研究人员基于FFPE样本构建甲基化图谱预测癌症原发部位
9月14日，《自然-通讯》（Nature Communications）在线发表了中国科学院分子细胞科学卓越创新中心石建涛组完成的最新合作研究成果（DNA methylation profiling to determine the primary sites of metastatic cancers using formalin-fixed paraffin-embedded tissues）。 该研究开发了新方法，即利用医学病理学中常用的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本，构建DNA甲基化信息图谱，并结合机器学习方法，准确预测转移性癌症的原发部位。 识别癌症的原发部位对于癌症诊断和后续治疗至关重要。过去二十年中，针对肿瘤抗原的免疫组织化学（IHC）被视为“金标准”（能够判定50-65%的转移癌的原发部位）。然而，约3-9%的转移癌在临床上无法确定其原发部位，被称为原发灶不明肿瘤（CUP）。开发精准的CUP组织溯源方......阅读全文
FFPE样本核酸（DNA/RNA）制备
福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE）组织切片的存档代表了珍贵且来源广泛的生物医学研究材料。随着越来越多的研究人员转向 FFPE 样品的分子分析，开发特定的操作步骤，考虑这些样品的独特性质就变得越来越重要。QIAGEN 在 FFPE 样本纯化及下游检测整个流程中都提供完善的解决方案。QIAamp
研究人员基于FFPE样本构建甲基化图谱预测癌症原发部位
9月14日，《自然-通讯》（Nature Communications）在线发表了中国科学院分子细胞科学卓越创新中心石建涛组完成的最新合作研究成果（DNA methylation profiling to determine the primary sites of metastatic can
一步脱蜡法在FFPE样本DNA提取中的应用
什么是FFPE福尔马林固定石蜡包埋技术（Formalin-Fixed and Parrffin-Embedded, FFPE）是一种组织保存技术。这种技术为了维持细胞核蛋白结构，先用福尔马林固定然后将组织用固体石蜡包埋，以供切片后作组织学诊断或研究使用。FFPE技术的应用福尔马林由于可以与蛋白氨基发
新方法分析临床样本中的组蛋白翻译后修饰
欧洲肿瘤研究所（EIO）等机构的研究人员开发出一种基于质谱的流程，可分析FFPE临床样本中的组蛋白翻译后修饰。他们于上周在《Molecular & Cellular Proteomics》上详细介绍了这种技术。 利用这种技术，研究人员分析了一系列乳腺癌样本，发现Luminal A型乳腺癌和三阴
高分辨率熔点分析技术进行冻存组织样本甲基化的检测
1 前言 启动子高度甲基化是恶性肿瘤基因转录中的一种很常见的现象，被视为细胞恶性转化的标志之一。DNA甲基化分析是一种基因检测工具，用于早期癌症检测、风险评估与治疗疗效评估，具有非常诱人的前景。 DNA甲基化检测最常用的方法主要依赖于亚硫酸氢钠对基因组 DNA 的处理，将胞嘧
FFPE组织样品的DNA和RNA纯化
福尔马林固定后石蜡包埋的组织简称为FFPE样品。将组织在 4–10% 的福尔马林中迅速固定。 固定时间限制在 14–24 小时 (越长的固定时间将越容易导致DNA的片段化，对下游实验不利)。将固定组织彻底脱水 (彻底脱去福尔马林残余，因为其阻碍蛋白酶K的作用)。 纯化DNA时，使用新鲜从石蜡块上切下
数字PCR技术在DNA甲基化检测中的应用
DNA甲基化是目前研究最多的表观遗传修饰之一，发生于CpG二核苷酸序列C5位置的胞嘧啶上，多发生于CpG岛上，研究发现，DNA甲基化参与调节多种细胞过程，包括胚胎发育，转录，X染色体失活，基因组印迹、染色体稳定性等。许多研究发现，DNA甲基化在一系列的疾病（如癌症等）起到十分重要的作用。在癌症患者中
如何用FFPE组织样品进行高通量检测？
福尔马林固定石蜡包埋的方法处理（Formalin-Fixed and Parrffin-Embedded，FFPE）的样品代表了珍贵且来源广泛的生物医学研究材料，如何从这些样品中挖掘出有效的信息呢？上海伯豪生物技术有限公司针对FFPE样品的高通量分析，建立了整套的SOP 标准解决方案，帮助广
如何用FFPE组织样品进行高通量检测？
福尔马林固定石蜡包埋的方法处理（Formalin-Fixed and Parrffin-Embedded，FFPE）的样品代表了珍贵且来源广泛的生物医学研究材料，如何从这些样品中挖掘出有效的信息呢？上海伯豪生物技术有限公司针对FFPE样品的高通量分析，建立了整套的SOP 标准解决方案，帮助广大科
MALDITOFMS在突变检测中的应用
近年来随着精准医疗的需求，临床中提出了越来越多的检测需求。以非小细胞肺癌为例，EGFR、KRAS、BRAF、ALK、ROS1、RET、MET、HER-2已经成为临床中常用的检测需求。 目前检测中，常以荧光定量方法检测mutation，FISH方法检测fusion，或者采用NGS技术进行检测。E
华大科技DNA建库起始量低至200ng
华大基因旗下全资子公司――华大科技服务有限公司(简称“华大科技”)，18日在福尔马林固定石蜡包埋组织样本测序技术上再获新突破，成功推出FFPE全基因组外显子测序(WES)技术。 目前，科研人员已成功实现外显子测序DNA建库起始量低至200ng，测序质量与正常样本相近，这将有助于更好地解读F
罗氏为FFPE样品推出两款新工具
罗氏诊断应用科学部近日宣布推出两款新产品：High Pure FFPET RNA Isolation Kit和RealTime ready cDNA Pre-Amp Master & Primer Pools，适用于福尔马林固定和石蜡包埋的组织(FFPET)。 据估计，现有超过10亿个
样本抽提中RNA降解的解决方法
从临床样本出发进行芯片、测序等高通量生物学研究是最常用的思路，但样本采集过程受制于病理特征、病例数量等因素，耗时费力。无数期盼等来了期待中的临床样本，做个RNA抽提还常常…… 降解样本的RNA完整度低，长链RNA变成了短链，在常规的扩增过程中会发生探针检测的目的片段的丢失，导致芯片结果的不
样本抽提中RNA降解的解决方法
从临床样本出发进行芯片、测序等高通量生物学研究是最常用的思路，但样本采集过程受制于病理特征、病例数量等因素，耗时费力。无数期盼等来了期待中的临床样本，做个RNA抽提还常常……降解样本的RNA完整度低，长链RNA变成了短链，在常规的扩增过程中会发生探针检测的目的片段的丢失，导致芯片结果的不准确。遇到R
罗氏FFPE组织切片核酸纯化试剂盒操作说明
High Pure FFPET DNA Isolation Kit基于离心柱法的抽提原理，免去DNA沉淀和有机试剂抽提的步骤，是快速核酸抽提的理想工具。整个抽提过程仅需3小时（含脱蜡过程）；获得高DNA得率和质量；在qPCR，芯片分析和测序等下游应用中获得强大信号。图1：从FFPET样本中获得高得率
生物标志物研究与早期药物研发基因表达分析功...（四）
FFPET 样本特异性RealTime ready qPCR检测潜在生物标志物假设检验我们使用的第一套临床样本来自于各种用于人类研究的福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE）组织。肿瘤来源的 FFPE 组织是临床试验或生物标志物研究中，治疗复合物研发最具有相关性的样本材料。使用 High Pure
新技术有望叩开疾病研究的“黑匣子”
8月28日，由华大生命科学研究院牵头建设的基因组多维解析技术全国重点实验室联合多家机构，在《细胞》发布最新版本的时空组学技术Stereo-seq V2。该技术成功解决了困扰医学界多年的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本分析难题，首次实现了在同一张组织切片上，同时对人体细胞和入侵微生物的基因活动进行
Nature子刊：解决肿瘤异质性的革命性技术
精准医疗是指与患者分子生物病理学特征相匹配的个体化诊断和治疗策略，被认为是继经验医学、循证医学之后的第三次医学革命。作为一种极为复杂的致命疾病，肿瘤是精准医疗最重要的领域之一。 肿瘤的精准医疗需要我们准确认识患者肿瘤的分子图谱。虽然人们已经拥有了强大的遗传学分析技术（比如二代测序NGS），但肿
JCAD通过抑制LATS2激酶活性促进非酒精性脂肪肝向肝癌的...
JCAD通过抑制LATS2激酶活性促进非酒精性脂肪肝向肝癌的发展非酒精性脂肪肝（NAFLD）是一种由于代谢紊乱引起的肝炎，也是肝癌（NASH-HCC）发生的重要来源之一。但是，对于NAFFLD如何向NASH-HCC发展的分子机制还不了解。来自复旦大学医学院的研究人员，通过石蜡包埋样本的检测与后续功能
Agilent－miRNA芯片在各类样本中的应用（一）
1.新鲜组织样本新鲜组织一般包括以人类疾病诊断及治疗为目的，经患者或健康人同意后，从患者的机体中切取的未经特殊化学试剂处理的病变组织或相邻健康组织，或者健康人的相同部位的对照组织。这些人类疾病相关的新鲜组织样本的整理、保存、研究对于提高疾病的诊断质量、促进临床工作、探讨及研究疾病的发病机制具有重要的
甲基化的甲基化的功能
甲基化是蛋白质和核酸的一种重要的修饰，调节基因的表达和关闭，与癌症、衰老、老年痴呆等许多疾病密切相关，是表观遗传学的重要研究内容之一。 最常见的甲基化修饰有DNA甲基化和组蛋白甲基化。DNA甲基化能关闭某些基因的活性，去甲基化则诱导了基因的重新活化和表达。DNA甲基化能引起染色质结构、DNA构象、D
JCAD通过抑制LATS2激酶活性促进非酒精性脂肪肝向肝癌发展
非酒精性脂肪肝（NAFLD）是一种由于代谢紊乱引起的肝炎，也是肝癌（NASH-HCC）发生的重要来源之一。但是，对于NAFFLD如何向NASH-HCC发展的分子机制还不了解。来自复旦大学医学院的研究人员，通过石蜡包埋样本的检测与后续功能验证，找到了一个肥胖相关基因，KIAA1462（JCAD），
数字PCR技术精确检测癌症基因组扩增
来自斯坦福大学以及Bio-Rad的研究人员证实，数字PCR系统能够精确测定长期存放的癌组织样本中的癌症基因组扩增。该研究成果发表在《Translational Medicine》杂志上。 某些拷贝数变异(如基因组扩增)可能导致特定癌基因的过表达，推动癌症发展。靶定扩增的癌基因有望实现癌
Bruker与3M公司联合利用MALDI成像技术分析FFPE组织
美国时间2013年6月4日，布鲁克公司发布声明，表示已签署了一项独家ZL许可协议，允许布鲁克使用关于3M专项创新MALDI质谱成像技术。 该ZL许可包涵使用质谱分析技术检测福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织中的蛋白质。这一技术能使研究人员更容易地学习福尔马林固定，石蜡包埋(FF
dna甲基化与rna甲基化的区别
DNA甲基化和组蛋白修饰的相同点：都有包含甲基化修饰；不同点：修饰对象不同，一个是对DNA修饰，一个是对蛋白：组蛋白修饰。而RNA干扰是对RNA的降解，与前两者差异较大。
RNA实验和方案新手必读（六）
一些样本来源在其RNA或内含物方面存在着显著不同，可能导致RNA的分离和分析过程出现问题。当操作这些样本来源时需要一些特别注意事项。本节将针对大量不同样本来源的操作进行探讨。植物从植物材料中分离RNA会遇到一些特殊困难，常规技术在用于植物样本之前一般要先经过条件优化。一些植物代谢产物的化学性质与核酸
ChIP实验的三大法宝
在基因调控领域，可以说没有比表观遗传学更热的话题了。而染色质免疫共沉淀ChIP是表观遗传学研究中最常用的方法。 ChIP通过针对染色质相关蛋白（组蛋白、转录因子等）的抗体，来鉴定与该蛋白（或蛋白修饰）相连的序列。这种方式能够帮助人们定位基因组中发生的表观遗传学改变。举例来说，针对H3K4me3（赖
靶向序列捕获和新一代测序前对石蜡包埋组织及...（一）
靶向序列捕获和新一代测序前对石蜡包埋组织及新鲜冷冻组织进行DNA质控靶向序列捕获和新一代测序前对福尔马林固定石蜡包埋组织及新鲜冷冻组织进行 DNA 质量控制 作者Melissa Huang Liu安捷伦科技有限公司美国加利福尼亚州拉霍亚Maria Celeste Ramirez安捷伦科技有限公司美国
解决肿瘤异质性的革命性技术
精准医疗是指与患者分子生物病理学特征相匹配的个体化诊断和治疗策略，被认为是继经验医学、循证医学之后的第三次医学革命。作为一种极为复杂的致命疾病，肿瘤是精准医疗最重要的领域之一。 肿瘤的精准医疗需要我们准确认识患者肿瘤的分子图谱。虽然人们已经拥有了强大的遗传学分析技术（比如二代测序NGS），但肿
科学家尝试破解一小撮异常反应造福广大癌症患者
如果X与大部分晚期膀胱癌患者一样，她可能现在已经死了。在第一次确诊后，她接受了标准化疗。结果失败了。然后，她参加了一个药物临床试验，该药物最初被批准用于治疗其他肿瘤，但科学家希望知道，它是否能作用于转移性膀胱癌。结果似乎不行——参与试验的其他患者进展情况均不好。 但X却好于预期。美国纽约纪念