已成为基于质谱的定量蛋白质组学的主要研究内容之一。 目前, 针对该问题的研究方法众多, 但这些方法策略的适用范围不尽相同
从基因表达和代谢组学层次揭示疫苗引发免疫反应差异
沃尔特·里德陆军研究所（Walter Reed Army Institute of Research，WRAIR）领导的一个研究小组利用单细胞RNA测序和代谢谱技术，对疫苗诱导的T细胞免疫机制有了新的认识。尽管有许多疫苗可以诱导和扩增T细胞(机体适应性免疫系统的关键部分)，但在决定T细胞反应的大
荧光定量PCR(qPCR)内参的选择对基因表达差异分析结果的...
荧光定量PCR(qPCR)内参的选择对基因表达差异分析结果的影响与应用实时荧光定量PCR技术是在常规PCR基础上加入荧光标记探针或相应的荧光染料来实现其定量功能的。由于其精准度好、灵敏度高，在分子生物学研究和医学研究等方面得到了广泛的应用，尤其是在基因表达差异分析方面。基因表达差异分析一般是比较不同
研究提出核酸内切酶DIS3介导的环形RNA降解机制
2月17日，《分子细胞》（Molecular Cell）在线发表了中国科学院分子细胞科学卓越创新中心陈玲玲研究组与复旦大学杨力研究组合作完成的关于内源环形RNA降解的最新研究成果。该研究解析了生理条件下环形RNA被核酸内切酶DIS3监控降解的新机制，实现了对环形RNA“生老病死”过程中特异调控及
陈玲玲团队利用AAV递送环形RNA适配体，治疗阿尔茨海默病
酒，是人类文明的产物，酒文化伴随着整个人类文明的发展而不断壮大。何以解忧？唯有杜康。无论是悲欢，还是离合，酒从不缺席。有趣的是，古有温酒斩华雄，今有冰啤加烧烤，关于饮酒的最适温度一直广为争论，就像豆腐脑是吃咸还是甜，这一问题长期争吵不休而没有定论。 2024年5月1日，中国科学院理化技术研究所
科学家揭示内含子来源环形RNA新分子及转录调控功能机制
9月27日，国际学术期刊《分子细胞》(Molecular Cell)发表了中科院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所陈玲玲组与计算生物学所杨力组的最新合作研究论文，发现来源于基因内含子区域的环形RNA新分子，揭示其成环机制及在基因转录调控中的重要功能。 众所周知，人类基因组中存
林文楚课题组等发现环形RNA具有抑制胃癌转移的新功能
近日，中国科学院合肥物质科学研究院强磁场科学中心林文楚课题组在环形RNA参与胃癌转移研究中取得重要进展，相关研究成果以CircURI1 interacts with hnRNPM to inhibit metastasis by modulating alternative splicing i
关于基因表达的机制非编码RNA的成熟的介绍
多数生物体中的非编码基因（ncRNA）被转录为需要进一步加工的前体。核糖体RNA（rRNA）通常被转录为含有一个或多个rRNA的前体rRNA，前体rRNA后来在特定位点被大约150种不同的snoRNA切割和修饰。转移RNA（tRNA）的5'和3'端序列分别被RNase P和tRN
长非编码RNA调控癌基因MYC表达的综述文章
8月7日，中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所研究员陈玲玲受邀在国际学术期刊Current Opinion in Genetics & Development 发表题为The long noncoding RNA regulation at the MYC locus 的综述论
最准确的基因表达检测方法——RNA测序遭遇“信任”危机？
当前，RNA测序成为了一种常用工具。 利用RNA测序，研究人员能够定量地检测各种生物体的基因表达，从而更好地了解细胞中正在发生的事情以及特定基因的功能。 RNA测序的准确性 早在2014年，《Nature Biotechnology》上发表了三篇文章。它们属于RNA测序质量控制（SEQC）
T7RNA聚合酶系统基因表达实验（三）
实验方法原理VOTE是最近发展的痘苗病毒/T7 RNA聚合酶混合表达系统，将外源基因克隆到质粒 pVOTE. 1或 pVOTE. 2 中，通过同源重组将其整合到痘苗病毒 vT7lacOI 基因组中，制备重组病毒储液。在异丙基-β-D-硫代半乳糖苷（IPTG）存在的条件下，用重组病毒感染细胞，外源基因
T7RNA聚合酶系统基因表达实验（二）
单病毒感染OST7-1细胞实验方法原理OST7-1 细胞来源于鼠 L929 细胞，能在细胞质中持续表达噬菌体 T7 RNA 聚合酶，因此，应用此细胞系无需用 vTF7-3 感染细胞。实验材料贴壁培养的单层 OST7-1 细胞含有 pT7 控制的外源基因的重组病毒储液试剂、试剂盒完全 MEM-2.5
Nature子刊：RNA测序鉴定小胶质细胞独特表达基因
马萨诸塞州综合医院(MGH)的研究者采用一种新的测序方法，鉴定了一组被脑免疫细胞——称为小胶质细胞—— 用来感知需要其做出反应的致病组织、毒素或损伤细胞的基因。这些基因的鉴定，能使我们更好地理解小胶质细胞在正常大脑和神经退行性疾病中的作用，为保护诸如阿尔茨海默氏病和帕金森氏综合症引起的损伤带
T7－RNA聚合酶/启动子表达实验
实验材料 载体试剂、试剂盒 氨苄青霉素卡那霉素pGP裂解缓冲液仪器、耗材 培养箱分光光度计离心机实验步骤 1. 将含有待表达基因的片段亚克隆于pT7-5、pT-6或pT7-7中，转化一种标准大肠杆菌菌株，此菌株不应带有可指导T7 RNA聚合酶合成的质粒。转化物涂布于氨苄青霉素平皿，于37℃温育培养
T7RNA聚合酶系统基因表达实验（一）
本节介绍依赖于在哺乳动物细胞质合成噬菌体T7 RNA聚合酶的瞬时细胞质表达系统。首先，将感兴趣的基因插入质粒中，使其位于T7 RNA聚合酶启动子（PT7）的控制下。在培养过程中，外源基因被高效的 T7 RNA聚合酶转录。这种转染方案适用于分析的目的，因为不需要构建新的重组病毒，所以比较简单。对于大规
T7－RNA聚合酶/启动子表达实验
基本方案 备选方案 备选方案2 实验材料 载体 试剂、
分子细胞卓越中心实现环形RNA适配体在银屑病小鼠模型中的干预治疗
4月23日，《自然-生物技术》（Nature Biotechnology）在线发表了中国科学院分子细胞科学卓越创新中心陈玲玲研究组完成的关于环形RNA的研究成果（Therapeutic application of circular RNA aptamers in a mouse model o
研究揭示疾病基因在物种之间的差异性表达和功能
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/2/517401.shtm
研究不同育性的油松胚胎在蛋白质层面的表达差异
【APT出品】做组学，发文章 so easy！ Differential proteomic analysis revealing the ovule abortion inthe female-sterile line of Pinustabulaeformis Carr.
Decodeseq方法显著提高差异表达基因分析的准确性
鉴定差异表达基因是许多生物医学研究项目的基础步骤，利用转录组进行差异表达（Differential Expression, DE）分析是目前最主流的方法，得到了广泛应用。例如，两个常用于转录组DE分析的算法 edgeR 和 DESeq2 已经被引用了超过上万次。 在DE分析中，如果使用的生物学