打开盲盒：AlphaFold2预测了人类全蛋白质组将免费开放
翘首以盼8个月的 AlphaFold2 的论文与源码发布后一周，今天 DeepMind 再度公布关于 AlphaFold2 的重磅信息：用 AlphaFold2 完全预测了人、大肠杆菌、果蝇、斑马鱼等21种生物的全蛋白质组内35万个蛋白质结构！这项工作发表在了本周出版的Nature上。 Holy Moly! 又一枚震撼弹！https://alphafold.ebi.ac.uk/ 今天（2021.7.22），DeepMind与欧洲分子生物学实验室（EMBL）联合宣布：DeepMind与EMBL合作，用AlphFold2 预测了人类蛋白质组内的全部20000个蛋白质结构，并将其免费开放给学术界。欧洲分子生物学实验室（EMBL）是欧洲生命科学研究的旗舰（flagship）实验室。 业内各方对这项工作评价甚高。 DeepMind创始人兼CEO Demis Hassabis说，“一直以来，DeepMind的目标都是将人工智能作......阅读全文
打开盲盒：AlphaFold2预测了人类全蛋白质组－将免费开放
翘首以盼8个月的 AlphaFold2 的论文与源码发布后一周，今天 DeepMind 再度公布关于 AlphaFold2 的重磅信息：用 AlphaFold2 完全预测了人、大肠杆菌、果蝇、斑马鱼等21种生物的全蛋白质组内35万个蛋白质结构！这项工作发表在了本周出版的Nature上。 Hol
Nature、Science齐发：两款新型AI精准预测蛋白结构
去年，DeepMind公司开发的AlphaFold2人工智能系统，基于氨基酸序列，精确预测了蛋白质的3D结构。它的准确性与使用冷冻电子显微镜（CryoEM）、核磁共振或 X 射线晶体学等实验技术解析的3D结构相媲美。这一突破被誉为“变革生命科学和生物医学”的突破。 今日，DeepMind公司在
这家公司将AI技术应用到生物科技领域
人类在医学每个阶段的重大发展，都与科学技术的突破息息相关。 新药研发是人类发展中极具风险和复杂度、耗时最漫长的技术研究领域之ー，研发费用高、研发周期长、研发成功率低一直是压在制药企业身上的“三座大山”。英国《自然》(Nature)杂志有一组数据显示，新药的研发成本大约是26亿美元，耗时约10年
预测蛋白质结构只是开始－AI或为生命科学领域带来巨变
蛋白质结构预测是生物学的重要“圣杯”，也是人工智能落子生命科学领域最炙手可热的研究之一。 近日，我国自研深度学习蛋白质折叠预测平台TRFold传来好消息，其基于2020年第14届国际蛋白质结构预测竞赛（CASP14）蛋白质测试集的成绩仅次于“阿尔法折叠的迭代版”（AlphaFold2），排名全
预测蛋白质结构只是开始－AI或为生命科学领域带来巨变
蛋白质结构预测是生物学的重要“圣杯”，也是人工智能落子生命科学领域最炙手可热的研究之一。 近日，我国自研深度学习蛋白质折叠预测平台TRFold传来好消息，其基于2020年第14届国际蛋白质结构预测竞赛（CASP14）蛋白质测试集的成绩仅次于“阿尔法折叠的迭代版”（AlphaFold2），排名全
预测蛋白质3D结构，单条蛋白质序列就能实现
7月22日，华深智药对外宣布，公司在蛋白质结构预测方面开发出一项新技术OmegaFold，突破了已有计算机预测三维结构的模式，是人工智能（AI）和生命科学领域结合实现的一个突破。华深智药是由清华大学人工智能产业研究院孵化，是一家致力于使用AI重构药物开发流程来提高新药研发速度和效率的企业。日前，华深
大连化物所等发展出利用原位化学交联解码细胞中蛋白质动态结构的策略
近日，中国科学院大连化学物理研究所生物技术研究部生物分子高效分离与表征研究组研究员赵群、张丽华等，与中国科学院精密测量科学技术创新研究院副研究员龚洲合作，提出了利用原位化学交联-质谱技术（in vivo XL-MS），解码细胞中蛋白质动态结构的策略。该策略将AlphaFold2的结构作为先验信息
构建“整合AIR的序列和结构特征,预测免疫反应”学习框架
适应性免疫受体（AIR，包括 T 细胞受体，TCR；B 细胞受体，BCR）与其同源抗原之间的结构对接是适应性免疫中最基本的过程之一。然而，目前预测 AIR-抗原结合的方法很大程度上依赖于 AIR 的序列衍生特征，忽略了结合亲和力所必需的结构特征。 腾讯 AI Lab 的研究人员提出了一个名为
AI强势入侵生物医药界－如何看待变革浪潮下的创新与挑战？
AI正在入侵科学界，特别是生物科技方向。瑞典皇家科学院在2024年10月宣布了当年诺贝尔化学奖的获奖者，出乎意料的是—— AI又是大赢家。2024年的诺贝尔化学奖被授予了Google旗下DeepMind人工智能实验室的首席执行官Demis Hassabis和总监John Jumper ，以及华盛顿大
科学家用神经网络精细刻画蛋白结构
近日，一项题为《利用自适应强化动力学对高维自由能面进行高效采样》的研究登上《自然-计算科学》。该研究使用了超过100个集合变量加速采样进程——此前的采样方法从未处理过如此高维的集合变量，使得科学家们得以在神经网络加持下，对蛋白结构的“精雕细琢”再进一步。 该文章作者目前均在深势科技团队，该团队
提出好问题，才是科学研究的根本
人工智能时代，提问能力越来越重要，当我们需要和人工智能“共事”时，我们提出的问题“聪明”与否，也许决定了我们的“同事”聪明与否。在科研领域，提出一个好问题更为重要，直接关乎项目的成败，关乎创新的根本。那么，如何提出好的科学问题？这不仅需要具备批判性思维，而且在信息爆炸、技术快速迭代的当下，更需要科研
诺奖团队最新Science论文：利用AlphaFold2发现Cas13的祖先，并解析其结构和功能
在这项研究中，研究团队构建了一个自动化结构检索管线，该管线将基于人工智能的检索方法的速度与传统结构比对程序的灵敏度相结合。 2024年7月18日，2020年诺贝尔化学奖得主、CRISPR基因编辑技术奠基人之一的 Jennifer Doudna 教授在国际顶尖学术期刊 Science 上发表了题
诺奖风向标剑指AI？2023拉斯克奖揭晓，谷歌AlphaFold开发者上榜
2023年9月21日，Lasker基金会宣布了2023年度拉斯克奖的6名获奖者。今年拉斯克奖共设立3个奖项：临床医学研究奖、基础医学研究奖以及医学科学特别成就奖。 自1945年以来，拉斯克奖（Lasker Award）每年颁发给对医学科学做出重大贡献的在世人士，是美国最具声望的医学生物奖项，更
当基因编辑插上人工智能的翅膀，“大礼包”来了
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/6/503661.shtm给基因编辑插上人工智能的翅膀会发生什么？中国科学院遗传与发育生物学研究所（以下简称遗传发育所）研究员高彩霞和团队进行了一次试水，意外为基因编辑新“利器”的挖掘开辟了一片崭新的天地。基因
AI+生命科学，下一个美业增量大风口？
来自生命科学的前沿研究，始终是化妆品行业创新的重要源泉。而在探索生命科学的边界中，人工智能(以下简称：AI)技术正成为一个不可或缺的研究工具，尤其是在蛋白质科学领域，AI技术的应用正在揭开蛋白质的神秘面纱。 在AI与生命科学深度融合的背景下，2024年诺贝尔化学奖颁给了Demis Hassab
创造奇迹的高科技公司有哪些特点
2024年的诺贝尔奖可以说是人工智能（AI）全面崛起之年，有4位科学家由于AI的贡献而获得诺贝尔奖。其中，杰弗里·辛顿获得诺贝尔物理学奖，大卫·贝克、戴米斯·哈萨比斯和约翰·江珀获得诺贝尔化学奖。当前传统科学世界的版图开始出现分水岭——前AI时代的科学与AI时代的科学，前者是个人英雄主义的舞台，后者
研究开发新的3βHSD1抑制剂HEAL116改善前列腺癌ARPI耐药性
6月26日，中国科学院分子细胞科学卓越创新中心李振斐研究组联合中国科学院上海药物研究所/国科大杭州高等研究院胡有洪研究组、刘佳研究组，复旦大学任若冰研究组，在《美国国家科学院院刊》（PNAS）上发表了题为Fine structural design of 3βHSD1 inhibitors for
当蛋白质组遇上AI，加速的是什么
临床质谱局部图 西湖欧米供图使用压力循环技术处理微量组织样品。 西湖欧米供图西湖欧米愿景图 西湖欧米供图一个普通人做一次血液全蛋白质组的质谱检测，能获得哪些有意义或有趣的信息？谁会成为蛋白组领域的23andMe（DNA鉴定公司）？去年7月人类蛋白质组98.5%的蛋白质结构被AlphaFold破
黑色素浓缩激素受体家族配体识别及受体激活机制被揭示
5月7日，中国科学院上海药物研究所研究员徐华强/赵丽华团队利用冷冻电镜技术，解析了黑色素浓缩激素（MCH）激活的人源黑色素浓缩激素受体MCHR1偶联Gi以及MCHR2偶联Gq的复合物结构，为配体识别和受体激活提供了更深入的理解，为针对MCHRs的药物设计提供了结构基础。相关研究发表于《细胞—发现》。
蛋白质的蛋白质的提取技术
选择材料及预处理 以蛋白质和结构与功能为基础，从分子水平上认识生命现象，已经成为现代生物学发展的主要方向，研究蛋白质，首先要得到高度纯化并具有生物活性的目的物质。蛋白质的制备工作涉及物理、化学和生物等各方面知识，但基本原理不外乎两方面。一是得用混合物中几个组分分配率的差别，把它们分配到可用机械方
蛋白质根据蛋白质结构进行分类
纤维蛋白（fibrous protein）：一类主要的不溶于水的蛋白质，通常都含有呈现相同二级结构的多肽链许多纤维蛋白结合紧密，并为单个细胞或整个生物体提供机械强度，起着保护或结构上的作用。球蛋白(globular protein)：紧凑的，近似球形的，含有折叠紧密的多肽链的一类蛋白质，许多都溶于水
蛋白质转印法检定蛋白质
蛋白质转印法检定蛋白质 蛋白质经SDS-PAGE后，胶片浸入转印缓冲液，蛋白质可被转印到硝化纤维纸（nitrocellulose） 上，先经?素洗去SDS，并使蛋白质回?原态抗原性，可使用抗体进?免疫染色 （Towbin et al, 1979）。仪器用具：电泳转印槽 （Hoefer Tra
百奥几何获千万美元天使轮融资，驱动大分子药物研发
AI大分子制药公司百奥几何已完成千万美元天使轮融资，投资方为高榕资本；另外，团队也发布了首个针对大分子药物研发的开源机器学习平台TorchProtein。据介绍，百奥几何成立于2021年，致力于开发几何深度学习、深度生成模型等下一代人工智能技术，用于大分子药物研发。目前，公司正打造人工智能大分子药物
蛋白质糖基化的案例研究
蛋白质糖基化是一种生命活动中普遍存在的翻译后修饰，赋予蛋白质不同的生物功能和增强的物理化学稳定性。糖基化的类型根据糖苷键中涉及的特定原子进行分类：O-糖基化将糖连接到丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸残基的羟基氧上；N-糖基化将糖与天冬酰胺的酰胺氮连接；S-糖基化将糖添加到半胱氨酸的硫醇硫中，这类糖基化不太常见
用蛋白质底物进行蛋白质激酶分析实验—蛋白质激酶C
试剂、试剂盒PKC 分析缓冲液组蛋白 HI 储存液磷脂酰丝氨酸甘油二油酸脂实验步骤1. 在冰浴的离心管内配制如下 20 μl 反应混合物：5X PKC 分析缓冲液 4 μl10 mg/ml 组蛋白 HI 储存液
用蛋白质底物进行蛋白质激酶分析—凝胶蛋白质激酶分析
试剂、试剂盒Tris-HClDTT盐酸胍尿素激酶分析缓冲液仪器、耗材SDS-PAGE实验步骤1. 准备下列材料：SDS-PAGE 要用到的所有试剂50 mmol/L Tris-HCl，室温（pH 8.0)，1 mmol/L DTT6 mol/L 盐酸胍，50 mmol/L Tris-HCl，室温（p
完全蛋白质、不完全蛋白质及半完全蛋白质的概念
完全蛋白质所含必需氨基酸种类齐全，数量充足，相互之问比例也适当，不但能够维持成人的健康，也能够促进人体的生长发育，如乳中的酪蛋白、蛋类中的卵白蛋白、大豆球蛋白、小麦中的麦符蛋白等。 半完全蛋白质所含各种必需氨基酸种类齐全，但各种氨基酸含量多少不匀，互相之间比例不合适。在膳食中作为唯一的蛋白质来源时，
2024年诺贝尔化学奖评选结果揭晓！
北京时间10月9日下午5点45分许，2024年诺贝尔化学奖揭晓。美国科学家David Baker获奖，以表彰其在计算蛋白质设计方面的贡献；另一半则共同授予英国科学家Demis Hassabis 和 John M. Jumper，以表彰其在蛋白质结构预测方面的贡献。 2024年的诺贝尔奖单项奖金
蛋白质组和蛋白质组学分析
随着人类基因 组计划研究成果的公布，人们对基因的认识逐渐清晰，但基因数量的有限性和基因结构的相对稳定性，与生命现象的复杂性和多样性之间存在巨大反差。如何了解众多的基因与危害人类身心健康的疾病之间的关系，对生命科学研究者来说仍是一项长期而艰巨的任务。因此，作为生命活动的直接承担者――蛋白质，成为后基
蛋白质谱测定蛋白质的基础原理
蛋白质是一条或者多条肽链以特殊方式组合而成的生物大分子，大多数蛋白质会自然折叠为一个特定的三维结构。蛋白质的结构层次可以分为一级结构、二级结构、三级结构和四级结构：一级结构：组成蛋白质多肽链的线性氨基酸序列。二级结构：依靠不同氨基酸之间的C=O和N-H基团间的氢键形成的稳定结构，主要为α螺旋和β折叠