赵方庆团队开发环形RNA定量和差异表达分析新方法
2020年1月3日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队在《自然-通讯》（Nature Communications）杂志上发表题为Accurate quantification of circular RNAs identifies extensive circular isoform switching events 的文章。该研究开发了环形RNA定量和差异表达分析的新方法——CIRIquant。与常用的环形RNA分析软件相比，CIRIquant可以更准确对环形RNA转录本进行识别和定量，并为环形RNA的差异表达分析提供了便捷的一站式分析工具。 环形RNA是一类在真核生物中广泛存在的具有特殊环状结构的非编码RNA分子。已有文献表明，在生物体内，环形RNA有着miRNA海绵、RBP海绵以及翻译短肽等多项功能，在许多生物学过程中发挥着重要作用。目前研究表明，大部分环形RNA来源于蛋白编码基因的外显子区域。在pre-mRN......阅读全文
转膜时间过长会不会使有差异的蛋白表达变得没有差异
不会，只要你的每个样本的处理时间相同，WB结果就可以反应出表达量。
研究揭示环形RNA促进相分离调控肿瘤发展分子机制
环形RNA是由pre-mRNA通过反向剪接形成的闭合环状RNA分子，在生物体内可发挥miRNA海绵、结合蛋白以及翻译成短肽等分子功能来调控各种生理和病理过程。与线性mRNA相比，环形RNA独特的环状结构使其具有更高的稳定性，在细胞内可更稳定地存在。因此，环形RNA更适合作为肿瘤的分子标志物及治疗
我国学者成功挖掘和识别哺乳动物环形RNA功能
2019年3月19日，国际学术期刊Cell Reports 在线发表了中国科学院北京生命科学研究院计算基因组学实验室赵方庆团队题为“Expanded expression landscape and prioritization of circular RNAs in mammals”的最新研究
基因表达差异解释女人为什么来自金星
英国伦敦大学学院的科学家们，在11月22日的Nature Communications杂志上发表的一项研究表明，基因——人身体的基本构件，在男女脑部的表达存在一个普遍的差异。他们发现，基因表达和剪接的性别差异是遍布成人大脑的，能够在所有的主要大脑区域中检测到，男女大部分脑部区域的基因表达是不
差异表达－cDNA－的重新扩增、克隆与测序实验
试剂、试剂盒 琼脂糖凝胶蒸馏水 DNA 点样染料甘油蒸馏水 溴酚蓝 二甲苯腈 FF溴化乙锭溶液任意引物（H-AP)cDNAdNTP 混合液未标记的锚定引物载体特异性引物PCR 缓冲液Tris-HClKClMgCl2明胶 TaqDNA 聚合酶仪器、耗材 电泳装置离心管热循环仪薄壁 PCR 管UV 透射
简化抑制消减杂交(SSH)法寻找差异表达基因
无论是从一个胚胎细胞分化为不同的组织器官，或者是从正常的组织突变为肿瘤组织，都可能涉及在同一基因组背景下不同基因的差异性表达。寻找差异表达的基因就有可能揭示细胞分化的机制或者肿瘤的成因，因而也就成为一项热门的技术。 寻找差异表达的基因有不少方法，抑制消减杂交（SSH）是比较有效的一种方法。
差异表达－cDNA－的重新扩增、克隆与测序实验
试剂、试剂盒 琼脂糖凝胶 蒸馏水 DNA 点样染料 甘油 蒸馏水 溴酚蓝 二甲苯腈 FF 溴化乙锭
荧光定量pcr为什么能够测基因表达差异
荧光定量PCR会加入带有荧光基团的探针，探针是能和目的基因结合的单链DNA，如果合成双链DNA后，荧光基团就会激活发光，所以实时检测反应物的荧光强度，反应的就是双链DNA的浓度，由于合成双链DNA的速率和模板浓度有关，所以和参考曲线比较以后是可以计算出模板的相对浓度，当模板是信号RNA是，其反应的就
差异表达－cDNA－的重新扩增、克隆与测序实验
从丙烯酰胺凝胶上切下潜在的差异表达 cDNA 之后，用同一种锚定-任意引物组合重新扩增 cDNA, 反应条件与最初 PCR 相同。重新扩增的产物，可以进行克隆和测序，以供进一步分析。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。试剂、试剂盒琼脂糖凝胶蒸馏水DNA 点样染料甘油蒸馏水溴
tDEG（转录组差异表达基因深度分析）
本公司采用自主研发与成熟开源软件相结合的方式构建了专业高效的生物信息分析流程，对您获得的海量RNA-seq序列的质量、特征等重要信息进行图形可视化；对两个以上生物学样本之间的差异表达基因进行可信分析；对差异表达所揭示出的重要科学问题进行中肯分析；让您快速“发现”所关注生物学问题，医学问题和农业问题
体内表达shRNA（短发夹RNA）的设计
1.克隆到shRNA表达载体中的shRNA包括两个短反向重复序列，中间由一茎环（loop）序列分隔的，组成发夹结构，由polⅢ启动子控制。随后在连上5-6个T作为RNA聚合酶Ⅲ的转录终止子。 2.两个互补的寡核苷酸两端须带有限制性酶切位点。 3.Stratagene发现29个寡核苷酸较之原先推荐的2
北京生科院提出环形RNA全长转录本重建和定量新方法
国际学术期刊Genome Medicine 在线发表了中国科学院北京生命科学研究院计算基因组学实验室赵方庆团队题为Reconstruction of full-length circular RNAs enables isoform-level quantification 的最新研究成果。该研
生科院提出环形RNA内部序列结构可视化新方法
1月18日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队于Bioinformatics 杂志上在线刊发了题为Visualization of circular RNAs and their internal splicing events from transcriptomic data 的研究。该研
中国科学院动物所团队综述环形RNA药物设计
环形 RNA（circular RNA,circRNA）是一类广泛存在于真核细胞中的内源性非编码 RNA 分子，在生物体发育过程中发挥着重要作用。其独特的环状结构使其免受外切酶降解，因此比线性 RNA 更加稳定。自 2010 年代初以来，circRNA 在 RNA 适配体、 guide RNA 等领
汉族和日本人之间的基因表达谱差异
6月4日，《医学遗传学杂志》在线发表了上海生科院计算生物学研究所徐书华研究组的研究成果“Identification of well-differentiated gene expressions between Han Chinese and Japanese using genome
Western－blot中蛋白表达差异量检测哪种效果最好？
在检测Western blot中蛋白表达差异量时，数字成像和X光胶片哪种效果最好？哪种方法得出的图像才是我们最想要的？针对此问题，最近，武汉大学生命科学院舒红兵院士实验室特意用“化学发光成像仪”和“胶片”做了一次严谨的对比。通过这次PK，我们发现：1、化学发光成像仪具有灵敏度高、线性好和抑制过曝等优
DNA与RNA能协同互补调控基因表达
比利时布鲁塞尔自由大学主导的一项研究揭示，DNA和RNA的表观遗传学协同调控比过去想象的更加紧密。这项发表在最新一期《细胞》杂志上的研究，结合了DNA和RNA研究结果，指出这两种调控方式共同作用，形成一个互补系统：DNA表观遗传学决定了哪些基因可以被激活，而RNA表观遗传学则动态调整这些基因的表达水
反义RNA调控细菌基因的表达功能介绍
反义RNA对编码CAP的基因的调控作用已如前述。这里再介绍一下micF RNA对ompF基因的表达的调控。ompF蛋白质是大肠杆菌的外膜蛋白的主要成分这一。micF RNA是从另一基因(ompC基因)附近的DNA序列转录而来，和o-mpFn RNA的5'端有70%的序列互补，因此在体外m
关于基因表达的机制RNA加工的介绍
基因表达的机制：原核蛋白编码基因的转录产生的是可以翻译成蛋白质的信使RNA（mRNA），但真核基因的转录会产生RNA的初级转录本（pre-mRNA），必须经过一系列加工才能成为成熟RNA（mRNA）。RNA的加工包括5端加帽、3端多腺苷酸化和RNA剪接。RNA加工可能是真核生物细胞核带来的进化优
反义RNA的调控细菌基因的表达功能
反义RNA对编码CAP的基因的调控作用已如前述。这里再介绍一下micF RNA对ompF基因的表达的调控。ompF蛋白质是大肠杆菌的外膜蛋白的主要成分这一。micF RNA是从另一基因(ompC基因)附近的DNA序列转录而来，和o-mpFn RNA的5'端有70%的序列互补，因此在体外mic
RNA干涉实验——采用RNA聚合酶Ⅲ启动子表达siRNA分子
实验方法原理因为哺乳动物细胞不具备低等真核生物细胞所具有的扩增 RNAi 信号的机制，因此人工合成或体外转录的 siRNA 分子在细胞内的作用是瞬时性的，不适合用于进行靶基因的表达受到抑制后细胞表型的长期变化观察，也不适于进行文库的筛选。此外，体外制备 siRNA 分子的成本比较高，而且 siRNA
中科院学者发现：环形RNA在天然免疫中的功能
近年来，随着科学技术的发展，隐身于细胞中数以万计的环形RNA逐渐浮出水面。但与已经被科学家反复深度剖析论证与人类生命活动密切相关的线形RNA相比，RNA分子家族的“新人”——环形RNA身上至今仍有许多未解之谜。当长链的核糖核酸（RNA）“变身”成环形RNA后，这些“重塑外形”的RNA是否连“内
真核生物RNA的转录与原核生物RNA的转录过程差异
⒈ 真核生物RNA的转录有的是在细胞核内进行的，而蛋白质的合成则是在细胞质内进行的。且真核生物线粒体和叶绿体的遗传信息系统被称为真核细胞的第二遗传信息系统，或核外基因及其表达体系。这是因为研究发现，线粒体和叶绿体中除有DNA外，还有RNA（mRNA、tRNA、 RNA）、核糖体、氨基酸活化酶等。说明
真核生物与原核生物基因表达调控的差异
原核生物同一群体的每个细胞都和外界环境直接接触，它们主要通过转录调控，以开启或关闭某些基因的表达来适应环境条件（主要是营养水平的变化），故环境因子往往是调控的诱导物。而大多数真核生物，基因表达调控最明显的特征是能在特定时间和特定的细胞中激活特定的基因，从而实现“预定”的，有序的，不可逆的分化和发育过
如何筛选和鉴定生物标本中差异表达的蛋白分子
目前筛选差异表达基因的方法主要有差异显示PCR方法 (differentialdisplayRT PCR ,DDRT PCR)、消减杂交法 (subtractivehybridization ,SH )、基因芯片技术 (DNAchiptechnique)和基因表达的系统分析 (serialanaly
三种基因表达差异的显著性分析方法
DNA微阵列基因表达数据分析 用于检测基因表达水平的 DNA 微阵列实验，应用之一是比较实验，目的是比较两个条件下的基因表达差异，从中识别出与条件相关的特异性基因，例如，识别可用于肿瘤分型的特异基因等。为了提高实验的可靠性，对于同一样本，往往有两次或更多次的重复实验，但是，由于 DNA 微
婴儿鼻、肺细胞的RNA表达模式显著相似
根据罗切斯特大学医学中心(URMC)最新的研究发现婴儿鼻细胞与肺部细胞非常类似,这一发现可使呼吸道合胞体病毒(RSV)和其他婴儿肺部疾病的诊断更精确。 患呼吸道疾病的婴儿十分脆弱，因此试图获取肺部样本是不安全的，该研究发表在科学报告上，为多年来受到挑战的医生提供了一条潜在诊断途径。然而，鼻细
关于基因表达的RNA输出和翻译的介绍
1、基因表达的RNA输出 真核生物中，虽然一些RNA在细胞核中起作用，但大多数成熟的RNA必须通过核孔从细胞核输出到细胞质中。这些RNA包括蛋白质合成中涉及的所有RNA类型。在某些情况下，RNA被另外转运到细胞质的特定部分，如突触。 2、基因表达的翻译 成熟RNA是非编码RNA的最终基因表
过表达质粒与RNA干扰质粒有什么不同
本质上是一样的，都是让外源性的基因序列在细胞内得到表达。但是由于目的不同，技术细节上也会有不同。过表达的质粒如果是一过性表达，不需要整合到细胞染色体组，只要有强的启动子就可以了。稳定表达的，需要有筛选基因的表达来选出整合的细胞。而干扰质粒一般都需要是稳定的表达，现在都是通过慢病毒来实现，质粒基本都弃
上海生科院发表关于神经系统环形RNA研究的专评
6月4日，国际学术期刊《分子细胞》（Molecular Cell）在线发表了中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所研究员陈玲玲和计算生物学研究所研究员杨力题为Gear up in circles的专评，对当期Molecular Cell 和4月刊Nature Neuroscien